<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005067.6	160693	CAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGTAATTGTGCTAACCACTACGCCA	160742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1	CAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGTAATTGTGCTAACCACTACGCCA	50

BX005067.6	160743	TCATGCTGCCTCATACTATTTTATTTTACCTGAACTTTCTCTCCTGTAAT	160792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	51	TCATGCTGCCTCATACTATTTTATTTTACCTGAACTTTCTCTCCTGTAAT	100

BX005067.6	160793	TTATCAGTGCTTTATAAAAAAGTTTTTGTTCATTTGTTTTTGTTCACCAT	160842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	101	TTATCAGTGCTTTATAAAAAAGTTTTTGTTCATTTGTTTTTGTTCACCAT	150

BX005067.6	160843	CAAGTACAGAAAGAGATATTTTCCTCAAAATAAATTACCTGTCCTAAAAA	160892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	151	CAAGTACAGAAAGAGATATTTTCCTCAAAATAAATTACCTGTCCTAAAAA	200

BX005067.6	160893	GAACAACATCTCCAATGGCTTTGCATTCCCAAACATGCTTGTAAATTGTT	160942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	201	GAACAACATCTCCAATGGCTTTGCATTCCCAAACATGCTTGTAAATTGTT	250

BX005067.6	160943	TCAGTGGCGGAATGGATAGACTCTGGAACGAAGCCACGCTGGAAATGCCT	160992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	251	TCAGTGGCGGAATGGATAGACTCTGGAACGAAGCCACGCTGGAAATGCCT	300

BX005067.6	160993	GCTACACTCTGAATTCAGATTAACATATAAATTAAAAGCATTGCACACAG	161042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	301	GCTACACTCTGAATTCAGATTAACATATAAATTAAAAGCATTGCACACAG	350

BX005067.6	161043	GGCACTTAGAGAGACTTCCTGTCACAAATTAATCAGCAAGCTGGAAGCCT	161092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	351	GGCACTTAGAGAGACTTCCTGTCACAAATTAATCAGCAAGCTGGAAGCCT	400

BX005067.6	161093	CAAGGTCTCCGGCTGCCCAGAGGATTCTCAGCCTCTCAATCTCAAGCAGA	161142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	401	CAAGGTCTCCGGCTGCCCAGAGGATTCTCAGCCTCTCAATCTCAAGCAGA	450

BX005067.6	161143	GCAGCGCTTCTGAGTCATGCTTTGCCTGACGGTTTTACTCTGCAGAAATG	161192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	451	GCAGCGCTTCTGAGTCATGCTTTGCCTGACGGTTTTACTCTGCAGAAATG	500

BX005067.6	161193	TGCTTGGGTTTTTTTGACACGCGAAAAGTAGACGCAGCCATATGGACCCA	161242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	501	TGCTTGGGTTTTTTTGACACGCGAAAAGTAGACGCAGCCATATGGACCCA	550

BX005067.6	161243	CTCGGACCTGATGGTCAGGTGCCCTGCCAGCTTTGGCTTCAGATGCCTGT	161292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	551	CTCGGACCTGATGGTCAGGTGCCCTGCCAGCTTTGGCTTCAGATGCCTGT	600

BX005067.6	161293	GAGGTTTGTGCGCAGCTTTTCCCACAACGAAAATGGGCACATCATTCCAT	161342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	601	GAGGTTTGTGCGCAGCTTTTCCCACAACGAAAATGGGCACATCATTCCAT	650

BX005067.6	161343	CCTGGAGAACGTCACCGTTTGAAAATCAAAAAATTCTGATTTGGAATCAT	161392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	651	CCTGGAGAACGTCACCGTTTGAAAATCAAAAAATTCTGATTTGGAATCAT	700

BX005067.6	161393	TGATTTGACATCAACCTTCTGTTCTGTCCGATAATGTAGGCACACTTAGT	161442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	701	TGATTTGACATCAACCTTCTGTTCTGTCCGATAATGTAGGCACACTTAGT	750

