<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX682535.3	1	CATTTTGGAGTTCATAACCTAAAGCAGAAACTCACATGGTTGAAATGTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108002	CATTTTGGAGTTCATAACCTAAAGCAGAAACTCACATGGTTGAAATGTCA	108051

BX682535.3	51	CTTTCCCAAAGGATTGTTATTAGTGTATCATTTAGATTGTCTTGCAAAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108052	CTTTCCCAAAGGATTGTTATTAGTGTATCATTTAGATTGTCTTGCAAAAG	108101

BX682535.3	101	TCTCATTTGTTGTTTTTTCTAAATGGCTGCTAATCTTTTAAATTAACAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108102	TCTCATTTGTTGTTTTTTCTAAATGGCTGCTAATCTTTTAAATTAACAGA	108151

BX682535.3	151	TAGAGGGCCAGGCACGGTGGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTCTGGGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108152	TAGAGGGCCAGGCACGGTGGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTCTGGGAG	108201

BX682535.3	201	GCTGAGGCAGTCGGATCACTTGAGGCCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108202	GCTGAGGCAGTCGGATCACTTGAGGCCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCC	108251

BX682535.3	251	AACATGGTGAAACCCTGTCTGTACTAAAAATACAAAAATTAGCTCGGCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108252	AACATGGTGAAACCCTGTCTGTACTAAAAATACAAAAATTAGCTCGGCAT	108301

BX682535.3	301	AGTGGCACACGTCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCAGAGGCATAAGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108302	AGTGGCACACGTCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCAGAGGCATAAGAA	108351

BX682535.3	351	TTGCTTGAACCCGGCAAGCGGAGGTTCCAGCAAGCAGAGATTGTGCCATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108352	TTGCTTGAACCCGGCAAGCGGAGGTTCCAGCAAGCAGAGATTGTGCCATT	108401

BX682535.3	401	GCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCATTGCTCTGTCCACCTCCCAAAAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108402	GCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCATTGCTCTGTCCACCTCCCAAAAATG	108451

BX682535.3	451	TAGTTAATTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108452	TAGTTAATTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	108501

BX682535.3	501	TTTTTTTTTGAGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108502	TTTTTTTTTGAGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAG	108551

BX682535.3	551	TGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108552	TGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATT	108601

BX682535.3	601	CTCCTGCCTCAGCCTCACAAGTAGCTGGGATTACAGGTGGCTACCACCAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108602	CTCCTGCCTCAGCCTCACAAGTAGCTGGGATTACAGGTGGCTACCACCAC	108651

BX682535.3	651	GCTTAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108652	GCTTAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTC	108701

BX682535.3	701	GCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGACCTTAAGCGATCCCCCTGCCTCGGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108702	GCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGACCTTAAGCGATCCCCCTGCCTCGGCC	108751

BX682535.3	751	TCCCAAAGTGCCGGGATTACAAGCATGAGCCACTGCGCCCGGCCAACTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108752	TCCCAAAGTGCCGGGATTACAAGCATGAGCCACTGCGCCCGGCCAACTTT	108801

BX682535.3	801	CAATGTTAATTAGTTGTGGTTTGTTTAACCATATACTGCATAGTTTCGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108802	CAATGTTAATTAGTTGTGGTTTGTTTAACCATATACTGCATAGTTTCGCT	108851

BX682535.3	851	TATCTATAATAACAGTAGTTTGGGGCTCTTATATTCTAATAATTAAGACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108852	TATCTATAATAACAGTAGTTTGGGGCTCTTATATTCTAATAATTAAGACT	108901

BX682535.3	901	TTAGCTGTGTACACATTGCAATTAAAGTATGAGTCATGCATAACCTTATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108902	TTAGCTGTGTACACATTGCAATTAAAGTATGAGTCATGCATAACCTTATC	108951

BX682535.3	951	ACCAAGATACAAGAGGGAAAGCCCTTCTCCCCTTAAACTTTTACAAAGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	108952	ACCAAGATACAAGAGGGAAAGCCCTTCTCCCCTTAAACTTTTACAAAGGT	109001

BX682535.3	1001	TCTGGGTTCTTTTTCCACTTAAGTGGGAAAAAGTCAGCTAATGAGGAACG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109002	TCTGGGTTCTTTTTCCACTTAAGTGGGAAAAAGTCAGCTAATGAGGAACG	109051

