<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248245.10	1	TAGATAACATTTCTGAAAATAAAAAGTCAAAATATGGTCAAACAGTTGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163565	TAGATAACATTTCTGAAAATAAAAAGTCAAAATATGGTCAAACAGTTGTC	163614

BX248245.10	51	AAATATGGTCAAACAGTGATATATTTATAAAAAAAATAAACAATATTATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163615	AAATATGGTCAAACAGTGATATATTTATAAAAAAAATAAACAATATTATG	163664

BX248245.10	101	ATTTCTGTATGTTTGCAGTATAAAACATGAGGGAAAAAAGAGGGAAGAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163665	ATTTCTGTATGTTTGCAGTATAAAACATGAGGGAAAAAAGAGGGAAGAAC	163714

BX248245.10	151	ACTTACTTGTCAGCCATTGTACAAGAATTTTCCTGAAATAAAGGAGAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163715	ACTTACTTGTCAGCCATTGTACAAGAATTTTCCTGAAATAAAGGAGAAAA	163764

BX248245.10	201	TGAAATTATTATGAACACCAATATTTATAAACAAATTTAAAGCAAGGTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163765	TGAAATTATTATGAACACCAATATTTATAAACAAATTTAAAGCAAGGTGA	163814

BX248245.10	251	TGTCTGATTGTATAAGGCTTTGATTTATGTTTGTGTGTGAACGTACTGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163815	TGTCTGATTGTATAAGGCTTTGATTTATGTTTGTGTGTGAACGTACTGAT	163864

BX248245.10	301	AATCTCACCCAATGAGATTACATCATCACTCTTATTGGCCGAGAGATAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163865	AATCTCACCCAATGAGATTACATCATCACTCTTATTGGCCGAGAGATAAG	163914

BX248245.10	351	CCTTTTCACCACTGCTCATACAAGTCAACTCACACTCTGAATATGACCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163915	CCTTTTCACCACTGCTCATACAAGTCAACTCACACTCTGAATATGACCAC	163964

BX248245.10	401	CCAGCTGAGCTTTAGAAGAATTTTTTCTTTCTTACATGCAAATCATGTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	163965	CCAGCTGAGCTTTAGAAGAATTTTTTCTTTCTTACATGCAAATCATGTTG	164014

BX248245.10	451	TGTGCACAAATTACAACTGAATAATTAAAAAAAAGAGGGAGTCATCGGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164015	TGTGCACAAATTACAACTGAATAATTAAAAAAAAGAGGGAGTCATCGGTC	164064

BX248245.10	501	TGTAATAAGGTCAGAAACCAAGAGACATTCTTGTTGTCCATACTGAATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164065	TGTAATAAGGTCAGAAACCAAGAGACATTCTTGTTGTCCATACTGAATTT	164114

BX248245.10	551	AATTTGAGCATATTAAATGCAATACCATCTGTGAAAAGGTCAAACTATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164115	AATTTGAGCATATTAAATGCAATACCATCTGTGAAAAGGTCAAACTATGG	164164

BX248245.10	601	GTGAAATAATGTACAAAATTCATACACTGAAAAATAATTAATTGGATTTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164165	GTGAAATAATGTACAAAATTCATACACTGAAAAATAATTAATTGGATTTA	164214

BX248245.10	651	CTAAATATGTTAAGGTAAGTGGCTGCAAACAATTTATATGGGCTGAATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164215	CTAAATATGTTAAGGTAAGTGGCTGCAAACAATTTATATGGGCTGAATTT	164264

BX248245.10	701	AAACAAACTAAATTTAGTAATGTACAGTTTAACTTGTTTGTTTAATTTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164265	AAACAAACTAAATTTAGTAATGTACAGTTTAACTTGTTTGTTTAATTTCA	164314

BX248245.10	751	GCCCATATAAATTGTTTGCAGCCACTTACCTTCATTTATTTGAGTAAATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164315	GCCCATATAAATTGTTTGCAGCCACTTACCTTCATTTATTTGAGTAAATC	164364

BX248245.10	801	CAATTAATCATTTTTTTCAGTGTAGTAACAGATATTTTTAGGCAAAAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164365	CAATTAATCATTTTTTTCAGTGTAGTAACAGATATTTTTAGGCAAAAATA	164414

BX248245.10	851	ACATTTATTCTCATCAGTTTGTATTATAATATACAAAGGCATCAATAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164415	ACATTTATTCTCATCAGTTTGTATTATAATATACAAAGGCATCAATAATC	164464

BX248245.10	901	ATATTCAATTTCATTATAACTTACATTCATTTATTAAAATGTTTGCTGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164465	ATATTCAATTTCATTATAACTTACATTCATTTATTAAAATGTTTGCTGAC	164514

BX248245.10	951	AAATGAGTATATCATAGTGGTTTGAAAGATAGATGGCAAATATCAAGTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164515	AAATGAGTATATCATAGTGGTTTGAAAGATAGATGGCAAATATCAAGTTT	164564

BX248245.10	1001	TAGACTTTTTTAAATAAATCTTCTTCTAAATATGTCAAGTTTTGTTCTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164565	TAGACTTTTTTAAATAAATCTTCTTCTAAATATGTCAAGTTTTGTTCTTT	164614

BX248245.10	1051	TTGGTAATGTTGAATGACAATGAATGACATTTTAGTTAATGTCTTCAGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164615	TTGGTAATGTTGAATGACAATGAATGACATTTTAGTTAATGTCTTCAGTA	164664

