<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX255954.13	162973	CCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTCGGCGGTTTATTTCTCTGTGG	163022
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1	CCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTCGGCGGTTTATTTCTCTGTGG	50

BX255954.13	163023	CCACCCCAGATTAAAAAAGGGAAGTTGAAAATATAATGAACGAATACTAA	163072
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	51	CCACCCCAGATTAAAAAAGGGAAGTTGAAAATATAATGAACGAATACTAA	100

BX255954.13	163073	TTACTAATAATAATAATAGAAATCAGTACTATTAGTTTGTGGCTTATTAA	163122
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	101	TTACTAATAATAATAATAGAAATCAGTACTATTAGTTTGTGGCTTATTAA	150

BX255954.13	163123	GATATTGGCTGTATAATAGTACTTTTAAAGTACATGATCTTGCATGATCT	163172
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	151	GATATTGGCTGTATAATAGTACTTTTAAAGTACATGATCTTGCATGATCT	200

BX255954.13	163173	TATTCTACATCTTTAATCTTCACTACTACCTTAATAACTATTAAAAAGTA	163222
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	201	TATTCTACATCTTTAATCTTCACTACTACCTTAATAACTATTAAAAAGTA	250

BX255954.13	163223	GCGAATTAAGAGTTTGTTGAAGCAAACTTGATTATTAATAGTTTATAACT	163272
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	251	GCGAATTAAGAGTTTGTTGAAGCAAACTTGATTATTAATAGTTTATAACT	300

BX255954.13	163273	AGTGATAATTGTACCTTAGCCTTAACCAGCAATAGACACTTATTTTAGTA	163322
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	301	AGTGATAATTGTACCTTAGCCTTAACCAGCAATAGACACTTATTTTAGTA	350

BX255954.13	163323	ACATTTAAATCTTACCGACCCCAAATATGTGTACAGTATGTGTGTATTGA	163372
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	351	ACATTTAAATCTTACCGACCCCAAATATGTGTACAGTATGTGTGTATTGA	400

BX255954.13	163373	TGATCTGAAAGCATAGTTTAGATCCTAAAGCTACAGTACAGCATCAATAA	163422
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	401	TGATCTGAAAGCATAGTTTAGATCCTAAAGCTACAGTACAGCATCAATAA	450

BX255954.13	163423	GGTGAAATAGACATAAATGGATCATATTATATATTATTTTGCTAAAAAGC	163472
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	451	GGTGAAATAGACATAAATGGATCATATTATATATTATTTTGCTAAAAAGC	500

BX255954.13	163473	ACCTAACAAATACATTTATAGTGTGCAAATGATTATATCGCATTTTGTGC	163522
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	501	ACCTAACAAATACATTTATAGTGTGCAAATGATTATATCGCATTTTGTGC	550

BX255954.13	163523	AGGTGTGGGCTGTCATTCCTGTGAATTCTGTTGTAATTAGCATGTTTGCT	163572
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	551	AGGTGTGGGCTGTCATTCCTGTGAATTCTGTTGTAATTAGCATGTTTGCT	600

BX255954.13	163573	AAAGACCTTGATGCTGGAGAGAATGGGACTGTGAAGTTCTCCATGACAGG	163622
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	601	AAAGACCTTGATGCTGGAGAGAATGGGACTGTGAAGTTCTCCATGACAGG	650

BX255954.13	163623	TAATCCGATGACTAGAGGACAGTTTATTTTGAATTCATGGTTTATTTGTG	163672
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	651	TAATCCGATGACTAGAGGACAGTTTATTTTGAATTCATGGTTTATTTGTG	700

BX255954.13	163673	CTGATACAAATCACATTAGCTTTTAATCTAATATTTATTGTTCTTTCCCT	163722
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	701	CTGATACAAATCACATTAGCTTTTAATCTAATATTTATTGTTCTTTCCCT	750

