<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX511135.6	162977	GAATTCAGTTTTTTTGCTGTAGTTGATTTACAGTATGTTACTGGTAAACT	163026
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1	GAATTCAGTTTTTTTGCTGTAGTTGATTTACAGTATGTTACTGGTAAACT	50

BX511135.6	163027	ACTGGCAGTAAGTTAACCGTATGTTACTAGTTACTAGACCAGTGGTTCTC	163076
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	51	ACTGGCAGTAAGTTAACCGTATGTTACTAGTTACTAGACCAGTGGTTCTC	100

BX511135.6	163077	AAAGTGGGAGTCGGGACCCCCAGGGGAGGTTGCGGGACAATGATGGTGTT	163126
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	101	AAAGTGGGAGTCGGGACCCCCAGGGGAGGTTGCGGGACAATGATGGTGTT	150

BX511135.6	163127	TTACAAAAATCAGATTCATTTTATTAAACTATTAGAATTACCATATTTTA	163176
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	151	TTACAAAAATCAGATTCATTTTATTAAACTATTAGAATTACCATATTTTA	200

BX511135.6	163177	TCCATAACCTACAAAAGATAAAAAATAGTTAATATAGTTATATTAAGAAA	163226
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	201	TCCATAACCTACAAAAGATAAAAAATAGTTAATATAGTTATATTAAGAAA	250

BX511135.6	163227	ACATGCAAATACGGCCATCAGACTTTCAAGTTTTTTGTGACCCCTGGGGT	163276
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	251	ACATGCAAATACGGCCATCAGACTTTCAAGTTTTTTGTGACCCCTGGGGT	300

BX511135.6	163277	GATTACGTTGCATTAAAGACAGAGCACATTGATTTTATGGCACCAGGTTA	163326
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	301	GATTACGTTGCATTAAAGACAGAGCACATTGATTTTATGGCACCAGGTTA	350

BX511135.6	163327	AACCCTCTAACAACTTTACAGCACTTATGTACACTAAAAATAAATACAGG	163376
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	351	AACCCTCTAACAACTTTACAGCACTTATGTACACTAAAAATAAATACAGG	400

BX511135.6	163377	CACAACAGAGAACAGTGGTGTTCTTGAAAATTAAATGATGAATAGACTTG	163426
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	401	CACAACAGAGAACAGTGGTGTTCTTGAAAATTAAATGATGAATAGACTTG	450

BX511135.6	163427	GGCCTATTGGTATGTATGCGCCGTTGTGTGAAAAGTTTATATATTCATAA	163476
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	451	GGCCTATTGGTATGTATGCGCCGTTGTGTGAAAAGTTTATATATTCATAA	500

BX511135.6	163477	CCACCTCAGAGGATATTGGGGTCATGAGTCACTGTCATTGTTATTTTAGG	163526
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	501	CCACCTCAGAGGATATTGGGGTCATGAGTCACTGTCATTGTTATTTTAGG	550

BX511135.6	163527	GGTCATGGGCTGAAAAGTTTGGGAACCCCTGCACTAGACACCATAACAAG	163576
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	551	GGTCATGGGCTGAAAAGTTTGGGAACCCCTGCACTAGACACCATAACAAG	600

BX511135.6	163577	TATACATTTTGGTGTTTCATCTGTCATGTAAAGTATCTAAACGTAAATAA	163626
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	601	TATACATTTTGGTGTTTCATCTGTCATGTAAAGTATCTAAACGTAAATAA	650

BX511135.6	163627	TTGTTTCTTTCTTGTAGTATAGCTAATATGTTTTCTTCCCCAGCCCTGAG	163676
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	651	TTGTTTCTTTCTTGTAGTATAGCTAATATGTTTTCTTCCCCAGCCCTGAG	700

BX511135.6	163677	TCGTAGAGGCCAACCTTCACACTTTCTCTCACACTAGTTTGAAGCTACTG	163726
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	701	TCGTAGAGGCCAACCTTCACACTTTCTCTCACACTAGTTTGAAGCTACTG	750

