<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX296547.4	2000	GAATTCAATTATCTTTGGAGAGAAGAAGGACCAAGATGTGCCAATTTTCT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1	GAATTCAATTATCTTTGGAGAGAAGAAGGACCAAGATGTGCCAATTTTCT	50

C  BX296547.4	1950	TTCTAAAGTGTGTGTGTGTACGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTTGTTGC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	51	TTCTAAAGTGTGTGTGTGTACGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTTGTTGC	100

C  BX296547.4	1900	TGCTGCTGCTGCACAAGGTCAGAAGAACCCCTGGATGCCCTATAGCTGGA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	101	TGCTGCTGCTGCACAAGGTCAGAAGAACCCCTGGATGCCCTATAGCTGGA	150

C  BX296547.4	1850	GTTGTAGGATATTATAAGCCGAGAGCCTAACCGCTGTGAACTGGGTTCTC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	151	GTTGTAGGATATTATAAGCCGAGAGCCTAACCGCTGTGAACTGGGTTCTC	200

C  BX296547.4	1800	TAGAAGAGCAGCAAGGGCTCTTAACATCTGGACCATCTCTCTGGGTTAAG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	201	TAGAAGAGCAGCAAGGGCTCTTAACATCTGGACCATCTCTCTGGGTTAAG	250

C  BX296547.4	1750	ATTTAAAAGCCCAACTATTGAAAGGTGACATGTTGCAGTAGGATGTCAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	251	ATTTAAAAGCCCAACTATTGAAAGGTGACATGTTGCAGTAGGATGTCAAA	300

C  BX296547.4	1700	GACTTGCAGGTAACTGGGAACTAGGAGACTTTAAACCATTTACCAGGACT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	301	GACTTGCAGGTAACTGGGAACTAGGAGACTTTAAACCATTTACCAGGACT	350

C  BX296547.4	1650	GTTAGCCTGCAGGGCCCAAATCTGTCAGCGGGCTGAGGAATTACTGGGTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	351	GTTAGCCTGCAGGGCCCAAATCTGTCAGCGGGCTGAGGAATTACTGGGTT	400

C  BX296547.4	1600	TCCTCCTCTAGCCTGGAAAGAAGAGTCTGCTTGGAAAGCAGTGACTAACA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	401	TCCTCCTCTAGCCTGGAAAGAAGAGTCTGCTTGGAAAGCAGTGACTAACA	450

C  BX296547.4	1550	GTTAGACAAACGGGGAACAAAAATTTGCAATTCTCAGGCAATTTAACATA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	451	GTTAGACAAACGGGGAACAAAAATTTGCAATTCTCAGGCAATTTAACATA	500

C  BX296547.4	1500	TTCCTGGGTATGACAGGCTACTGTAGAATTTGGTCCCAATTTTTGACTCT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	501	TTCCTGGGTATGACAGGCTACTGTAGAATTTGGTCCCAATTTTTGACTCT	550

C  BX296547.4	1450	ATGGCTAAGCCCCTTTATGAAATTTTGAATGGACCCAGAAATAGTTATGG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	551	ATGGCTAAGCCCCTTTATGAAATTTTGAATGGACCCAGAAATAGTTATGG	600

C  BX296547.4	1400	GTTTGGAACCTTTAAAAGGGGATTTGACATCTGCTCCTACCATGGGAATT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	601	GTTTGGAACCTTTAAAAGGGGATTTGACATCTGCTCCTACCATGGGAATT	650

C  BX296547.4	1350	TGGGGCTTGCAAAAGTCTTTTCAGTCAACATGGAAAGGATGGAGTCCTAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	651	TGGGGCTTGCAAAAGTCTTTTCAGTCAACATGGAAAGGATGGAGTCCTAA	700

C  BX296547.4	1300	TGTGAGTTCTCACTCAAATGATTGGAGGTGAACCTCAAACTGTGGCCTAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	701	TGTGAGTTCTCACTCAAATGATTGGAGGTGAACCTCAAACTGTGGCCTAT	750

C  BX296547.4	1250	TTATCAAAGTAAATGGCTAACAAGGGGGATTATAGGGGAGGGAAGGGTGG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	751	TTATCAAAGTAAATGGCTAACAAGGGGGATTATAGGGGAGGGAAGGGTGG	800

C  BX296547.4	1200	TAGGGGACTTTGTGTTAGACACTATAGGAAGGACTTAAACAGATGATTTG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	801	TAGGGGACTTTGTGTTAGACACTATAGGAAGGACTTAAACAGATGATTTG	850

C  BX296547.4	1150	TTTGCTCTGAGTTAATCTGCACACAAAACATCTTAAAGCTGTGTTTGTTC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	851	TTTGCTCTGAGTTAATCTGCACACAAAACATCTTAAAGCTGTGTTTGTTC	900

C  BX296547.4	1100	TGACATGTTTGTTCTGAGTTAGCTTTACACACCATTGGCTTAGCAGACTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	901	TGACATGTTTGTTCTGAGTTAGCTTTACACACCATTGGCTTAGCAGACTG	950

C  BX296547.4	1050	CAAAGCATATAACTGACACCACTATACATTAACCAGACTAAGCTCTGTTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	951	CAAAGCATATAACTGACACCACTATACATTAACCAGACTAAGCTCTGTTG	1000

