<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX322571.5	1	CATCAGCTTCAATTCACTTTCCCATGGCAGGATGTAGGTGTGGCCATAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247240	CATCAGCTTCAATTCACTTTCCCATGGCAGGATGTAGGTGTGGCCATAAT	247289

BX322571.5	51	AAAAACCCAATGGGATTTTAGCCCGGGCATTAGTGCTGCCATATCGACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247290	AAAAACCCAATGGGATTTTAGCCCGGGCATTAGTGCTGCCATATCGACCA	247339

BX322571.5	101	ATCACAGTGATCTAGGAGAGAGGCACAGAGAGTGAGTGACAGTGACTTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247340	ATCACAGTGATCTAGGAGAGAGGCACAGAGAGTGAGTGACAGTGACTTGC	247389

BX322571.5	151	TTCTTAAAAAGACCACTATGAATCCTGTTCACACTCTTTTAAAATAAGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247390	TTCTTAAAAAGACCACTATGAATCCTGTTCACACTCTTTTAAAATAAGCA	247439

BX322571.5	201	TTTATAAACCTTCATGAATCTGCAGACAGGAGGGGGTAGTAAATCATGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247440	TTTATAAACCTTCATGAATCTGCAGACAGGAGGGGGTAGTAAATCATGCA	247489

BX322571.5	251	GAATCAGAGAATGTGTGCTGATATCTGTGGCGACTACCAGTCTCCTCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247490	GAATCAGAGAATGTGTGCTGATATCTGTGGCGACTACCAGTCTCCTCCCA	247539

BX322571.5	301	TCCACTTCCTCCCCAAGAGTCCAAATGTCAATGGAAAGTGAGGCCAAGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247540	TCCACTTCCTCCCCAAGAGTCCAAATGTCAATGGAAAGTGAGGCCAAGTC	247589

BX322571.5	351	TGCACATGTGGGGATCAGTGCATCCGTGAGCAACACCGGCCGGCCGAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247590	TGCACATGTGGGGATCAGTGCATCCGTGAGCAACACCGGCCGGCCGAAAT	247639

BX322571.5	401	CTAGAGTCACAAACCGCCTTGCACCTACAGATGAAAAACATTCGTTCAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247640	CTAGAGTCACAAACCGCCTTGCACCTACAGATGAAAAACATTCGTTCAAT	247689

BX322571.5	451	CTACAGTAAACTGATTAGAAGCCATTTTTGTAATTTCTGAAGCCCCTCAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247690	CTACAGTAAACTGATTAGAAGCCATTTTTGTAATTTCTGAAGCCCCTCAG	247739

BX322571.5	501	TTGACTTCAGACTGCTAATTGACAACAAGACATGATATTAGGTACCTGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247740	TTGACTTCAGACTGCTAATTGACAACAAGACATGATATTAGGTACCTGAA	247789

BX322571.5	551	TGCATTCTCTCAATTATTATGGACTGGTGTGGTGGAGGCTGGAGAAAGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247790	TGCATTCTCTCAATTATTATGGACTGGTGTGGTGGAGGCTGGAGAAAGTG	247839

BX322571.5	601	GGAAGCCTGTGAGATTGCTAATGCCAGGCCACTTCCCATGGGGTTCTGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247840	GGAAGCCTGTGAGATTGCTAATGCCAGGCCACTTCCCATGGGGTTCTGCA	247889

BX322571.5	651	ATGACAACACACACATATTAGCTAAAACACTACCCATGTCTGATATAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247890	ATGACAACACACACATATTAGCTAAAACACTACCCATGTCTGATATAGAA	247939

BX322571.5	701	TATAAAGTAAACAAACAACACAAAGACCCTGACAGTAAAGTAAGCATTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247940	TATAAAGTAAACAAACAACACAAAGACCCTGACAGTAAAGTAAGCATTGT	247989

