<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR354396.6	2000	AAGCTTTAATTAAGAGAGAGCTATTAAACATCCAATAAAATGACATCATA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1	AAGCTTTAATTAAGAGAGAGCTATTAAACATCCAATAAAATGACATCATA	50

C  CR354396.6	1950	CCTTGCCTGGGCGATTCACTTGTATTGGTTGTCTGTCATGATTGTTCTTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	51	CCTTGCCTGGGCGATTCACTTGTATTGGTTGTCTGTCATGATTGTTCTTG	100

C  CR354396.6	1900	TGCTAAAAGGCATCTCATTTATCACAGTAATGGAGAACTACATTCAGCTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	101	TGCTAAAAGGCATCTCATTTATCACAGTAATGGAGAACTACATTCAGCTT	150

C  CR354396.6	1850	CCCATAAATGCATAGGCAGAAGTGTGTTTTTTTTTGCCTGAAGTATCTCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	151	CCCATAAATGCATAGGCAGAAGTGTGTTTTTTTTTGCCTGAAGTATCTCA	200

C  CR354396.6	1800	TGGGGAATTTTTGCTTTGATGGAAATGTCAGATGTTTCGGTCTAAGAGTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	201	TGGGGAATTTTTGCTTTGATGGAAATGTCAGATGTTTCGGTCTAAGAGTT	250

C  CR354396.6	1750	GTTTTCCCTTAAAACATCTATTAAAGTTGTCAGATAATCTGATGCTATTG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	251	GTTTTCCCTTAAAACATCTATTAAAGTTGTCAGATAATCTGATGCTATTG	300

C  CR354396.6	1700	TTTTTCATTTTTCGACTAGGGTTGCCCACCTGCGGCAATGTGGGCTGAAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	301	TTTTTCATTTTTCGACTAGGGTTGCCCACCTGCGGCAATGTGGGCTGAAA	350

C  CR354396.6	1650	TCAGACTGAATCGATGCTTTGAGTTGAGTTGGCTATTCACATTTTATTTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	351	TCAGACTGAATCGATGCTTTGAGTTGAGTTGGCTATTCACATTTTATTTT	400

C  CR354396.6	1600	ATCCCTCTTATTTTCAGCCTTTGTACTGAATTGATATCTAGAGAATAATC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	401	ATCCCTCTTATTTTCAGCCTTTGTACTGAATTGATATCTAGAGAATAATC	450

C  CR354396.6	1550	TATACTCTATAGATTCCTTTGTAGACTCGGTATTATTTGTATGTCTGATG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	451	TATACTCTATAGATTCCTTTGTAGACTCGGTATTATTTGTATGTCTGATG	500

C  CR354396.6	1500	TATTGCCTTTCTCCTCCTTTTTTCTCTTCCCCGTGATCTTGACCCATCAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	501	TATTGCCTTTCTCCTCCTTTTTTCTCTTCCCCGTGATCTTGACCCATCAC	550

C  CR354396.6	1450	GGTTTCCAGCATGGCTATTTGAGCTGTATTGATCTGTTCATCCTCAGAGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	551	GGTTTCCAGCATGGCTATTTGAGCTGTATTGATCTGTTCATCCTCAGAGA	600

C  CR354396.6	1400	TCCTATTACCTCCCATTCTTTTATATATAGGTGTTTTTTTTTTTTTTTGG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	601	TCCTATTACCTCCCATTCTTTTATATATAGGTGTTTTTTTTTTTTTTTGG	650

C  CR354396.6	1350	TGTGTGTTTACACATTTTTATAAGATCATTAGATAAACTGCACCAATCCA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	651	TGTGTGTTTACACATTTTTATAAGATCATTAGATAAACTGCACCAATCCA	700

C  CR354396.6	1300	TCAGTGTCCTACAGGCTGCCATTGACTCGCGCTCTAAGCCATTAATAATT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	701	TCAGTGTCCTACAGGCTGCCATTGACTCGCGCTCTAAGCCATTAATAATT	750

