<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX511302.5	41035	AAGCTTTAGATCAGTGGTCGCAAAACTTGTTCCTGGAGGGCCGGTGTCCT	41084
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1	AAGCTTTAGATCAGTGGTCGCAAAACTTGTTCCTGGAGGGCCGGTGTCCT	50

BX511302.5	41085	GCAGATTTTAGCTCCAACCCTAATCAAACACACCTGAACAAGCTAATCAA	41134
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	51	GCAGATTTTAGCTCCAACCCTAATCAAACACACCTGAACAAGCTAATCAA	100

BX511302.5	41135	GGTCTTACTTGGTATACTTGAAACATCCAGGCAGGTGTGTTGAGGCAAGT	41184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	101	GGTCTTACTTGGTATACTTGAAACATCCAGGCAGGTGTGTTGAGGCAAGT	150

BX511302.5	41185	TGGAGCAAAACCCTTTAGGGACACCGGCCCTCCAGGACCAGGATTGGTGA	41234
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	151	TGGAGCAAAACCCTTTAGGGACACCGGCCCTCCAGGACCAGGATTGGTGA	200

BX511302.5	41235	CCCCTGCTTTAGATTGAGCTCAGGTACATTCTGTTCCACTGATCATTCTT	41284
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	201	CCCCTGCTTTAGATTGAGCTCAGGTACATTCTGTTCCACTGATCATTCTT	250

BX511302.5	41285	GAGATGTTTCAACAGCTTAATTGGAGTACACATGTGGTAAATTCAAATGA	41334
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	251	GAGATGTTTCAACAGCTTAATTGGAGTACACATGTGGTAAATTCAAATGA	300

BX511302.5	41335	TTGGACATGATTTGAAAAGGCATACACCTGTCTATAGGACTGTCTATAAG	41384
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	301	TTGGACATGATTTGAAAAGGCATACACCTGTCTATAGGACTGTCTATAAG	350

BX511302.5	41385	GTCCCAGGGTTGACAGTGCATGTCAAATCACGAATCAAGCATGAAGACAA	41434
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	351	GTCCCAGGGTTGACAGTGCATGTCAAATCACGAATCAAGCATGAAGACAA	400

BX511302.5	41435	AATAATTGTTTGTAGAGACAGGATTTTCTCGAGGCACACGTCTGGGGAAG	41484
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	401	AATAATTGTTTGTAGAGACAGGATTTTCTCGAGGCACACGTCTGGGGAAG	450

BX511302.5	41485	GTTACAGAAAAACCAGGACTCTTCCTGGAGCTCGCCGGCCATCAAAGCTG	41534
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	451	GTTACAGAAAAACCAGGACTCTTCCTGGAGCTCGCCGGCCATCAAAGCTG	500

BX511302.5	41535	AGTGATTGGGGAGAAGGGCCTTAGTCAGGTAGGTGATCAATACTCCGATG	41584
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	501	AGTGATTGGGGAGAAGGGCCTTAGTCAGGTAGGTGATCAATACTCCGATG	550

BX511302.5	41585	GTCACTCTGTCTGAGCTCCAGGGTTCGGCTGTGAAGAGAGGAGAACCTTA	41634
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	551	GTCACTCTGTCTGAGCTCCAGGGTTCGGCTGTGAAGAGAGGAGAACCTTA	600

BX511302.5	41635	CAGAAGGACAACCATCGGTGCAGTAGTCCACCAATCAGGCCTGTATGGTA	41684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	601	CAGAAGGACAACCATCGGTGCAGTAGTCCACCAATCAGGCCTGTATGGTA	650

BX511302.5	41685	GAGTGGCCAGACGGAAGCCACACCTCACCTGGAATTTGCCAAAAGGCATC	41734
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	651	GAGTGGCCAGACGGAAGCCACACCTCACCTGGAATTTGCCAAAAGGCATC	700