BX005067.6	161443	AAATATGAGCAAATAACACTAGGAAGAAAATGTCTTCTGTGTTTAATCTT	161492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	751	AAATATGAGCAAATAACACTAGGAAGAAAATGTCTTCTGTGTTTAATCTT	800

BX005067.6	161493	TTGATCTTATGTTCAAAATATTAACAGGAAGTAAAACTTAATATGCCTGA	161542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	801	TTGATCTTATGTTCAAAATATTAACAGGAAGTAAAACTTAATATGCCTGA	850

BX005067.6	161543	GTTTGTTTTTGGATGAGAGTAGTGGCTTTTTTCTTTCAGAACTTTAAGTC	161592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	851	GTTTGTTTTTGGATGAGAGTAGTGGCTTTTTTCTTTCAGAACTTTAAGTC	900

BX005067.6	161593	ATTATGTGATGATGTCGACTTTAAGACACAGACTCAATTAACTTCTGCAG	161642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	901	ATTATGTGATGATGTCGACTTTAAGACACAGACTCAATTAACTTCTGCAG	950

BX005067.6	161643	TTCTCCAGCTTTGGTTGGTGGACATTGTTTGTCTGCAGTAAATATAATTG	161692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	951	TTCTCCAGCTTTGGTTGGTGGACATTGTTTGTCTGCAGTAAATATAATTG	1000

BX005067.6	161693	TTTCAGTGATAAGACAAACACGTCATCTGTCAGGCTGAATTATCAACTTA	161742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1001	TTTCAGTGATAAGACAAACACGTCATCTGTCAGGCTGAATTATCAACTTA	1050

BX005067.6	161743	GTTGATGGGAGTTTCTTAGTATTGCCTTCATGGTGTAAATGGGTATTTTT	161792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1051	GTTGATGGGAGTTTCTTAGTATTGCCTTCATGGTGTAAATGGGTATTTTT	1100

BX005067.6	161793	AGTGTTTTTGCTTTGGGTGTTTTCTTGTAGTCATGCCCCATTTTGTAAAG	161842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1101	AGTGTTTTTGCTTTGGGTGTTTTCTTGTAGTCATGCCCCATTTTGTAAAG	1150

BX005067.6	161843	GTCAACAACCTCTTGATACAAATCGCAGCTCTGTTCTTTGGTCTTGCCCA	161892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1151	GTCAACAACCTCTTGATACAAATCGCAGCTCTGTTCTTTGGTCTTGCCCA	1200

BX005067.6	161893	TTGTGGTGAATGCATAAGGGTGTATTCACTACAGCAAAGTCTGTTAGTTA	161942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1201	TTGTGGTGAATGCATAAGGGTGTATTCACTACAGCAAAGTCTGTTAGTTA	1250

BX005067.6	161943	CTTGCTTATAGACCAAACATGATGTTGATTCTCTTGTTTGGTGCAGTTCA	161992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1251	CTTGCTTATAGACCAAACATGATGTTGATTCTCTTGTTTGGTGCAGTTCA	1300

BX005067.6	161993	CTTTAACACCACCCTTTGGCAAGTAAACACATTCACACCTGTGTGAGCCA	162042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1301	CTTTAACACCACCCTTTGGCAAGTAAACACATTCACACCTGTGTGAGCCA	1350

BX005067.6	162043	TCGATTGAACAGTAATACTTTTGCTCCCTTGGCATAGAGTCTGCCATGCA	162092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1351	TCGATTGAACAGTAATACTTTTGCTCCCTTGGCATAGAGTCTGCCATGCA	1400

BX005067.6	162093	ACCCTTAGCTTTCAAAAGAACCAACAAACTCTTGCTGTAGCTCTCAATAC	162142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1401	ACCCTTAGCTTTCAAAAGAACCAACAAACTCTTGCTGTAGCTCTCAATAC	1450

