<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005274.11	1	CAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCTAGCACATTTTTACACAGCGGATGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184643	CAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCTAGCACATTTTTACACAGCGGATGT	184692

BX005274.11	51	CCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAATAATAAACTCATTAATCTTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184693	CCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAATAATAAACTCATTAATCTTCAT	184742

BX005274.11	101	TAATTTTAGACATGGCATATCTCGTATGATGTACAATAAAGGCACGTAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184743	TAATTTTAGACATGGCATATCTCGTATGATGTACAATAAAGGCACGTAAA	184792

BX005274.11	151	AAAAGAAGTCATTTATACAGTATATGAAAAGTGTTTTTAAACTAAACATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184793	AAAAGAAGTCATTTATACAGTATATGAAAAGTGTTTTTAAACTAAACATA	184842

BX005274.11	201	GATTTTTATTTGGTTTGCACATGTACTTGCTGAATTATTTCAAAGAATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184843	GATTTTTATTTGGTTTGCACATGTACTTGCTGAATTATTTCAAAGAATAA	184892

BX005274.11	251	ATTGCAATATTTCAAGTAGAATTAATTAAATGAATAAAACTACATTATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184893	ATTGCAATATTTCAAGTAGAATTAATTAAATGAATAAAACTACATTATTT	184942

BX005274.11	301	CGTTTACCAGAAACAAAAATATATCATTACACTGAATTCATTATTTTTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184943	CGTTTACCAGAAACAAAAATATATCATTACACTGAATTCATTATTTTTTT	184992

BX005274.11	351	TTGTGTGCCACCCCAAGATTTGGTGCGGCCTCTTCTGGCCACCCCTAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	184993	TTGTGTGCCACCCCAAGATTTGGTGCGGCCTCTTCTGGCCACCCCTAAGA	185042

BX005274.11	401	AAATTTTCTGGGGGCGCCACTGGCTGGCACAAAGACCAAATGATTCACGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185043	AAATTTTCTGGGGGCGCCACTGGCTGGCACAAAGACCAAATGATTCACGG	185092

BX005274.11	451	ACTCATAGTCCAGTCATTTGAATCTGAATCGTCATAGCAACCAAACAAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185093	ACTCATAGTCCAGTCATTTGAATCTGAATCGTCATAGCAACCAAACAAGC	185142

BX005274.11	501	TGCTCAAATTTCATGTATTGCAGGAAAGGTATTACTGGTAGTGTTTAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185143	TGCTCAAATTTCATGTATTGCAGGAAAGGTATTACTGGTAGTGTTTAAAT	185192

BX005274.11	551	GATATTTGAGGATGTTTCGTCGAGGCACTTCCCATAACATCAGTGGACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185193	GATATTTGAGGATGTTTCGTCGAGGCACTTCCCATAACATCAGTGGACAT	185242

BX005274.11	601	TTATAAATACTCTGTGAGATAAAATTGAGTAATTCTACTTACATATAAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185243	TTATAAATACTCTGTGAGATAAAATTGAGTAATTCTACTTACATATAAGT	185292

BX005274.11	651	TTTGTTGGATTTGAACTTTAGTCAAGCGCAAATAAATCTGACTACAACAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185293	TTTGTTGGATTTGAACTTTAGTCAAGCGCAAATAAATCTGACTACAACAT	185342

BX005274.11	701	TTCCAATAAAGATGCCAAATAGAAGCTTTCACATTGATGCAGAAAACCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185343	TTCCAATAAAGATGCCAAATAGAAGCTTTCACATTGATGCAGAAAACCCT	185392

BX005274.11	751	TTTGTTTTTCTGAATGGATAAAGTGAAATATAGTCAAATTTTATAATGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185393	TTTGTTTTTCTGAATGGATAAAGTGAAATATAGTCAAATTTTATAATGTG	185442

BX005274.11	801	AAGTACATTTTTATAATTTCAAGTACAAAAAAAGAGACATTTCCACTGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185443	AAGTACATTTTTATAATTTCAAGTACAAAAAAAGAGACATTTCCACTGTA	185492

BX005274.11	851	CAGAACCTTTTGTGGAATGAAAAGGCTTTACTAATGTTAAAAGTTCTTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185493	CAGAACCTTTTGTGGAATGAAAAGGCTTTACTAATGTTAAAAGTTCTTCA	185542

BX005274.11	901	TGTACTTTTACTTTTTTACATTTCTGAAGGTACCCAATATACATACTTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185543	TGTACTTTTACTTTTTTACATTTCTGAAGGTACCCAATATACATACTTCT	185592

BX005274.11	951	GGAGAGCACCAAATACCCTCAGGAAGTACTTTTTTTTTTTGCGTTTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185593	GGAGAGCACCAAATACCCTCAGGAAGTACTTTTTTTTTTTGCGTTTTTTT	185642

BX005274.11	1001	AATGTTTTTGCGAATCCATCAGAGGCCACTGTGTACGCTTTTTCAGATCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185643	AATGTTTTTGCGAATCCATCAGAGGCCACTGTGTACGCTTTTTCAGATCT	185692

BX005274.11	1051	CAAACTTCTCTCTCTAGTGTCATTCACGACTGTTGTTCTTGCATAAATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185693	CAAACTTCTCTCTCTAGTGTCATTCACGACTGTTGTTCTTGCATAAATCC	185742