BX248245.10	1101	AATCTTGGTAAAATCTTACGATACTAATTTTTGTCTGCTCTGAAAAAAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164665	AATCTTGGTAAAATCTTACGATACTAATTTTTGTCTGCTCTGAAAAAAAT	164714

BX248245.10	1151	AACCGTTCTCACGTAAAAAATAAAATAAAGCAACATTACATTCATATTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164715	AACCGTTCTCACGTAAAAAATAAAATAAAGCAACATTACATTCATATTAT	164764

BX248245.10	1201	ATTACTTAAAACCCTCTTTCCACTGTCGACTGCTGCATTAATGTAAAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164765	ATTACTTAAAACCCTCTTTCCACTGTCGACTGCTGCATTAATGTAAAAAA	164814

BX248245.10	1251	AAAAAAACATTTGAAGAGCTGTCAAAAGGTATACTGTGCTTGTTTCTTCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164815	AAAAAAACATTTGAAGAGCTGTCAAAAGGTATACTGTGCTTGTTTCTTCC	164864

BX248245.10	1301	CCTTGGCTCTAATCTATTACATTTCTTTTGATTGTAAAGCTCATGCTGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164865	CCTTGGCTCTAATCTATTACATTTCTTTTGATTGTAAAGCTCATGCTGAG	164914

BX248245.10	1351	ATACACAGCTTGATCTTCTTATCACGCTGCTGCTCATCTCTGTTCAATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164915	ATACACAGCTTGATCTTCTTATCACGCTGCTGCTCATCTCTGTTCAATAT	164964

BX248245.10	1401	CAATTTTGCTGATTAAATGGGTCTCTGGAGGAAGACTATCTGAATGCAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	164965	CAATTTTGCTGATTAAATGGGTCTCTGGAGGAAGACTATCTGAATGCAAT	165014

BX248245.10	1451	CAAATATTTTTTGCACAAGCCGGCTATATGAATATTAACTAGGCCCTGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165015	CAAATATTTTTTGCACAAGCCGGCTATATGAATATTAACTAGGCCCTGCT	165064

BX248245.10	1501	GACAATACATAAGAATATGTAGGCTTAATTTAACAAATACTGTATTTAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165065	GACAATACATAAGAATATGTAGGCTTAATTTAACAAATACTGTATTTAAG	165114

BX248245.10	1551	AGATTTAGATTTTGACTTTAGAGAGCTTGGAAGATTTGCAGCCAGAATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165115	AGATTTAGATTTTGACTTTAGAGAGCTTGGAAGATTTGCAGCCAGAATAT	165164

BX248245.10	1601	GATGTAACTGAAGCTACGTTGTCCTGTAAAGTAAAATCATTGAGCTGTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165165	GATGTAACTGAAGCTACGTTGTCCTGTAAAGTAAAATCATTGAGCTGTTA	165214

BX248245.10	1651	CCTGTTCACTGGTAGAGCGATGGGCGATCTTCTCCTCTCCCTGATAATCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165215	CCTGTTCACTGGTAGAGCGATGGGCGATCTTCTCCTCTCCCTGATAATCC	165264

BX248245.10	1701	GCAGCCCGTCTGGTGTAGTCAGAGAGTACGGATGACACTCTGAGGCGCAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165265	GCAGCCCGTCTGGTGTAGTCAGAGAGTACGGATGACACTCTGAGGCGCAG	165314

BX248245.10	1751	GGTTTTATACTCGGACCTTTGCTCTTCTGGCTCCTCTGTTTTAGACGCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165315	GGTTTTATACTCGGACCTTTGCTCTTCTGGCTCCTCTGTTTTAGACGCTG	165364

BX248245.10	1801	TTGTGTTTCTGTCAATCCAATTAAACACTTAACCTGCTATTTAGGGCTAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165365	TTGTGTTTCTGTCAATCCAATTAAACACTTAACCTGCTATTTAGGGCTAC	165414

BX248245.10	1851	GGCATGTTTATAAATAAAAATGGGGAATTAAACCAAAGATCTACAGGGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165415	GGCATGTTTATAAATAAAAATGGGGAATTAAACCAAAGATCTACAGGGAA	165464

BX248245.10	1901	ACTGCAAGGGTTGAGTTCAAAATGTGCTGTTTCTATCCATGGAAAGGCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165465	ACTGCAAGGGTTGAGTTCAAAATGTGCTGTTTCTATCCATGGAAAGGCAT	165514

BX248245.10	1951	ATGGGTAAGAGAGTTACGAGAGAGTGCTGTTTAATAACACATGTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX088530.6	165515	ATGGGTAAGAGAGTTACGAGAGAGTGCTGTTTAATAACACATGTAAGCTT	165564

Overview

Query
BX248245.10 - 78415 bps
Hit
BX088530.6 - 165564 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190720001200011635651655641
283.92295657636676930124077246411
386.42575201654517064124100246141
486.8815530295689869-124234245381
582.761353285494155268126136264831
689.462183356746867802126157264881
790.122253286835668683-126161264941
894.121111365009350228126349264841
981.261544124204442455169182695921
1083.462575612230522865174483750201
1184.51932461654516790175490757281
1289.81921567648076635175571757271
1389.86921375009350229-177954780911
1488.51572596751667774-177979782301
1586.192435271658117107-11007821013021
1685.272185147642576938-11007941013021
1789.161261991223412432-11039791041811
1890.992293256836968693-11040051043371
1989.6216328674726779911040151043411
2088.75140224550455526811041091043391
2186.56137301766387693811096721099761
2283.381503356746867802-11244911248271
2391.24971365009350228-11244951246311
2483.561633583851638873-11244991248631
Short-link