<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR626890.8	1	ATTATTGAGAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCGATGAGTAGCTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168666	ATTATTGAGAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCGATGAGTAGCTTT	168715

CR626890.8	51	TCAGATCCTGAACCATGCAAGCCAGTGGCGACAACGGAGAGGAAAAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168716	TCAGATCCTGAACCATGCAAGCCAGTGGCGACAACGGAGAGGAAAAAAAA	168765

CR626890.8	101	ATTAACCAATAGGAGAGTGAAAAAAAAAACCTTGAGAGAACCAGACTTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168766	ATTAACCAATAGGAGAGTGAAAAAAAAAACCTTGAGAGAACCAGACTTAG	168815

CR626890.8	151	TTGGGCATATTCATTTTAATTTCTCCACTGGCCAAAAGTCTTGTGCAGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168816	TTGGGCATATTCATTTTAATTTCTCCACTGGCCAAAAGTCTTGTGCAGAG	168865

CR626890.8	201	CTGCAGTCTCAGCAGTGGAGGCTGGAAGCTGGCCTCAGGGAAGACTCGTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168866	CTGCAGTCTCAGCAGTGGAGGCTGGAAGCTGGCCTCAGGGAAGACTCGTC	168915

CR626890.8	251	TGTCCCTGAAACGTCACTGGAATCGGTCTCATACTCTCCATTCCCCCATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168916	TGTCCCTGAAACGTCACTGGAATCGGTCTCATACTCTCCATTCCCCCATA	168965

CR626890.8	301	ACCAACAGCGCAGCAGCAGCTCAGGATACGGCCTGGTCCCGGATTTGGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	168966	ACCAACAGCGCAGCAGCAGCTCAGGATACGGCCTGGTCCCGGATTTGGAC	169015

CR626890.8	351	ACCTTGGGATCATCTCGTCGCTGGTCTTGGGTCCAATCAGTGACTCTGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169016	ACCTTGGGATCATCTCGTCGCTGGTCTTGGGTCCAATCAGTGACTCTGCA	169065

CR626890.8	401	TAATCTGAGCACCTCGGGATGAGTATCCTCAGGTGGAAATGGAGAATAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169066	TAATCTGAGCACCTCGGGATGAGTATCCTCAGGTGGAAATGGAGAATAAA	169115

CR626890.8	451	GAGAATAATTTGCGTAGATGCTGTTCATAGTGTATATAAATAAGATGTAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169116	GAGAATAATTTGCGTAGATGCTGTTCATAGTGTATATAAATAAGATGTAC	169165

CR626890.8	501	AAACTTGTGTGGAAACCCGCTAAGTGATGCATTGAGTGTATGCTTTACTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169166	AAACTTGTGTGGAAACCCGCTAAGTGATGCATTGAGTGTATGCTTTACTA	169215

CR626890.8	551	AACAGATAGGTCTTTAATCTAGTTTTGAACTGAGAGAGTGTGTCTGAGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169216	AACAGATAGGTCTTTAATCTAGTTTTGAACTGAGAGAGTGTGTCTGAGCC	169265

CR626890.8	601	TCAGACATTATCAGGAAGGCTATAGAGTTTATTAGCCATAAAGGAGAAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169266	TCAGACATTATCAGGAAGGCTATAGAGTTTATTAGCCATAAAGGAGAAGG	169315

CR626890.8	651	CTCTACCTCCCTTACTTGACTTTGCTATTCTAGGTACTACCAGAAGCCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169316	CTCTACCTCCCTTACTTGACTTTGCTATTCTAGGTACTACCAGAAGCCCT	169365

CR626890.8	701	GAGTTTTGAGATCTTAAAGAGCGAGCTGGATTGTAGCGAGACAGAAGGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169366	GAGTTTTGAGATCTTAAAGAGCGAGCTGGATTGTAGCGAGACAGAAGGTT	169415

CR626890.8	751	GGTTAGATGAACAGGAGCTAGATTAATTAGAGCTTTATAGGTGAGAAGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169416	GGTTAGATGAACAGGAGCTAGATTAATTAGAGCTTTATAGGTGAGAAGTA	169465

CR626890.8	801	ATATTTTAAATTCAATACAAAACTTAACAGGCTGCCAGTGTAGGGAGGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169466	ATATTTTAAATTCAATACAAAACTTAACAGGCTGCCAGTGTAGGGAGGAT	169515

CR626890.8	851	AAAATTAGGGTGATATGATCATATTTTCTAGACCTGGTAACTTTACTGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169516	AAAATTAGGGTGATATGATCATATTTTCTAGACCTGGTAACTTTACTGTG	169565

CR626890.8	901	AACTCACTCTGAACAGATCATTTGAACCAATGAGTTGTTTATTAAAGACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169566	AACTCACTCTGAACAGATCATTTGAACCAATGAGTTGTTTATTAAAGACT	169615

CR626890.8	951	CACTCTGAATAGTTTGATTCAGTGAGTTGTTTACTGGACACTACTTCCGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169616	CACTCTGAATAGTTTGATTCAGTGAGTTGTTTACTGGACACTACTTCCGA	169665

CR626890.8	1001	ACAGATTATTTGAATCAGTGGTTTGTTTACAGGAAACCTATTCTGAATAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169666	ACAGATTATTTGAATCAGTGGTTTGTTTACAGGAAACCTATTCTGAATAG	169715

CR626890.8	1051	ATCCTTAGAATCAGTGAGTTGTATACTTGAGACTCACTCTGAACAGATCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169716	ATCCTTAGAATCAGTGAGTTGTATACTTGAGACTCACTCTGAACAGATCA	169765