BX322571.5	751	TTACACCATATTACCCACTTCTGCACAAACGTGTAAAAATTGAATTTAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	247990	TTACACCATATTACCCACTTCTGCACAAACGTGTAAAAATTGAATTTAGA	248039

BX322571.5	801	GTATTTTCAGTTAATAAAAGAGGACTGAACATTGCTAAATAATAAAGATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248040	GTATTTTCAGTTAATAAAAGAGGACTGAACATTGCTAAATAATAAAGATT	248089

BX322571.5	851	TAAAGATATAGTTCACACACAGGGTATATATACAAGAATCAGAGATTGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248090	TAAAGATATAGTTCACACACAGGGTATATATACAAGAATCAGAGATTGAA	248139

BX322571.5	901	ATTCAATACCTTTTAAGCCCTTTTTTAAGAGTCTTTCCATAGTTTAGGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248140	ATTCAATACCTTTTAAGCCCTTTTTTAAGAGTCTTTCCATAGTTTAGGAC	248189

BX322571.5	951	ATTAATGCCACTTTAGGTTTCGACCGGTAACATTGTTTCAGAACATTTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248190	ATTAATGCCACTTTAGGTTTCGACCGGTAACATTGTTTCAGAACATTTTA	248239

BX322571.5	1001	ACTTACTGTATAAATAATAAACAGATTTTAAAAAAAAATCACCTATAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248240	ACTTACTGTATAAATAATAAACAGATTTTAAAAAAAAATCACCTATAAGG	248289

BX322571.5	1051	ACACTGTATTTAGAAAACAGAAAAAAATTATATGTGCTATATTTAATGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248290	ACACTGTATTTAGAAAACAGAAAAAAATTATATGTGCTATATTTAATGCT	248339

BX322571.5	1101	GTTTAAAATAATGAAATATTACGACTTAAAAACGATGTGCTTTTGTGAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248340	GTTTAAAATAATGAAATATTACGACTTAAAAACGATGTGCTTTTGTGAAA	248389

BX322571.5	1151	TTATGCTACATGAAGCATACCTTCACCTAAACTGAAGTGTTATTCTTATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248390	TTATGCTACATGAAGCATACCTTCACCTAAACTGAAGTGTTATTCTTATA	248439

BX322571.5	1201	ATGAATAAAAATACTAACTGACAATCTTCCACCAGGGGGCACCAATAGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248440	ATGAATAAAAATACTAACTGACAATCTTCCACCAGGGGGCACCAATAGAC	248489

BX322571.5	1251	CAGCAGGAGTAACGGTGTTGCCTTAGTTATTGCAGTAAACAAAACAGTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248490	CAGCAGGAGTAACGGTGTTGCCTTAGTTATTGCAGTAAACAAAACAGTGA	248539

BX322571.5	1301	CGGCAAATCCAGCGAAAGATTTCATAATACTGCACCCCAATAGTCGCATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248540	CGGCAAATCCAGCGAAAGATTTCATAATACTGCACCCCAATAGTCGCATA	248589

BX322571.5	1351	TTAAAGTCAGGTAAACTTCAGCATAAAACAGGGCTACTCAATTGGCAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248590	TTAAAGTCAGGTAAACTTCAGCATAAAACAGGGCTACTCAATTGGCAGCC	248639

BX322571.5	1401	CACAGGCCAAACTTGGCCATCAAGGCAATTTGTTCTGGCCCTCAAAATAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248640	CACAGGCCAAACTTGGCCATCAAGGCAATTTGTTCTGGCCCTCAAAATAG	248689

BX322571.5	1451	TGTGACCAAAAACATCAAAAATACATTTAGTTCAGTTGGAAAAACGACCG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248690	TGTGACCAAAAACATCAAAAATACATTTAGTTCAGTTGGAAAAACGACCG	248739

BX322571.5	1501	CTATAGAAATGAAGTGACGTGCGTCTGTTCAATAGCTGCAGTAAAAGGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248740	CTATAGAAATGAAGTGACGTGCGTCTGTTCAATAGCTGCAGTAAAAGGCT	248789

