<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX323864.8	2000	AAGCTTTAAATAATCTAGTTCCTGTTTATCTAACCAACGTTCTGTCTCGC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1	AAGCTTTAAATAATCTAGTTCCTGTTTATCTAACCAACGTTCTGTCTCGC	50

C  BX323864.8	1950	CACAATCCAACCTGCTCTTTAAGATCTTAAAACTTTTTAGTAAAGCATAC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	51	CACAATCCAACCTGCTCTTTAAGATCTTAAAACTTTTTAGTAAAGCATAC	100

C  BX323864.8	1900	ACTCAATGCATCACATATCGGTATGATTAATGAATGTGCTCCAAGCAGGT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	101	ACTCAATGCATCACATATCGGTATGATTAATGAATGTGCTCCAAGCAGGT	150

C  BX323864.8	1850	GAGCTGGCTTGACAACCACCTGTAGAACACACTCCCACTGTTTTAATGCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	151	GAGCTGGCTTGACAACCACCTGTAGAACACACTCCCACTGTTTTAATGCA	200

C  BX323864.8	1800	CCATACACCATTTGTTAGAAACTCTCATATGCTTCACATTTTTGTCTCTG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	201	CCATACACCATTTGTTAGAAACTCTCATATGCTTCACATTTTTGTCTCTG	250

C  BX323864.8	1750	TTTTTTTATATAACTACTATTTTAATTTTTTTAACGTCATTTTTGCATCT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	251	TTTTTTTATATAACTACTATTTTAATTTTTTTAACGTCATTTTTGCATCT	300

C  BX323864.8	1700	CGTTTAAATACACTTTGAACAACATCTACGCTAATTATTTTCTTTATTAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	301	CGTTTAAATACACTTTGAACAACATCTACGCTAATTATTTTCTTTATTAT	350

C  BX323864.8	1650	ATCAGGCCGTATCCTGAGTTGATGCTATATATATATAGTTGATGCTATAT	1601
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
  BX005070.10	351	ATCAGGCCGTATCCTGAGTTGATGCTATATATATATAGTTGATGC--TAT	398

C  BX323864.8	1600	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	399	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	448

C  BX323864.8	1550	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	449	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTT	498

C  BX323864.8	1500	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCATTGACTTCGGCAATTAAAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	499	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCATTGACTTCGGCAATTAAAG	548

C  BX323864.8	1450	TTTTATTTCTCGCCACTGTTGGGACTGGCTTGCTTGGATTGGGACTTGTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	549	TTTTATTTCTCGCCACTGTTGGGACTGGCTTGCTTGGATTGGGACTTGTA	598

C  BX323864.8	1400	GAGCTGTGAAATTTTCAGCTGTGAAATTTAAACCACACTGAACTGAACTG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	599	GAGCTGTGAAATTTTCAGCTGTGAAATTTAAACCACACTGAACTGAACTG	648

C  BX323864.8	1350	AACTAAACTAAACTGAACTTCAACTCTGTAAATCTGGACTTTACTAAAAT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	649	AACTAAACTAAACTGAACTTCAACTCTGTAAATCTGGACTTTACTAAAAT	698

C  BX323864.8	1300	GTCTATGTTAAGCTGCTCACCAAGGCTGCATTTATTTAATCAAAAATACA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	699	GTCTATGTTAAGCTGCTCACCAAGGCTGCATTTATTTAATCAAAAATACA	748

C  BX323864.8	1250	GTACAAATTGTAAAATGTTATTGCACTATAAAATAACTGTTTAAATATAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	749	GTACAAATTGTAAAATGTTATTGCACTATAAAATAACTGTTTAAATATAG	798

C  BX323864.8	1200	TTTATCGTTTAATTTAATAATTTATTATAGTGATTTTAATGATGAATATT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	799	TTTATCGTTTAATTTAATAATTTATTATAGTGATTTTAATGATGAATATT	848

C  BX323864.8	1150	TAGATTTACATGATCCTTAAGAAATCACTTAAATTGTTATTATTATTATT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	849	TAGATTTACATGATCCTTAAGAAATCACTTAAATTGTTATTATTATTATT	898

C  BX323864.8	1100	ATTATTATTATCGGTAATGGTAATAGTAATAAAAGCAATAATGACTAAAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	899	ATTATTATTATCGGTAATGGTAATAGTAATAAAAGCAATAATGACTAAAG	948

C  BX323864.8	1050	TAATAACTTCATTTGAAACTACATACAATAAGTAAAACATAAATATTTAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	949	TAATAACTTCATTTGAAACTACATACAATAAGTAAAACATAAATATTTAA	998

C  BX323864.8	1000	TAAATAAGTCTTTAACAATTTACCATATTTGTTTTATGTTTAATTTATGC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	999	TAAATAAGTCTTTAACAATTTACCATATTTGTTTTATGTTTAATTTATGC	1048

C  BX323864.8	950	TGCCTTGATCAACAAAATAATTTTATTTAAATTATTAAATAAAATTAATA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1049	TGCCTTGATCAACAAAATAATTTTATTTAAATTATTAAATAAAATTAATA	1098

