<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX323576.9	2000	GAATTCATGATTTAGTGAAGGAGAAAGACTTTGGTTAAATGCCACTGTAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1	GAATTCATGATTTAGTGAAGGAGAAAGACTTTGGTTAAATGCCACTGTAA	50

C  BX323576.9	1950	TAAGATTAACTCAAAGAGAAGGGAAAAAATGTGGCTAGTGGCCAAGAAAC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	51	TAAGATTAACTCAAAGAGAAGGGAAAAAATGTGGCTAGTGGCCAAGAAAC	100

C  BX323576.9	1900	TCGAAGTGCCAGCAGCAATTTTTTTTGTTTGTTTAAGGTCACCAAACTCC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	101	TCGAAGTGCCAGCAGCAATTTTTTTTGTTTGTTTAAGGTCACCAAACTCC	150

C  BX323576.9	1850	CCAAAAATATTTAGTTTTAAGCTTAATTATTCCACCTTAACTATACTACT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	151	CCAAAAATATTTAGTTTTAAGCTTAATTATTCCACCTTAACTATACTACT	200

C  BX323576.9	1800	GGTTTGAAGTACTGGTAGGTAATGTTGTTGAAAGAAGTTTCTTATGCTCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	201	GGTTTGAAGTACTGGTAGGTAATGTTGTTGAAAGAAGTTTCTTATGCTCA	250

C  BX323576.9	1750	GTGATGTTTTAACAAAAATACAGAACAAAAATATTGTGAAATAATATTTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	251	GTGATGTTTTAACAAAAATACAGAACAAAAATATTGTGAAATAATATTTC	300

C  BX323576.9	1700	AGACAGTTTAAAACAACTATTTTCTATGCTACTGTGTTTTATAACTTACT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	301	AGACAGTTTAAAACAACTATTTTCTATGCTACTGTGTTTTATAACTTACT	350

C  BX323576.9	1650	GCTGTTTTGGCATAGTTGGATTTTCAGCATCATTACGTTAGTGTCATTTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	351	GCTGTTTTGGCATAGTTGGATTTTCAGCATCATTACGTTAGTGTCATTTG	400

C  BX323576.9	1600	ATCTTTCAGAAGTCATGCTGATCTGGTACTCAAAAAAAAATTCTTATGAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	401	ATCTTTCAGAAGTCATGCTGATCTGGTACTCAAAAAAAAATTCTTATGAC	450

C  BX323576.9	1550	ATCAGTAATGTTGAAAACTGTTGAAGCTGCAATAGACTTCTTTGAGGACC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	451	ATCAGTAATGTTGAAAACTGTTGAAGCTGCAATAGACTTCTTTGAGGACC	500

C  BX323576.9	1500	AGAATTATCAACAGAATAGCTTTTATTTCAAAGTGAAATTGTTTTGAACA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	501	AGAATTATCAACAGAATAGCTTTTATTTCAAAGTGAAATTGTTTTGAACA	550

C  BX323576.9	1450	TTTAAAGTCATTAAAATGAAAACCAAAAAAATTATTTAAAAGAAATACTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	551	TTTAAAGTCATTAAAATGAAAACCAAAAAAATTATTTAAAAGAAATACTT	600

C  BX323576.9	1400	ATCAAAAGGTACCAACCCTAAACATTGTAACCGTATTTTAATTACATGGG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	601	ATCAAAAGGTACCAACCCTAAACATTGTAACCGTATTTTAATTACATGGG	650

C  BX323576.9	1350	ATTACTTTAAAACAAATAACAAAATATCCCTCTTTCTCTAAAAGTCATGC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	651	ATTACTTTAAAACAAATAACAAAATATCCCTCTTTCTCTAAAAGTCATGC	700

C  BX323576.9	1300	TGTCTATTGACGTCAAGCAACTTAATAACAACCAAAGCAACTTAATAACA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	701	TGTCTATTGACGTCAAGCAACTTAATAACAACCAAAGCAACTTAATAACA	750

C  BX323576.9	1250	ACCAACTGCCATTTTACCAGCATAAACCATAACTGGCAGGTGCACTCAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	751	ACCAACTGCCATTTTACCAGCATAAACCATAACTGGCAGGTGCACTCAAA	800

C  BX323576.9	1200	TTGTTCTCATCCTTCAAGTAACATATCAGAAGAGAAACAAATTACCAAGC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	801	TTGTTCTCATCCTTCAAGTAACATATCAGAAGAGAAACAAATTACCAAGC	850

C  BX323576.9	1150	AATCAGTTTACTTCTCCAGAGTGCTGTGAACGGACAAACGCCAAACCCTA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	851	AATCAGTTTACTTCTCCAGAGTGCTGTGAACGGACAAACGCCAAACCCTA	900

C  BX323576.9	1100	AGTGGCTACATATGGCTGTTTCGAGAACAATTTGCTCTTTTCCAACATAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	901	AGTGGCTACATATGGCTGTTTCGAGAACAATTTGCTCTTTTCCAACATAT	950

C  BX323576.9	1050	ATCTGACCTTCTGGACAAAAGCTTCTATATATTTTCCTCCAGTTTCAATT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	951	ATCTGACCTTCTGGACAAAAGCTTCTATATATTTTCCTCCAGTTTCAATT	1000

C  BX323576.9	1000	ATGTTACAGATGATTGATGGATGGAGCATCTTCCTGTATGTGTGTGGGTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1001	ATGTTACAGATGATTGATGGATGGAGCATCTTCCTGTATGTGTGTGGGTT	1050

C  BX323576.9	950	TCAGAGCCCATATGTAACAGTAACTCTCTCTATTTGCCTTCTCTAATACC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1051	TCAGAGCCCATATGTAACAGTAACTCTCTCTATTTGCCTTCTCTAATACC	1100

