<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005371.20	1	AAGCTTCTGAAAACAAAAAGCATACGGTAATTCTTTTCATTTATATTGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147193	AAGCTTCTGAAAACAAAAAGCATACGGTAATTCTTTTCATTTATATTGGG	147242

BX005371.20	51	TCATTTATTAAGTATCTGTACTGTATATGACATGGGCCTGCCAGTTAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147243	TCATTTATTAAGTATCTGTACTGTATATGACATGGGCCTGCCAGTTAGAA	147292

BX005371.20	101	CTTTCTAAAGTGGTTTACATGTGTTAAATTGTAAAAGTAGACTTAAAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147293	CTTTCTAAAGTGGTTTACATGTGTTAAATTGTAAAAGTAGACTTAAAAAA	147342

BX005371.20	151	ATAATAATAATAAATAAATAAATATCCTACTTAATAATAATAAGAATCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147343	ATAATAATAATAAATAAATAAATATCCTACTTAATAATAATAAGAATCAT	147392

BX005371.20	201	CATCATCACCATCATTAATATTATTATTAAAGTAGCATTTTTTTATTTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147393	CATCATCACCATCATTAATATTATTATTAAAGTAGCATTTTTTTATTTCT	147442

BX005371.20	251	AATAAATAATTAATATTACATTTCATTTTATAATAAATAGCCTTTATTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147443	AATAAATAATTAATATTACATTTCATTTTATAATAAATAGCCTTTATTAT	147492

BX005371.20	301	TTATTTATTTTTATGATTTATATGATATTAGAATACGTGTTAGCTTTTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147493	TTATTTATTTTTATGATTTATATGATATTAGAATACGTGTTAGCTTTTGT	147542

BX005371.20	351	AAGTGATATGTTTTAGAATAGAATGTGTAATGTTCAACTTCTCAATAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147543	AAGTGATATGTTTTAGAATAGAATGTGTAATGTTCAACTTCTCAATAATA	147592

BX005371.20	401	TTAGTAAAGCAAACATTAGCCCTGTTTGTGTCATTTACATATATTTCAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147593	TTAGTAAAGCAAACATTAGCCCTGTTTGTGTCATTTACATATATTTCAGT	147642

BX005371.20	451	TATTATAGAAAGCGAGTGCATATTTTTACCAAATCTAATATTGAATTCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147643	TATTATAGAAAGCGAGTGCATATTTTTACCAAATCTAATATTGAATTCTA	147692

BX005371.20	501	TTGTAAATGCGTGTGCGTGTATAATTTGCACAAATAAATTAAGTTTCTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147693	TTGTAAATGCGTGTGCGTGTATAATTTGCACAAATAAATTAAGTTTCTTT	147742

BX005371.20	551	TCTCTAAAGTAGTTTAGAGCATCATTACGGGCATTTTATCATAATTATAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147743	TCTCTAAAGTAGTTTAGAGCATCATTACGGGCATTTTATCATAATTATAA	147792

BX005371.20	601	CTAACCTGGTTTAAGCGATGGATCTGCGACAGAGAAACTACAGGTTTTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147793	CTAACCTGGTTTAAGCGATGGATCTGCGACAGAGAAACTACAGGTTTTGG	147842

BX005371.20	651	AAAACACTCGTCACTACATCATTCTTTTCTCAAACGATGCATCAGACTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147843	AAAACACTCGTCACTACATCATTCTTTTCTCAAACGATGCATCAGACTTT	147892

BX005371.20	701	TATAGTTTAGCCGTGAGTTACTTCGTTGTTTGGGAAACGCAGCCCAGACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147893	TATAGTTTAGCCGTGAGTTACTTCGTTGTTTGGGAAACGCAGCCCAGACC	147942

BX005371.20	751	ATCAGTTTCCAGTCATGCTGAGGTGCGAGTCCCATTTCTCCACAGGCCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147943	ATCAGTTTCCAGTCATGCTGAGGTGCGAGTCCCATTTCTCCACAGGCCCC	147992

BX005371.20	801	AGTCTAATCTGCAAAAGACAAAAACAAGACTAACAAAGCTCTACTTGCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	147993	AGTCTAATCTGCAAAAGACAAAAACAAGACTAACAAAGCTCTACTTGCTG	148042

BX005371.20	851	GATGATCTGCATCAATAAACCAAACGTTCTCCAGTGTTCCTCAGATAAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148043	GATGATCTGCATCAATAAACCAAACGTTCTCCAGTGTTCCTCAGATAAAT	148092

BX005371.20	901	ATTCACCATTTTGCTTGTGAGTCTGACTCTTCTGCCTGTTGAAGTTGTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148093	ATTCACCATTTTGCTTGTGAGTCTGACTCTTCTGCCTGTTGAAGTTGTAA	148142

BX005371.20	951	ATAATAGCCACAGACAATACATATATCTAACAATCTATGCCCACCACCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148143	ATAATAGCCACAGACAATACATATATCTAACAATCTATGCCCACCACCAC	148192

BX005371.20	1001	CCCCTTCCACTTGGAAGGACATCCATCCATGCACCTATTCATCTACCTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148193	CCCCTTCCACTTGGAAGGACATCCATCCATGCACCTATTCATCTACCTTT	148242

BX005371.20	1051	AAAGGATATTCCTGACCATCAGTGTCCATTGCTGAGGTGTGTGATTCCTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148243	AAAGGATATTCCTGACCATCAGTGTCCATTGCTGAGGTGTGTGATTCCTA	148292

