<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248400.3	1	CTACCCAAATGCCCATCAATGATAAACTGGATAAAGAAAATATGGCACGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94210	CTACCCAAATGCCCATCAATGATAAACTGGATAAAGAAAATATGGCACGT	94259

BX248400.3	51	ATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAGGGATGAGTTCATGTCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94260	ATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAGGGATGAGTTCATGTCCT	94309

BX248400.3	101	TTGCAGGGACATGGATGACACTGGAAAGCATCATTCTCAGCAAACTATCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94310	TTGCAGGGACATGGATGACACTGGAAAGCATCATTCTCAGCAAACTATCA	94359

BX248400.3	151	CAAGAACAGAAAACCAAAACAGAGAACCGCTTGTTCTCACTCATAGGTGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94360	CAAGAACAGAAAACCAAAACAGAGAACCGCTTGTTCTCACTCATAGGTGG	94409

BX248400.3	201	GAGTTGAACAGTGAGAACACATGCACACAGGGAGGGGAACATCACACCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94410	GAGTTGAACAGTGAGAACACATGCACACAGGGAGGGGAACATCACACCCC	94459

BX248400.3	251	AGGGCCTGTCAGGGGGTGGGAGGGTAGGGAAGGGGTAGCATTAGGAGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94460	AGGGCCTGTCAGGGGGTGGGAGGGTAGGGAAGGGGTAGCATTAGGAGAAA	94509

BX248400.3	301	TACCTAATGTAGATGACGGGTTGATGGGTGCAGCAAACCACCATGGTACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94510	TACCTAATGTAGATGACGGGTTGATGGGTGCAGCAAACCACCATGGTACA	94559

BX248400.3	351	TGTATACCTATGTAACAAACCTGCACGTTCTGCACAGGTACCCCAGAACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94560	TGTATACCTATGTAACAAACCTGCACGTTCTGCACAGGTACCCCAGAACT	94609

BX248400.3	401	TAAAGTATAATAATAAAAAAAAGGAAGTTAAAAAAAATTACTAAGAGTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94610	TAAAGTATAATAATAAAAAAAAGGAAGTTAAAAAAAATTACTAAGAGTTT	94659

BX248400.3	451	CAAGACAGTGACCACAAAGCATTAAATCAAACATAGGGCCCTTCTGAGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94660	CAAGACAGTGACCACAAAGCATTAAATCAAACATAGGGCCCTTCTGAGTG	94709

BX248400.3	501	CAGGGTCCTTTGTGACTGCATGGGTCGCAGGCCCATGAAGCTTCCTTTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94710	CAGGGTCCTTTGTGACTGCATGGGTCGCAGGCCCATGAAGCTTCCTTTGT	94759

BX248400.3	551	AATAAAAGAAAATTTAAAACAAATAATATGTACAATCACAAAGAGACAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94760	AATAAAAGAAAATTTAAAACAAATAATATGTACAATCACAAAGAGACAAT	94809

BX248400.3	601	ACATAAAGAAGAAAATTGCTGATCATGACTTCATTAAAATAGCGAATGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94810	ACATAAAGAAGAAAATTGCTGATCATGACTTCATTAAAATAGCGAATGGC	94859

BX248400.3	651	TAGTCAACTAAGAAAATTGTAGATAAAATTAAGATGAATAATATTTGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94860	TAGTCAACTAAGAAAATTGTAGATAAAATTAAGATGAATAATATTTGAAA	94909

BX248400.3	701	GAGCACAATACAGTGATCACTAGAACTAAGGAGCCTCAGTTTGAGTCCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94910	GAGCACAATACAGTGATCACTAGAACTAAGGAGCCTCAGTTTGAGTCCTG	94959

BX248400.3	751	GTTTCACAATATATCACAAGAAGAAAAATTTACTTAAATCCTTTGAGCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	94960	GTTTCACAATATATCACAAGAAGAAAAATTTACTTAAATCCTTTGAGCCT	95009

BX248400.3	801	CAGTTTTCTTGTGATATAAGATAAATGACTGTATTACTTACTTCATTGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95010	CAGTTTTCTTGTGATATAAGATAAATGACTGTATTACTTACTTCATTGGG	95059

BX248400.3	851	TTTTTGTGAGAATTAAGAGAGCTAATAGATGTAAAGAACTTAGAACAATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95060	TTTTTGTGAGAATTAAGAGAGCTAATAGATGTAAAGAACTTAGAACAATA	95109

BX248400.3	901	CCTTACACATAATAAGCATGCAATAAATAGTATTCATTTGTATTATATTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95110	CCTTACACATAATAAGCATGCAATAAATAGTATTCATTTGTATTATATTC	95159

BX248400.3	951	ACAGTGTATAAAATAACAAGAAGTTGAGGGCTGGCCAAGATGGCCAACGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95160	ACAGTGTATAAAATAACAAGAAGTTGAGGGCTGGCCAAGATGGCCAACGA	95209

BX248400.3	1001	GAAGCACCTATTGTGCACCGCTGTCACAGAGCAAAATAGAAGAGGCAAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95210	GAAGCACCTATTGTGCACCGCTGTCACAGAGCAAAATAGAAGAGGCAAGT	95259

