<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX294117.17	2000	AAGCTTAATGCATTTTGTGAGCTGGAAACAAAAAGCATAATTGACCTATG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1	AAGCTTAATGCATTTTGTGAGCTGGAAACAAAAAGCATAATTGACCTATG	50

C  BX294117.17	1950	GTTTGGAGGGCTTGTTTTTAAGTGAAGAAACAACTTGAACTTTAATAGCA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	51	GTTTGGAGGGCTTGTTTTTAAGTGAAGAAACAACTTGAACTTTAATAGCA	100

C  BX294117.17	1900	GCACGCTGGATTTATTGAGATAAAAAACCTGTCATTTTACTTATACAAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	101	GCACGCTGGATTTATTGAGATAAAAAACCTGTCATTTTACTTATACAAAA	150

C  BX294117.17	1850	GCAAAAATAGAGAACAATCTAGCTTTATTACTTTCGAGATCACTGCTTTG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	151	GCAAAAATAGAGAACAATCTAGCTTTATTACTTTCGAGATCACTGCTTTG	200

C  BX294117.17	1800	CCCTACTTAAAGTTATAGCAAAAGAAGAAAAAAGGTGTTTTTAGACATGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	201	CCCTACTTAAAGTTATAGCAAAAGAAGAAAAAAGGTGTTTTTAGACATGT	250

C  BX294117.17	1750	TTCCTGAGTACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	251	TTCCTGAGTACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	300

C  BX294117.17	1700	TATATATATATAAATGGTCACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	301	TATATATATATAAATGGTCACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGT	350

C  BX294117.17	1650	TAATTAATGCATTTACTAACATGAACAAACAATGAACTATACATCTATAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	351	TAATTAATGCATTTACTAACATGAACAAACAATGAACTATACATCTATAC	400

C  BX294117.17	1600	TGTATTTCTTCATGCTAGTTAACGTTAGTTAATGAAAATACAGTTATTCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	401	TGTATTTCTTCATGCTAGTTAACGTTAGTTAATGAAAATACAGTTATTCA	450

C  BX294117.17	1550	TTGTTAGTTCAAGTTAACTTATGGTGCACTAACTAATGTTAACAAGCATG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	451	TTGTTAGTTCAAGTTAACTTATGGTGCACTAACTAATGTTAACAAGCATG	500

C  BX294117.17	1500	GACTTAAATGTTAATAATGCATTAGTAAAGGTTCAATTATGATTAATAAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	501	GACTTAAATGTTAATAATGCATTAGTAAAGGTTCAATTATGATTAATAAA	550

C  BX294117.17	1450	TGCTGTACATGTGATGTTCATGATTAGTTCATGTTAGTAAATGCATTAAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	551	TGCTGTACATGTGATGTTCATGATTAGTTCATGTTAGTAAATGCATTAAC	600

C  BX294117.17	1400	TAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGTGTTTGTATATATATATATATTGACT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	601	TAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGTGTTTGTATATATATATATATTGACT	650

C  BX294117.17	1350	GGTAATAATTGTTCATCATCTGACAAACCCTATTTATAGAATAGGTATAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	651	GGTAATAATTGTTCATCATCTGACAAACCCTATTTATAGAATAGGTATAA	700

C  BX294117.17	1300	TACAAGCAATGCAAATATTAATTTTGCACAAAAAGAAAATTACAAATTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	701	TACAAGCAATGCAAATATTAATTTTGCACAAAAAGAAAATTACAAATTTT	750

C  BX294117.17	1250	AAAGAAGTATTAAAATGGTATGGCAAAGAGAAAGGAAAAATACATTAAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	751	AAAGAAGTATTAAAATGGTATGGCAAAGAGAAAGGAAAAATACATTAAAA	800

C  BX294117.17	1200	TAATACAATAAAAATACATTTAAAAAGAGAGCAAGAGCATATGTAAAAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	801	TAATACAATAAAAATACATTTAAAAAGAGAGCAAGAGCATATGTAAAAAA	850

C  BX294117.17	1150	AATAACATGAATCAATGCAGAATATTAAATAAAGCACGTTTTAGAAGTTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	851	AATAACATGAATCAATGCAGAATATTAAATAAAGCACGTTTTAGAAGTTT	900

C  BX294117.17	1100	TAATTTATTTCTTGTTATAAGACTCTGAAATGATATTCAAGTACAGATGC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	901	TAATTTATTTCTTGTTATAAGACTCTGAAATGATATTCAAGTACAGATGC	950

C  BX294117.17	1050	AATTCTCAAAAAAATTGGTTCACATTCGGTATATTTACGCTTATGCATAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	951	AATTCTCAAAAAAATTGGTTCACATTCGGTATATTTACGCTTATGCATAA	1000

C  BX294117.17	1000	AAAAACAAAAAAAAACTTTCCATTTTTTTTAAAGGCCACAAACCCACAGG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1001	AAAAACAAAAAAAAACTTTCCATTTTTTTTAAAGGCCACAAACCCACAGG	1050

C  BX294117.17	950	GTCTTCACAGGGTGTTTTCACACCTCTAATTTTAAAAAGTCTGGAAAGTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1051	GTCTTCACAGGGTGTTTTCACACCTCTAATTTTAAAAAGTCTGGAAAGTG	1100

C  BX294117.17	900	GGTGAGTCCAGCTTTGTTTAGGTAAGAGTGTCAAGTGGCGAAAGAGGGAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1101	GGTGAGTCCAGCTTTGTTTAGGTAAGAGTGTCAAGTGGCGAAAGAGGGAT	1150

