<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX255954.13 162973 CCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTCGGCGGTTTATTTCTCTGTGG 163022 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1 CCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTCGGCGGTTTATTTCTCTGTGG 50 BX255954.13 163023 CCACCCCAGATTAAAAAAGGGAAGTTGAAAATATAATGAACGAATACTAA 163072 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 51 CCACCCCAGATTAAAAAAGGGAAGTTGAAAATATAATGAACGAATACTAA 100 BX255954.13 163073 TTACTAATAATAATAATAGAAATCAGTACTATTAGTTTGTGGCTTATTAA 163122 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 101 TTACTAATAATAATAATAGAAATCAGTACTATTAGTTTGTGGCTTATTAA 150 BX255954.13 163123 GATATTGGCTGTATAATAGTACTTTTAAAGTACATGATCTTGCATGATCT 163172 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 151 GATATTGGCTGTATAATAGTACTTTTAAAGTACATGATCTTGCATGATCT 200 BX255954.13 163173 TATTCTACATCTTTAATCTTCACTACTACCTTAATAACTATTAAAAAGTA 163222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 201 TATTCTACATCTTTAATCTTCACTACTACCTTAATAACTATTAAAAAGTA 250 BX255954.13 163223 GCGAATTAAGAGTTTGTTGAAGCAAACTTGATTATTAATAGTTTATAACT 163272 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 251 GCGAATTAAGAGTTTGTTGAAGCAAACTTGATTATTAATAGTTTATAACT 300 BX255954.13 163273 AGTGATAATTGTACCTTAGCCTTAACCAGCAATAGACACTTATTTTAGTA 163322 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 301 AGTGATAATTGTACCTTAGCCTTAACCAGCAATAGACACTTATTTTAGTA 350 BX255954.13 163323 ACATTTAAATCTTACCGACCCCAAATATGTGTACAGTATGTGTGTATTGA 163372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 351 ACATTTAAATCTTACCGACCCCAAATATGTGTACAGTATGTGTGTATTGA 400 BX255954.13 163373 TGATCTGAAAGCATAGTTTAGATCCTAAAGCTACAGTACAGCATCAATAA 163422 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 401 TGATCTGAAAGCATAGTTTAGATCCTAAAGCTACAGTACAGCATCAATAA 450 BX255954.13 163423 GGTGAAATAGACATAAATGGATCATATTATATATTATTTTGCTAAAAAGC 163472 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 451 GGTGAAATAGACATAAATGGATCATATTATATATTATTTTGCTAAAAAGC 500 BX255954.13 163473 ACCTAACAAATACATTTATAGTGTGCAAATGATTATATCGCATTTTGTGC 163522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 501 ACCTAACAAATACATTTATAGTGTGCAAATGATTATATCGCATTTTGTGC 550 BX255954.13 163523 AGGTGTGGGCTGTCATTCCTGTGAATTCTGTTGTAATTAGCATGTTTGCT 163572 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 551 AGGTGTGGGCTGTCATTCCTGTGAATTCTGTTGTAATTAGCATGTTTGCT 600 BX255954.13 163573 AAAGACCTTGATGCTGGAGAGAATGGGACTGTGAAGTTCTCCATGACAGG 163622 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 601 AAAGACCTTGATGCTGGAGAGAATGGGACTGTGAAGTTCTCCATGACAGG 650 BX255954.13 163623 TAATCCGATGACTAGAGGACAGTTTATTTTGAATTCATGGTTTATTTGTG 163672 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 651 TAATCCGATGACTAGAGGACAGTTTATTTTGAATTCATGGTTTATTTGTG 700 BX255954.13 163673 CTGATACAAATCACATTAGCTTTTAATCTAATATTTATTGTTCTTTCCCT 163722 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 701 CTGATACAAATCACATTAGCTTTTAATCTAATATTTATTGTTCTTTCCCT 750 BX255954.13 163723 TTTAGATAATCAGTTGGGCCATTTTAGTATTGATAGCCTTAGTGGTGATG 163772 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 751 TTTAGATAATCAGTTGGGCCATTTTAGTATTGATAGCCTTAGTGGTGATG 800 BX255954.13 163773 TCAAAGTGACATCACAGTTCTCCTCAAACCCGCAGATGCGCTACACCCTG 