<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL953892.7	1	GAATTCAGGATAAATGGAATGGATGGAAAAAGCAGGAAAAAATGATTGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117596	GAATTCAGGATAAATGGAATGGATGGAAAAAGCAGGAAAAAATGATTGAT	117645

AL953892.7	51	GGAGAAAATGTCTTTTTCTCCCTCACTTTGAATATGACGATAAAGCTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117646	GGAGAAAATGTCTTTTTCTCCCTCACTTTGAATATGACGATAAAGCTTGA	117695

AL953892.7	101	ATTGAGCACTATTAAAAACTCTTTGTGCGCAGACTGAACTCACTCTTACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117696	ATTGAGCACTATTAAAAACTCTTTGTGCGCAGACTGAACTCACTCTTACA	117745

AL953892.7	151	TGAAAGCTGAGGTTCAGGTACAGCATATGCTTGAAAATTCTCGTCTTCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117746	TGAAAGCTGAGGTTCAGGTACAGCATATGCTTGAAAATTCTCGTCTTCTC	117795

AL953892.7	201	TGACCTAAGTTTATCTTTCACGGTGTTCTCTCTTTTGTTGCTCCTAACAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117796	TGACCTAAGTTTATCTTTCACGGTGTTCTCTCTTTTGTTGCTCCTAACAT	117845

AL953892.7	251	TTGGATTGGCTTTCTTTCCCTTGAAAACTGCACATTCTGTAACACCCAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117846	TTGGATTGGCTTTCTTTCCCTTGAAAACTGCACATTCTGTAACACCCAAA	117895

AL953892.7	301	CACAGCCTTGAGCATTCACACTATAAATTTAGGAATTCGTTGCACACCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117896	CACAGCCTTGAGCATTCACACTATAAATTTAGGAATTCGTTGCACACCTT	117945

AL953892.7	351	TCCCTGATGAAACCCATAGTTCAGCACCTCTAATTACACTGAAGTTACTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117946	TCCCTGATGAAACCCATAGTTCAGCACCTCTAATTACACTGAAGTTACTG	117995

AL953892.7	401	CGTTAAAGTCGAACGTCTGTGGCTTAAAATGTGGCTGCTGTTCTACATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	117996	CGTTAAAGTCGAACGTCTGTGGCTTAAAATGTGGCTGCTGTTCTACATAA	118045

AL953892.7	451	AATTAAAGCAGTATTGTTATACAGTTGAGTACTAAACGTAAAACGTAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118046	AATTAAAGCAGTATTGTTATACAGTTGAGTACTAAACGTAAAACGTAAAA	118095

AL953892.7	501	GGAAAAATAAATATATTTCTCTATGTTAATTACTATATACATTCACATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118096	GGAAAAATAAATATATTTCTCTATGTTAATTACTATATACATTCACATAT	118145

AL953892.7	551	TTTAATTTCATTCACACTTTCCAAAAACTTGTTTTTGTGTGTGTGTGTGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118146	TTTAATTTCATTCACACTTTCCAAAAACTTGTTTTTGTGTGTGTGTGTGT	118195

AL953892.7	601	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118196	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	118245

AL953892.7	651	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTATGTGTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118246	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTATGTGTGT	118295

AL953892.7	701	GCGTTTGGGGGTGGGGGGTGGTGGGGTCTGCAATTTCCAGAAACGTATAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118296	GCGTTTGGGGGTGGGGGGTGGTGGGGTCTGCAATTTCCAGAAACGTATAT	118345

AL953892.7	751	AGGGCTACATTTTCAGAATGAGTTTATGTTGACGGGCTGCATGATAATGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118346	AGGGCTACATTTTCAGAATGAGTTTATGTTGACGGGCTGCATGATAATGA	118395

AL953892.7	801	ACAAATCTGACATTGCAACATTAGATTTTTCTGCGATATTGTGAATATAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118396	ACAAATCTGACATTGCAACATTAGATTTTTCTGCGATATTGTGAATATAT	118445

AL953892.7	851	TGTGATATACTTTGTTATACTTTGAAATAATTTTTACTTACATTTTATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118446	TGTGATATACTTTGTTATACTTTGAAATAATTTTTACTTACATTTTATTT	118495

AL953892.7	901	TAAGGTTCAATTCTTGCTTTTAGCAAACCATTTTAACTTTTGCTTTAATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118496	TAAGGTTCAATTCTTGCTTTTAGCAAACCATTTTAACTTTTGCTTTAATA	118545

AL953892.7	951	AACTTCTAATTTACTTCTTATTACTAGTTATTAAAGTAGTTTAGGTATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118546	AACTTCTAATTTACTTCTTATTACTAGTTATTAAAGTAGTTTAGGTATTT	118595

AL953892.7	1001	GGCAGGATTAAGGATGTAGAATTAGATCATACGGAACATGCCTTATAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118596	GGCAGGATTAAGGATGTAGAATTAGATCATACGGAACATGCCTTATAAGC	118645

AL953892.7	1051	ACTAATAAGCAGCCAATATCTCGATGCTTGCTAATAAGCAACTAGTTAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118646	ACTAATAAGCAGCCAATATCTCGATGCTTGCTAATAAGCAACTAGTTAAT	118695