BX005371.20	1101	TTTGTCTCCACATGCTGCACTCCAGCCTGGAAAAGATAAAGACACAACTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148293	TTTGTCTCCACATGCTGCACTCCAGCCTGGAAAAGATAAAGACACAACTA	148342

BX005371.20	1151	ACAGAGCTCTACATGCTTGCTGAACTCCAGAAATGCATAAACTGTTAACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148343	ACAGAGCTCTACATGCTTGCTGAACTCCAGAAATGCATAAACTGTTAACC	148392

BX005371.20	1201	AGCGGTTTTCAGACAAATTTCCACAGATGCTCTTGTGAGTCTCCTTCTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148393	AGCGGTTTTCAGACAAATTTCCACAGATGCTCTTGTGAGTCTCCTTCTTC	148442

BX005371.20	1251	TGTCTGTTGTGTGTCCATTACAGGAAAAAGAAACACCTGCCGCAAACAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148443	TGTCTGTTGTGTGTCCATTACAGGAAAAAGAAACACCTGCCGCAAACAAG	148492

BX005371.20	1301	ACATTTATCTGGCTTAAAGAGATTCCAGACAATCATCTAGTATGTACAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148493	ACATTTATCTGGCTTAAAGAGATTCCAGACAATCATCTAGTATGTACAAA	148542

BX005371.20	1351	TGAAAGTATATGATTTTAAATGTTTTATAAAGTTAATTTGATTCAACCTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148543	TGAAAGTATATGATTTTAAATGTTTTATAAAGTTAATTTGATTCAACCTA	148592

BX005371.20	1401	AAAAAGTGTAAGTCTGTATCTAATTTATTACGATGCACTTGTCATTACTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148593	AAAAAGTGTAAGTCTGTATCTAATTTATTACGATGCACTTGTCATTACTA	148642

BX005371.20	1451	AGGTGCGTTTCCCTGTTCCTCCACATGCTCCATGCCAACCTGTCAAAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148643	AGGTGCGTTTCCCTGTTCCTCCACATGCTCCATGCCAACCTGTCAAAGAG	148692

BX005371.20	1501	AAAGATATCAGGTCGTTATTTTATCTCAATAGATTTCTTTGAAAGCAAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148693	AAAGATATCAGGTCGTTATTTTATCTCAATAGATTTCTTTGAAAGCAAAC	148742

BX005371.20	1551	TCCAATTTTCAGTCTTTTCAAGCAGTTCTACCTGCTTCCTGAGCTCCAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148743	TCCAATTTTCAGTCTTTTCAAGCAGTTCTACCTGCTTCCTGAGCTCCAGG	148792

BX005371.20	1601	TCTTGCAGTATATCTCCACCATTCCACTTGTGAGTCTCCTTCTTCTGCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148793	TCTTGCAGTATATCTCCACCATTCCACTTGTGAGTCTCCTTCTTCTGCTC	148842

BX005371.20	1651	CACTCCAATCTGCAAACAAACAAAGACAGCCCCAAGTGCACAGTCCACAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148843	CACTCCAATCTGCAAACAAACAAAGACAGCCCCAAGTGCACAGTCCACAC	148892

BX005371.20	1701	TTCTTTTAAACGGTTAAATAAGAGCATCATCCGTGAATTTAAAGTGAACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148893	TTCTTTTAAACGGTTAAATAAGAGCATCATCCGTGAATTTAAAGTGAACT	148942

BX005371.20	1751	TAATCTTTTTAAAATAAAAGAATATTGTCAGTGCAATAGCCTTGTGGTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148943	TAATCTTTTTAAAATAAAAGAATATTGTCAGTGCAATAGCCTTGTGGTCA	148992

BX005371.20	1801	ATGCGCTGACATATGCTGCAGTAGCACAATAGGGCGTCCCGAGTTCGAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	148993	ATGCGCTGACATATGCTGCAGTAGCACAATAGGGCGTCCCGAGTTCGAAA	149042

BX005371.20	1851	CCCAGCTCAAAGACAATTCCCAACCCTACACCCTTCTCTCTCTCCCACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	149043	CCCAGCTCAAAGACAATTCCCAACCCTACACCCTTCTCTCTCTCCCACTT	149092

BX005371.20	1901	CGTTTCCTGTCTCATTACTGTCCTATCTAATAAAGGCAAAAAAGCCGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	149093	CGTTTCCTGTCTCATTACTGTCCTATCTAATAAAGGCAAAAAAGCCGAAA	149142

BX005371.20	1951	AAAAAAAGAATATTTCAGTGTGAACACACTACTTACACCATTTACACTAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005413.7	149143	AAAAAAAGAATATTTCAGTGTGAACACACTACTTACACCATTTACACTAC	149192

Overview

Query
BX005371.20 - 159186 bps
Hit
BX005413.7 - 149192 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192920001200011471931491921
296.3112384144362914243577-129128435161
395.46369445522317927730129128336201
492.48724998442812337966133657435161
591.1149337083124816131898134684417481
697.4464047091124816131906-136449435111
798.0976008246116570124815-150900591471
898.0675818234133705141938150900591471
997.3461836901108926115826-161655685301
1096.860476889142682149570161655685301
1190.87460366702951336182-178382850401
1290.845636687125185131871-178382850401
1396.4579566793091737595178382850401
1496.6746575262126609131870178382836421
1596.2637234417108926113342-11131891175741
1697.463120348414608714957011141011175741
1788.79344254753070636180-11247431302761
1888.7534505498126372131869-11247431302761
1995.5246525483309193640111247431302761
2096.7634333986101560105545-11451851491921
2196.753434399015295415694311451851491921
Short-link