<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR391993.14	122651	TTAATACATTTACTCTCTAAACCATGTGAAATGTGAAAATGACACCACAA	122602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	142730	TTAATACATTTACTCTCTAAACCATGTGAAATGTGAAAATGACACCACAA	142779

C  CR391993.14	122601	GTTTAACAATTATTTTCCCCCATCATGTTACTTATATCACATTCTTAAAC	122552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	142780	GTTTAACAATTATTTTCCCCCATCATGTTACTTATATCACATTCTTAAAC	142829

C  CR391993.14	122551	CACACATCTTCAAGTTTTCACCAACCCGTGAATCTTTTTGCCACACAAAG	122502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	142830	CACACATCTTCAAGTTTTCACCAACCCGTGAATCTTTTTGCCACACAAAG	142879

C  CR391993.14	122501	ATGGGTTTGAAAATGTGATTAAAATGAAATTTGAGTTGCTTAAAGGCACA	122452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	142880	ATGGGTTTGAAAATGTGATTAAAATGAAATTTGAGTTGCTTAAAGGCACA	142929

C  CR391993.14	122451	ATACTTTCTAAATCCACTACAATAGTGTTATATACAGTATTTTGTAGACT	122402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	142930	ATACTTTCTAAATCCACTACAATAGTGTTATATACAGTATTTTGTAGACT	142979

C  CR391993.14	122401	CTTGTGCTTACATTATGCCACATGTTTCAAAGAATGCTTGAATGCAGAAA	122352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	142980	CTTGTGCTTACATTATGCCACATGTTTCAAAGAATGCTTGAATGCAGAAA	143029

C  CR391993.14	122351	AACAAGCAATTTTAACTAGTCACATCTACCTTTTCCTGTGAAATTGACAA	122302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143030	AACAAGCAATTTTAACTAGTCACATCTACCTTTTCCTGTGAAATTGACAA	143079

C  CR391993.14	122301	ACTACAGCTTATTCAAAATGCAGCTGCTAGAGTGCTTTCTAGAACAAAGA	122252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143080	ACTACAGCTTATTCAAAATGCAGCTGCTAGAGTGCTTTCTAGAACAAAGA	143129

C  CR391993.14	122251	AATATGATTATATTACTCCAGTTCTTTCATCATTGCACTGGCTTCCTATT	122202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143130	AATATGATTATATTACTCCAGTTCTTTCATCATTGCACTGGCTTCCTATT	143179

C  CR391993.14	122201	AAATTTCCTATACATTAAAAAATTGACTACCTTTAAAATTGAATTGACTA	122152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143180	AAATTTCCTATACATTAAAAAATTGACTACCTTTAAAATTGAATTGACTA	143229

C  CR391993.14	122151	CCTACAAACTAAACGGCTTAGCTCCCCAGTATTTGAGGGGGCTCCTGGTA	122102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143230	CCTACAAACTAAACGGCTTAGCTCCCCAGTATTTGAGGGGGCTCCTGGTA	143279

C  CR391993.14	122101	TATTATAGCCCCTCACGTCCACTACACTCAATTAATTCTGAACAATTGAT	122052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143280	TATTATAGCCCCTCACGTCCACTACACTCAATTAATTCTGAACAATTGAT	143329

C  CR391993.14	122051	TATTCCCTGAATATCGAAATCAACTGTAGGCGGTAGATCTTTCTCTTATC	122002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143330	TATTCCCTGAATATCGAAATCAACTGTAGGCGGTAGATCTTTCTCTTATC	143379

C  CR391993.14	122001	TGGCACCTAAACTCTGAGACAGCTTTCCTAGCACAGTTCGGGAAGCAGAC	121952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143380	TGGCACCTAAACTCTGAGACAGCTTTCCTAGCACAGTTCGGGAAGCAGAC	143429

C  CR391993.14	121951	ACACTCTGCCAGTTTAAAATAGATTAAAGACGCGTCTCTTTGCATTAGTA	121902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143430	ACACTCTGCCAGTTTAAAATAGATTAAAGACGCGTCTCTTTGCATTAGTA	143479