163822 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 801 TCAAAGTGACATCACAGTTCTCCTCAAACCCGCAGATGCGCTACACCCTG 850 BX255954.13 163823 AGAGTGGTTGCCACAGACAATGGCCTTTTTCCACTAGAGGAGACTGCGGT 163872 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 851 AGAGTGGTTGCCACAGACAATGGCCTTTTTCCACTAGAGGAGACTGCGGT 900 BX255954.13 163873 TGTTCACATACAGGTACGTGGAGCTAATTTGCCATACAACAACAGTGAAT 163922 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 901 TGTTCACATACAGGTACGTGGAGCTAATTTGCCATACAACAACAGTGAAT 950 BX255954.13 163923 TTTCTACTATCTAAAGAAAAATGAGCAAGCAAGAAGGTCGCTGGTTTGAG 163972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 951 TTTCTACTATCTAAAGAAAAATGAGCAAGCAAGAAGGTCGCTGGTTTGAG 1000 BX255954.13 163973 TCCCTGACTGGGTCAGTTGGAATTTCTGTATGGAGTTGGCATGTTCTCCC 164022 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1001 TCCCTGACTGGGTCAGTTGGAATTTCTGTATGGAGTTGGCATGTTCTCCC 1050 BX255954.13 164023 TGTGTTCACGTGGGTTTCTAACCGGTGCTCCTGTTTTCCCCACAAGTCCA 164072 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1051 TGTGTTCACGTGGGTTTCTAACCGGTGCTCCTGTTTTCCCCACAAGTCCA 1100 BX255954.13 164073 AAGACATGCTCTATAGGTGAATTGAGTAAGCTAAATTGTCCGTATTGTAC 164122 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1101 AAGACATGCTCTATAGGTGAATTGAGTAAGCTAAATTGTCCGTATTGTAC 1150 BX255954.13 164123 AGCATGAGCGTGAATGAGAGTGAATGGGTGTTTCCCATTGATGGATTGCA 164172 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1151 AGCATGAGCGTGAATGAGAGTGAATGGGTGTTTCCCATTGATGGATTGCA 1200 BX255954.13 164173 GCTGGAAGGGCATCCGCTGCAAAAAGCAATTGCTGGATAAGTTGGCAGTT 164222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1201 GCTGGAAGGGCATCCGCTGCAAAAAGCAATTGCTGGATAAGTTGGCAGTT 1250 BX255954.13 164223 CATTTCACTGTGTTGACCCCAGATTAATAAAGGAACTAAGCCAAAACAAA 164272 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1251 CATTTCACTGTGTTGACCCCAGATTAATAAAGGAACTAAGCCAAAACAAA 1300 BX255954.13 164273 AATTAGTGAATGAATAAAGAAAAATTACCTCTTAAAGGCAGGGTTATCTT 164322 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1301 AATTAGTGAATGAATAAAGAAAAATTACCTCTTAAAGGCAGGGTTATCTT 1350 BX255954.13 164323 CACTTCTCAATACCCATCTTTAAGTTGAGCGTAGGGCCAAAAAACATCAA 164372 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1351 CACTTCTCAATACCCATCTTTAAGTTGAGCGTAGGGCCAAAAAACATCAA 1400 BX255954.13 164373 ATCAAAATGTTTGGTTGACAAATTAATTTGCATACTTCTGTGCACCCTGT 164422 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1401 ATCAAAATGTTTGGTTGACAAATTAATTTGCATACTTCTGTGCACCCTGT 1450 BX255954.13 164423 TTCCACAGATAGGATACATCATCAATGTGTTTCTACTCTGCAGATTGACT 164472 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1451 TTCCACAGATAGGATACATCATCAATGTGTTTCTACTCTGCAGATTGACT 1500 BX255954.13 164473 TATTATTAATTCACTACTGTAATGCTATGTTCTTTGAACTGTAATGTTTC 164522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1501 TATTATTAATTCACTACTGTAATGCTATGTTCTTTGAACTGTAATGTTTC 1550 BX255954.13 164523 TCAATTATGAATACAACGAGATGAAATCTTGTTGACTCTCTGGTTTTGTC 164572 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1551 TCAATTATGAATACAACGAGATGAAATCTTGTTGACTCTCTGGTTTTGTC 1600 BX255954.13 164573 ACTTGAGCCATATATCTGACTGTGCACATTTATGTTTTGGAGGAAGTCTG 164622 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1601 ACTTGAGCCATATATCTGACTGTGCACATTTATGTTTTGGAGGAAGTCTG 1650 BX255954.13 164623 