BX005274.11	1101	ACTAGAGGGCACTGTTGGCTGACTGACCGACCAACTGCCTGAACCCCCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185743	ACTAGAGGGCACTGTTGGCTGACTGACCGACCAACTGCCTGAACCCCCCC	185792

BX005274.11	1151	ATCTCACCCATCCCTAATCCCTACCGATAGTGTTTTCAAAAGCACCAACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185793	ATCTCACCCATCCCTAATCCCTACCGATAGTGTTTTCAAAAGCACCAACT	185842

BX005274.11	1201	GACTCGACCACCCACTTCCCTAAACCCAACCGCAATGTTTTAAAAAGCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185843	GACTCGACCACCCACTTCCCTAAACCCAACCGCAATGTTTTAAAAAGCAA	185892

BX005274.11	1251	TCTTGAAAAAGAAAAGCCCTAACCTAAATTTTTACCATGTTATCAGATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185893	TCTTGAAAAAGAAAAGCCCTAACCTAAATTTTTACCATGTTATCAGATTT	185942

BX005274.11	1301	TACCAAATTCTCACCCTGTTATTTACTATGTTTATGTTTATTTTATTTAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185943	TACCAAATTCTCACCCTGTTATTTACTATGTTTATGTTTATTTTATTTAC	185992

BX005274.11	1351	TTTTGTTTTTGTCTTATCTGCTTTCTGGAACTGTTCTTCACCAGACTTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	185993	TTTTGTTTTTGTCTTATCTGCTTTCTGGAACTGTTCTTCACCAGACTTGA	186042

BX005274.11	1401	ATCCTGTCGTCGTGGTCAACTCCGCTCTGCGGATACCGTAATGCAGCCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186043	ATCCTGTCGTCGTGGTCAACTCCGCTCTGCGGATACCGTAATGCAGCCAT	186092

BX005274.11	1451	ACGTACTTCTGGCTACATAATTCATGCTCTCCAGAAATGTATATAAGGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186093	ACGTACTTCTGGCTACATAATTCATGCTCTCCAGAAATGTATATAAGGCT	186142

BX005274.11	1501	GTATTTTCAGATTGAGCCTATGTTGAAAAAAGAGGTTCTTTTTACTTTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186143	GTATTTTCAGATTGAGCCTATGTTGAAAAAAGAGGTTCTTTTTACTTTAT	186192

BX005274.11	1551	TCAACTACTAAAGAAAATCTCTCATACATTATATGGTTAACAGAACTGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186193	TCAACTACTAAAGAAAATCTCTCATACATTATATGGTTAACAGAACTGGT	186242

BX005274.11	1601	GGGAAACACAAACCTTGCTTTGTAAAATGTGATGTCAGTATTTATTGTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186243	GGGAAACACAAACCTTGCTTTGTAAAATGTGATGTCAGTATTTATTGTTT	186292

BX005274.11	1651	GTGCCTTTATTTAGAGTGAAAAGTAAAAAGTTGAAAAAGACATACATTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186293	GTGCCTTTATTTAGAGTGAAAAGTAAAAAGTTGAAAAAGACATACATTTA	186342

BX005274.11	1701	TTTTAAATAAATAAGAAAAAAAATGTTTAAAATTTTTTCAGATTTCTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186343	TTTTAAATAAATAAGAAAAAAAATGTTTAAAATTTTTTCAGATTTCTTTT	186392

BX005274.11	1751	TGCTTTGTGTAATAATTTTAATTAACAAGCTCATAATTAATTATGTGTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186393	TGCTTTGTGTAATAATTTTAATTAACAAGCTCATAATTAATTATGTGTTG	186442

BX005274.11	1801	CTGGATAATACATTTGAGGGCTGTAAACTGGCTTTAAACTAAATTAGCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186443	CTGGATAATACATTTGAGGGCTGTAAACTGGCTTTAAACTAAATTAGCTG	186492

BX005274.11	1851	TAAACATAAGCCATTAGGCATATATAGTTTTAATAACTAATTTTAATAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186493	TAAACATAAGCCATTAGGCATATATAGTTTTAATAACTAATTTTAATAAT	186542

BX005274.11	1901	ATTTTATTTTGTTTTGTCTTGCCATGATGACAGTACATAAGATTTTACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186543	ATTTTATTTTGTTTTGTCTTGCCATGATGACAGTACATAAGATTTTACTG	186592

BX005274.11	1951	GCTAATTTGAAAGATACTAACATTCAGCTTAAAGTGCAATTTTAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004979.8	186593	GCTAATTTGAAAGATACTAACATTCAGCTTAAAGTGCAATTTTAAAGCTT	186642

Overview

Query
BX005274.11 - 165012 bps
Hit
BX004979.8 - 186642 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191320001200011846431866421
285.03156353118551118903-1674070931
386.6919039280775811661682372201
490.95144220128137128356-1682870481
587.3918133981158453-1690472441
693.295977988443185228163047638361
781.24136366111407111772187166875221
882.75150360111406111765188074884441
984.731803612256422924-188076884221
1085.962454595672457182-11030561035181
1188.971622981825818555-11119871122941
1282.82138420807698118811124761128941
1383.2315633145324862-11131471134801
1484.131653333093431266-11131471134801
1593.091461882256822755-11281141283011
1693.4152195546455483911281331283291
1786.54137261111437111697-11526051528641
1887.8218366111407111772-11702551706311
1993.071542005464354842-11702571704581
2086.99204360225652292411702851706301
2183.9115031845324849-11703151706311
2283.1116436611140711177211786341790001
Short-link