BX511135.6	163727	TGTTCAGCTAGATAGACCAAAGATGGCACAGGATGAAAGACTTCTTATCG	163776
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	751	TGTTCAGCTAGATAGACCAAAGATGGCACAGGATGAAAGACTTCTTATCG	800

BX511135.6	163777	GCGTCTCTCGTGTCAGGGAGGAAGAGGCCACACCCTGTCTTATCACCCTC	163826
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	801	GCGTCTCTCGTGTCAGGGAGGAAGAGGCCACACCCTGTCTTATCACCCTC	850

BX511135.6	163827	GGCCGGAGGGGTCAATGACATCACATAGGGCCTCCTCACGCACTCGATTA	163876
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	851	GGCCGGAGGGGTCAATGACATCACATAGGGCCTCCTCACGCACTCGATTA	900

BX511135.6	163877	CTAATGTGCCTTTATAATACTGACTCATCGCACTGTCCTGTCTGTTCACA	163926
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	901	CTAATGTGCCTTTATAATACTGACTCATCGCACTGTCCTGTCTGTTCACA	950

BX511135.6	163927	GCAGACGTCATGGATGGACTTATGCCAATGCCAATATCAGTATTATCTAT	163976
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	951	GCAGACGTCATGGATGGACTTATGCCAATGCCAATATCAGTATTATCTAT	1000

BX511135.6	163977	TTTTATAACTTCTGAAAATGGCACAGGACGTGTCGTACAGTTTGTTTTTC	164026
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1001	TTTTATAACTTCTGAAAATGGCACAGGACGTGTCGTACAGTTTGTTTTTC	1050

BX511135.6	164027	CCTGGCACATGTGACAAACTAAATTCTTCACATTTTGAAATGGTCAATGA	164076
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1051	CCTGGCACATGTGACAAACTAAATTCTTCACATTTTGAAATGGTCAATGA	1100

BX511135.6	164077	GAAATTAAAATCGGAGCCTATTTACTTTTTCTATTTTAGGAGGTTTCACC	164126
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1101	GAAATTAAAATCGGAGCCTATTTACTTTTTCTATTTTAGGAGGTTTCACC	1150

BX511135.6	164127	TTTAAAGTTATAGGATGATGGAGATTATAGACAGGATTGTGGAGAGCAGA	164176
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1151	TTTAAAGTTATAGGATGATGGAGATTATAGACAGGATTGTGGAGAGCAGA	1200

BX511135.6	164177	GAGAGGAGAAGGATCAGCGTAGGACTAAGCAGGGAATCGAACTCAACTCG	164226
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1201	GAGAGGAGAAGGATCAGCGTAGGACTAAGCAGGGAATCGAACTCAACTCG	1250

BX511135.6	164227	CTGTGAGCACAGCGCCATGTGTCTACGCATTAACAACAAAGCTATGGAAG	164276
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1251	CTGTGAGCACAGCGCCATGTGTCTACGCATTAACAACAAAGCTATGGAAG	1300

BX511135.6	164277	CAGACCCATGTTTACTTTTTTAAAGCACATTCTTGGTCTTTTTGAGTAAT	164326
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1301	CAGACCCATGTTTACTTTTTTAAAGCACATTCTTGGTCTTTTTGAGTAAT	1350

BX511135.6	164327	TCATTTGTGCAATAGTGTCAAAATACAGACATGTGAATAGTCCAGAAAGA	164376
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1351	TCATTTGTGCAATAGTGTCAAAATACAGACATGTGAATAGTCCAGAAAGA	1400

BX511135.6	164377	ACAATATATTCAGTGTTTTGCAGTGAGCTATTTTCACCTCTGCTGTGTGT	164426
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1401	ACAATATATTCAGTGTTTTGCAGTGAGCTATTTTCACCTCTGCTGTGTGT	1450

