<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

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  CR925806.6	51	CTCATAGACTTCGACTCGCCACCAGAAGGAACAGTGACCTCTGATCTTGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	1986	CTCATAGACTTCGACTCGCCACCAGAAGGAACAGTGACCTCTGATCTTGG	1937

  CR925806.6	101	TCCTCCCAGTGGAGCAGACTTTTTCTCATCCCCGCCTCTCGTTCCTGAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	1936	TCCTCCCAGTGGAGCAGACTTTTTCTCATCCCCGCCTCTCGTTCCTGAGC	1887

  CR925806.6	151	CGGCGAGTGATGTCACTATGGAGCCGCTTCTACCCGAACCCATGGCCCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	1886	CGGCGAGTGATGTCACTATGGAGCCGCTTCTACCCGAACCCATGGCCCCC	1837

  CR925806.6	201	ACGCACACGCCTCGTAGAGAAGAAGACAGTGATGCCACTGAATCTGCCGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	1836	ACGCACACGCCTCGTAGAGAAGAAGACAGTGATGCCACTGAATCTGCCGA	1787

  CR925806.6	251	CAGCGAGAACGAGGGCACAGAATCCCCATCACACCCGTCCAGCACAAGGC	300
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C  BX005041.11	1786	CAGCGAGAACGAGGGCACAGAATCCCCATCACACCCGTCCAGCACAAGGC	1737

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  CR925806.6	351	ATACGCGCATTCATGAAAACATATGTGGCAAAGCTCTTCCATGGAGGGTG	400
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  CR925806.6	501	TACTTTTAGTGCTGAGCGATTAATCGTATCCAAAATAAAAGTTTTGACAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	1536	TACTTTTAGTGCTGAGCGATTAATCGTATCCAAAATAAAAGTTTTGACAT	1487

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  CR925806.6	601	AAGATCAGATTAAGTATGTTATTTAATTTTTATATAAATATCTCAATTAC	650
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C  BX005041.11	1436	AAGATCAGATTAAGTATGTTATTTAATTTTTATATAAATATCTCAATTAC	1387

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C  BX005041.11	1386	GCTAAAATGATCATGCAACATTTGGCATTTTATTTTCACAAATGTTAAAA	1337

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C  BX005041.11	1336	AAAACACTTTAGTTGTCTCTTTCTTATAGGTTTATGTTTTAAAGTCAGCC	1287

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C  BX005041.11	1136	CATTATTTTATATTATATTATTTTATATTATATTATAGTATATATATATA	1087

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C  BX005041.11	1086	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1037

  CR925806.6	977	------------TATAATTATTCTTTAAAGTTTATTAATTTAAAGAGCCC	1014
			            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	1036	TATATATATATATATAATTATTCTTTAAAGTTTATTAATTTAAAGAGCCC	987

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C  BX005041.11	986	TTATTATGGGTTTTTAAAAATGACCATCCATGCAGTATGTAACACGGCTC	937

  CR925806.6	1065	TAAGTGAATAGAAACATCCAGCTGAGGTTTAAATCTGGAAGTGCACTATG	1114
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C  BX005041.11	936	TAAGTGAATAGAAACATCCAGCTGAGGTTTAAATCTGGAAGTGCACTATG	887

  CR925806.6	1115	CAACATGTTTAAAATTATTGATTGTTTTGAGTCGACTTAGAATCAGATAC	1164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	886	CAACATGTTTAAAATTATTGATTGTTTTGAGTCGACTTAGAATCAGATAC	837

  CR925806.6	1165	GTCCTTTGTTCAGATTTTTTGCCGACATCGATACAGGACTTCGCCAAATA	1214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	836	GTCCTTTGTTCAGATTTTTTGCCGACATCGATACAGGACTTCGCCAAATA	787

  CR925806.6	1215	TGAACTGCCGGTTTCATAAAACATGAACACGCTTGCAAGGAATCATCACG	1264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	786	TGAACTGCCGGTTTCATAAAACATGAACACGCTTGCAAGGAATCATCACG	737