CR626890.8	1101	TTTGAATCAGTGGTTTGTTTACAGGAAACCTATTCTGAATGAATCCTTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169766	TTTGAATCAGTGGTTTGTTTACAGGAAACCTATTCTGAATGAATCCTTTG	169815

CR626890.8	1151	AATCAGTGAGTTGTTAACTGGAAAATCCCTCTGAATGCATCACTTGGATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169816	AATCAGTGAGTTGTTAACTGGAAAATCCCTCTGAATGCATCACTTGGATC	169865

CR626890.8	1201	AGTGTGTTGTTGACTAATAAAAAGAAGTCAGTCCAACTCACTAATAATCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169866	AGTGTGTTGTTGACTAATAAAAAGAAGTCAGTCCAACTCACTAATAATCG	169915

CR626890.8	1251	TTCAGTGCCATGTGTGAGCCAATTTAACAGGTTAACTGATCAAATTCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169916	TTCAGTGCCATGTGTGAGCCAATTTAACAGGTTAACTGATCAAATTCAGC	169965

CR626890.8	1301	TTGTTCACAAACTAAACACCATTATCTCATCACTCCACTCCAATTCAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	169966	TTGTTCACAAACTAAACACCATTATCTCATCACTCCACTCCAATTCAAGC	170015

CR626890.8	1351	TGAGGGAAACAATCTGTGTTAAGGCACCTCTGCTCTGTTATTATTTCATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170016	TGAGGGAAACAATCTGTGTTAAGGCACCTCTGCTCTGTTATTATTTCATC	170065

CR626890.8	1401	ATGCATTGGACCATCCAGTAACAAGCTGTGTGTGTGAGACAGGGCTTGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170066	ATGCATTGGACCATCCAGTAACAAGCTGTGTGTGTGAGACAGGGCTTGAG	170115

CR626890.8	1451	ATAACAAATCATCAGAAAGAATTTCTATTGTTACTCTGAATTGTGTATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170116	ATAACAAATCATCAGAAAGAATTTCTATTGTTACTCTGAATTGTGTATTT	170165

CR626890.8	1501	GCACTGAATTGTGTATTTGCACTGTGGCAATTTGATCAGATTTAATACTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170166	GCACTGAATTGTGTATTTGCACTGTGGCAATTTGATCAGATTTAATACTC	170215

CR626890.8	1551	ATCTGGACCAGCTGGAATTGCCTGAAGACCAGCAGTCACAGGTCAGGCTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170216	ATCTGGACCAGCTGGAATTGCCTGAAGACCAGCAGTCACAGGTCAGGCTG	170265

CR626890.8	1601	ATCATTCGGAAAATCATCTGATTCTGGACTTCCTTGATTGTAGATCTTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170266	ATCATTCGGAAAATCATCTGATTCTGGACTTCCTTGATTGTAGATCTTAA	170315

CR626890.8	1651	ATGTGACAGGAAGTTTTTTAAATAACTAAAAGAAGAAAGTCATATATACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170316	ATGTGACAGGAAGTTTTTTAAATAACTAAAAGAAGAAAGTCATATATACC	170365

CR626890.8	1701	TAGGATGCATTGAGGGTGATTAAATCATGGACTAATTTGTGGGTGAACTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170366	TAGGATGCATTGAGGGTGATTAAATCATGGACTAATTTGTGGGTGAACTA	170415

CR626890.8	1751	AGCCTTTCATTCTCTGAGTTTTAATCCATAAGTTGTCAGTGATGTTGTCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170416	AGCCTTTCATTCTCTGAGTTTTAATCCATAAGTTGTCAGTGATGTTGTCC	170465

CR626890.8	1801	ACGAGGACACTGATTGGACAGTTTGGACAAAGAGATTTCAGTGGGTTTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170466	ACGAGGACACTGATTGGACAGTTTGGACAAAGAGATTTCAGTGGGTTTCA	170515

CR626890.8	1851	GCAGACAGGATGGATTCACTGAGCTGATCAACATCATTCCTCTGGATGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170516	GCAGACAGGATGGATTCACTGAGCTGATCAACATCATTCCTCTGGATGCA	170565

CR626890.8	1901	CAATAATGTCTCAGATTATAATCTCGGTCTTACTGTTTGGAAGTTACATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170566	CAATAATGTCTCAGATTATAATCTCGGTCTTACTGTTTGGAAGTTACATA	170615

CR626890.8	1951	AAGCCGCGAATGAATTTAATGCCATGCAGCTTTAGGTTTAATGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072563.7	170616	AAGCCGCGAATGAATTTAATGCCATGCAGCTTTAGGTTTAATGTGAATTC	170665

Overview

Query
CR626890.8 - 211127 bps
Hit
BX072563.7 - 170665 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196820001200011686661706651
283.22135295106107106401121390216991
386.47175301181307181607-121399217011
485.291652983166331960121403217011
598.82118171177542177712122473226411
682.47162372156206156577154639550031
786.06181335119237119571154640549691
890.881582424712247363197687979271
990.641892964706847363198922992201
1083.71323581336213719-1997631001301
1178.72116348106878107225-11266471269891
1284.37174352119242119593-11266511269891
1391.74518720152286153005-11299321306451
1495.46281331151514151844-11309251312541
1581.1312530411928711959011393931396941
1680.8412331215625715656811393931397001
1785.1516330217480017510111543811546831
1893.781172118112081330-11549821551901
1998.83120173177540177712-11550001551701
20100122164177545177708-11553441555071
Short-link