BX511302.5	41735	TGAAGAACTGTCAGACCATAAGAAATAATATTCTCTGGTCTGATGAGACT	41784
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	701	TGAAGAACTGTCAGACCATAAGAAATAATATTCTCTGGTCTGATGAGACT	750

BX511302.5	41785	AAAATTGAACTCTTTGGAGTGAATGCCAGGCACTACGTTTGAAGAAAACC	41834
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	751	AAAATTGAACTCTTTGGAGTGAATGCCAGGCACTACGTTTGAAGAAAACC	800

BX511302.5	41835	AGGCATGGATCATCACCAGGCTAATACAAGGTTTTTCAGCAGCAGGAACT	41884
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	801	AGGCATGGATCATCACCAGGCTAATACAAGGTTTTTCAGCAGCAGGAACT	850

BX511302.5	41885	GGAAGACTGTTCAGGATAGAGGGAAAGATGAATGCAGCAATGTACAGAGT	41934
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	851	GGAAGACTGTTCAGGATAGAGGGAAAGATGAATGCAGCAATGTACAGAGT	900

BX511302.5	41935	ACAACCTGCTTCAGAGTGCTCTTGACCTCAGACCGGGGCAACGATTCATC	41984
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	901	ACAACCTGCTTCAGAGTGCTCTTGACCTCAGACCGGGGCAACGATTCATC	950

BX511302.5	41985	TTCCAGCAGGACAAAGACCCAAAACACACAGCCAAAGTGGCCCATTCCTC	42034
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	951	TTCCAGCAGGACAAAGACCCAAAACACACAGCCAAAGTGGCCCATTCCTC	1000

BX511302.5	42035	CTTTGATGATTTCAGTAATCATACAGTCGACATCCTTCATTTTCTCATCA	42084
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1001	CTTTGATGATTTCAGTAATCATACAGTCGACATCCTTCATTTTCTCATCA	1050

BX511302.5	42085	GTGACATGCAGTCTAAACAATCTCTAGGTCATTGCGGGTAAAGATTTCGG	42134
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1051	GTGACATGCAGTCTAAACAATCTCTAGGTCATTGCGGGTAAAGATTTCGG	1100

BX511302.5	42135	ACATCTTCTTGGACACTTCAAATTCTTACAAAAGGTTTGCTGCATTTGTA	42184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1101	ACATCTTCTTGGACACTTCAAATTCTTACAAAAGGTTTGCTGCATTTGTA	1150

BX511302.5	42185	AAACGCCCTTGTCTTGAGGTTGTTCATTATGATGAAATTTACTTTCTATG	42234
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1151	AAACGCCCTTGTCTTGAGGTTGTTCATTATGATGAAATTTACTTTCTATG	1200

BX511302.5	42235	TTCGATCTGCTTGGACAGGAATTACAGGACTGATTTTTCTACTTTAGCTA	42284
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1201	TTCGATCTGCTTGGACAGGAATTACAGGACTGATTTTTCTACTTTAGCTA	1250

BX511302.5	42285	ACCACCATAGACAAAAAATAAAAAAGTAATTACTGCAGGTAAAAGGAAAG	42334
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1251	ACCACCATAGACAAAAAATAAAAAAGTAATTACTGCAGGTAAAAGGAAAG	1300

BX511302.5	42335	TAGTGGAGTAAATGTACCGATGCAGCACTAAAAATGTACTCAAATGAAAG	42384
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1301	TAGTGGAGTAAATGTACCGATGCAGCACTAAAAATGTACTCAAATGAAAG	1350

BX511302.5	42385	TAAAGGTACACGTTTTAGAAACTACTTAACAAATTACAGTGCGTGAGAAA	42434
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1351	TAAAGGTACACGTTTTAGAAACTACTTAACAAATTACAGTGCGTGAGAAA	1400

BX511302.5	42435	AACTTACAAAAAAACTTGAAAAAAAATTACAGAACTTGGAGTATTTGTAA	42484
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1401	AACTTACAAAAAAACTTGAAAAAAAATTACAGAACTTGGAGTATTTGTAA	1450

