<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2003 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  AL935335.5	2003	CTCTGTTCTCAAACTCAATAAACATGTTTGTAATTGACTGAAGCAAAACT	1954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1	CTCTGTTCTCAAACTCAATAAACATGTTTGTAATTGACTGAAGCAAAACT	50

C  AL935335.5	1953	TCTGACAGCAATAAGTGCATTAACATGATACTCAGGAGAACTAGTACCAC	1904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	51	TCTGACAGCAATAAGTGCATTAACATGATACTCAGGAGAACTAGTACCAC	100

C  AL935335.5	1903	AAAAAAGGTATCCTTACATTTGAATGTACTGTACTAACTTTCCTGACACC	1854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	101	AAAAAAGGTATCCTTACATTTGAATGTACTGTACTAACTTTCCTGACACC	150

C  AL935335.5	1853	ACTAAAAGAACACACAAACCTGTTAAACTCATAGATGTCCTCGATGTTGC	1804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	151	ACTAAAAGAACACACAAACCTGTTAAACTCATAGATGTCCTCGATGTTGC	200

C  AL935335.5	1803	AGAAGAGGGTGCTGACCTCTTCGGGTTTGAGCGGCAAGTCGCCACAGTCA	1754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	201	AGAAGAGGGTGCTGACCTCTTCGGGTTTGAGCGGCAAGTCGCCACAGTCA	250

C  AL935335.5	1753	ATAATGCAGCCAAGATAGTCCTGAGAGAGAGAAACAGAGAGATTGAGCAT	1704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	251	ATAATGCAGCCAAGATAGTCCTGAGAGAGAGAAACAGAGAGATTGAGCAT	300

C  AL935335.5	1703	CAATGACCTCACTGAAATCATTACCAGCATTTTCACACTTGCATTTATTT	1654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	301	CAATGACCTCACTGAAATCATTACCAGCATTTTCACACTTGCATTTATTT	350

C  AL935335.5	1653	TGCTTTGTTAGTGATTCAGAAACCCCTTGTGAGGCCAGTGAAGTTAGTGA	1604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	351	TGCTTTGTTAGTGATTCAGAAACCCCTTGTGAGGCCAGTGAAGTTAGTGA	400

C  AL935335.5	1603	AACACCTCGACTCCATCACTTTTTCCATAGTAAACACTGAGCTGATTCAT	1554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	401	AACACCTCGACTCCATCACTTTTTCCATAGTAAACACTGAGCTGATTCAT	450

C  AL935335.5	1553	AATTCATCGACTAAATAGAGGCTTTAAACGAGACCTTCGCAGCAGGACGT	1504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	451	AATTCATCGACTAAATAGAGGCTTTAAACGAGACCTTCGCAGCAGGACGT	500

C  AL935335.5	1503	GACTCTCACCCCCAAATGATCTCTTGACACTAAAAATCGCTGTAACGTAA	1454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	501	GACTCTCACCCCCAAATGATCTCTTGACACTAAAAATCGCTGTAACGTAA	550

C  AL935335.5	1453	TTACTGTGAACGCCACACTTGAGCCTCTCAATGATCTTCAGTGTAAACAT	1404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	551	TTACTGTGAACGCCACACTTGAGCCTCTCAATGATCTTCAGTGTAAACAT	600

C  AL935335.5	1403	ACAAAGCGGGACAGGAAAGAAAAGCATGCAGCCTAATACGGTGGTTAAAA	1354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	601	ACAAAGCGGGACAGGAAAGAAAAGCATGCAGCCTAATACGGTGGTTAAAA	650

C  AL935335.5	1353	GGAGCCTCTTTAAAAATATTTATCTTTTCTCTCTCTGCTCTTTCACCTCT	1304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	651	GGAGCCTCTTTAAAAATATTTATCTTTTCTCTCTCTGCTCTTTCACCTCT	700

