<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX000688.11	1	GGCCAGCCCATCCCCAGCTCAGGATAGACCACAGAGTGCTTGGTGATTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87140	GGCCAGCCCATCCCCAGCTCAGGATAGACCACAGAGTGCTTGGTGATTCC	87189

BX000688.11	51	TGCATTGGAACTCCCTCTCTAAGCTCCCCATGGACCTGGACCTCAGAGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87190	TGCATTGGAACTCCCTCTCTAAGCTCCCCATGGACCTGGACCTCAGAGGT	87239

BX000688.11	101	CTGTGGTTTTCACAGTAGAGCTTGGAGCAGAGATGCTAGGCCCCTATCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87240	CTGTGGTTTTCACAGTAGAGCTTGGAGCAGAGATGCTAGGCCCCTATCAC	87289

BX000688.11	151	TTCCATATGTGTCCTGGACACCTCTAAGATCATAGGACTGGCCTAGCCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87290	TTCCATATGTGTCCTGGACACCTCTAAGATCATAGGACTGGCCTAGCCCC	87339

BX000688.11	201	CAATACCAGACACTGCCCAGCCCCCTGATAGCCCAGAGGTAGGGCCAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87340	CAATACCAGACACTGCCCAGCCCCCTGATAGCCCAGAGGTAGGGCCAGAG	87389

BX000688.11	251	ACAACTCTCCTGCATGTGATGCCTACAGCTGATCACTCTTGGCAGACAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87390	ACAACTCTCCTGCATGTGATGCCTACAGCTGATCACTCTTGGCAGACAGT	87439

BX000688.11	301	GAACATCACGGCCCAGAAGGAGCCAGGGCAGCACTTGGCAAGCTGCCCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87440	GAACATCACGGCCCAGAAGGAGCCAGGGCAGCACTTGGCAAGCTGCCCCA	87489

BX000688.11	351	AAGCCCCAGAGAGCTCCTTAGACATGGAAAGTCAATACTGATGGGGAAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87490	AAGCCCCAGAGAGCTCCTTAGACATGGAAAGTCAATACTGATGGGGAAGC	87539

BX000688.11	401	TGGACACTTGGAGGCCACTGGAGGGAGGGGTGAGCATGGTGTCCCCACAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87540	TGGACACTTGGAGGCCACTGGAGGGAGGGGTGAGCATGGTGTCCCCACAG	87589

BX000688.11	451	CCCAGGCCACCCAGCAGCATGCCCTGCATCCATGGTCCCAACCTGTAGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87590	CCCAGGCCACCCAGCAGCATGCCCTGCATCCATGGTCCCAACCTGTAGGG	87639

BX000688.11	501	CAGAACCCCCCTCTCAATGCACAATTCCTAGACCCAGAGGGCCCTAGCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87640	CAGAACCCCCCTCTCAATGCACAATTCCTAGACCCAGAGGGCCCTAGCCC	87689

BX000688.11	551	AGACTCAACCTGAGCCCTGAAAGGGAAGGGGCACCAGGGGTGCCTTGGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87690	AGACTCAACCTGAGCCCTGAAAGGGAAGGGGCACCAGGGGTGCCTTGGGG	87739

BX000688.11	601	CCTCCAGCAGCAGCCAAGATACACAGGAGATGGAGCCCCCTGTGGCCCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87740	CCTCCAGCAGCAGCCAAGATACACAGGAGATGGAGCCCCCTGTGGCCCTG	87789

BX000688.11	651	GCCAGAACTAGTATTTGGCTTAAGGCGGAGCAAGCCCCCTTGGAGCACTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87790	GCCAGAACTAGTATTTGGCTTAAGGCGGAGCAAGCCCCCTTGGAGCACTG	87839

BX000688.11	701	CGTACATACCCGGGGCCTATGTGTGCCTGGCAAGGCCAAGCTGATGATGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87840	CGTACATACCCGGGGCCTATGTGTGCCTGGCAAGGCCAAGCTGATGATGT	87889

BX000688.11	751	TACCAAGCTCAAACTACCACTGGCCACCTTGGTGAGGGTGGGGCAGAAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87890	TACCAAGCTCAAACTACCACTGGCCACCTTGGTGAGGGTGGGGCAGAAAC	87939

BX000688.11	801	ACGTGGACCAGCCACCAACCTCATCCATTCAAGGAAGCAGAAATGGTCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87940	ACGTGGACCAGCCACCAACCTCATCCATTCAAGGAAGCAGAAATGGTCAG	87989

BX000688.11	851	GCTCCTGCAGGATAAGTGGCCACCACCAGACCACCAATGGGGCAGAGTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	87990	GCTCCTGCAGGATAAGTGGCCACCACCAGACCACCAATGGGGCAGAGTTC	88039

BX000688.11	901	TGAGGCCCAAGCAGATGGCACTGGGGCCCTGCTTCCAGGGTCCACAATCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88040	TGAGGCCCAAGCAGATGGCACTGGGGCCCTGCTTCCAGGGTCCACAATCT	88089

BX000688.11	951	GCTCCAGGACACAAGACTGAAGAAAACTAAGCAAATGAGAGTCCAGGAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88090	GCTCCAGGACACAAGACTGAAGAAAACTAAGCAAATGAGAGTCCAGGAGG	88139

