<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR387993.5	1	GTTGAACAAACCTCATCGTGATATATTCCACCCAAAAGGTCCTGGCAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241511	GTTGAACAAACCTCATCGTGATATATTCCACCCAAAAGGTCCTGGCAGAA	241560

CR387993.5	51	TGGAAACAGAAATATGAAGAAGGTCAGGCAGAGCTGGAAGGTGCCCAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241561	TGGAAACAGAAATATGAAGAAGGTCAGGCAGAGCTGGAAGGTGCCCAGAA	241610

CR387993.5	101	AGAAGCTCGTTCACTCAGCACTGAGCTGTTCAAGATGAAGAACTCCTATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241611	AGAAGCTCGTTCACTCAGCACTGAGCTGTTCAAGATGAAGAACTCCTATG	241660

CR387993.5	151	AGGAGACTCTGGATCAGCTGGAGACCCTCAAGAGAGAGAACAAGAATCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241661	AGGAGACTCTGGATCAGCTGGAGACCCTCAAGAGAGAGAACAAGAATCTG	241710

CR387993.5	201	CAGCGTAAGAATCAAATATTAAGAATAAACATGTGTGATAAATGAATGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241711	CAGCGTAAGAATCAAATATTAAGAATAAACATGTGTGATAAATGAATGTT	241760

CR387993.5	251	CTTTATGATACAGAGGATGATTTTTCATTTTACAGAGGAGATTTCAGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241761	CTTTATGATACAGAGGATGATTTTTCATTTTACAGAGGAGATTTCAGATC	241810

CR387993.5	301	TGACAGAGCAGATAGGTGAGACTGGTAAGAGCATCCATGAGCTGGAAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241811	TGACAGAGCAGATAGGTGAGACTGGTAAGAGCATCCATGAGCTGGAAAAG	241860

CR387993.5	351	GCCAAGAAGACAGTGGAGACTGAGAAGGCAGAGATTCAGACCGCCCTAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241861	GCCAAGAAGACAGTGGAGACTGAGAAGGCAGAGATTCAGACCGCCCTAGA	241910

CR387993.5	401	AGAGGCTGAAGTGAGTATATGGAGATTTAGAATTGTTTCTAGGACTTTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241911	AGAGGCTGAAGTGAGTATATGGAGATTTAGAATTGTTTCTAGGACTTTTT	241960

CR387993.5	451	ATGTTTGTTTTAATATGTCTTACTGCTTTTTTTCCCCTAAAAATGAAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	241961	ATGTTTGTTTTAATATGTCTTACTGCTTTTTTTCCCCTAAAAATGAAAAT	242010

CR387993.5	501	GTTGTTTTTATTTGACATAGGGCACCCTGGAGCATGAGGAGTCCAAGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242011	GTTGTTTTTATTTGACATAGGGCACCCTGGAGCATGAGGAGTCCAAGATT	242060

CR387993.5	551	CTTCGTGTCCAGCTTGAGCTAAACCAGGTCAAGGGTGAGATCGACAGGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242061	CTTCGTGTCCAGCTTGAGCTAAACCAGGTCAAGGGTGAGATCGACAGGAA	242110

CR387993.5	601	GCTTGCAGAGAAGGATGAGGAGATAGAGCAGATCAAGAGGAACAGTCAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242111	GCTTGCAGAGAAGGATGAGGAGATAGAGCAGATCAAGAGGAACAGTCAGA	242160

CR387993.5	651	GAGTTACTGAAGCCATGCAGAGCACTCTGGACTCTGAAGTCAGAAGCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242161	GAGTTACTGAAGCCATGCAGAGCACTCTGGACTCTGAAGTCAGAAGCAGG	242210

CR387993.5	701	AATGATGCTCTCAGAATCAAGAAGAAGATGGAGGGAGACCTTAATGAGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242211	AATGATGCTCTCAGAATCAAGAAGAAGATGGAGGGAGACCTTAATGAGAT	242260

CR387993.5	751	GGAGATTCAGCTGAGCCATGCCAATCGCCAGGCAGCTGAGGCCCAGAAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242261	GGAGATTCAGCTGAGCCATGCCAATCGCCAGGCAGCTGAGGCCCAGAAAC	242310

CR387993.5	801	AGCTCAGAAATGTTCAGGCACAACTCAAAGTATGACTTCTCCTTAGCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242311	AGCTCAGAAATGTTCAGGCACAACTCAAAGTATGACTTCTCCTTAGCTTT	242360

CR387993.5	851	AGGTGTATTAATATGTTTGTCAATTTTAAGCTATGTGCTTACACAAAGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242361	AGGTGTATTAATATGTTTGTCAATTTTAAGCTATGTGCTTACACAAAGCA	242410

CR387993.5	901	CACAGAAAGCCTTTTGTAAAGATGTTGTTATGTTCAGGATGCCCAGCTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242411	CACAGAAAGCCTTTTGTAAAGATGTTGTTATGTTCAGGATGCCCAGCTGC	242460

CR387993.5	951	ACCTTGATGATGCCGTGAGAGGACAGGAAGACATGAAGGAGCAGGTGGCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242461	ACCTTGATGATGCCGTGAGAGGACAGGAAGACATGAAGGAGCAGGTGGCC	242510

CR387993.5	1001	ATGGTGGAGCGCAGAAACACTCTGATGCAGTCTGAGATTGAAGAGCTGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242511	ATGGTGGAGCGCAGAAACACTCTGATGCAGTCTGAGATTGAAGAGCTGAG	242560

CR387993.5	1051	AGCTGCTCTGGAGCAGACAGAGAGAGGACGCAAAGTGGCTGAACAAGAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242561	AGCTGCTCTGGAGCAGACAGAGAGAGGACGCAAAGTGGCTGAACAAGAGC	242610