C  BX296547.4	1000	AGTGCCTTCGTTCGAAGTCAAACAAGATAAGCTTAAAATAACAAAGTGAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1001	AGTGCCTTCGTTCGAAGTCAAACAAGATAAGCTTAAAATAACAAAGTGAA	1050

C  BX296547.4	950	CTTCACTTTTTTTTTTCCACTTTTTTTTTCAGCAGCAGCAGCAGCAACAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1051	CTTCACTTTTTTTTTTCCACTTTTTTTTTCAGCAGCAGCAGCAGCAACAA	1100

C  BX296547.4	900	CAACAATAACATAGAAACTTTAGAAAGAAAATCGGCATATCTTTACCCCA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1101	CAACAATAACATAGAAACTTTAGAAAGAAAATCGGCATATCTTTACCCCA	1150

C  BX296547.4	850	CTTCTCTTCAAATATCATTGAATTCTAAATTCTAAACCCTACACTCAGGC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1151	CTTCTCTTCAAATATCATTGAATTCTAAATTCTAAACCCTACACTCAGGC	1200

C  BX296547.4	800	AACCAAATAAAGAAGGCACAGATAGGAGTCTTTGGAACTTGGTGGCAAAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1201	AACCAAATAAAGAAGGCACAGATAGGAGTCTTTGGAACTTGGTGGCAAAA	1250

C  BX296547.4	750	GGGTGGGGAATGAAGAATAAACTTGAGCACTAATAATTAACTTTGGTTCT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1251	GGGTGGGGAATGAAGAATAAACTTGAGCACTAATAATTAACTTTGGTTCT	1300

C  BX296547.4	700	CTAGAATCCAACCTACATGATCATGCCAGCTTTTGCCTAAAGCCCAACCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1301	CTAGAATCCAACCTACATGATCATGCCAGCTTTTGCCTAAAGCCCAACCT	1350

C  BX296547.4	650	AAAGATTCAATTGCTGTGTCTGTTTGCTGGTGGCTGTGATTACAGCCCGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1351	AAAGATTCAATTGCTGTGTCTGTTTGCTGGTGGCTGTGATTACAGCCCGA	1400

C  BX296547.4	600	GCTTTGTTATTCTAGTGATAGAGATGACATCTCTGTGTGAAAACAGTCAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1401	GCTTTGTTATTCTAGTGATAGAGATGACATCTCTGTGTGAAAACAGTCAA	1450

C  BX296547.4	550	ACGAAATGGTCTGATTTATGTAAATGAAATCTTTCAACTTAGACCCAGTC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1451	ACGAAATGGTCTGATTTATGTAAATGAAATCTTTCAACTTAGACCCAGTC	1500

C  BX296547.4	500	AGGACACCACCGAGTTGAGTCCTGGTCCTCCCATCGTCCTAGAGCGGAGC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1501	AGGACACCACCGAGTTGAGTCCTGGTCCTCCCATCGTCCTAGAGCGGAGC	1550

C  BX296547.4	450	CGGAAACTACTGGGCTGGAACGCAGATTTTGAGAGACGTGTGACTGACCC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1551	CGGAAACTACTGGGCTGGAACGCAGATTTTGAGAGACGTGTGACTGACCC	1600

C  BX296547.4	400	TGCGACCAGGGCGAGGGGGACGTACGGTGATCGGGTTCCAGCGGAGAGAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1601	TGCGACCAGGGCGAGGGGGACGTACGGTGATCGGGTTCCAGCGGAGAGAG	1650

C  BX296547.4	350	AACCCGCAAACTTGGGACTCTCGAGCGGAGGGTCTGGTTGATACACAGAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1651	AACCCGCAAACTTGGGACTCTCGAGCGGAGGGTCTGGTTGATACACAGAA	1700

C  BX296547.4	300	ACTCTCCACACCTCGGAGCTGGGAGGACCAGAAGCTGGTGCGTGACGGAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1701	ACTCTCCACACCTCGGAGCTGGGAGGACCAGAAGCTGGTGCGTGACGGAA	1750

C  BX296547.4	250	GCTGCGGGGCATGGGAGAGGGAGGGAGCTCAGGACGTAGTTGGTGAGGCG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1751	GCTGCGGGGCATGGGAGAGGGAGGGAGCTCAGGACGTAGTTGGTGAGGCG	1800

C  BX296547.4	200	GTTTCCTGCTGTTGCGCAGCTCAAGCTGACTGCAAGCTCCAGCGTATCTC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1801	GTTTCCTGCTGTTGCGCAGCTCAAGCTGACTGCAAGCTCCAGCGTATCTC	1850

C  BX296547.4	150	CTACTTCAGCTTTCTGATGGCTGAGATTGCCAGCACTCCTGGGTTCTGTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1851	CTACTTCAGCTTTCTGATGGCTGAGATTGCCAGCACTCCTGGGTTCTGTT	1900

C  BX296547.4	100	GCTTTATTTTGTTGTGAGGGATTTTTCCCCCTTTTTTTGTTTGTTGTTGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1901	GCTTTATTTTGTTGTGAGGGATTTTTCCCCCTTTTTTTGTTTGTTGTTGT	1950

C  BX296547.4	50	TTGGTTTTAAGAGCGTTTCGTGAAGCCCGTGTTGGCCTCATCATTTGGCG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX001068.7	1951	TTGGTTTTAAGAGCGTTTCGTGAAGCCCGTGTTGGCCTCATCATTTGGCG	2000

Overview

Query
BX296547.4 - 4141 bps
Hit
BX001068.7 - 175880 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link