<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL807239.5	210702	GAATTCACTTAGTCAGTTGTATATTAACTACAGATACATTTAGATTGTGA	210653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144286	GAATTCACTTAGTCAGTTGTATATTAACTACAGATACATTTAGATTGTGA	144335

C  AL807239.5	210652	AAATGGTTGTTTTCTGTTGTCTCTATTTAAGGTGAGAAATCTGTCATCCA	210603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144336	AAATGGTTGTTTTCTGTTGTCTCTATTTAAGGTGAGAAATCTGTCATCCA	144385

C  AL807239.5	210602	CAGAAAAAAAAAAAAAACAATTAGCAAGATTTCCACTTGAACCAAGAAAA	210553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144386	CAGAAAAAAAAAAAAAACAATTAGCAAGATTTCCACTTGAACCAAGAAAA	144435

C  AL807239.5	210552	TTAATGAATGAGAAACTGAAACGAATTCTATTGCATTGTATTGCTGTCTT	210503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144436	TTAATGAATGAGAAACTGAAACGAATTCTATTGCATTGTATTGCTGTCTT	144485

C  AL807239.5	210502	TACTGCAGATGAAGTTGGTATGATCTTCATTTGTCAAATAAAAAATTTCA	210453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144486	TACTGCAGATGAAGTTGGTATGATCTTCATTTGTCAAATAAAAAATTTCA	144535

C  AL807239.5	210452	GACATTTACACAAGTGGTGCACAATAATGCATATGTTTGACACAGTGGAA	210403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144536	GACATTTACACAAGTGGTGCACAATAATGCATATGTTTGACACAGTGGAA	144585

C  AL807239.5	210402	GCCCTACTAGGAAACACCCATACACTCTCGCATTGACACACACACAAATA	210353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144586	GCCCTACTAGGAAACACCCATACACTCTCGCATTGACACACACACAAATA	144635

C  AL807239.5	210352	AGGCAAATGCTGTTATTCCAATTCACCAATACTGCATACTATACTGCATG	210303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144636	AGGCAAATGCTGTTATTCCAATTCACCAATACTGCATACTATACTGCATG	144685

C  AL807239.5	210302	TCTTTAAACTGTGGGGGAAATGGGATCCCTCAGAGGAAACCCACACAAAC	210253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144686	TCTTTAAACTGTGGGGGAAATGGGATCCCTCAGAGGAAACCCACACAAAC	144735

C  AL807239.5	210252	AAGAAAGAACATGCAAACCCCACACAGAAATGCCACCTGGACCAGCCGGG	210203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144736	AAGAAAGAACATGCAAACCCCACACAGAAATGCCACCTGGACCAGCCGGG	144785

C  AL807239.5	210202	TCTCGAACCAACAACCTTCTTTGCTTAAAGGCGACAGTGCTAACCAATGA	210153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144786	TCTCGAACCAACAACCTTCTTTGCTTAAAGGCGACAGTGCTAACCAATGA	144835

C  AL807239.5	210152	GCCACCAAGCAGCCCTTATTTGTAACTTATAATCAATTAAAAGGCAGTAT	210103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144836	GCCACCAAGCAGCCCTTATTTGTAACTTATAATCAATTAAAAGGCAGTAT	144885

C  AL807239.5	210102	GGATATCAATTTAAAACCACCCAGTAGGTGGCGGCAGGACACAGTCTCAT	210053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144886	GGATATCAATTTAAAACCACCCAGTAGGTGGCGGCAGGACACAGTCTCAT	144935

C  AL807239.5	210052	TCAAAGGAACAAAAGGAAAAAAAAAACATTAATGGATGAGTTAATTATCA	210003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144936	TCAAAGGAACAAAAGGAAAAAAAAAACATTAATGGATGAGTTAATTATCA	144985

C  AL807239.5	210002	ATGAAGGAACTGAATGCATGACATTGCATTGACATGCGTACCAGGTAATA	209953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	144986	ATGAAGGAACTGAATGCATGACATTGCATTGACATGCGTACCAGGTAATA	145035

C  AL807239.5	209952	TGAAATATAATGAGATTTTTACTCATACTGAAACATTTGTATACAATAAA	209903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145036	TGAAATATAATGAGATTTTTACTCATACTGAAACATTTGTATACAATAAA	145085

C  AL807239.5	209902	TATGTATATTCATAACAGCATCAAAGTAAAAATAAATTCATTCATTCTTT	209853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145086	TATGTATATTCATAACAGCATCAAAGTAAAAATAAATTCATTCATTCTTT	145135

C  AL807239.5	209852	CATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCGTTTATTAATCAGGGGCTGTCACAGCGA	209803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145136	CATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCGTTTATTAATCAGGGGCTGTCACAGCGA	145185

C  AL807239.5	209802	AATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGCAGACACCCTTC	209753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145186	AATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGCAGACACCCTTC	145235

C  AL807239.5	209752	CAGCTGCTACCCATCACTGGGAAACACCCATGCACACTCATTCCCAAACA	209703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145236	CAGCTGCTACCCATCACTGGGAAACACCCATGCACACTCATTCCCAAACA	145285

C  AL807239.5	209702	TACACTATGGACAATTTAGCTTTCCCAATTCATCTATACCACATGTCTTT	209653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145286	TACACTATGGACAATTTAGCTTTCCCAATTCATCTATACCACATGTCTTT	145335

C  AL807239.5	209652	GGACTTGTAGGGGTAACCGAAGTACCTGGAGGAAACCCACAAGAACACCG	209603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145336	GGACTTGTAGGGGTAACCGAAGTACCTGGAGGAAACCCACAAGAACACCG	145385