C  BX323576.9	900	ACCTCTATTAGCAAGATGATGCGTGATTTAATCAGAGACAGAGGGATTTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1101	ACCTCTATTAGCAAGATGATGCGTGATTTAATCAGAGACAGAGGGATTTG	1150

C  BX323576.9	850	GCACCTAGCCAACCATTTAATTACCGAGGTACTTCTCCCTGACAGACAGC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1151	GCACCTAGCCAACCATTTAATTACCGAGGTACTTCTCCCTGACAGACAGC	1200

C  BX323576.9	800	AGACCCTTTTCTCTCCTTTCACACTGAAAAATCACTCCATCTCTGCTTTA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1201	AGACCCTTTTCTCTCCTTTCACACTGAAAAATCACTCCATCTCTGCTTTA	1250

C  BX323576.9	750	AGCAATGTCAAATAAGCACTAAATACTTCAGGTTATTACAGGCTTTCAAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1251	AGCAATGTCAAATAAGCACTAAATACTTCAGGTTATTACAGGCTTTCAAA	1300

C  BX323576.9	700	TGGACACAAGCACACACACGAGTACACACAATAAACAAAAACCCTGTCTC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1301	TGGACACAAGCACACACACGAGTACACACAATAAACAAAAACCCTGTCTC	1350

C  BX323576.9	650	TTTCCCCCATTATCTTTCACCATGTCCACGAAGCACATATGAATAATAAA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1351	TTTCCCCCATTATCTTTCACCATGTCCACGAAGCACATATGAATAATAAA	1400

C  BX323576.9	600	CACATGCTGCAACAGAGCACCGTGGCGCTGTCCATGGTTCTGAATCAGTG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1401	CACATGCTGCAACAGAGCACCGTGGCGCTGTCCATGGTTCTGAATCAGTG	1450

C  BX323576.9	550	CTTCATGATCCTGCTGCAGCTATATATAATAAAAAGGTCAGATATCTGGG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1451	CTTCATGATCCTGCTGCAGCTATATATAATAAAAAGGTCAGATATCTGGG	1500

C  BX323576.9	500	CTAAATCTCACTCTCTTAAAGCAAATGTCTGATTTAAGGTTAAAAATTTG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1501	CTAAATCTCACTCTCTTAAAGCAAATGTCTGATTTAAGGTTAAAAATTTG	1550

C  BX323576.9	450	ACATTTAAATAGACAAACAATCGTTTATTTAAATAATGAGCTGAATTTGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1551	ACATTTAAATAGACAAACAATCGTTTATTTAAATAATGAGCTGAATTTGT	1600

C  BX323576.9	400	ATGTGATTTAAAAGTATTTTTAGAGATACTGAATGGACCTTATTGTACAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1601	ATGTGATTTAAAAGTATTTTTAGAGATACTGAATGGACCTTATTGTACAG	1650

C  BX323576.9	350	TCTTCTGATAGGTGGAAATAAAATATGCTGTACATATTCAAACAAGATGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1651	TCTTCTGATAGGTGGAAATAAAATATGCTGTACATATTCAAACAAGATGT	1700

C  BX323576.9	300	ATATGCTGTATATAAATCAAAGAGAAGGAGAAAAAACAAAGCTGTATGAC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1701	ATATGCTGTATATAAATCAAAGAGAAGGAGAAAAAACAAAGCTGTATGAC	1750

C  BX323576.9	250	TGTTCGTCAAAATATGACAGCAGAACGAAGGCCATTATAATGCTGGACAG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1751	TGTTCGTCAAAATATGACAGCAGAACGAAGGCCATTATAATGCTGGACAG	1800

C  BX323576.9	200	CTCATATGAGGCAGGGCTATGGAGAATGCTTTCTCTAGCTTTGCTCTTAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1801	CTCATATGAGGCAGGGCTATGGAGAATGCTTTCTCTAGCTTTGCTCTTAT	1850

C  BX323576.9	150	CTTTGAGGAGGGATGAAAAAAGATGCCTTATAGCAACCTGGCATACTGAG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1851	CTTTGAGGAGGGATGAAAAAAGATGCCTTATAGCAACCTGGCATACTGAG	1900

C  BX323576.9	100	AGATTACGCTATCAGAATAGTTATTATTTCATAAGCCGTCTTTGATTGCA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1901	AGATTACGCTATCAGAATAGTTATTATTTCATAAGCCGTCTTTGATTGCA	1950

C  BX323576.9	50	CCCATTGAGAGACGGATAGTGTACACGTGTAAATCTCTTATACACTGCAC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004790.9	1951	CCCATTGAGAGACGGATAGTGTACACGTGTAAATCTCTTATACACTGCAC	2000

Overview

Query
BX323576.9 - 163069 bps
Hit
BX004790.9 - 209666 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001933200012000-1120001
284.6116038178292786721227726531
392.551161611571051572651227924391
487.24146290130396130685-1227925601
581.6715448978217787051451750071
687.751302461570561573011454747911
780.97132330104690105019120747210771
881.96135392124792125183-137221376081
984.571483467821778562146717470661
1080.421293554868349037-150223505591
1186.491242326044160672-150330505661
1282.351202969560495899-159655599601
1382.09130315104676104990-11258921262151
1499.051562108639686605-11362791364881
1583.941483503287833227-11638491642031
1685.161984063229832703-11644771648871
1783.581263357837778711-11678631681911
1889.7610216615714415730911900601902251
1985.94119249130396130644-11900631903181
2084.96114233956219585311944031946481
2182.751232635806458326-11944031946631
2283.14126263580645832611974771977371
2380.06104296486834897812013212016111
Short-link