GCTTGAGATGTGGTAGTGATTTTCCAGGGAAGCAGGATCTTTGGCTTTCA 164672 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1651 GCTTGAGATGTGGTAGTGATTTTCCAGGGAAGCAGGATCTTTGGCTTTCA 1700 BX255954.13 164673 AAGCTATTTGCAGTTGCTAGCCTTTTTGAAATACCAACCTTTAAGTACTC 164722 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1701 AAGCTATTTGCAGTTGCTAGCCTTTTTGAAATACCAACCTTTAAGTACTC 1750 BX255954.13 164723 ACATTTGCCATTCATGTGTAAATTTTTCTAATACAGTGAAAGACAAATTT 164772 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1751 ACATTTGCCATTCATGTGTAAATTTTTCTAATACAGTGAAAGACAAATTT 1800 BX255954.13 164773 TATCAGGTTCAGTTTTATGGAACTTTGTCTAATACATTTCCTAGTTCCAG 164822 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1801 TATCAGGTTCAGTTTTATGGAACTTTGTCTAATACATTTCCTAGTTCCAG 1850 BX255954.13 164823 TCAATGACAAGCCTCCCTGTTTGCCAGAGACTTCTGGGCAGAGTTTGGTA 164872 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1851 TCAATGACAAGCCTCCCTGTTTGCCAGAGACTTCTGGGCAGAGTTTGGTA 1900 BX255954.13 164873 ATTTTAAATATCTTTGGGGCACTTGATTAAGCAGAATGAAAAGAAACATG 164922 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1901 ATTTTAAATATCTTTGGGGCACTTGATTAAGCAGAATGAAAAGAAACATG 1950 BX255954.13 164923 GCTTACGATACTGTTTTTCTCTGTAAATAATTTCTATGGTACAAGAATTC 164972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX005365.16 1951 GCTTACGATACTGTTTTTCTCTGTAAATAATTTCTATGGTACAAGAATTC 2000
Overview
- Query
- BX255954.13 - 164972 bps
- Hit
- BX005365.16 - 175252 bps
- Total alignments
- 26
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1943 | 2000 | 162973 | 164972 | 1 | 1 | 2000 | 1 |
| 2 | 83.16 | 163 | 378 | 101120 | 101497 | -1 | 7749 | 8128 | 1 |
| 3 | 87.15 | 207 | 372 | 158120 | 158491 | 1 | 7762 | 8127 | 1 |
| 4 | 85.19 | 179 | 362 | 53605 | 53966 | -1 | 7770 | 8127 | 1 |
| 5 | 88.51 | 188 | 310 | 109773 | 110082 | 1 | 7783 | 8078 | 1 |
| 6 | 85.49 | 140 | 272 | 155056 | 155327 | -1 | 7839 | 8100 | 1 |
| 7 | 94.94 | 186 | 237 | 81411 | 81647 | -1 | 18593 | 18829 | 1 |
| 8 | 95.9 | 1578 | 1862 | 79567 | 81428 | -1 | 18758 | 20632 | 1 |
| 9 | 82.69 | 149 | 445 | 127801 | 128245 | -1 | 37547 | 37991 | 1 |
| 10 | 83.29 | 146 | 406 | 9955 | 10360 | 1 | 37597 | 37991 | 1 |
| 11 | 82.91 | 152 | 445 | 127801 | 128245 | -1 | 46516 | 46960 | 1 |
| 12 | 83.54 | 149 | 406 | 9955 | 10360 | 1 | 46566 | 46960 | 1 |
| 13 | 84.86 | 170 | 406 | 9955 | 10360 | 1 | 55540 | 55942 | 1 |
| 14 | 87.64 | 137 | 264 | 60600 | 60863 | -1 | 55666 | 55924 | 1 |
| 15 | 84.86 | 170 | 406 | 9955 | 10360 | 1 | 61823 | 62225 | 1 |
| 16 | 87.64 | 137 | 264 | 60600 | 60863 | -1 | 61949 | 62207 | 1 |
| 17 | 84.86 | 170 | 406 | 9955 | 10360 | 1 | 68094 | 68496 | 1 |
| 18 | 87.64 | 137 | 264 | 60600 | 60863 | -1 | 68220 | 68478 | 1 |
| 19 | 83.5 | 166 | 459 | 127801 | 128259 | -1 | 74402 | 74874 | 1 |
| 20 | 87.35 | 130 | 252 | 74510 | 74761 | -1 | 74555 | 74807 | 1 |
| 21 | 86.93 | 132 | 264 | 60600 | 60863 | -1 | 74597 | 74856 | 1 |
| 22 | 80.53 | 120 | 311 | 50712 | 51022 | 1 | 116969 | 117271 | 1 |
| 23 | 86.27 | 171 | 351 | 127951 | 128301 | 1 | 117987 | 118350 | 1 |
| 24 | 95.26 | 163 | 190 | 131317 | 131506 | 1 | 122779 | 122968 | 1 |
| 25 | 92 | 129 | 177 | 109898 | 110074 | 1 | 127015 | 127189 | 1 |
| 26 | 82.42 | 285 | 661 | 7347 | 8007 | 1 | 127258 | 127900 | 1 |
