<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354551.9	1	CTGGACACTTAAAGCTCTTTACACATTTTTTGGGGAGGAAATGACGGCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148218	CTGGACACTTAAAGCTCTTTACACATTTTTTGGGGAGGAAATGACGGCTG	148267

CR354551.9	51	CCATACTGCACCCGAGTGCACACCACAAACCAGCTTATTGGTGGAGAGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148268	CCATACTGCACCCGAGTGCACACCACAAACCAGCTTATTGGTGGAGAGGA	148317

CR354551.9	101	GACAGAGTGATATGGGGATGGTTAGGAGGCCATGATGGACAGAGTGGGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148318	GACAGAGTGATATGGGGATGGTTAGGAGGCCATGATGGACAGAGTGGGCA	148367

CR354551.9	151	AATTTGGCCAGGATGCCAGGGTTAAAACTCCTTTTTTACGAAGGACATCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148368	AATTTGGCCAGGATGCCAGGGTTAAAACTCCTTTTTTACGAAGGACATCC	148417

CR354551.9	201	TGGGATTTTTAATGACCACAGAGTCAGGACCTCAGGTTTAACATCTCATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148418	TGGGATTTTTAATGACCACAGAGTCAGGACCTCAGGTTTAACATCTCATC	148467

CR354551.9	251	TGAAAGACGGTTACTAAATTCTGCATACTAAAAATTATTATTATTTTACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148468	TGAAAGACGGTTACTAAATTCTGCATACTAAAAATTATTATTATTTTACA	148517

CR354551.9	301	ATATTATGTTATCAGAAACTATGCCACAGTCTTTAACATCAGACCATTAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148518	ATATTATGTTATCAGAAACTATGCCACAGTCTTTAACATCAGACCATTAT	148567

CR354551.9	351	TTCCACAGCAAACAACTTCAGCTCTAGGAGAACTAGATTTTATAGCATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148568	TTCCACAGCAAACAACTTCAGCTCTAGGAGAACTAGATTTTATAGCATGT	148617

CR354551.9	401	ACTCAAGTTGTCTAAAAATGTTCAAGATGGGTGAAAATCCTAGCCATAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148618	ACTCAAGTTGTCTAAAAATGTTCAAGATGGGTGAAAATCCTAGCCATAAA	148667

CR354551.9	451	ATGAACAAAATAAAGTACTCTCAAAAACGTATAAAACATAATTTTATAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148668	ATGAACAAAATAAAGTACTCTCAAAAACGTATAAAACATAATTTTATAAA	148717

CR354551.9	501	CCATTATATGCACAAAATGCCTTTAAAAGCAATCCAGCGCTGAGATGTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148718	CCATTATATGCACAAAATGCCTTTAAAAGCAATCCAGCGCTGAGATGTGG	148767

CR354551.9	551	TCTGAATTTACCAACAATTCTCAGAGAAAATGTTCGGTTTATGAGCTCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148768	TCTGAATTTACCAACAATTCTCAGAGAAAATGTTCGGTTTATGAGCTCAG	148817

CR354551.9	601	TTGTGTTGTGGTGAACTTCAACTATGGCAAGTCAAAGTATGATTTAAGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148818	TTGTGTTGTGGTGAACTTCAACTATGGCAAGTCAAAGTATGATTTAAGAA	148867

CR354551.9	651	TGCTGGAATTTGATTGTTATAATAAGATGTTTACTCTTGTGTGCCTTATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148868	TGCTGGAATTTGATTGTTATAATAAGATGTTTACTCTTGTGTGCCTTATA	148917

CR354551.9	701	AACGTCTGGTGTACAACAGTACACAATGACAAAACCAAAACAATGTTTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148918	AACGTCTGGTGTACAACAGTACACAATGACAAAACCAAAACAATGTTTTA	148967

CR354551.9	751	TATACCCACTCACGAGACAAGTTGTTTTTCATGCTGCTAGATTTCCCTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	148968	TATACCCACTCACGAGACAAGTTGTTTTTCATGCTGCTAGATTTCCCTGG	149017

CR354551.9	801	AGAACCACAAGCCAACTATTTATGGAAGTAATGCATTCTGCTGCTTCCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149018	AGAACCACAAGCCAACTATTTATGGAAGTAATGCATTCTGCTGCTTCCTC	149067

CR354551.9	851	TAAACAGAGGAAAGACTCTATGTGGGTGGTACTCCATCGAACAGATACAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149068	TAAACAGAGGAAAGACTCTATGTGGGTGGTACTCCATCGAACAGATACAA	149117

CR354551.9	901	CATATATACAGACTGAGTGGAGGAACAGCTTTCCACAATTCTCTGAACTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149118	CATATATACAGACTGAGTGGAGGAACAGCTTTCCACAATTCTCTGAACTC	149167

CR354551.9	951	TGAGCTGAACTTCGGTCTAGTGAACAAAACATGCTGGCTGGTGATTATAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149168	TGAGCTGAACTTCGGTCTAGTGAACAAAACATGCTGGCTGGTGATTATAA	149217

CR354551.9	1001	AGGTAAACCCACCCGCACACGCACAAACCTTCATTCTGCTCACAAGACAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149218	AGGTAAACCCACCCGCACACGCACAAACCTTCATTCTGCTCACAAGACAT	149267

CR354551.9	1051	TATTATATATGTCACGCAAAACAGCCGGGGTTAAGAAGATTAGTGTTTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149268	TATTATATATGTCACGCAAAACAGCCGGGGTTAAGAAGATTAGTGTTTTA	149317