C  CR391993.14	121901	TACACATAAAACACAAATGCTGTTGAAATCCAAGGCCTCTAAAGGATTGA	121852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143480	TACACATAAAACACAAATGCTGTTGAAATCCAAGGCCTCTAAAGGATTGA	143529

C  CR391993.14	121851	TAGTCTGCTGTATTTAGGTCAACTGGAGCCGGGAACACTTCCCCAAAGAG	121802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143530	TAGTCTGCTGTATTTAGGTCAACTGGAGCCGGGAACACTTCCCCAAAGAG	143579

C  CR391993.14	121801	ATTATATTTTGAATGGCATCTGCACTTGTAAGTCTTTTTTTTTTATTATT	121752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143580	ATTATATTTTGAATGGCATCTGCACTTGTAAGTCTTTTTTTTTTATTATT	143629

C  CR391993.14	121751	ATTCTCGAGGTTTCCAAAATCCTGGACCAGGCCGTATCCTGAGAAGCTGC	121702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143630	ATTCTCGAGGTTTCCAAAATCCTGGACCAGGCCGTATCCTGAGAAGCTGC	143679

C  CR391993.14	121701	TGTGGTGGTCATGGTAAGACCCCAGTGACAGTCGAGTCCCCGCATTGATC	121652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143680	TGTGGTGGTCATGGTAAGACCCCAGTGACAGTCGAGTCCCCGCATTGATC	143729

C  CR391993.14	121651	CTGAAGGGACAGCCTGTACACCAGCAGGTGACCTCTCCCACCTGCAGCTT	121602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143730	CTGAAGGGACAGCCTGTACACCAGCAGGTGACCTCTCCCACCTGCAGCTT	143779

C  CR391993.14	121601	TTCCACGATGGACGTCCAGCGCTCTCCAGACTCTGGCGCCTAGACTACAG	121552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143780	TTCCACGATGGACGTCCAGCGCTCTCCAGACTCTGGCGCCTAGACTACAG	143829

C  CR391993.14	121551	CTCTGCACAACAAGTTTGGCCTATTTTGTCCATAGGAGAAACGGTTGTAC	121502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143830	CTCTGCACAACAAGTTTGGCCTATTTTGTCCATAGGAGAAACGGTTGTAC	143879

C  CR391993.14	121501	CCAACTGAGCCTGGTTTCTCTTGAGGCTTTTTAATTCTTCACTTTCGCCA	121452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143880	CCAACTGAGCCTGGTTTCTCTTGAGGCTTTTTAATTCTTCACTTTCGCCA	143929

C  CR391993.14	121451	ATTGGTCTTAAGTTTTTTCCTTGCCGCTGTTGCCGCTGGCTTGCATGGTT	121402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143930	ATTGGTCTTAAGTTTTTTCCTTGCCGCTGTTGCCGCTGGCTTGCATGGTT	143979

C  CR391993.14	121401	TGGGTCCCATGAAGCTGCGCATCAATGGATTTGCTCTTGAGTGTTTATAC	121352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	143980	TGGGTCCCATGAAGCTGCGCATCAATGGATTTGCTCTTGAGTGTTTATAC	144029

C  CR391993.14	121351	TCTCAGCAGTGGAAATTAAACCACACTGAACTGAGCTAAACTGAACTTCA	121302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144030	TCTCAGCAGTGGAAATTAAACCACACTGAACTGAGCTAAACTGAACTTCA	144079

C  CR391993.14	121301	ATACTGAAAACTGAACAGACACTGTTTCAGTTTATAATCTTCTATGTGAA	121252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144080	ATACTGAAAACTGAACAGACACTGTTTCAGTTTATAATCTTCTATGTGAA	144129

C  CR391993.14	121251	GCTGCCTTAACACAATCTACATTGTAAAAGCGCTTTAGAAATGAAGATGA	121202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144130	GCTGCCTTAACACAATCTACATTGTAAAAGCGCTTTAGAAATGAAGATGA	144179