BX000688.11	1001	CTGGATCCCTCATCTGCCATTCTTGGCAGTTGCATTTTGTGGTCAGAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88140	CTGGATCCCTCATCTGCCATTCTTGGCAGTTGCATTTTGTGGTCAGAAAA	88189

BX000688.11	1051	AGTCAGGAAACTTGGCTCTACTCACTGCAGGAGGCTCCAAGGTGGGACCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88190	AGTCAGGAAACTTGGCTCTACTCACTGCAGGAGGCTCCAAGGTGGGACCA	88239

BX000688.11	1101	GAGCTTCCAGCATAGATTCAACAATGCCTAAGAATGCCTCTTCTTGGGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88240	GAGCTTCCAGCATAGATTCAACAATGCCTAAGAATGCCTCTTCTTGGGGA	88289

BX000688.11	1151	AAAGGACCCCTTCCTTGGCCTCAAAGCCCCCACTTATTTTGATTAAAGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88290	AAAGGACCCCTTCCTTGGCCTCAAAGCCCCCACTTATTTTGATTAAAGCA	88339

BX000688.11	1201	CAATAAAGTCTTTGTTGTTATGTCCTGCCTGTTTTTGAGTTGCCCAGAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88340	CAATAAAGTCTTTGTTGTTATGTCCTGCCTGTTTTTGAGTTGCCCAGAGC	88389

BX000688.11	1251	TCTCTGCAGGAAGCCCTGGACATACTGGGGTGGATGGGAAATGAAGATGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88390	TCTCTGCAGGAAGCCCTGGACATACTGGGGTGGATGGGAAATGAAGATGG	88439

BX000688.11	1301	CACAGCCCAGACCCTGACCAGCCTCTCACAGCCTCCCCATCCCAAAGGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88440	CACAGCCCAGACCCTGACCAGCCTCTCACAGCCTCCCCATCCCAAAGGCC	88489

BX000688.11	1351	GCAGCAGGGCCAAGCACCAGAAAGGCCAAGGTTCCCACCCAACTGTGAGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88490	GCAGCAGGGCCAAGCACCAGAAAGGCCAAGGTTCCCACCCAACTGTGAGC	88539

BX000688.11	1401	CACACTGCACTGCAGCCTCCCACTCTCAGGCAGATGCCAGGGTTAAGACC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88540	CACACTGCACTGCAGCCTCCCACTCTCAGGCAGATGCCAGGGTTAAGACC	88589

BX000688.11	1451	CTCCAGTAATTTCCTGTAATTCAAACTGCACCTGATAGGGACCCCCAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88590	CTCCAGTAATTTCCTGTAATTCAAACTGCACCTGATAGGGACCCCCAGAG	88639

BX000688.11	1501	GGCTGGGAAGGGAGCAAAAGTTGGAGTTCCAGTGACATTGCTCATTCATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88640	GGCTGGGAAGGGAGCAAAAGTTGGAGTTCCAGTGACATTGCTCATTCATG	88689

BX000688.11	1551	ACAGTCTGTACAAAGCATCCCTGAGAGGGTCTGCTGTCACCTGTGTCTAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88690	ACAGTCTGTACAAAGCATCCCTGAGAGGGTCTGCTGTCACCTGTGTCTAC	88739

BX000688.11	1601	TGTCCCTGGGTGGCTGGTCTCCGGCAGCCCTCCCTTCCTTTCTTCCCTCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88740	TGTCCCTGGGTGGCTGGTCTCCGGCAGCCCTCCCTTCCTTTCTTCCCTCC	88789

BX000688.11	1651	TTCCCTCCCCACATCCCTCCCTCCCTCTCTTCCTTCTTCTCTTGCTTCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88790	TTCCCTCCCCACATCCCTCCCTCCCTCTCTTCCTTCTTCTCTTGCTTCCC	88839

BX000688.11	1701	TCATCCTTTCCATCTCATCTCCTCTCAGCATCTGGCAATCCCAGGTCCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88840	TCATCCTTTCCATCTCATCTCCTCTCAGCATCTGGCAATCCCAGGTCCTG	88889

BX000688.11	1751	AGCCTGTGCCAAGGCGGGACACAAAGGACACCACTGACAACAAGCCAGGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88890	AGCCTGTGCCAAGGCGGGACACAAAGGACACCACTGACAACAAGCCAGGT	88939

BX000688.11	1801	GACTAGCGGGGTCGGGGAGCCTTGTGGAATCAGAGTGGATGGGGAGGGGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88940	GACTAGCGGGGTCGGGGAGCCTTGTGGAATCAGAGTGGATGGGGAGGGGC	88989

BX000688.11	1851	TCATCTGTGCAGCCCAGGACTGCTGCCCCGGGAACAGTCTAGAACAGTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	88990	TCATCTGTGCAGCCCAGGACTGCTGCCCCGGGAACAGTCTAGAACAGTGC	89039

BX000688.11	1901	AGAAGTGTGTGTCCCTGTGTGTGCACATGTGCACGTGTATGTGTATGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	89040	AGAAGTGTGTGTCCCTGTGTGTGCACATGTGCACGTGTATGTGTATGTGT	89089

BX000688.11	1951	GTGCGTGCCTGTGCACACCTGTTTACTCAGTTCTGCTCTAAGTCCATGTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000531.11	89090	GTGCGTGCCTGTGCACACCTGTTTACTCAGTTCTGCTCTAAGTCCATGTC	89139

Overview

Query
BX000688.11 - 102684 bps
Hit
BX000531.11 - 89139 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link