  CR925806.6	1265	CGAAGATTACTATCGGCCGGACATGCGGCTGTGGGAATTTTCACATCAAT	1314
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C  BX005041.11	736	CGAAGATTACTATCGGCCGGACATGCGGCTGTGGGAATTTTCACATCAAT	687

  CR925806.6	1315	ACCAAAGTATAACATGTGCTGTATGTGTTCCTGTCATTTTTCTGATGATT	1364
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C  BX005041.11	686	ACCAAAGTATAACATGTGCTGTATGTGTTCCTGTCATTTTTCTGATGATT	637

  CR925806.6	1365	GATACAATACAACGCAGGAATATGCTGGTGTTTAACTGCATTGCTTTAAT	1414
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C  BX005041.11	636	GATACAATACAACGCAGGAATATGCTGGTGTTTAACTGCATTGCTTTAAT	587

  CR925806.6	1415	GCACTCCTGCATTGGGCTCACACATATACTCAGTGCTCTGAGTACTTCTT	1464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	586	GCACTCCTGCATTGGGCTCACACATATACTCAGTGCTCTGAGTACTTCTT	537

  CR925806.6	1465	AAGCATGCTGGTCGTTACTCTTTGCTCACGCTGAACGCAGTCGTCCAATG	1514
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C  BX005041.11	536	AAGCATGCTGGTCGTTACTCTTTGCTCACGCTGAACGCAGTCGTCCAATG	487

  CR925806.6	1515	CCAGCAGACTGGGTCATTGGACAAATCAGTACAGATTAGCTTCTCGCAAA	1564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	486	CCAGCAGACTGGGTCATTGGACAAATCAGTACAGATTAGCTTCTCGCAAA	437

  CR925806.6	1565	GCAGGGGTTTGGGGACGAATGAATAGCTGAACAAATCATATAAAACTTGT	1614
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C  BX005041.11	436	GCAGGGGTTTGGGGACGAATGAATAGCTGAACAAATCATATAAAACTTGT	387

  CR925806.6	1615	TGGGATAATTTAGTAAAAAATAAATCCATAATAGAAGACAATGAAAATGT	1664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	386	TGGGATAATTTAGTAAAAAATAAATCCATAATAGAAGACAATGAAAATGT	337

  CR925806.6	1665	TTTTTGACCTTGCACGCATATCAGCCTGTTGTTGGAGACCCCCAAAACAA	1714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	336	TTTTTGACCTTGCACGCATATCAGCCTGTTGTTGGAGACCCCCAAAACAA	287

  CR925806.6	1715	AAATATGATATTTTATAATGCTTAATAGGGGCTCTAATGTTGTTGTTTTT	1764
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C  BX005041.11	286	AAATATGATATTTTATAATGCTTAATAGGGGCTCTAATGTTGTTGTTTTT	237

  CR925806.6	1765	TTTTTTTTTGTAAATACGTGGACACTGATATGTGGACACTAAAATGGGAC	1814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	236	TTTTTTTTTGTAAATACGTGGACACTGATATGTGGACACTAAAATGGGAC	187

  CR925806.6	1815	ATCTTTTTCAATGCGAGTACCAATAAGGTTTTATGGTTTTGGTTTAGGTT	1864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX005041.11	186	ATCTTTTTCAATGCGAGTACCAATAAGGTTTTATGGTTTTGGTTTAGGTT	137

  CR925806.6	1865	ACTATAATAACAGCATCAATGCTAGATGCATATACACGTTTTTATCTACA	1914
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C  BX005041.11	136	ACTATAATAACAGCATCAATGCTAGATGCATATACACGTTTTTATCTACA	87

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C  BX005041.11	86	AAAATTTTCATAGCTTTCAAATCTCATTGGCACATGATAAAACACAATGC	37

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C  BX005041.11	36	CACTGATAAGATCCTCTTGAATGGCTGCCAAAGCTT	1

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

  CR925806.6	951	TATATATATATATATATATATATATA------------------------	976
			||||||||||||||||||||||||||                        
C  BX005041.11	1086	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1037

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C  BX005041.11	1036	TATATATATATATATAATTATTCTTTAAAGTTTATTAATTTAAAGAGCCC	987

skip 986 bps 100% identity alignment

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CR925806.6 - 19523 bps
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