C  BX323864.8	900	ATTAAAGAAACACTGACCTGAATCTTTTCACTGGTACTGTATATAATTAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1099	ATTAAAGAAACACTGACCTGAATCTTTTCACTGGTACTGTATATAATTAT	1148

C  BX323864.8	850	TAATTTTCATTTAAATGTATTTTTTATTTTATTTAAATTTAAAGTAAAGG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1149	TAATTTTCATTTAAATGTATTTTTTATTTTATTTAAATTTAAAGTAAAGG	1198

C  BX323864.8	800	TAAATGTAACAGTAATTTTATTACTATTATTATTTTTTTGTATTTTAAAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1199	TAAATGTAACAGTAATTTTATTACTATTATTATTTTTTTGTATTTTAAAA	1248

C  BX323864.8	750	TTGAATTTGGATTTAATTTGTATTTATTTCAAATAGCATCATTATTGCAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1249	TTGAATTTGGATTTAATTTGTATTTATTTCAAATAGCATCATTATTGCAC	1298

C  BX323864.8	700	AAAACTTTACTTCAGTCGTACATAATACTGTACAATATTATGCAAAATAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1299	AAAACTTTACTTCAGTCGTACATAATACTGTACAATATTATGCAAAATAT	1348

C  BX323864.8	650	TATGCAAAAGTGGTATTTAAGGTTTAAACACAAGTAGTGCAATATGATTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1349	TATGCAAAAGTGGTATTTAAGGTTTAAACACAAGTAGTGCAATATGATTT	1398

C  BX323864.8	600	GTGGTGCACTGGCAAGTAAACTTGGAGTGTTTATTGGAAAGTGTCGGGCG	551
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  BX005070.10	1399	GTGGTGCACTGGCAAGTAAACTTGGAGTGTTTATTGGAAAGTGTCGGGCG	1448

C  BX323864.8	550	CATATAGATAAAAAATGGCTTATTTATACAGGGTAATTAAAAAAGAATAC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1449	CATATAGATAAAAAATGGCTTATTTATACAGGGTAATTAAAAAAGAATAC	1498

C  BX323864.8	500	CACAACTTTGAAAACGCTGCAAAGAAGTAAAATAGAGCTTAGCTCTTTCT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1499	CACAACTTTGAAAACGCTGCAAAGAAGTAAAATAGAGCTTAGCTCTTTCT	1548

C  BX323864.8	450	GACGTCTATTTAAAAAGCTCTGAAGTTTAACATTGAGGAACTAAAAGAAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1549	GACGTCTATTTAAAAAGCTCTGAAGTTTAACATTGAGGAACTAAAAGAAG	1598

C  BX323864.8	400	GAATAACTGCAGCTATCCAAACGGTTGCGCCCGACATGTTACAGAGAGTG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1599	GAATAACTGCAGCTATCCAAACGGTTGCGCCCGACATGTTACAGAGAGTG	1648

C  BX323864.8	350	TGGAACGAGTTCGAGTATCAGGTTGATACCACTCGAGTGTCTGGAGGGGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1649	TGGAACGAGTTCGAGTATCAGGTTGATACCACTCGAGTGTCTGGAGGGGG	1698

C  BX323864.8	300	TCATAATGAATATCTATGCTATGCTTGTTTTCTACTAAAAAAAAAAAAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1699	TCATAATGAATATCTATGCTATGCTTGTTTTCTACTAAAAAAAAAAAAAA	1748

C  BX323864.8	250	AAACTTGGTTAAGTACTCTTTACATTGTTTAATTACCCAAGGTTCCAACA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1749	AAACTTGGTTAAGTACTCTTTACATTGTTTAATTACCCAAGGTTCCAACA	1798

C  BX323864.8	200	TGTTTCTTTGATTAAATGCAGATTTTGTGAAATTCCTTTTGAATCACCCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1799	TGTTTCTTTGATTAAATGCAGATTTTGTGAAATTCCTTTTGAATCACCCT	1848

C  BX323864.8	150	GTAGTATTAATGCTTCCCTTACTGACAACTGTAGGTAAAAGGACACCATG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1849	GTAGTATTAATGCTTCCCTTACTGACAACTGTAGGTAAAAGGACACCATG	1898

C  BX323864.8	100	CATTATTAAATTGTTCTGACCAGAATTATGGCCTTCACATAGAAGCTGGA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1899	CATTATTAAATTGTTCTGACCAGAATTATGGCCTTCACATAGAAGCTGGA	1948

C  BX323864.8	50	GGAATCGGAAAAGATCACAGGTCAGCTGTTCATCTGCCATTACTTTATCA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005070.10	1949	GGAATCGGAAAAGATCACAGGTCAGCTGTTCATCTGCCATTACTTTATCA	1998

Compact alignment

skip 350 bps 100% identity alignment

C  BX323864.8	1650	ATCAGGCCGTATCCTGAGTTGATGCTATATATATATAGTTGATGCTATAT	1601
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
  BX005070.10	351	ATCAGGCCGTATCCTGAGTTGATGCTATATATATATAGTTGATGC--TAT	398

skip 1600 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX323864.8 - 154824 bps
Hit
BX005070.10 - 242955 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.91839200012000-1119981
285.222225191607616594-1849990191
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