C  CR354396.6	1250	ATTGCATTTTCTTCATTGCTACAGATTTAATGTGGATGCATTTTCCTGAC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	751	ATTGCATTTTCTTCATTGCTACAGATTTAATGTGGATGCATTTTCCTGAC	800

C  CR354396.6	1200	AGCAAGGTTTTCTGGCCTCCAGACATTCATTTAGAGGTGTTCATTCGCTA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	801	AGCAAGGTTTTCTGGCCTCCAGACATTCATTTAGAGGTGTTCATTCGCTA	850

C  CR354396.6	1150	GCCTGTTTCTGGCTAGCACCCTGAGACTCTGAGCTCTCCAGTCAGGAGTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	851	GCCTGTTTCTGGCTAGCACCCTGAGACTCTGAGCTCTCCAGTCAGGAGTT	900

C  CR354396.6	1100	GGATTTTAAGCTCTGAGGATACATGCAGTATTGTGTTTTTGCTTGACCTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	901	GGATTTTAAGCTCTGAGGATACATGCAGTATTGTGTTTTTGCTTGACCTG	950

C  CR354396.6	1050	AGAGTTCAGATGTTGAATTTTGCTTGAGGTGAAAACATACAAATGTAAAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	951	AGAGTTCAGATGTTGAATTTTGCTTGAGGTGAAAACATACAAATGTAAAC	1000

C  CR354396.6	1000	CTACAATGAAAGATATTTATGTTTTCGAATGCGGGGAATGTGTTGGTCAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1001	CTACAATGAAAGATATTTATGTTTTCGAATGCGGGGAATGTGTTGGTCAG	1050

C  CR354396.6	950	TTATGGTATTATGTTATAACTGTTTTTCATATTTGTCAATGGTCCTTGCA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1051	TTATGGTATTATGTTATAACTGTTTTTCATATTTGTCAATGGTCCTTGCA	1100

C  CR354396.6	900	AACTCCCACACTATTATTTTTGTAAGTGCCTTTCTATCAGAAAAATCCCA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1101	AACTCCCACACTATTATTTTTGTAAGTGCCTTTCTATCAGAAAAATCCCA	1150

C  CR354396.6	850	TGAGTATTTCATTCGCATTATTTGACTTCTTATTGCGGCTGTGTATTAGC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1151	TGAGTATTTCATTCGCATTATTTGACTTCTTATTGCGGCTGTGTATTAGC	1200

C  CR354396.6	800	AAGAAAATTCAAGGCGAAATGGTCTTTATTAACACGAGATATATTGTTAC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1201	AAGAAAATTCAAGGCGAAATGGTCTTTATTAACACGAGATATATTGTTAC	1250

C  CR354396.6	750	TTTTCTACAGGTACTGTGTACTAACAAGGTGACAACGGCCAATACTGGCC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1251	TTTTCTACAGGTACTGTGTACTAACAAGGTGACAACGGCCAATACTGGCC	1300

C  CR354396.6	700	TGACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTATCCCCCCTTTGAATTTTTTTCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1301	TGACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTATCCCCCCTTTGAATTTTTTTCT	1350

C  CR354396.6	650	TTCTTTTAGAGAATTTTTTTCTTCTGGAGAACGTCTCATTTGTTTTATTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1351	TTCTTTTAGAGAATTTTTTTCTTCTGGAGAACGTCTCATTTGTTTTATTT	1400

C  CR354396.6	600	GGGCTATAATAAAAGCAGTTTCTAATTTTTAAAAACATATTTATGGTTAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1401	GGGCTATAATAAAAGCAGTTTCTAATTTTTAAAAACATATTTATGGTTAA	1450

C  CR354396.6	550	TTTTTATCCCCTTTAAGCTATACATGTATATATGTATGTGTTAATTACCC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1451	TTTTTATCCCCTTTAAGCTATACATGTATATATGTATGTGTTAATTACCC	1500