C  AL935335.5	1303	GACCCTGAAAAAAGTCATAATCTGCTCTCATGAGAAAAGCATCTCATCAT	1254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	701	GACCCTGAAAAAAGTCATAATCTGCTCTCATGAGAAAAGCATCTCATCAT	750

C  AL935335.5	1253	CATGCCATGTAAAATACTGGCTGGTTCTAGCCTCCTGCTGAGGAGCGCAG	1204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	751	CATGCCATGTAAAATACTGGCTGGTTCTAGCCTCCTGCTGAGGAGCGCAG	800

C  AL935335.5	1203	AAGCAGGGGGTCTCCGGATTGTCTGAAGTTTGGAGTGGTATAGGGTGGTT	1154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	801	AAGCAGGGGGTCTCCGGATTGTCTGAAGTTTGGAGTGGTATAGGGTGGTT	850

C  AL935335.5	1153	TCACTGGGTTAAAGTTTAAGTGAGATCTGGGTCACAAGGAGACACTTAAA	1104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	851	TCACTGGGTTAAAGTTTAAGTGAGATCTGGGTCACAAGGAGACACTTAAA	900

C  AL935335.5	1103	TTGGAAGTGAACTGGGATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGT	1054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	901	TTGGAAGTGAACTGGGATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGT	950

C  AL935335.5	1053	CGTTGTTTTAAAAGCCAAAAGACAAAATAACAAATGAGGCAAAAAAATGA	1004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	951	CGTTGTTTTAAAAGCCAAAAGACAAAATAACAAATGAGGCAAAAAAATGA	1000

C  AL935335.5	1003	GGATATGGCAATATGTGTTACCTTTTTTTGTTAATCAATTAAACTCAACA	954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1001	GGATATGGCAATATGTGTTACCTTTTTTTGTTAATCAATTAAACTCAACA	1050

C  AL935335.5	953	CACTTGAAGCAATAATAGGTGCACAGAACAAAACAAATAAATTAAAAAGT	904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1051	CACTTGAAGCAATAATAGGTGCACAGAACAAAACAAATAAATTAAAAAGT	1100

C  AL935335.5	903	CACCATGTGAAAATGTGCAAAAGGGAACAAAACACACTATCTTGCACACT	854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1101	CACCATGTGAAAATGTGCAAAAGGGAACAAAACACACTATCTTGCACACT	1150

C  AL935335.5	853	ATCAGTACTTGCTCTAGGAATATTTTAGTATATATGACGTTTCTGTCCCA	804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1151	ATCAGTACTTGCTCTAGGAATATTTTAGTATATATGACGTTTCTGTCCCA	1200

C  AL935335.5	803	TGACCTTCACCAGACATAAGACATTTATTTTTTTATTTTGAAAAAAAAAA	754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1201	TGACCTTCACCAGACATAAGACATTTATTTTTTTATTTTGAAAAAAAAAA	1250

C  AL935335.5	753	AAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	704
			||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1251	AAAAAAAAAA---ATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1297

C  AL935335.5	703	TATATATATATATATATATATATATATATTCAAGCAAAGATGCATCACAT	654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1298	TATATATATATATATATATATATATATATTCAAGCAAAGATGCATCACAT	1347

C  AL935335.5	653	TAAACATTGTCTTTTATTAGTCCATTTTGATAATTTTGTAAATCTTAATT	604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1348	TAAACATTGTCTTTTATTAGTCCATTTTGATAATTTTGTAAATCTTAATT	1397

C  AL935335.5	603	TTGATACAGGTTTTGTATATTGTATATTATATGGGGCATAAGAAAAAGAC	554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1398	TTGATACAGGTTTTGTATATTGTATATTATATGGGGCATAAGAAAAAGAC	1447

C  AL935335.5	553	ATGTGTTTGGACAAAAAAATCAGTTTCTTGACCACACTTCGTTATTATTG	504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1448	ATGTGTTTGGACAAAAAAATCAGTTTCTTGACCACACTTCGTTATTATTG	1497

