<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005449.4	1	GAATTCACCCAGGAATTCAAGGCGGTGAAAGAGCAGTCGGATGCGATGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101470	GAATTCACCCAGGAATTCAAGGCGGTGAAAGAGCAGTCGGATGCGATGGG	101519

BX005449.4	51	CAATGTCTTCTATCGGTGTGGCCGTAAGCCCGCTCCGCCCGCCGAGCCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101520	CAATGTCTTCTATCGGTGTGGCCGTAAGCCCGCTCCGCCCGCCGAGCCAT	101569

BX005449.4	101	CCACCTCCGCTGTTCCTCGCCGAGGGCGCCCGCCAACGAGTGCTGCCCCG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101570	CCACCTCCGCTGTTCCTCGCCGAGGGCGCCCGCCAACGAGTGCTGCCCCG	101619

BX005449.4	151	CCCCCGCCTGCGCCTCCGGCCAAGCGGGCGCGGCGTTCACCTCGAAAGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101620	CCCCCGCCTGCGCCTCCGGCCAAGCGGGCGCGGCGTTCACCTCGAAAGCA	101669

BX005449.4	201	GGCAGCCCCTCCTGCCCAGGGCGCCGTTAAGGCCGGTAAACGGACCGCGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101670	GGCAGCCCCTCCTGCCCAGGGCGCCGTTAAGGCCGGTAAACGGACCGCGA	101719

BX005449.4	251	AGCGTCCCTGAGACAGGCCATCCGGAGAAGAGGAAACTTGCTCTTTCCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101720	AGCGTCCCTGAGACAGGCCATCCGGAGAAGAGGAAACTTGCTCTTTCCCC	101769

BX005449.4	301	GCTGGAGGGCGGGGCCCCGATAACAACGGTACTTTTCAGTGCCACCAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101770	GCTGGAGGGCGGGGCCCCGATAACAACGGTACTTTTCAGTGCCACCAAAA	101819

BX005449.4	351	CATCAGTAAAAGAGCACTTTTTCCCTTCCCCGGATGTGACTGCACGAGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101820	CATCAGTAAAAGAGCACTTTTTCCCTTCCCCGGATGTGACTGCACGAGTT	101869

BX005449.4	401	CTGCCAGTCCGGGACGCGCTGCCTTCCGGCTCGCAGACTCTACGTGCTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101870	CTGCCAGTCCGGGACGCGCTGCCTTCCGGCTCGCAGACTCTACGTGCTTC	101919

BX005449.4	451	GCCAGTGGCTCACGAGCGCTGGGGGGACGGTCTCCCTTCCCTCAGCCCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101920	GCCAGTGGCTCACGAGCGCTGGGGGGACGGTCTCCCTTCCCTCAGCCCTC	101969

BX005449.4	501	CAGCCCCCTCTTCGGAGTCAGGGTGCGGAGCCAGAGCGAATCGCTCTCCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	101970	CAGCCCCCTCTTCGGAGTCAGGGTGCGGAGCCAGAGCGAATCGCTCTCCT	102019

BX005449.4	551	CCAGCTTTTCCGCGGGACCCTCGTGCTTCCCGGATCAGCACACCCACTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102020	CCAGCTTTTCCGCGGGACCCTCGTGCTTCCCGGATCAGCACACCCACTCC	102069

BX005449.4	601	GCGCTGCCCCACCGCTGGTACGTCAGCGATTGTAGCGATGACTCCATTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102070	GCGCTGCCCCACCGCTGGTACGTCAGCGATTGTAGCGATGACTCCATTAG	102119

BX005449.4	651	CGAGGGCTCTGCCTGCCTGGTTAGCGCGGGCCAGCCCCTCGCGGTGGCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102120	CGAGGGCTCTGCCTGCCTGGTTAGCGCGGGCCAGCCCCTCGCGGTGGCTC	102169