C  CR354396.6	500	CAACCTGCCTAGTAGGTAATGAAGTATTAAGCAGTTCTTCCAAAGAAAAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1501	CAACCTGCCTAGTAGGTAATGAAGTATTAAGCAGTTCTTCCAAAGAAAAC	1550

C  CR354396.6	450	CCATCAAAGCAAAATGCTAGCAGGCGTCTGTATTTCTGCTCATGCTCCGC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1551	CCATCAAAGCAAAATGCTAGCAGGCGTCTGTATTTCTGCTCATGCTCCGC	1600

C  CR354396.6	400	CTCTTTGCCTTTTTTTGGTCAACGTCATTGGGTGCGTTGAGGCACGAACA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1601	CTCTTTGCCTTTTTTTGGTCAACGTCATTGGGTGCGTTGAGGCACGAACA	1650

C  CR354396.6	350	AAATGGTGACGGTTGGCCACACCTACTTGCAGCTACATTTGCTTTCTTCA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1651	AAATGGTGACGGTTGGCCACACCTACTTGCAGCTACATTTGCTTTCTTCA	1700

C  CR354396.6	300	GAAACTTATGAGTGACGACATGATACTACGTCCATATCTTTTACAGTCTA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1701	GAAACTTATGAGTGACGACATGATACTACGTCCATATCTTTTACAGTCTA	1750

C  CR354396.6	250	TGGTCTTCATCTATATGCAATGCAGCATTTTTTTTGCCATTTTCACAGGT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1751	TGGTCTTCATCTATATGCAATGCAGCATTTTTTTTGCCATTTTCACAGGT	1800

C  CR354396.6	200	ATGTGTTGAAAATTTGTGTCGAAAACCTGTAGATATTAAACTTTTAAAAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1801	ATGTGTTGAAAATTTGTGTCGAAAACCTGTAGATATTAAACTTTTAAAAA	1850

C  CR354396.6	150	TGCAAGGGGAAAACTTTTGGCTACATTGTTGTAGTGTAAATATACTCTTA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1851	TGCAAGGGGAAAACTTTTGGCTACATTGTTGTAGTGTAAATATACTCTTA	1900

C  CR354396.6	100	ATCTGCTGTTAAAGCCACTTTGACAGAAGTGCTGGCAAGGATCAGTCACT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1901	ATCTGCTGTTAAAGCCACTTTGACAGAAGTGCTGGCAAGGATCAGTCACT	1950

C  CR354396.6	50	CAAAGCAGTGAACTTGATTTATCACCAACAAACTGCAACTCCTATATCAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004984.6	1951	CAAAGCAGTGAACTTGATTTATCACCAACAAACTGCAACTCCTATATCAT	2000

Overview

Query
CR354396.6 - 38944 bps
Hit
BX004984.6 - 264738 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001933200012000-1120001
281.57517365736745-145997461691
385.145903331633405146298463911
487.51961613473934899146432465911
599.03471032260722709-162453625551
698.7736812868928769-162475625551
710036741072010793-162482625551
892.59415469777030-11275061275591
984.1175174183651853811277951279641
1093.23289386188181920311281581285411
1189.5816224067917030-11364181366571
12804412865566683-11367761369051
1386.8679136332853342011370301371661
1486.58187334115061183911715161718431
1595.24441042260722710-11726391727431
1695.1236812868928769-11726581727391
1710037681071910786-11726771727441
18100366295209581-11731891732501
1995.3248632505256711917821918451
2095.64590226002268911943321944221
2197.43877286872876311943461944221
2298.653674107201079311943481944211
2398.443564226382270111979301979931
2489.790135115061164012061272062621
2510039649518958112064442065071
2681.34832331569415926-12259052261451
2787.941732921153111822-12259562262371
28100356195219581-12570752571351
2998.593571266642673412643942644641
Short-link