C  CR391993.14	121201	ATTGAATTGACACACACCCTGGATTTAAAGTTTGGTTGTATTGAAAATGG	121152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144180	ATTGAATTGACACACACCCTGGATTTAAAGTTTGGTTGTATTGAAAATGG	144229

C  CR391993.14	121151	GGAAACGTCAAAGATTCTTATATTTGTTGTGTGTTTTATTAAACTGTGGA	121102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144230	GGAAACGTCAAAGATTCTTATATTTGTTGTGTGTTTTATTAAACTGTGGA	144279

C  CR391993.14	121101	GTACCACAGGGATCAATTCTTGGGCCTGGGTATTATTCACCCTGTAAAGC	121052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144280	GTACCACAGGGATCAATTCTTGGGCCTGGGTATTATTCACCCTGTAAAGC	144329

C  CR391993.14	121051	ACATGCTCCTCTTGGCTTTGTTATTTAGGCCAACCTTTCTTGGCCTACTT	121002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144330	ACATGCTCCTCTTGGCTTTGTTATTTAGGCCAACCTTTCTTGGCCTACTT	144379

C  CR391993.14	121001	AGATCAACTGGTTCTCATGCAATGTTTTTTTTATCAAAAAAAAAAAACTG	120952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144380	AGATCAACTGGTTCTCATGCAATGTTTTTTTTATCAAAAAAAAAAAACTG	144429

C  CR391993.14	120951	AAATAACTGAAATCATAGATTCCAATTCTCTAGGCCAGCAAGTATCTCAG	120902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144430	AAATAACTGAAATCATAGATTCCAATTCTCTAGGCCAGCAAGTATCTCAG	144479

C  CR391993.14	120901	TGTGCAAAAAATCTTGTTGTTGATCAAAACTAGACATTCAACAAACAGAT	120852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144480	TGTGCAAAAAATCTTGTTGTTGATCAAAACTAGACATTCAACAAACAGAT	144529

C  CR391993.14	120851	CAATACTGTTGTAATCTTGCATTTTTCAAACCTCCAATCTCGGGGCAATT	120802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144530	CAATACTGTTGTAATCTTGCATTTTTCAAACCTCCAATCTCGGGGCAATT	144579

C  CR391993.14	120801	TCCAAACGGTGATCTGTGCCTTAGAAACAACTTGTCTTTAGTATTCTTTT	120752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144580	TCCAAACGGTGATCTGTGCCTTAGAAACAACTTGTCTTTAGTATTCTTTT	144629

C  CR391993.14	120751	CTCTCTGCAGCCATTACAAAACACAAATGCTAGACTACTCTTTGGCACCT	120702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144630	CTCTCTGCAGCCATTACAAAACACAAATGCTAGACTACTCTTTGGCACCT	144679

C  CR391993.14	120701	GTACAGTAAGTATGAGCCAGAAATTCATATTTCAATCACTATTTGAATTC	120652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX072569.6	144680	GTACAGTAAGTATGAGCCAGAAATTCATATTTCAATCACTATTTGAATTC	144729

Overview

Query
CR391993.14 - 122651 bps
Hit
BX072569.6 - 144729 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019572000120652122651-11427301447291
295.72986116647755940160619617881
395.2298111863306334248160619617891
495.5395211218625587375160670617891
595.2553063069337562161788624191
695.83347940563522539280161788658301
795.81339139478835292298161788657541
896.79101511401630917448-177690788411
984.024981080120939122018-185013861071
1089.312962116115503117618-197735998551
1189.6121819547624278195-197896998561
1289.44107016703761139280-11223591240051
1387.42289550398725392291-11224451273951
1487.97145024213474837168-11244191268051
1585.75648123863257562-11257111269311
1686.0151996248165777-11273961283531
1786.265249508626287211-11273961283411
1886.525319513313034080-11274001283411
1981.264918379318095016-11423121441141
2095.795186188132881945-11441131447291
Short-link