C  AL935335.5	503	CTCATTTATTAATTTGCAGGAAATTACAACTGAATTTTGAAATAGTTTTG	454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1498	CTCATTTATTAATTTGCAGGAAATTACAACTGAATTTTGAAATAGTTTTG	1547

C  AL935335.5	453	AAACAAATCTTTGTGCTAAACAAACTAAATTAAATATGTAGGCTAATGGA	404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1548	AAACAAATCTTTGTGCTAAACAAACTAAATTAAATATGTAGGCTAATGGA	1597

C  AL935335.5	403	TGTCTTCAGCAGACTGTGTACAACACTGTTTCCTTACTTTATTAAAGTAA	354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1598	TGTCTTCAGCAGACTGTGTACAACACTGTTTCCTTACTTTATTAAAGTAA	1647

C  AL935335.5	353	AGGAGTAAAGTAAAGACTCTTTACTCCTTTACTAAAGAGTAAAGAAAAGA	304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1648	AGGAGTAAAGTAAAGACTCTTTACTCCTTTACTAAAGAGTAAAGAAAAGA	1697

C  AL935335.5	303	AGAAAATAAAGAGGCCGAATGGAGGAGTCTCGTTCTTTGTCCTCATGATG	254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1698	AGAAAATAAAGAGGCCGAATGGAGGAGTCTCGTTCTTTGTCCTCATGATG	1747

C  AL935335.5	253	GTCTGTTAAACTGTTTTCTTATCAGTGAAGCATTCAAGTTTTTTACCAAC	204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1748	GTCTGTTAAACTGTTTTCTTATCAGTGAAGCATTCAAGTTTTTTACCAAC	1797

C  AL935335.5	203	AAAGTCTGCCATGTAAATAGCAAATGTGCCATAGTGTGATGCAACTGACC	154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1798	AAAGTCTGCCATGTAAATAGCAAATGTGCCATAGTGTGATGCAACTGACC	1847

C  AL935335.5	153	CAAGAGAATGAGAGATGAGACTCTGATTGGTTTAATGCACATTATACTTA	104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1848	CAAGAGAATGAGAGATGAGACTCTGATTGGTTTAATGCACATTATACTTA	1897

C  AL935335.5	103	AAACACACCCATAACTCAATAAGAGAATAAGCACAACCCTGTCAGACCAT	54
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1898	AAACACACCCATAACTCAATAAGAGAATAAGCACAACCCTGTCAGACCAT	1947

C  AL935335.5	53	GTGCCGGGGCGCAAATCATATTTTTCCATCCTTAAAATAGCAAAAGTGAA	4
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1948	GTGCCGGGGCGCAAATCATATTTTTCCATCCTTAAAATAGCAAAAGTGAA	1997

C  AL935335.5	3	TTC	1
			|||
  BX005374.5	1998	TTC	2000

Compact alignment

skip 1250 bps 100% identity alignment

C  AL935335.5	753	AAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	704
			||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005374.5	1251	AAAAAAAAAA---ATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1297

skip 703 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL935335.5 - 197549 bps
Hit
BX005374.5 - 204318 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2003 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.851915200312003-1120001
282.16132327193544193870111711120351
383.61111240129679129918-111798120351
482.25100248193566193813-126658269051
591.23120171145082145252139992401621
695.311061272047320599-140033401601
787.09162292144961145252141091413691
883.02153425106505106929165304657391
986.45157332142458142789-165304656501
1083.071975398270883246-165306658721
1185.98202415122595123009-165324657511
1288.461001788298783164166167663481
1384.93108238122757122994166167664051
1485.77110236142521142756166168664061
1586.21128241145012145252-182400826311
1687.5344976749585724-186984877371
1784.4312926013098413124311033911036471
1886.4312322319356119378311068241070441
1979100318193593193910-11123111126291
2084.114428513932613961011319451322271
2181.1511031519356019387411382341385461
2283.71131278130966131243-11383321386011
2392.4711114614510714525211384521385971
2484.3529261849585575-11523001529061
Short-link