C  AL807239.5	209602	GGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCAAACTGACCCAGCCGAGACT	209553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145386	GGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCAAACTGACCCAGCCGAGACT	145435

C  AL807239.5	209552	CGAACCAGTAACCTTCTAGCTTTGAGGTGATAGTGCTACCCACTGTGGCA	209503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145436	CGAACCAGTAACCTTCTAGCTTTGAGGTGATAGTGCTACCCACTGTGGCA	145485

C  AL807239.5	209502	CCCAGATACCCCAAAGTAAGAATATATTGCAAATATATTCTTTCCTTGAT	209453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145486	CCCAGATACCCCAAAGTAAGAATATATTGCAAATATATTCTTTCCTTGAT	145535

C  AL807239.5	209452	AAACAATAGCTTACTCCTATCGATGTCAGTCATGTGATCTTGTGCAGAGG	209403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145536	AAACAATAGCTTACTCCTATCGATGTCAGTCATGTGATCTTGTGCAGAGG	145585

C  AL807239.5	209402	TTAATGTGCAATGAATATTTTTAAAAATTTAAATTGTGGGCACTTGTGAT	209353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145586	TTAATGTGCAATGAATATTTTTAAAAATTTAAATTGTGGGCACTTGTGAT	145635

C  AL807239.5	209352	CCATTTACTGCATTTGGAGCTGTTTTTTAGTTATTTAAAATCAGTCATGT	209303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145636	CCATTTACTGCATTTGGAGCTGTTTTTTAGTTATTTAAAATCAGTCATGT	145685

C  AL807239.5	209302	CCCTGTCAGAGCTCCAATTCTCCAGTTTATTTATTTAGCTTTTTATTTTA	209253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145686	CCCTGTCAGAGCTCCAATTCTCCAGTTTATTTATTTAGCTTTTTATTTTA	145735

C  AL807239.5	209252	ATGTAACCATTATTGATGGCGTTATAGCTTGTAAGTGTCTGCTTTTATAT	209203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145736	ATGTAACCATTATTGATGGCGTTATAGCTTGTAAGTGTCTGCTTTTATAT	145785

C  AL807239.5	209202	TTGATGTGGTTTCTTTTTTAAATAAATTCTATTCATTATCTATTCCTTCT	209153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145786	TTGATGTGGTTTCTTTTTTAAATAAATTCTATTCATTATCTATTCCTTCT	145835

C  AL807239.5	209152	GCTATTTATACTTTGACTTTGCATTTCAATTTATACTTTGATTGCACCTA	209103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145836	GCTATTTATACTTTGACTTTGCATTTCAATTTATACTTTGATTGCACCTA	145885

C  AL807239.5	209102	ACTTGCAAATTAGAAAACCATTCAACACAAATCCATACATTTCTCCTTTC	209053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145886	ACTTGCAAATTAGAAAACCATTCAACACAAATCCATACATTTCTCCTTTC	145935

C  AL807239.5	209052	TGGCTGTTCTTTCCCTGAAGGGATTCTGTAGAAGCATGTCTCATGTCGTT	209003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145936	TGGCTGTTCTTTCCCTGAAGGGATTCTGTAGAAGCATGTCTCATGTCGTT	145985

C  AL807239.5	209002	TAGTAACGCTATATCTTATTGCACCACAATTATAATTTTTTTTTTTGCCT	208953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	145986	TAGTAACGCTATATCTTATTGCACCACAATTATAATTTTTTTTTTTGCCT	146035

C  AL807239.5	208952	AAAAAATATAAATTACTCAGCCCATGACTTGGTAGTCATCTGGAGACAGC	208903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	146036	AAAAAATATAAATTACTCAGCCCATGACTTGGTAGTCATCTGGAGACAGC	146085

C  AL807239.5	208902	AATGTTCTGACCAACAGGAGCACGTTACCTTAATGGCGTGACAACATGTA	208853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	146086	AATGTTCTGACCAACAGGAGCACGTTACCTTAATGGCGTGACAACATGTA	146135

C  AL807239.5	208852	AAAAACTATCAATTCTTAATAACCTGAGAAAATATAATAATTTTCAAACT	208803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	146136	AAAAACTATCAATTCTTAATAACCTGAGAAAATATAATAATTTTCAAACT	146185

C  AL807239.5	208802	CATAAAGCAGTTCAGTGTTGAAAAAGAAACATTTTGACACATGCCTAACA	208753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	146186	CATAAAGCAGTTCAGTGTTGAAAAAGAAACATTTTGACACATGCCTAACA	146235

C  AL807239.5	208752	ATTAAACATGTTAAATCACAAAATGCAATAATATTTTTAGTTGTAAATTT	208703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005409.10	146236	ATTAAACATGTTAAATCACAAAATGCAATAATATTTTTAGTTGTAAATTT	146285

Overview

Query
AL807239.5 - 210702 bps
Hit
BX005409.10 - 146285 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019342000208703210702-11442861462851
293.59170234125805126038-117477177101
386.141513137327573587124507248091
492.138031139143482144620-125435265531
590.091222195430054518125960261811
689.948141237197045198281-127858290791
790.51131797331573493150815509931
882.151323229698297303-165618659251
981.4164408153376153783193356937531
1083.582686068741688021-193810944181
1191.46117163137268137430-193875940381
1288.845879578645387409-194502954421
1387.7481014088486686273-195608970011
1489.55132202136467136668198837990371
1584.64376754136732137485199058998061
1682.011604341538581542911998011002281
1791.6531048514378214426611354011358791
1891.251252115430854518-11354831356991
1984.6214931714429114460711358801361911
2076.4520393115337915430911390531399651
2189.3357692820182920275611390731400191
Short-link