BX248400.3	1051	AAATACAGTATCTTCAACTGAACTGGGTACGTGCATTGGGATTCATCAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95260	AAATACAGTATCTTCAACTGAACTGGGTACGTGCATTGGGATTCATCAAG	95309

BX248400.3	1101	AAAACAACCCAACCCACAGAGAACAGAGAAAAGCAAGGCAGGACAACCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95310	AAAACAACCCAACCCACAGAGAACAGAGAAAAGCAAGGCAGGACAACCAC	95359

BX248400.3	1151	CCACTTGGGAATGACATGTAGCCAGGGTAGCCTCCCCTGCCCAGAGAAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95360	CCACTTGGGAATGACATGTAGCCAGGGTAGCCTCCCCTGCCCAGAGAAGT	95409

BX248400.3	1201	GGTGAGTGAGTGAGCGACCTTGGGAACCCATACTTTTCCCACAGAACTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95410	GGTGAGTGAGTGAGCGACCTTGGGAACCCATACTTTTCCCACAGAACTTT	95459

BX248400.3	1251	GCAACCCTCAGGTCAGGAGATCCCTCATGAACTCACTCCACCAGGGCCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95460	GCAACCCTCAGGTCAGGAGATCCCTCATGAACTCACTCCACCAGGGCCTT	95509

BX248400.3	1301	CAGTCTGACATGCAAAGCTATGTGGAGTCTCGTCAGAGCATCCACTCAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95510	CAGTCTGACATGCAAAGCTATGTGGAGTCTCGTCAGAGCATCCACTCAGG	95559

BX248400.3	1351	CACACTGGAAGCCACAGGAGCTTTAGATACCCAGGCTTCCCAGCAAAAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95560	CACACTGGAAGCCACAGGAGCTTTAGATACCCAGGCTTCCCAGCAAAAGT	95609

BX248400.3	1401	AACTGCAACTCTGGCAAACTGGGAGGTTAGACACCCCCCCCCATATATAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95610	AACTGCAACTCTGGCAAACTGGGAGGTTAGACACCCCCCCCCATATATAC	95659

BX248400.3	1451	CCCTAGAAAACGGTCTAAATCCACGGGGCTGAGCAATGACTATCTGCAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95660	CCCTAGAAAACGGTCTAAATCCACGGGGCTGAGCAATGACTATCTGCAAG	95709

BX248400.3	1501	CCCCATTTCCATGGAACATCACAGGATAAGACCCAATAGCTTTGAACTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95710	CCCCATTTCCATGGAACATCACAGGATAAGACCCAATAGCTTTGAACTCT	95759

BX248400.3	1551	AGGCTGCCATGGGTAGCAACATTATACCTCCCTGAGATGGAGATCTCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95760	AGGCTGCCATGGGTAGCAACATTATACCTCCCTGAGATGGAGATCTCAGA	95809

BX248400.3	1601	GGGAGGCTTGGGCTGCCTTCTTTGCTGTTTCATAGCCTTAACCATTGGTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95810	GGGAGGCTTGGGCTGCCTTCTTTGCTGTTTCATAGCCTTAACCATTGGTG	95859

BX248400.3	1651	CCTTCAGGCTCTGGGGAATCTGAGGTGACTAGGGACTGGAGTGGTACCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95860	CCTTCAGGCTCTGGGGAATCTGAGGTGACTAGGGACTGGAGTGGTACCCC	95909

BX248400.3	1701	AGCACAACATAGCAGCTCTACAAAGAGATGGCCAGACCACTTTTTCATGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95910	AGCACAACATAGCAGCTCTACAAAGAGATGGCCAGACCACTTTTTCATGT	95959

BX248400.3	1751	GGGTCTCAGATCCCATTTCTGTTTACTGGGAGGAATCCCCTGACCGAGGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	95960	GGGTCTCAGATCCCATTTCTGTTTACTGGGAGGAATCCCCTGACCGAGGT	96009

BX248400.3	1801	CTACAACCACTTCTGCTGGTGTTTTCCGGCCAGTAGCAATCCCAAACCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	96010	CTACAACCACTTCTGCTGGTGTTTTCCGGCCAGTAGCAATCCCAAACCTC	96059

BX248400.3	1851	CCTAGCAGAGCTCCCAGAGGAGGGGTAGGCCTCCATCTTTACTGTTTTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	96060	CCTAGCAGAGCTCCCAGAGGAGGGGTAGGCCTCCATCTTTACTGTTTTGC	96109

BX248400.3	1901	AGGCTTAGCCATTGTCACTTTTGGGCTTTGGAGAGCTGGAAGCAACTGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	96110	AGGCTTAGCCATTGTCACTTTTGGGCTTTGGAGAGCTGGAAGCAACTGGG	96159

BX248400.3	1951	GGCTGGAGTAGACCCCAAAGACAGCATAGCTGCTCTATGAAAAAGTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005133.4	96160	GGCTGGAGTAGACCCCAAAGACAGCATAGCTGCTCTATGAAAAAGTGGCC	96209

Overview

Query
BX248400.3 - 35283 bps
Hit
BX005133.4 - 96209 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link