<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR855863.9	1	AATTAAGTAATTTAAACAATCCATTAACATAAACAAAGTTGATGGTACTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224161	AATTAAGTAATTTAAACAATCCATTAACATAAACAAAGTTGATGGTACTT	224210

CR855863.9	51	TCATTTAAATGTAAATGCTGCACATTGTTTTAAACATACTATGTATCAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224211	TCATTTAAATGTAAATGCTGCACATTGTTTTAAACATACTATGTATCAAA	224260

CR855863.9	101	TAAGTAAATCCATCATATTTCCATCAAACTTAATGCTATTATAATTCTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224261	TAAGTAAATCCATCATATTTCCATCAAACTTAATGCTATTATAATTCTTT	224310

CR855863.9	151	ATAAAGTTATTGTTGTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224311	ATAAAGTTATTGTTGTTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT	224360

CR855863.9	201	ATTAACTACAAAATAAGCTGCATATTTTTGTTTATAATATTCCTGAAGCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224361	ATTAACTACAAAATAAGCTGCATATTTTTGTTTATAATATTCCTGAAGCG	224410

CR855863.9	251	TTAAGCAAAACATAATTATTTTAAATAGAAATAATACTTCTGTTTTCAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224411	TTAAGCAAAACATAATTATTTTAAATAGAAATAATACTTCTGTTTTCAAA	224460

CR855863.9	301	GTGTTTCTAACAAACACATTAAAACTGCTTTGATAAGCAAAGGCAGATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224461	GTGTTTCTAACAAACACATTAAAACTGCTTTGATAAGCAAAGGCAGATTT	224510

CR855863.9	351	ATACTTCTGCATCAAGCGGAGCTGTATGGTTCGGCGTGGCTGACGCTGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224511	ATACTTCTGCATCAAGCGGAGCTGTATGGTTCGGCGTGGCTGACGCTGAC	224560

CR855863.9	401	ACTCACCTCTTAAAAAATGTAACTACATGTCACAAGGATGGGTAGCGCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224561	ACTCACCTCTTAAAAAATGTAACTACATGTCACAAGGATGGGTAGCGCAA	224610

CR855863.9	451	GCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGGTAATGAGTTGGTAGCGCTCAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224611	GCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGGTAATGAGTTGGTAGCGCTCAAT	224660

CR855863.9	501	GGAGCGAGTGTTTACAGGTGTCAAGCCCCGGGAAGGAGCTCCAAATGGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224661	GGAGCGAGTGTTTACAGGTGTCAAGCCCCGGGAAGGAGCTCCAAATGGAA	224710

CR855863.9	551	ACTTTTGTTTTGTGTTTACCTTATGATTAAAGTTGTTGCATGTCAGCTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224711	ACTTTTGTTTTGTGTTTACCTTATGATTAAAGTTGTTGCATGTCAGCTGG	224760

CR855863.9	601	CTTCCGCCTCTGAATTAGGGAGATTTACCTATTTTAGCATTCAGAAAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224761	CTTCCGCCTCTGAATTAGGGAGATTTACCTATTTTAGCATTCAGAAAAAA	224810

CR855863.9	651	ACAAAACATCAGCAAAGAAAATCGATACAGAGGACCATACCCTACCTATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224811	ACAAAACATCAGCAAAGAAAATCGATACAGAGGACCATACCCTACCTATC	224860

CR855863.9	701	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224861	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	224910

CR855863.9	751	TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224911	TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	224960

CR855863.9	801	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGCTTTCACTTATTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	224961	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGCTTTCACTTATTAT	225010

CR855863.9	851	TAGTTTACCTAAGGATTGGGGTTACTGTATTCTGGCCTCTTCCTTTCAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225011	TAGTTTACCTAAGGATTGGGGTTACTGTATTCTGGCCTCTTCCTTTCAGT	225060

CR855863.9	901	TAAGCAGTTGACTTTAATTACAACCGTTAGAGAGTGACTATAAATCTGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225061	TAAGCAGTTGACTTTAATTACAACCGTTAGAGAGTGACTATAAATCTGCT	225110

CR855863.9	951	TGTAACAACATCTGGCTCATCCAGCTATGGAATCAACTGTCTCTCCAATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225111	TGTAACAACATCTGGCTCATCCAGCTATGGAATCAACTGTCTCTCCAATC	225160

CR855863.9	1001	AAACTTGAGGAAGAAACAGAGAGACAGAGATGAAGAAACAGCGAGACATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225161	AAACTTGAGGAAGAAACAGAGAGACAGAGATGAAGAAACAGCGAGACATA	225210

CR855863.9	1051	TGTGAAGACAGAAAGCAGAGCAGAAGAAGGGCACTAGAACGCTGGCGTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225211	TGTGAAGACAGAAAGCAGAGCAGAAGAAGGGCACTAGAACGCTGGCGTTG	225260

CR855863.9	1101	ATTAGAGAAGCGGATGATTTAGACCTGAATGGTGACATTTCCAGTGTTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225261	ATTAGAGAAGCGGATGATTTAGACCTGAATGGTGACATTTCCAGTGTTCC	225310

CR855863.9	1151	CAGGAAATAGGTTACAAATGATTGAATAGATAATCAGGATATGCTGCTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225311	CAGGAAATAGGTTACAAATGATTGAATAGATAATCAGGATATGCTGCTAT	225360

CR855863.9	1201	TGCTTTCAGACATGCTTTGTTGGCCGCCATTCTTTCCTGTTCTGAAGGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225361	TGCTTTCAGACATGCTTTGTTGGCCGCCATTCTTTCCTGTTCTGAAGGTT	225410