BX005449.4	701	ATACGCACAATCAGACTCGGTTACGCGATTCAGTTCGCGAAACGGCCCCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102170	ATACGCACAATCAGACTCGGTTACGCGATTCAGTTCGCGAAACGGCCCCC	102219

BX005449.4	751	CAAGTTTACGGGCGTGTATTTCTCCAGGGTCAACCCCCTGTCCGCCCCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102220	CAAGTTTACGGGCGTGTATTTCTCCAGGGTCAACCCCCTGTCCGCCCCTG	102269

BX005449.4	801	TCTTGCGAGAGGAGATTGCTGCCCTCCTGGCGAAGGGTGCAATCGAGCCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102270	TCTTGCGAGAGGAGATTGCTGCCCTCCTGGCGAAGGGTGCAATCGAGCCG	102319

BX005449.4	851	GTTCCTCCAGCCGAGATGGAGAGTGGGTTTTACAGCCCATACTTCATCGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102320	GTTCCTCCAGCCGAGATGGAGAGTGGGTTTTACAGCCCATACTTCATCGT	102369

BX005449.4	901	ACCCAAAAAGAGCGGTGGGTCACGGCCAATTCTAGATCTGCGCGTTTTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102370	ACCCAAAAAGAGCGGTGGGTCACGGCCAATTCTAGATCTGCGCGTTTTGA	102419

BX005449.4	951	ACCGCTGTCTGCACAAGCTGCCGTTCAGAATGCTCACGCAGAGGCGCATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102420	ACCGCTGTCTGCACAAGCTGCCGTTCAGAATGCTCACGCAGAGGCGCATT	102469

BX005449.4	1001	CTCCAATGCGTTCGTCCTCGGGATTGGTTTGCAGCCATAGACCTGAAGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102470	CTCCAATGCGTTCGTCCTCGGGATTGGTTTGCAGCCATAGACCTGAAGGA	102519

BX005449.4	1051	CGCGTATTTCCATGTCTCCATTCTTCCACGCCACCGCCAATTTCTGCGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102520	CGCGTATTTCCATGTCTCCATTCTTCCACGCCACCGCCAATTTCTGCGGT	102569

BX005449.4	1101	TTGCGTTCGAGGGTCGAGCGTGGCAGTACAAGGTCCTCCCCTTCGGGCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102570	TTGCGTTCGAGGGTCGAGCGTGGCAGTACAAGGTCCTCCCCTTCGGGCTC	102619

BX005449.4	1151	TCTCTGTCTCCGCGGGTCTTCACCAAACTCGCGGAGGGTGCCCTAGCGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102620	TCTCTGTCTCCGCGGGTCTTCACCAAACTCGCGGAGGGTGCCCTAGCGCC	102669

BX005449.4	1201	CCTTCGGCTCGCGGGCATTCGCATACTCGGTTATCTCGACGACTGGCTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102670	CCTTCGGCTCGCGGGCATTCGCATACTCGGTTATCTCGACGACTGGCTGA	102719

BX005449.4	1251	TTTTAGCCCACTCGCGGGAGCAATTGATTATGCACAGGGACGAGGTGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102720	TTTTAGCCCACTCGCGGGAGCAATTGATTATGCACAGGGACGAGGTGCTT	102769

BX005449.4	1301	CGGCATCTCCGCCTACTGGGGCTTCAGGTCAACCGAGAAAAGAGCAAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102770	CGGCATCTCCGCCTACTGGGGCTTCAGGTCAACCGAGAAAAGAGCAAACT	102819

BX005449.4	1351	CGCCCCCGTGCAGAGGATTTCTTTTCTCGGGATGGAGCTGGACTCGATCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102820	CGCCCCCGTGCAGAGGATTTCTTTTCTCGGGATGGAGCTGGACTCGATCA	102869

BX005449.4	1401	CCATGGTAGCGCACCTCTCCGAGGAACGCGCTCACCTGTTGCTGAACTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102870	CCATGGTAGCGCACCTCTCCGAGGAACGCGCTCACCTGTTGCTGAACTGT	102919