C  BX294117.17	850	AGGTTTGCATGAAAACGGGAGCTTCAGTATATGCATGCGCGGATTTTCAC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1151	AGGTTTGCATGAAAACGGGAGCTTCAGTATATGCATGCGCGGATTTTCAC	1200

C  BX294117.17	800	TGTGGGAACACAAACGCAGGGGAGTGACGTTCACATGTATTTCAGCAATC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1201	TGTGGGAACACAAACGCAGGGGAGTGACGTTCACATGTATTTCAGCAATC	1250

C  BX294117.17	750	AAATTATTTGTGTTTACATGAATTGCTTTTTGAATGTTACCTTCAGCATC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1251	AAATTATTTGTGTTTACATGAATTGCTTTTTGAATGTTACCTTCAGCATC	1300

C  BX294117.17	700	CTGTTTTACATGTTATAGCACATAATTTGATTAACATCATTGCATTATTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1301	CTGTTTTACATGTTATAGCACATAATTTGATTAACATCATTGCATTATTG	1350

C  BX294117.17	650	CCACGCTATCTAAATTTCTTCTAGAGTTTCATGATATTTCAGGTGTTTCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1351	CCACGCTATCTAAATTTCTTCTAGAGTTTCATGATATTTCAGGTGTTTCA	1400

C  BX294117.17	600	TTCCTAATTTGTTGACTTTAACTGCAGTTTGGCTCTTTTTACTTTCATTC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1401	TTCCTAATTTGTTGACTTTAACTGCAGTTTGGCTCTTTTTACTTTCATTC	1450

C  BX294117.17	550	AAGAACATTTCTTGCATGCCCCCCATATCAAAGAAGATGTTGGATATGGT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1451	AAGAACATTTCTTGCATGCCCCCCATATCAAAGAAGATGTTGGATATGGT	1500

C  BX294117.17	500	TTTTATGGAATTTTGATACCGCATGCTGTATGCGAGAAAAAAAAAATTCT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1501	TTTTATGGAATTTTGATACCGCATGCTGTATGCGAGAAAAAAAAAATTCT	1550

C  BX294117.17	450	CAGTAGATGCAGAGACCCGGTAGGTGCAGAAAATAATGTTAAACAGCCGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1551	CAGTAGATGCAGAGACCCGGTAGGTGCAGAAAATAATGTTAAACAGCCGT	1600

C  BX294117.17	400	TTCTGTATAGACTATCCTGTCACAAAATGTGTCAAAAATCATACTGTATA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1601	TTCTGTATAGACTATCCTGTCACAAAATGTGTCAAAAATCATACTGTATA	1650

C  BX294117.17	350	TGGCGAAAAATCTTACAAGATGGTAATAGTCTGAATAAGGTGTTTACATG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1651	TGGCGAAAAATCTTACAAGATGGTAATAGTCTGAATAAGGTGTTTACATG	1700

C  BX294117.17	300	TTTACATTTAGAGAGCAGCCTTTACAGTGGATCTTTCAGTCTATATTACT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1701	TTTACATTTAGAGAGCAGCCTTTACAGTGGATCTTTCAGTCTATATTACT	1750

C  BX294117.17	250	GTAGTGATATTAACATATTGTAAACTAATTAACCAAATAATTTTGACCAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1751	GTAGTGATATTAACATATTGTAAACTAATTAACCAAATAATTTTGACCAA	1800

C  BX294117.17	200	GGTATGTCTTTTAAAACTGAAAGAGTACTGCTGACGAGACTAACTTTTAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1801	GGTATGTCTTTTAAAACTGAAAGAGTACTGCTGACGAGACTAACTTTTAT	1850

C  BX294117.17	150	TCATCATGCATGAATTAACATAAGCAAGAACACTGAACCACGTCTTTTAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1851	TCATCATGCATGAATTAACATAAGCAAGAACACTGAACCACGTCTTTTAA	1900

C  BX294117.17	100	AAGAAGACAAGTGGCAAATCTGTATTTCCCCATTTTCAGATGTGAAAAGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1901	AAGAAGACAAGTGGCAAATCTGTATTTCCCCATTTTCAGATGTGAAAAGC	1950

C  BX294117.17	50	TGTCAGGTAAAAAATGTTACCTACAAATATATATTTTTGTCACGTGTTAG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX000689.17	1951	TGTCAGGTAAAAAATGTTACCTACAAATATATATTTTTGTCACGTGTTAG	2000

Overview

Query
BX294117.17 - 114534 bps
Hit
BX000689.17 - 143526 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001881200012000-1120001
2100387199365994351353136011
390.9167981272412821-1580559031
497.4736799936099438-114433145111
510036743262932702114437145101
610036743262932702-114437145101
710041773262732703124712247881
810037763262832703-124721247961
981.561825557599576549-128062285981
1091.4242686163261699-128343284121
1197.5343813262132701129544296241
1298.740773262732703-129555296311
1310039747232772400-129557296301
1498.7536803262832707-129886299651
1596.7738923262832719129904299961
1610039484547245519-186885869321
1797.7365884270042787-187224873111
1890.1592132712487137911002161003471
1995.28361059285192955-11014001015051
2095.2441106541565426111014021015061
2196.33411093130431412-11014091015171
2298.940922114321234-11014191015091
2310037771209512171-11014301015061
2482.01721931272812920-11041391043271
2587.186911759716087-11109591110751
2681.3912332511202111234511116501119661
2786.3374143255502569211117861119241
2897.874094541685426111382651383581
2996.49471143129931412-11382871384001
3010045862114921234-11383131383981
3196.9749999283792935-11383131384111
3210037771209512171-11383201383961
3384.3847951708417178-11423801424751
Short-link