BX005067.6	162143	ATTTTTTAGTGGGGTTTGTTAGTGGTGGTTTACTGGAGAGCATGGCTGAT	162192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1451	ATTTTTTAGTGGGGTTTGTTAGTGGTGGTTTACTGGAGAGCATGGCTGAT	1500

BX005067.6	162193	GGTTGAATAGCAACTGCAGACGCCATTGATGGAAAAATCAAGCTAGGGAT	162242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1501	GGTTGAATAGCAACTGCAGACGCCATTGATGGAAAAATCAAGCTAGGGAT	1550

BX005067.6	162243	TTCTGCAAATGTGTCAGATAGAGGTCGGATCATTAAACTACTTTAAATGA	162292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1551	TTCTGCAAATGTGTCAGATAGAGGTCGGATCATTAAACTACTTTAAATGA	1600

BX005067.6	162293	TCCACACCATAGTTTATTTGGAAGCAGACCTAACTAATGTGCGAATTATA	162342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1601	TCCACACCATAGTTTATTTGGAAGCAGACCTAACTAATGTGCGAATTATA	1650

BX005067.6	162343	CATTGACTATTAGGGGGGTCAAGTTTTTTAGTTTTGCTCTGTAATATGCC	162392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1651	CATTGACTATTAGGGGGGTCAAGTTTTTTAGTTTTGCTCTGTAATATGCC	1700

BX005067.6	162393	TCAGTGAACCAAATGTATATATTTAATTCAATTACATCTAGTTTATTTGA	162442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1701	TCAGTGAACCAAATGTATATATTTAATTCAATTACATCTAGTTTATTTGA	1750

BX005067.6	162443	GGAATATTATAGGTGGTTATCAAAGACATGTATGATATTAAGTAAACAAA	162492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1751	GGAATATTATAGGTGGTTATCAAAGACATGTATGATATTAAGTAAACAAA	1800

BX005067.6	162493	GACATGTTTGCTTTCCTGAACCAATTTATGGAAGACCATAAAAGACTGCA	162542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1801	GACATGTTTGCTTTCCTGAACCAATTTATGGAAGACCATAAAAGACTGCA	1850

BX005067.6	162543	CACATTTTTTATTTTATATTACTGTTTAACCTTCATATGTAAGCCAGTAT	162592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1851	CACATTTTTTATTTTATATTACTGTTTAACCTTCATATGTAAGCCAGTAT	1900

BX005067.6	162593	ATAATAAAATATAAACTAAGCATCTAGTTTTACAGACACCAACAAACGCT	162642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1901	ATAATAAAATATAAACTAAGCATCTAGTTTTACAGACACCAACAAACGCT	1950

BX005067.6	162643	TACACTGTCTGTTGGTGCTTTAGATTTGCTGGTTTCAAACTGTTGAATTC	162692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005411.8	1951	TACACTGTCTGTTGGTGCTTTAGATTTGCTGGTTTCAAACTGTTGAATTC	2000

Overview

Query
BX005067.6 - 162692 bps
Hit
BX005411.8 - 119148 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195720001606931626921120001
287.821332336472164953114963152001
381.971122992699527293-115265155691
481.34120360147930148289-115265156391
592.721602063072630931-115447156521
684.51416883107863108745126250271461
776.8358293115328115620-132427327281
888.131842972699527291147193474871
979.73942856713067414147206475011
1086.4960114160528160641-147242473521
1185.6183344116099116442152726530791
1283.1692195118571118765152876530711
1382.1575188160532160719152876530711
1489.87941482699527142-154458546051
1585.4867125116336116460172152722751
1688.6278124118667118790172152722741
1787.131913373073931075-177588779211
1896.271161342700527138-177716778491
1987.8711206713067249-177724778461
2077.3466312147979148290-191217915161
2192.3179104118682118785-198576986791
2289.1166101116340116440-198590986901
2393.91921153096931083-198729988431
2494.9260118582755839211171661172831
Short-link