<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX470081.7	1	TATCTATGGGTGTGGTCTGTGAAATGGCTGGAGAAAATGTTCCTTTAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	236651	TATCTATGGGTGTGGTCTGTGAAATGGCTGGAGAAAATGTTCCTTTAGAA	236700

BX470081.7	51	TTACACAAAATCCTGCAAATGTGTCAGTAAATGCAGTTTATACAAGCTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	236701	TTACACAAAATCCTGCAAATGTGTCAGTAAATGCAGTTTATACAAGCTTA	236750

BX470081.7	101	ATGTGTTATAGCTATTGTGTTGAAAAATACTCAAAGGCCTGTTCTTGCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	236751	ATGTGTTATAGCTATTGTGTTGAAAAATACTCAAAGGCCTGTTCTTGCAA	236800

BX470081.7	151	TATGGATAAAAAAAAAAATGTCTGATAATCTAGCTCTTGAAAAGTTAAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	236801	TATGGATAAAAAAAAAAATGTCTGATAATCTAGCTCTTGAAAAGTTAAGA	236850

BX470081.7	201	TTTCAGAGGTAAAGCAGAGACTTTTTTTTTTTTTTTT-AAAGTGTGGCCT	249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
BX004764.8	236851	TTTCAGAGGTAAAGCAGAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGTGGCCT	236900

BX470081.7	250	CGTTTCAATTGCTTTATAAATAGATAGACAAAATATTGCATGTCTTTGGA	299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	236901	CGTTTCAATTGCTTTATAAATAGATAGACAAAATATTGCATGTCTTTGGA	236950

BX470081.7	300	AAGATTACTGTGGTTTATAATTCAAAGTAATAATTTTTTTATTTTAATTA	349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	236951	AAGATTACTGTGGTTTATAATTCAAAGTAATAATTTTTTTATTTTAATTA	237000

BX470081.7	350	ATAATATTTTATGCGCTCACATTGGTCTATTTAAGGTATTTTTTATAGTA	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237001	ATAATATTTTATGCGCTCACATTGGTCTATTTAAGGTATTTTTTATAGTA	237050

BX470081.7	400	TTGCATTTTTATATTATTTTAATTGCCATTTTTTAAAATGTTGGTTGGGA	449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237051	TTGCATTTTTATATTATTTTAATTGCCATTTTTTAAAATGTTGGTTGGGA	237100

BX470081.7	450	AATTACATTCTGAAATATTATGTTAATATTTTTTATTGTTTGCTGAGTTT	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237101	AATTACATTCTGAAATATTATGTTAATATTTTTTATTGTTTGCTGAGTTT	237150

BX470081.7	500	TTTAGTATAATTAAAATAAATTAAAACTAAATTTGGGCAGCAAGGTGGCG	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237151	TTTAGTATAATTAAAATAAATTAAAACTAAATTTGGGCAGCAAGGTGGCG	237200

BX470081.7	550	CAGTGGGTCACACAATCGCCTCACATTAATAAGGTCGCTGGTTCAAGCCA	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237201	CAGTGGGTCACACAATCGCCTCACATTAATAAGGTCGCTGGTTCAAGCCA	237250

BX470081.7	600	CGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTCTGTGGAGTTTGCAAGTTCTCCCCGTG	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237251	CGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTCTGTGGAGTTTGCAAGTTCTCCCCGTG	237300

BX470081.7	650	TTTGTGTGAGTTTCCTCCGGGCGCTCCGCTTTCCCACACAAGTCCAAAAA	699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237301	TTTGTGTGAGTTTCCTCCGGGCGCTCCGCTTTCCCACACAAGTCCAAAAA	237350

BX470081.7	700	CATGTGGTACAGTTGTATTAGGTAAGCTAAATTGTTAGTAGTGTATGTGT	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237351	CATGTGGTACAGTTGTATTAGGTAAGCTAAATTGTTAGTAGTGTATGTGT	237400

BX470081.7	750	GTGAGTGAGTGTGTATGGATGTTATCCAGTGATGGGTTTCAGCTGGAAGG	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237401	GTGAGTGAGTGTGTATGGATGTTATCCAGTGATGGGTTTCAGCTGGAAGG	237450

BX470081.7	800	GCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCAGTTAATTCCCCT	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237451	GCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCAGTTAATTCCCCT	237500

BX470081.7	850	GTGGAATGAATGAATGAAAAACAAAGTTGAAAAAATTCATTTAAAACCGA	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237501	GTGGAATGAATGAATGAAAAACAAAGTTGAAAAAATTCATTTAAAACCGA	237550

BX470081.7	900	ATAATTTTTTAAATAATACAAAAAATATTATGGAAAAGCACACGGAATGT	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237551	ATAATTTTTTAAATAATACAAAAAATATTATGGAAAAGCACACGGAATGT	237600

BX470081.7	950	TTTAGTCACTAAGGACCAGGAAATAAGAGCACATTTTGCTGCTTTTTGTT	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237601	TTTAGTCACTAAGGACCAGGAAATAAGAGCACATTTTGCTGCTTTTTGTT	237650

BX470081.7	1000	TAATTAACCAGCCAGATCCCTTATATACGAGTTGTTTCTCAATACTTTGG	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237651	TAATTAACCAGCCAGATCCCTTATATACGAGTTGTTTCTCAATACTTTGG	237700

BX470081.7	1050	AAACAGTACAGGATGTCACGCTCATAATGTCAGCAGGGAAAAAGAGGACA	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237701	AAACAGTACAGGATGTCACGCTCATAATGTCAGCAGGGAAAAAGAGGACA	237750