BX255954.13	163723	TTTAGATAATCAGTTGGGCCATTTTAGTATTGATAGCCTTAGTGGTGATG	163772
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	751	TTTAGATAATCAGTTGGGCCATTTTAGTATTGATAGCCTTAGTGGTGATG	800

BX255954.13	163773	TCAAAGTGACATCACAGTTCTCCTCAAACCCGCAGATGCGCTACACCCTG	163822
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	801	TCAAAGTGACATCACAGTTCTCCTCAAACCCGCAGATGCGCTACACCCTG	850

BX255954.13	163823	AGAGTGGTTGCCACAGACAATGGCCTTTTTCCACTAGAGGAGACTGCGGT	163872
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	851	AGAGTGGTTGCCACAGACAATGGCCTTTTTCCACTAGAGGAGACTGCGGT	900

BX255954.13	163873	TGTTCACATACAGGTACGTGGAGCTAATTTGCCATACAACAACAGTGAAT	163922
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	901	TGTTCACATACAGGTACGTGGAGCTAATTTGCCATACAACAACAGTGAAT	950

BX255954.13	163923	TTTCTACTATCTAAAGAAAAATGAGCAAGCAAGAAGGTCGCTGGTTTGAG	163972
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	951	TTTCTACTATCTAAAGAAAAATGAGCAAGCAAGAAGGTCGCTGGTTTGAG	1000

BX255954.13	163973	TCCCTGACTGGGTCAGTTGGAATTTCTGTATGGAGTTGGCATGTTCTCCC	164022
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1001	TCCCTGACTGGGTCAGTTGGAATTTCTGTATGGAGTTGGCATGTTCTCCC	1050

BX255954.13	164023	TGTGTTCACGTGGGTTTCTAACCGGTGCTCCTGTTTTCCCCACAAGTCCA	164072
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1051	TGTGTTCACGTGGGTTTCTAACCGGTGCTCCTGTTTTCCCCACAAGTCCA	1100

BX255954.13	164073	AAGACATGCTCTATAGGTGAATTGAGTAAGCTAAATTGTCCGTATTGTAC	164122
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1101	AAGACATGCTCTATAGGTGAATTGAGTAAGCTAAATTGTCCGTATTGTAC	1150

BX255954.13	164123	AGCATGAGCGTGAATGAGAGTGAATGGGTGTTTCCCATTGATGGATTGCA	164172
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1151	AGCATGAGCGTGAATGAGAGTGAATGGGTGTTTCCCATTGATGGATTGCA	1200

BX255954.13	164173	GCTGGAAGGGCATCCGCTGCAAAAAGCAATTGCTGGATAAGTTGGCAGTT	164222
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1201	GCTGGAAGGGCATCCGCTGCAAAAAGCAATTGCTGGATAAGTTGGCAGTT	1250

BX255954.13	164223	CATTTCACTGTGTTGACCCCAGATTAATAAAGGAACTAAGCCAAAACAAA	164272
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1251	CATTTCACTGTGTTGACCCCAGATTAATAAAGGAACTAAGCCAAAACAAA	1300

BX255954.13	164273	AATTAGTGAATGAATAAAGAAAAATTACCTCTTAAAGGCAGGGTTATCTT	164322
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1301	AATTAGTGAATGAATAAAGAAAAATTACCTCTTAAAGGCAGGGTTATCTT	1350

BX255954.13	164323	CACTTCTCAATACCCATCTTTAAGTTGAGCGTAGGGCCAAAAAACATCAA	164372
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1351	CACTTCTCAATACCCATCTTTAAGTTGAGCGTAGGGCCAAAAAACATCAA	1400

BX255954.13	164373	ATCAAAATGTTTGGTTGACAAATTAATTTGCATACTTCTGTGCACCCTGT	164422
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1401	ATCAAAATGTTTGGTTGACAAATTAATTTGCATACTTCTGTGCACCCTGT	1450

BX255954.13	164423	TTCCACAGATAGGATACATCATCAATGTGTTTCTACTCTGCAGATTGACT	164472
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1451	TTCCACAGATAGGATACATCATCAATGTGTTTCTACTCTGCAGATTGACT	1500