BX682535.3	1051	TAAAGTCTTTGGCCTCATCTAAAGGTGCTTTGGCCCGCAAGTGTGAGAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109052	TAAAGTCTTTGGCCTCATCTAAAGGTGCTTTGGCCCGCAAGTGTGAGAAG	109101

BX682535.3	1101	CACTGACCGCTGGGAAGTCCTCACTGCCTGGTTCCTGGACTCTTACACCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109102	CACTGACCGCTGGGAAGTCCTCACTGCCTGGTTCCTGGACTCTTACACCA	109151

BX682535.3	1151	TGGCAGAGGCCATCTTCCCTCCCAATGCAGAGTGATATCCAGATAGCGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109152	TGGCAGAGGCCATCTTCCCTCCCAATGCAGAGTGATATCCAGATAGCGAG	109201

BX682535.3	1201	CTGGCTAGCAGCTGTCCACTCTCCAGCAATCCTGCCTTCTGGGGCATGGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109202	CTGGCTAGCAGCTGTCCACTCTCCAGCAATCCTGCCTTCTGGGGCATGGT	109251

BX682535.3	1251	TTTCTAAGGACCTTCCTGTTCCTAGATGATCAAAATTGGGACCAGCCACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109252	TTTCTAAGGACCTTCCTGTTCCTAGATGATCAAAATTGGGACCAGCCACT	109301

BX682535.3	1301	CCCTTCTGAGCCACTCCTGCCTCTGGGCCTGTGGCTATGTCACAGTCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109302	CCCTTCTGAGCCACTCCTGCCTCTGGGCCTGTGGCTATGTCACAGTCCAG	109351

BX682535.3	1351	TCACAACAGGACATCCCTTCAGAACACCCTGCAGGAAGCTGACATCTCTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109352	TCACAACAGGACATCCCTTCAGAACACCCTGCAGGAAGCTGACATCTCTA	109401

BX682535.3	1401	TGCAGACTCACACATGCACGGTGTGTGCACAGGCCTTTGGTTCTACTTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109402	TGCAGACTCACACATGCACGGTGTGTGCACAGGCCTTTGGTTCTACTTCA	109451

BX682535.3	1451	GGAGGTGTTGGGGGAGGCTCACTAGTCCAACAGAACTTGAGGCCAGTTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109452	GGAGGTGTTGGGGGAGGCTCACTAGTCCAACAGAACTTGAGGCCAGTTGT	109501

BX682535.3	1501	ACCAGTGTCATATCCCAGGAGCCAAGGTTACAAGGGATACAAAGTGCCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109502	ACCAGTGTCATATCCCAGGAGCCAAGGTTACAAGGGATACAAAGTGCCCA	109551

BX682535.3	1551	GACCTACCAGAGAAGGCAAACCCCTACAGCATGCAGGGCTAGACAGGGGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109552	GACCTACCAGAGAAGGCAAACCCCTACAGCATGCAGGGCTAGACAGGGGC	109601

BX682535.3	1601	AAGAAACAAGGTCATTCTGGGCCAGCAAGAAGAGGGAAAGGGAAATGACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109602	AAGAAACAAGGTCATTCTGGGCCAGCAAGAAGAGGGAAAGGGAAATGACA	109651

BX682535.3	1651	GGCATACCTCGGAGATACTGAAGATTTGTTTCCAGACCATAGCAACAAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109652	GGCATACCTCGGAGATACTGAAGATTTGTTTCCAGACCATAGCAACAAAG	109701

BX682535.3	1701	TGAGTCACACAAACTTTTTAGTTTCCTATTGTGCATAAAAGTTATGTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109702	TGAGTCACACAAACTTTTTAGTTTCCTATTGTGCATAAAAGTTATGTTTG	109751

BX682535.3	1751	TACTATATTGTAGTCTGTTAAGTGTACAGTAGCATTGTGTACAAAAAACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109752	TACTATATTGTAGTCTGTTAAGTGTACAGTAGCATTGTGTACAAAAAACT	109801

BX682535.3	1801	GTGTATATACTTAATGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109802	GTGTATATACTTAATGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGT	109851

BX682535.3	1851	GCCACGATTTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGAGTTCAAGCCATTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109852	GCCACGATTTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGAGTTCAAGCCATTC	109901

BX682535.3	1901	TCCTGCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCATCACCATGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109902	TCCTGCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCATCACCATGC	109951

BX682535.3	1951	CCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCATGTTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005439.8	109952	CCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCATGTTGGCC	110001

Overview

Query
BX682535.3 - 4340 bps
Hit
BX005439.8 - 110001 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link