CR855863.9	1251	GCCCAAATGCCTTGAAGCAGTCAAACACACTCATGTGCATACACACACAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225411	GCCCAAATGCCTTGAAGCAGTCAAACACACTCATGTGCATACACACACAC	225460

CR855863.9	1301	ACAAACATGTTTGTTTTTGTGAATTCTGTGGACTTTCCATAGGTTTTATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225461	ACAAACATGTTTGTTTTTGTGAATTCTGTGGACTTTCCATAGGTTTTATA	225510

CR855863.9	1351	CTGTACAAACATTGTCCTACCCCCTCACTACACCTTTTCATCTTACAGGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225511	CTGTACAAACATTGTCCTACCCCCTCACTACACCTTTTCATCTTACAGGA	225560

CR855863.9	1401	AACTGTATGCCAGTTTGCTTAAAAAAAAAAATAATAACTATATTATTTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225561	AACTGTATGCCAGTTTGCTTAAAAAAAAAAATAATAACTATATTATTTTT	225610

CR855863.9	1451	AAGCCTTTTGAAAAATGGAGACATCAGCAATGTCCTCATACTGTAATTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225611	AAGCCTTTTGAAAAATGGAGACATCAGCAATGTCCTCATACTGTAATTCA	225660

CR855863.9	1501	ACATTTTCTTGTAATACTTGTGTCATACTCATGTCATTATACACATTTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225661	ACATTTTCTTGTAATACTTGTGTCATACTCATGTCATTATACACATTTGT	225710

CR855863.9	1551	GTCCTACATTGTCAGAAAAAACACACACACACATCATATCAACTGCAATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225711	GTCCTACATTGTCAGAAAAAACACACACACACATCATATCAACTGCAATT	225760

CR855863.9	1601	CTATTTTTAGTGGAGGGTTAATTCATAAGTTGCGAAGGGAATGTACATTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225761	CTATTTTTAGTGGAGGGTTAATTCATAAGTTGCGAAGGGAATGTACATTC	225810

CR855863.9	1651	TTCGTGAATTGAGAGACTGTACGCTAAACAAAGCCACCTGTCAACATGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225811	TTCGTGAATTGAGAGACTGTACGCTAAACAAAGCCACCTGTCAACATGAA	225860

CR855863.9	1701	AGCTGGGCAAGAGTGAGAGGTGCTTAGAGACTCCTGGCACAAAAACGCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225861	AGCTGGGCAAGAGTGAGAGGTGCTTAGAGACTCCTGGCACAAAAACGCTT	225910

CR855863.9	1751	TCCGGATTTTTCTGCCAGGTACGTCAGCATTCAGGAAGCATCTGAACGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225911	TCCGGATTTTTCTGCCAGGTACGTCAGCATTCAGGAAGCATCTGAACGCA	225960

CR855863.9	1801	GCCACGGTGGTCCTCGTCTGATTTGGGTCCCTCATAACTCTGGCTTGCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	225961	GCCACGGTGGTCCTCGTCTGATTTGGGTCCCTCATAACTCTGGCTTGCAC	226010

CR855863.9	1851	TGAAAAGAGAGCGCGAGCCAAACTCTGTCCATCTTTAGTCCTGTTTCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	226011	TGAAAAGAGAGCGCGAGCCAAACTCTGTCCATCTTTAGTCCTGTTTCCTT	226060

CR855863.9	1901	GGCTCCCTTTCTCACTGTCATATTCCTTGACTTTTTTTGGTACGTGTGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	226061	GGCTCCCTTTCTCACTGTCATATTCCTTGACTTTTTTTGGTACGTGTGTG	226110

CR855863.9	1951	TACGTTTCCTGAAGTAGATTTATTAAGCTAGCAGGTTTATAAATAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004838.8	226111	TACGTTTCCTGAAGTAGATTTATTAAGCTAGCAGGTTTATAAATAAGCTT	226160

Overview

Query
CR855863.9 - 28637 bps
Hit
BX004838.8 - 226160 bps
Total alignments
44
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194520001200012241612261601
298.6733751258312657-113625136991
398.6733751258212656113625136991
493.3377135698832123779239131
596.6742911258212672125005250941
698.7736811258212662-125008250881
798.7736811258212662125263253431
898.7736811258212662-125264253441
986.726712760336159128323284501
1098.6737751258312657-129980300541
1198.6737751258212656129980300541
1210037761258212657-141594416691
1310037761258212657141594416691
1485.6158132698829-141671418021
1510041781258012657144863449401
1610037761258212657-144865449401
1798.7736811258212662168842689221
1896.5945881257512662-168849689361
1997.5337811258212662171696717761
2010041771258012656-171711717871
2191.8953111697807172002721121
2298.7736811258212662173404734841
2398.7736811258212662-173409734891
2484.54932181133011547175342755481
251003647696742-188012880581
2697.293144692835-188059882011
2798.916692696787-188209883001
2897.92104144692835198740988831
2989.043973760832198884989561
3087.3761283404353111002881004131
3177.91511654156432011012361013981
3298.733979125841266211084491085271
3397.5337811258212662-11084521085321
3498.6536741258312656-11085701086431
3598.653674125831265611085701086431
3610030406033607211406781407171
3710096129696824-11487201488481
3810030416031607111663101663501
3998.773681125821266211740071740871
4098.7736811258212662-11740121740921
411003973125811265312124442125161
4210035721258212653-12124452125161
4398.7536801258312662-12224072224861
4498.753680125831266212224072224861
Short-link