BX255954.13	164473	TATTATTAATTCACTACTGTAATGCTATGTTCTTTGAACTGTAATGTTTC	164522
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1501	TATTATTAATTCACTACTGTAATGCTATGTTCTTTGAACTGTAATGTTTC	1550

BX255954.13	164523	TCAATTATGAATACAACGAGATGAAATCTTGTTGACTCTCTGGTTTTGTC	164572
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1551	TCAATTATGAATACAACGAGATGAAATCTTGTTGACTCTCTGGTTTTGTC	1600

BX255954.13	164573	ACTTGAGCCATATATCTGACTGTGCACATTTATGTTTTGGAGGAAGTCTG	164622
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1601	ACTTGAGCCATATATCTGACTGTGCACATTTATGTTTTGGAGGAAGTCTG	1650

BX255954.13	164623	GCTTGAGATGTGGTAGTGATTTTCCAGGGAAGCAGGATCTTTGGCTTTCA	164672
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1651	GCTTGAGATGTGGTAGTGATTTTCCAGGGAAGCAGGATCTTTGGCTTTCA	1700

BX255954.13	164673	AAGCTATTTGCAGTTGCTAGCCTTTTTGAAATACCAACCTTTAAGTACTC	164722
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1701	AAGCTATTTGCAGTTGCTAGCCTTTTTGAAATACCAACCTTTAAGTACTC	1750

BX255954.13	164723	ACATTTGCCATTCATGTGTAAATTTTTCTAATACAGTGAAAGACAAATTT	164772
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1751	ACATTTGCCATTCATGTGTAAATTTTTCTAATACAGTGAAAGACAAATTT	1800

BX255954.13	164773	TATCAGGTTCAGTTTTATGGAACTTTGTCTAATACATTTCCTAGTTCCAG	164822
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1801	TATCAGGTTCAGTTTTATGGAACTTTGTCTAATACATTTCCTAGTTCCAG	1850

BX255954.13	164823	TCAATGACAAGCCTCCCTGTTTGCCAGAGACTTCTGGGCAGAGTTTGGTA	164872
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1851	TCAATGACAAGCCTCCCTGTTTGCCAGAGACTTCTGGGCAGAGTTTGGTA	1900

BX255954.13	164873	ATTTTAAATATCTTTGGGGCACTTGATTAAGCAGAATGAAAAGAAACATG	164922
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1901	ATTTTAAATATCTTTGGGGCACTTGATTAAGCAGAATGAAAAGAAACATG	1950

BX255954.13	164923	GCTTACGATACTGTTTTTCTCTGTAAATAATTTCTATGGTACAAGAATTC	164972
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005365.16	1951	GCTTACGATACTGTTTTTCTCTGTAAATAATTTCTATGGTACAAGAATTC	2000

Overview

Query
BX255954.13 - 164972 bps
Hit
BX005365.16 - 175252 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194320001629731649721120001
283.16163378101120101497-1774981281
387.152073721581201584911776281271
485.191793625360553966-1777081271
588.511883101097731100821778380781
685.49140272155056155327-1783981001
794.941862378141181647-118593188291
895.9157818627956781428-118758206321
982.69149445127801128245-137547379911
1083.29146406995510360137597379911
1182.91152445127801128245-146516469601
1283.54149406995510360146566469601
1384.86170406995510360155540559421
1487.641372646060060863-155666559241
1584.86170406995510360161823622251
1687.641372646060060863-161949622071
1784.86170406995510360168094684961
1887.641372646060060863-168220684781
1983.5166459127801128259-174402748741
2087.351302527451074761-174555748071
2186.931322646060060863-174597748561
2280.53120311507125102211169691172711
2386.2717135112795112830111179871183501
2495.2616319013131713150611227791229681
259212917710989811007411270151271891
2682.422856617347800711272581279001
Short-link