AL953892.7	1101	AGTGAGAATTGATCCCTTAAGTGTAACCGAATTTATTCATTTTGTTTGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118696	AGTGAGAATTGATCCCTTAAGTGTAACCGAATTTATTCATTTTGTTTGAT	118745

AL953892.7	1151	GGATGATTCTGTAGGGGAATCATGCATAACATGTATAAACAATCTACAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118746	GGATGATTCTGTAGGGGAATCATGCATAACATGTATAAACAATCTACAAA	118795

AL953892.7	1201	TAAACAGTGCATGAATTATGATTGTGTATATCTAAATGGAAAAATTACAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118796	TAAACAGTGCATGAATTATGATTGTGTATATCTAAATGGAAAAATTACAC	118845

AL953892.7	1251	AGTTAAGTCAGCTTAAATATTGCATATCTCTGCGATGTGACTAATGCGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118846	AGTTAAGTCAGCTTAAATATTGCATATCTCTGCGATGTGACTAATGCGGA	118895

AL953892.7	1301	TGCACACATTGCGATATTAAAGACCCTAATAAAGACCCTAACAAACCAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118896	TGCACACATTGCGATATTAAAGACCCTAATAAAGACCCTAACAAACCAGA	118945

AL953892.7	1351	CCCTGGAATGAAGTTTTTGTCCAAATAATTAACCAGTAATAGTTTTGAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118946	CCCTGGAATGAAGTTTTTGTCCAAATAATTAACCAGTAATAGTTTTGAAG	118995

AL953892.7	1401	AGACATGAAATATGTCAAATCAATGACACTCTTTATCCTTTTAATTAGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	118996	AGACATGAAATATGTCAAATCAATGACACTCTTTATCCTTTTAATTAGTG	119045

AL953892.7	1451	TCATTTATCAGAGACGGACGTCACCGATTCATTTCCGCTCCCTCGCCACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119046	TCATTTATCAGAGACGGACGTCACCGATTCATTTCCGCTCCCTCGCCACC	119095

AL953892.7	1501	TATGAAGAAAAAATTAACCGCATGTACATCAAAGCCACTTCTGCCATTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119096	TATGAAGAAAAAATTAACCGCATGTACATCAAAGCCACTTCTGCCATTGA	119145

AL953892.7	1551	CTGTCATATTGCATTTAACAGAAGGGAAAGGGGAAAGTGACATTTACTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119146	CTGTCATATTGCATTTAACAGAAGGGAAAGGGGAAAGTGACATTTACTGC	119195

AL953892.7	1601	GGAGCGGAGCGATTGTGCTCTAAAGATTTATGTCTGAAACGCTGGTGGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119196	GGAGCGGAGCGATTGTGCTCTAAAGATTTATGTCTGAAACGCTGGTGGAT	119245

AL953892.7	1651	CCATGAGGAGAAAAGTGCAATTTCACAACGCCATTCACTTTCAAATAACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119246	CCATGAGGAGAAAAGTGCAATTTCACAACGCCATTCACTTTCAAATAACC	119295

AL953892.7	1701	TCCATTCACACCTTCCTCTTCATCAGAAAGCCTCATAGAAGAGACAGGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119296	TCCATTCACACCTTCCTCTTCATCAGAAAGCCTCATAGAAGAGACAGGAA	119345

AL953892.7	1751	ACACTCTTCATCGTTACCCCATCTCTAATTGCATCAGAGCTGTGAATGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119346	ACACTCTTCATCGTTACCCCATCTCTAATTGCATCAGAGCTGTGAATGTC	119395

AL953892.7	1801	CACTTATAAAGCACTGGCACAATGCACAAATGACCATGCGAGGAAGACAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119396	CACTTATAAAGCACTGGCACAATGCACAAATGACCATGCGAGGAAGACAA	119445

AL953892.7	1851	AGAAATAGTCCTTCATTAATATATCTTTAAAAAGACCATTTTCAGTTTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119446	AGAAATAGTCCTTCATTAATATATCTTTAAAAAGACCATTTTCAGTTTAT	119495

AL953892.7	1901	AATTATACATAAATATAAAACACTTAACTTTATTTAGAAGCAAATATGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119496	AATTATACATAAATATAAAACACTTAACTTTATTTAGAAGCAAATATGGA	119545

AL953892.7	1951	AGAAAAATTTGTAAAACATACTTATTTTATAAATATGTTAATATAAAATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005186.9	119546	AGAAAAATTTGTAAAACATACTTATTTTATAAATATGTTAATATAAAATT	119595

Overview

Query
AL953892.7 - 202472 bps
Hit
BX005186.9 - 119595 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193320001200011175961195951
287.061532803876839047-129225295101
380.8466194152302152495132500326871
478.2987313135495135807141881422071
580.27922827084771128141914422071
680.15531368693787072-147616477511
785.411112281706517292157424576561
888.1263102202291202392-157463575631
988.241111922919129382157470576561
1084.65921911708117271160940611281
1198.0653103586688172045721471
1282.7956124160364160487172690728111
1393.6781141155330155470175130752711
1482.43862943908339376177015773101
1587.191342331708217314179963802041
1686.2968123114984115106180011801341
1789.532203716687567245182628829901
1886.74961827634276523186575867551
1985.53167319160192160510198936992531
2089.021602532918929441-198989992341
2178.22752514159641846-199006992531
2288.78129202289882918911077311079261
2381.05752443072630969-11127921130391
2496.5552116697426985711181811182961
Short-link