BX005449.4	1451	CTGAGGGAGCTCGACAGCAAACTAGTGGTCCCACTGAAGTTCTTTCAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102920	CTGAGGGAGCTCGACAGCAAACTAGTGGTCCCACTGAAGTTCTTTCAGAG	102969

BX005449.4	1501	GCTCCTGGGGCATATGGCATCCGCAGCCGCCGTCACGCCGCTCGGGTTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	102970	GCTCCTGGGGCATATGGCATCCGCAGCCGCCGTCACGCCGCTCGGGTTGC	103019

BX005449.4	1551	TCCATATGAGACCACTTCAGCACTGGCTTCACGATCGGGTCCCCAGACGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103020	TCCATATGAGACCACTTCAGCACTGGCTTCACGATCGGGTCCCCAGACGC	103069

BX005449.4	1601	GCATGGCACGCGGGCACACACCGGGTCTCGGTTACTGCGCTGTGTCGCCG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103070	GCATGGCACGCGGGCACACACCGGGTCTCGGTTACTGCGCTGTGTCGCCG	103119

BX005449.4	1651	CGCCCTCAGCCCTTGGAACGACCCCTCGTTCCTACAGGCCGGTGTGCCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103120	CGCCCTCAGCCCTTGGAACGACCCCTCGTTCCTACAGGCCGGTGTGCCTC	103169

BX005449.4	1701	TAGGACAGGCGTCCAGCCATGTTGTTGTTTCAACAGACGCTTCCAACACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103170	TAGGACAGGCGTCCAGCCATGTTGTTGTTTCAACAGACGCTTCCAACACG	103219

BX005449.4	1751	GGTTGGGGGGCCGTGTGTCGCGGGCATGCGGCTGCGGGCCTCTGGAAGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103220	GGTTGGGGGGCCGTGTGTCGCGGGCATGCGGCTGCGGGCCTCTGGAAGGG	103269

BX005449.4	1801	TGCCCAGCTGCATTGGCATATCAATCGCCTAGAGCTGTTGGCAGTGTTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103270	TGCCCAGCTGCATTGGCATATCAATCGCCTAGAGCTGTTGGCAGTGTTCC	103319

BX005449.4	1851	TCGCTCTCCACTGCTTTTTACCGGTGCTGGAGCGGCAACACGTTCTGGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103320	TCGCTCTCCACTGCTTTTTACCGGTGCTGGAGCGGCAACACGTTCTGGTC	103369

BX005449.4	1901	AGGACGGACAGTACGGCGGCGGCGGCGTATATCAACCGCATGGGGGGTAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103370	AGGACGGACAGTACGGCGGCGGCGGCGTATATCAACCGCATGGGGGGTAT	103419

BX005449.4	1951	GCGCTCTCGCCACTTGTCTCAGCTCGCCCGCCGTCTGCTCCTCTGGAGTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005349.6	103420	GCGCTCTCGCCACTTGTCTCAGCTCGCCCGCCGTCTGCTCCTCTGGAGTC	103469

Overview

Query
BX005449.4 - 142054 bps
Hit
BX005349.6 - 103469 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195420001200011014701034691
285.791051835255052732131895320771
384.78152293108978109270-147894481821
489.451231986334863545148599487971
584.3205422111785112206150408508401
686.46981881640016587-150970511611
786.04194367114579114945160743611001
889.93951391500315141-160748608861
990.46186307128438128744-165670659731
1083.251663773577436150177738781071
1187.42023622133221693-177742781061
1282.331483641126911632177744781051
1389.041953068813588440-177752780521
1486.971562878815488440183598838811
1585.891292413578736027-183642838821
1698.2716417343264498-1998921000641
1788.5959295253621545721999121008661
1884.19258562548235538411012031017841
1989.438481288555935688011019491032341
2092.54151201568785707811032691034691
Short-link