BX511135.6	164427	ATGTGCTAGTTTTGTCTACTGCTACTCTAGGACCTGTTGTAAATGTGTTG	164476
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1451	ATGTGCTAGTTTTGTCTACTGCTACTCTAGGACCTGTTGTAAATGTGTTG	1500

BX511135.6	164477	ATTGGGTTGCCTACAGTCTGTTAAAGACCTAGATCTGTATGGATTTATTT	164526
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1501	ATTGGGTTGCCTACAGTCTGTTAAAGACCTAGATCTGTATGGATTTATTT	1550

BX511135.6	164527	AAGAGCACTGGTTTTAGATCAGTCCTCAGTACATGAATGCCAATTACCAC	164576
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1551	AAGAGCACTGGTTTTAGATCAGTCCTCAGTACATGAATGCCAATTACCAC	1600

BX511135.6	164577	TGTGTGGATGCAGCTTAGAAAACGTTCTCAGAACGAAGAGTTGTTCTTGT	164626
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1601	TGTGTGGATGCAGCTTAGAAAACGTTCTCAGAACGAAGAGTTGTTCTTGT	1650

BX511135.6	164627	TTAATTGAATTATTTGCTTTGACAAAATTCCTAATAGGAAATCACAAATT	164676
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1651	TTAATTGAATTATTTGCTTTGACAAAATTCCTAATAGGAAATCACAAATT	1700

BX511135.6	164677	CCAAGTATTTTGGTATATATGGATGGGAAAAGGTTTGTTGTGTTAAAATA	164726
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1701	CCAAGTATTTTGGTATATATGGATGGGAAAAGGTTTGTTGTGTTAAAATA	1750

BX511135.6	164727	AAGTTTAACCTTTTAACTGCCTGCTCCACCAAATGGTTAACCCTATTTTG	164776
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1751	AAGTTTAACCTTTTAACTGCCTGCTCCACCAAATGGTTAACCCTATTTTG	1800

BX511135.6	164777	ACTGTTTAAATGATGACTGTTAAAGTCATTTAAAGAGTGACTGTTTAAAA	164826
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1801	ACTGTTTAAATGATGACTGTTAAAGTCATTTAAAGAGTGACTGTTTAAAA	1850

BX511135.6	164827	TAATGGTTGACACACATAGCATTGTTGGTTTACAAAACAATCAAGCAGAC	164876
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1851	TAATGGTTGACACACATAGCATTGTTGGTTTACAAAACAATCAAGCAGAC	1900

BX511135.6	164877	ATAATCCTGTTGCACTATTACACTTGATTTTGGTTTTATTGTAAAAACAA	164926
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1901	ATAATCCTGTTGCACTATTACACTTGATTTTGGTTTTATTGTAAAAACAA	1950

BX511135.6	164927	GCTGTAGTGGCAATTTTCTTTAAGGACTCTCTCTCAGTGGTCAAGAAGAC	164976
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005059.4	1951	GCTGTAGTGGCAATTTTCTTTAAGGACTCTCTCTCAGTGGTCAAGAAGAC	2000

Overview

Query
BX511135.6 - 164976 bps
Hit
BX005059.4 - 194603 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195620001629771649761120001
297.6611712848061481881284429711
389.851061874659546781-1500051861
410010213729756298921531454501
579.621023192926529583116749170671
682.971885067135471859141144416421
787.32176344136891137234-141296416421
883.79149361157644158004141307416701
986.14140314133234133547163174634761
1080.2719960616412246182237828441
1186.162123771367214048-190801911831
1284.191743448034380686-190836911831
1382.49962198257482792-11031271033431
1486.4612927414467514494811193791196441
1585.28161359157646158004-11193811197401
1683.21925157134571859-11194091199201
1787.0516632913689113721911194091197401
1885.9414531213323413354511195421198541
1981.851113062467624981-11588291591201
2083.372335041355914062-11665991670851
2183.5138307292852959111734081737221
Short-link