BX322571.5	1551	TCGCAGAGCATGAGTTATCTAACATTAAGCGACTGGCGCGAGCAACCTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248790	TCGCAGAGCATGAGTTATCTAACATTAAGCGACTGGCGCGAGCAACCTAA	248839

BX322571.5	1601	AAAGCTTCTCAACGCCACATTTCTATTGTACATGACGAAACTGCTGCAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248840	AAAGCTTCTCAACGCCACATTTCTATTGTACATGACGAAACTGCTGCAAT	248889

BX322571.5	1651	TAAACAAAGTTATGCCACCTGTGCGCTCGTTTAAAGTTCCGAGCTTATAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248890	TAAACAAAGTTATGCCACCTGTGCGCTCGTTTAAAGTTCCGAGCTTATAC	248939

BX322571.5	1701	ATCAAGGCTTATACGCACGCACATTGGATTAACTATAGTAGCGGGCCGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248940	ATCAAGGCTTATACGCACGCACATTGGATTAACTATAGTAGCGGGCCGTT	248989

BX322571.5	1751	TATGTAATGCGCCTTTTCCGCGTGCAAGTTTGTTATTTCCAATGTAAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	248990	TATGTAATGCGCCTTTTCCGCGTGCAAGTTTGTTATTTCCAATGTAAGAA	249039

BX322571.5	1801	TATATAACAATATGCGTGCGCAATCGGATCGACACCCTGTAGAAAACATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	249040	TATATAACAATATGCGTGCGCAATCGGATCGACACCCTGTAGAAAACATC	249089

BX322571.5	1851	TCACACCATAGCGGTGAGAGTTGTGCGTGGCTTTCAGTGCAATGTAAACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	249090	TCACACCATAGCGGTGAGAGTTGTGCGTGGCTTTCAGTGCAATGTAAACA	249139

BX322571.5	1901	AAAGATATGTTAGATGAAATATTACAAATTATTAAAATGATTAATGTATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	249140	AAAGATATGTTAGATGAAATATTACAAATTATTAAAATGATTAATGTATG	249189

BX322571.5	1951	TATGAACACAGATCAACAGTTCATTTAACTATTTACCTAATTAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004877.10	249190	TATGAACACAGATCAACAGTTCATTTAACTATTTACCTAATTAAAAGCTT	249239

Overview

Query
BX322571.5 - 58025 bps
Hit
BX004877.10 - 249239 bps
Total alignments
42
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195520001200012472402492391
283.81691504088641035-115594157351
399.152262344386144094117101173341
496.111992303401934248-117104173341
594.9248594403144089-117106171641
696.6151594386643924-117271173291
798.7238784898449061148185482621
897.09471034637746479-148189482911
998.9644964638846483148189482841
1098.9744975409054186148189482851
1110045935409054182-148190482821
1298.7235784898449061-148205482821
1394.7477954110941203-174192742861
1498.5935715411554185-180776808461
1597491004638446483-184339844381
1610044905409154180-184340844291
1796.9446984638546482184340844371
1810048925409354184184340844311
1998.7235784898449061184341844181
2098.7235784898449061-184351844281
2179.72973064088741192190866911561
2210040825408854169-11259201260011
231003879463864646411259201259981
241003980540905416911259201259991
2510038794638646464-11259211259991
2698.7736814898149061-11259221260021
2798.773681489844906411259221260021
2898.6135724638246453-11711461712171
2998.613572463964646711711461712171
3093.263689541045419211711461712341
3197.7537894638546473-12206852207731
3298.7235784898449061-12206852207621
3398.8840895409154179-12206852207731
3498.884089463864647412206852207731
3598.723578489844906112206852207621
3697.894395540945418812206852207791
3797.473979463744645212387632388411
3810039735411154183-12387692388411
3910039734638446456-12387702388421
4010035724898949060-12387702388411
411003572489894906012387702388411
421003973541115418312387702388421
Short-link