CR387993.5	1101	TGGTGGACGCCAGTGAGCGTGTTGGACTGCTGCACTCTCAGGTAAAAGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242611	TGGTGGACGCCAGTGAGCGTGTTGGACTGCTGCACTCTCAGGTAAAAGCT	242660

CR387993.5	1151	CATTATGTTTACATTGAAAGTAAGGTAATTTTGAGCTTCCTTATACACAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242661	CATTATGTTTACATTGAAAGTAAGGTAATTTTGAGCTTCCTTATACACAT	242710

CR387993.5	1201	TCATATTGTTGCTTCTATGTTGTAGAACACAAGTCTTTTAAACACCAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242711	TCATATTGTTGCTTCTATGTTGTAGAACACAAGTCTTTTAAACACCAAGA	242760

CR387993.5	1251	AGAAGCTTGAGAGTGACCTTGTTCAGATCCAGGGTGAAGTTGAAGACACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242761	AGAAGCTTGAGAGTGACCTTGTTCAGATCCAGGGTGAAGTTGAAGACACT	242810

CR387993.5	1301	GTACAGGAAGCCAGAAATGCAGAGGAGAAGGCCAAGAAGGCCATCACTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242811	GTACAGGAAGCCAGAAATGCAGAGGAGAAGGCCAAGAAGGCCATCACTGA	242860

CR387993.5	1351	TGTGAGCAACAGAAATTGTCAAATATAGCACCAAGGACTGGTACACTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242861	TGTGAGCAACAGAAATTGTCAAATATAGCACCAAGGACTGGTACACTTAT	242910

CR387993.5	1401	AAAATATGAATCTAATAAGTTTCTGTATACTTTCAAAAGGCTGCAATGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242911	AAAATATGAATCTAATAAGTTTCTGTATACTTTCAAAAGGCTGCAATGAT	242960

CR387993.5	1451	GGCAGAGGAGCTGAAGAAGGAGCAGGACACCAGTGCTCACCTTGAGAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	242961	GGCAGAGGAGCTGAAGAAGGAGCAGGACACCAGTGCTCACCTTGAGAGGA	243010

CR387993.5	1501	TGAAGAAGAATCTGGAAATCACAGTGAAGGACCTGCAGCACCGTCTGGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243011	TGAAGAAGAATCTGGAAATCACAGTGAAGGACCTGCAGCACCGTCTGGAT	243060

CR387993.5	1551	GAGGCTGAGAATCTGGCCATGAAGGGAGGAAAGAAACAACTCCAGAAACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243061	GAGGCTGAGAATCTGGCCATGAAGGGAGGAAAGAAACAACTCCAGAAACT	243110

CR387993.5	1601	GGAGTCTAGAGTAAGCAGGATTTTAATCTTGTGTCATTATCTATCATTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243111	GGAGTCTAGAGTAAGCAGGATTTTAATCTTGTGTCATTATCTATCATTAT	243160

CR387993.5	1651	TATATAAATAGTATGTAATTTTGGAACATCCTAGAATATTTTGGAAAGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243161	TATATAAATAGTATGTAATTTTGGAACATCCTAGAATATTTTGGAAAGTC	243210

CR387993.5	1701	AACACATATGTTGAGAAAAGTAAGTTTAATAATGTTACCTATTTAGGTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243211	AACACATATGTTGAGAAAAGTAAGTTTAATAATGTTACCTATTTAGGTTC	243260

CR387993.5	1751	GTGAGCTTGAGAGTGAAGTTGAGGCAGAGCAGAGACGTGGAGCTGATGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243261	GTGAGCTTGAGAGTGAAGTTGAGGCAGAGCAGAGACGTGGAGCTGATGCT	243310

CR387993.5	1801	GTTAAAGGCGTCCGCAAATATGAGAGGAGAGTCAAGGAGCTCACCTACCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243311	GTTAAAGGCGTCCGCAAATATGAGAGGAGAGTCAAGGAGCTCACCTACCA	243360

CR387993.5	1851	GGTAAAGACATCTGAGTAAAAGTTGCTATCAAATTAACATAAAATTAAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243361	GGTAAAGACATCTGAGTAAAAGTTGCTATCAAATTAACATAAAATTAAAG	243410

CR387993.5	1901	AATGTTAAAAGTTTAAATTACATTAATCTATGTTTGCTGTATGCAGACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243411	AATGTTAAAAGTTTAAATTACATTAATCTATGTTTGCTGTATGCAGACTG	243460

CR387993.5	1951	AAGAGGACAAGAAGAACATCAACAGACTGCAGGATCTGGTTGATAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005415.5	243461	AAGAGGACAAGAAGAACATCAACAGACTGCAGGATCTGGTTGATAAGCTT	243510

Overview

Query
CR387993.5 - 54332 bps
Hit
BX005415.5 - 243510 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195620001200012415112435101
285.64325063833613442516-12179712243441
388.3529074877159652084112179732229101
491.647781111208612197112230412241281
589.05142223225135453675-12244562268201
690.5896514293426335691-12246042260571
789.2313892225229662519012246042268201
893.1122216171161712252122268201
988.84197053200432708-12261242268201
1092.173795233137431896-12270232275331
1190.213375105073451243-12270232275431
1285.69345668253062597312270262277101
1391.75392548159291647612324212329531
1490.943565034201242514-12324572329531
1581.4532968985164742545812344732434051
1685.81304558733613642008-12344782403071
1791.747801111208612197112390022400901
1893.5377710073466535671-12409312419361
1989.39149923875112253508-12409312433711
2085.6753210723163732708-12424362435101
Short-link