BX511302.5	42485	TTTCTTACTTTACACTATTAGTGACAAGAAACATATGTCTGCGTACAGCA	42534
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1451	TTTCTTACTTTACACTATTAGTGACAAGAAACATATGTCTGCGTACAGCA	1500

BX511302.5	42535	GGCTTAAACATCACGTCTGGGTACTACCTTTAAAAGGGATAGTTTACCCA	42584
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1501	GGCTTAAACATCACGTCTGGGTACTACCTTTAAAAGGGATAGTTTACCCA	1550

BX511302.5	42585	ATAGTTTGTGGTCATTAACTGTTTTTGATTTTATTCTAACTGTCTATGGC	42634
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1551	ATAGTTTGTGGTCATTAACTGTTTTTGATTTTATTCTAACTGTCTATGGC	1600

BX511302.5	42635	ATTTTTAAGATCTATGATGTTTAGGTTTATGTCTAGAAAAGTAAATCTGT	42684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1601	ATTTTTAAGATCTATGATGTTTAGGTTTATGTCTAGAAAAGTAAATCTGT	1650

BX511302.5	42685	AACTCACTATGTAGCAACTTTTGCTGGATTTAACCAAAGTTTTAGAAGAA	42734
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1651	AACTCACTATGTAGCAACTTTTGCTGGATTTAACCAAAGTTTTAGAAGAA	1700

BX511302.5	42735	GTAGTGACCACCAGTGTGTGACTAGAAAAATGAAAGGCAAATTCAAAAAT	42784
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1701	GTAGTGACCACCAGTGTGTGACTAGAAAAATGAAAGGCAAATTCAAAAAT	1750

BX511302.5	42785	AGATTGAGGTTGTTATAAAATGCTTAGTCTTGTTTGATACATTGTTCAGA	42834
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1751	AGATTGAGGTTGTTATAAAATGCTTAGTCTTGTTTGATACATTGTTCAGA	1800

BX511302.5	42835	ATTTATGAAAAATGATTCATTTATTGACTGTGGCACCAATCATACAGAGC	42884
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1801	ATTTATGAAAAATGATTCATTTATTGACTGTGGCACCAATCATACAGAGC	1850

BX511302.5	42885	TTAACTCAGTATCTGTTCTATTAACCCGTTTCCTTTTCAATGTCACACAG	42934
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1851	TTAACTCAGTATCTGTTCTATTAACCCGTTTCCTTTTCAATGTCACACAG	1900

BX511302.5	42935	CTCAGTCAAAAGAAACCAAAGTTCAATATTGTATATATTTAACAAGGTCT	42984
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1901	CTCAGTCAAAAGAAACCAAAGTTCAATATTGTATATATTTAACAAGGTCT	1950

BX511302.5	42985	GAATAAAAGCAAAAATGTGAAGTCCTTTTCATTTGCAAAGTATTTAAGAT	43034
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005342.14	1951	GAATAAAAGCAAAAATGTGAAGTCCTTTTCATTTGCAAAGTATTTAAGAT	2000

Overview

Query
BX511302.5 - 43034 bps
Hit
BX005342.14 - 257502 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001966200041035430341120001
297.383429385537191410451138601
395.971458176235412371731205838221
498.0873078137395381751385246321
598.3473678141240420201385246321
694.2972494633116340611566466251
794.0219225133972342221661668661
891.3356184038191390301674575741
992.7760084242036428771674575741
1091.9927638635013353981685972451
1194.37125916313902340653114442160401
1294.26108014083541236819114664160401
1389.142454401195412393-168355687961
1486.562074351189512329169350697731
1588.572104051189112295-195917963101
1687.342554981189112388-11182861187831
1786.42304971189112387-11487561492551
1887.462053798007838511489071492811
1998.022352563475735012-11584291586811
20923314653421734681-11589271593761
Short-link