BX470081.7	1100	GTGTTACAAAGAAGTTTTTGGTTTGGACCTGAAAATAATAGCTCTTGGAT	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237751	GTGTTACAAAGAAGTTTTTGGTTTGGACCTGAAAATAATAGCTCTTGGAT	237800

BX470081.7	1150	TAACCGCTAAATTACTATAATTAGATATCATTATGATAAATCATTTTCCA	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237801	TAACCGCTAAATTACTATAATTAGATATCATTATGATAAATCATTTTCCA	237850

BX470081.7	1200	GGTTGATTACCATTCCACACAAATTATTGTAATCACATGGGTGTGAATGA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237851	GGTTGATTACCATTCCACACAAATTATTGTAATCACATGGGTGTGAATGA	237900

BX470081.7	1250	ACTCGCGTCTACGTTTCTGTTGTGCTCTTTATAAAAAATATATACATTGT	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237901	ACTCGCGTCTACGTTTCTGTTGTGCTCTTTATAAAAAATATATACATTGT	237950

BX470081.7	1300	GTATGCTGTGTTAAAAGGATAGTTCACTACTCAAAAAATGTAACTTCTGT	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	237951	GTATGCTGTGTTAAAAGGATAGTTCACTACTCAAAAAATGTAACTTCTGT	238000

BX470081.7	1350	AGTTGTTTAATAACCCTAATGTCTTTTCAATGGAGGGTGACTTTTAGTCT	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238001	AGTTGTTTAATAACCCTAATGTCTTTTCAATGGAGGGTGACTTTTAGTCT	238050

BX470081.7	1400	TATATTGAACATGCGAGGAGATATTTTAAAGAATGTTTGAACACTAGATA	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238051	TATATTGAACATGCGAGGAGATATTTTAAAGAATGTTTGAACACTAGATA	238100

BX470081.7	1450	GAGAAAGCGGATAGTTAAAGTTGGATGGGTCCAGCTAGTATTGCATGTGG	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238101	GAGAAAGCGGATAGTTAAAGTTGGATGGGTCCAGCTAGTATTGCATGTGG	238150

BX470081.7	1500	TACAATTACAAAAAATACTCATCTTAACAGTTATGCTCATCCACCTTTAC	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238151	TACAATTACAAAAAATACTCATCTTAACAGTTATGCTCATCCACCTTTAC	238200

BX470081.7	1550	TAGACCAGAAGACAGTTGCTGCATCCCAATTCACCTTTTATACCAATCCC	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238201	TAGACCAGAAGACAGTTGCTGCATCCCAATTCACCTTTTATACCAATCCC	238250

BX470081.7	1600	TAAAAATATATACTCTAAATCTGTGTTTTCCAACCGTGTTCCTGGAGGCA	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238251	TAAAAATATATACTCTAAATCTGTGTTTTCCAACCGTGTTCCTGGAGGCA	238300

BX470081.7	1650	CAGCAAGAGTACTTAAATTGTATGTCCCCTATTCCTGACTCATTCATTTC	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238301	CAGCAAGAGTACTTAAATTGTATGTCCCCTATTCCTGACTCATTCATTTC	238350

BX470081.7	1700	AGGTTTTGCTGTCTCTTCTACTGTTCTGCTGAGTTGATTCAGTTTGAATA	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238351	AGGTTTTGCTGTCTCTTCTACTGTTCTGCTGAGTTGATTCAGTTTGAATA	238400

BX470081.7	1750	GGAAGACGTTGTGGACTGTTGGTGTGCCTTCATGAATAGGGTTGGGAAAC	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238401	GGAAGACGTTGTGGACTGTTGGTGTGCCTTCATGAATAGGGTTGGGAAAC	238450

BX470081.7	1800	ACTGATCTAAATCCCAGTCATATCTAATGAGCACGTGAACACACTAGCCA	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238451	ACTGATCTAAATCCCAGTCATATCTAATGAGCACGTGAACACACTAGCCA	238500

BX470081.7	1850	ATCATTTACAAGAATCTACTCAGCAGTGCTCAATATGCAAGTGGGAAAGG	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238501	ATCATTTACAAGAATCTACTCAGCAGTGCTCAATATGCAAGTGGGAAAGG	238550

BX470081.7	1900	CTGCAACCAAAACACCAAATTTGGTACTTCTGAAGTTCTGACAACACAAC	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238551	CTGCAACCAAAACACCAAATTTGGTACTTCTGAAGTTCTGACAACACAAC	238600

BX470081.7	1950	CGGCGCTATAACAGATTATGAATTTCTAACTACTGCGCAGTCTTAAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004764.8	238601	CGGCGCTATAACAGATTATGAATTTCTAACTACTGCGCAGTCTTAAAGCT	238650

BX470081.7	2000	T	2000
			|
BX004764.8	238651	T	238651

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

BX470081.7	201	TTTCAGAGGTAAAGCAGAGACTTTTTTTTTTTTTTTT-AAAGTGTGGCCT	249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
BX004764.8	236851	TTTCAGAGGTAAAGCAGAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGTGGCCT	236900

skip 1751 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX470081.7 - 84546 bps
Hit
BX004764.8 - 238651 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95192520001200012366512386511
297.09391031196112063-1188019821
382.124858026423221117451180201
478.01762915652256812124273245631
588.251712995785558153-124742250391
697.981861986346263659132387325841
787.51222006587866077-144631448301
885.19721355652356657166230663641
985.2851725651156682-181411815791
1091.611211703768337852-11577651579311
1188.681041593696037118-11580391581971
1293.52771085798858095-11618831619901
1391.6801182562325740-11919921921101
1486.611362523685437105-12053182055561
1590.859853675836842-12055992056851
1685.49781875047550661-12099172101091
1777.4492339565155685312224462227731
1895.1234413707837118-12290242290641
Short-link