CR354551.9	1101	CTATACCACCTGTGTTGGGATTTTGTACACTAGGCCATGTTTATATCACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149318	CTATACCACCTGTGTTGGGATTTTGTACACTAGGCCATGTTTATATCACA	149367

CR354551.9	1151	TACTGGTATTTGTTGAAAGGACACTTTAAACAAGATAAATGATAGTGAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149368	TACTGGTATTTGTTGAAAGGACACTTTAAACAAGATAAATGATAGTGAAG	149417

CR354551.9	1201	CTGAAAATATTTTCTTTGTTGGAATGCAGTTGTGAACGACAGCCTGTCTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149418	CTGAAAATATTTTCTTTGTTGGAATGCAGTTGTGAACGACAGCCTGTCTA	149467

CR354551.9	1251	TATTTCACATTCTTGAAATTGTGTCACAACATTTAGGCCTGTTGTTTAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149468	TATTTCACATTCTTGAAATTGTGTCACAACATTTAGGCCTGTTGTTTAAC	149517

CR354551.9	1301	ACAATTTAGCATCAGTTTGTAATGACACTAACACGTTTTTTTCAAGGACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149518	ACAATTTAGCATCAGTTTGTAATGACACTAACACGTTTTTTTCAAGGACA	149567

CR354551.9	1351	CAGCTACTTTAGAACTTCAAATGTTTTTCATAATATGAGAACATTAATTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149568	CAGCTACTTTAGAACTTCAAATGTTTTTCATAATATGAGAACATTAATTC	149617

CR354551.9	1401	TTTATAGATATCCAGTCCTTTGTAATGGTCGTCACACACACACACACACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149618	TTTATAGATATCCAGTCCTTTGTAATGGTCGTCACACACACACACACACA	149667

CR354551.9	1451	TACACAAAAAAATGTGTACCTCTACATAAGTAACCCAAACAGTATTATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149668	TACACAAAAAAATGTGTACCTCTACATAAGTAACCCAAACAGTATTATAT	149717

CR354551.9	1501	GTCTTAACAGTAAAAATGAAAAAAAAAAAAATCTTAAGCTGGTGATGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149718	GTCTTAACAGTAAAAATGAAAAAAAAAAAAATCTTAAGCTGGTGATGTTT	149767

CR354551.9	1551	GAACTTGGATCAGTGGCGTCATAACGCAACGTGCTAACCACTAGACCAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149768	GAACTTGGATCAGTGGCGTCATAACGCAACGTGCTAACCACTAGACCAAG	149817

CR354551.9	1601	TAGGCCCTGTTAAGTAGATGTGTTCGGGATGAAAAATAAGTATAATTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149818	TAGGCCCTGTTAAGTAGATGTGTTCGGGATGAAAAATAAGTATAATTGCA	149867

CR354551.9	1651	CTGTTATCTGCTGTTATTGATGTCTACTCTTCTTCTCCCCTTTTTAGATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149868	CTGTTATCTGCTGTTATTGATGTCTACTCTTCTTCTCCCCTTTTTAGATT	149917

CR354551.9	1701	TCTGATCAAGTTATATCAGAATTATTAATGTAGTGAATCATCTGATTTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149918	TCTGATCAAGTTATATCAGAATTATTAATGTAGTGAATCATCTGATTTTC	149967

CR354551.9	1751	ATTAAACAGGTGTAATATTCTTTAATATTAATTAATATTCACCAAGGTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	149968	ATTAAACAGGTGTAATATTCTTTAATATTAATTAATATTCACCAAGGTGC	150017

CR354551.9	1801	CGCTTTTTTTGGTGGAATGATAGTAACATCATCATAAACCTGGGGGCTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	150018	CGCTTTTTTTGGTGGAATGATAGTAACATCATCATAAACCTGGGGGCTGC	150067

CR354551.9	1851	ATTTTGCTCACGGGGCAGCGAGAAAATAAATATAAAGAGCGGGGTTGTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	150068	ATTTTGCTCACGGGGCAGCGAGAAAATAAATATAAAGAGCGGGGTTGTGG	150117

CR354551.9	1901	CAAAATAATGAATAAAAATAGTGTGGCTAAAAAATGAAAAAAGTGCAACG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	150118	CAAAATAATGAATAAAAATAGTGTGGCTAAAAAATGAAAAAAGTGCAACG	150167

CR354551.9	1951	GCAAGTGCAAGCAGCAAAAAATGGAAAACGGACCGGCCCACCGGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX001015.5	150168	GCAAGTGCAAGCAGCAAAAAATGGAAAACGGACCGGCCCACCGGGAATTC	150217

Overview

Query
CR354551.9 - 81192 bps
Hit
BX001015.5 - 150217 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194820001200011482181502171
289.1223839072687730761163220081
387.73104173317023187419980101501
488.221532503190232151110474107361
587.251783124978650097110474107711
685.88901773482435000110678108471
790.19911467247972624115637157891
886.2891975179251988-115642158441
992.8634946463036766-118892193531
1088.7944171155236233-119352200561
1188.271853247227672599-124751250741
1283.383127054939150095131104317951
1383.331143065173652041139490397951
1484.331433477227872624-139595399451
1583.138621843260147415476511
1683.98962041529515498168706689111
1788.351101855538555569172015722031
1886.221643627227272633-182285826541
1983.133509242521826141-184885858211
2087.19179347722787262411378821382321
Short-link