<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR545472.6	1	TGAAGGTAATGACTTAATTAAATACTTCAACTTAAATGAAGTTCACAGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	161927	TGAAGGTAATGACTTAATTAAATACTTCAACTTAAATGAAGTTCACAGTA	161976

CR545472.6	51	CTCATATAGATTTTTTTTAACTCAAATGGCTTGTAGAAATCAACTTCCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	161977	CTCATATAGATTTTTTTTAACTCAAATGGCTTGTAGAAATCAACTTCCTC	162026

CR545472.6	101	AAACGGTTTGAGTTGCCTTTACATATTGGGTTTTACAGTACTCAGTTGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162027	AAACGGTTTGAGTTGCCTTTACATATTGGGTTTTACAGTACTCAGTTGGT	162076

CR545472.6	151	TTGAGTCCTCTTTATTTATTGGGTTTTACTGTGCTCAGATTGCTTCGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162077	TTGAGTCCTCTTTATTTATTGGGTTTTACTGTGCTCAGATTGCTTCGTTT	162126

CR545472.6	201	ACTCAAATGGATTAAGTTCACAAAACTCATTAGGATTAGTTTTTGAACTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162127	ACTCAAATGGATTAAGTTCACAAAACTCATTAGGATTAGTTTTTGAACTT	162176

CR545472.6	251	AAATGGTTTGTTGCAATCGGTTTCCTTAAATTATTTGAGTTACCCTAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162177	AAATGGTTTGTTGCAATCGGTTTCCTTAAATTATTTGAGTTACCCTAAAT	162226

CR545472.6	301	TTTTGGATTTTACAGTGTGTAATGAACAATGCGTTTACTCACTTTAAGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162227	TTTTGGATTTTACAGTGTGTAATGAACAATGCGTTTACTCACTTTAAGTA	162276

CR545472.6	351	TAGTCAAGTTGTATAGCAGAACATTTCGGTGGTTTTTAAAACCTTGACTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162277	TAGTCAAGTTGTATAGCAGAACATTTCGGTGGTTTTTAAAACCTTGACTT	162326

CR545472.6	401	TTCCAAACCGCGGTATATCACAGTTATCATCTTTTGCCTAATCAGCTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162327	TTCCAAACCGCGGTATATCACAGTTATCATCTTTTGCCTAATCAGCTTAA	162376

CR545472.6	451	TATTTTTTGTAATAGTCATCAACAAGGTTTAGCTAAAATTTTCTTGATAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162377	TATTTTTTGTAATAGTCATCAACAAGGTTTAGCTAAAATTTTCTTGATAA	162426

CR545472.6	501	CTTTATCAAGATGAACAGACAGAGAGAAATAAAGTTGTAGGGATTAGGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162427	CTTTATCAAGATGAACAGACAGAGAGAAATAAAGTTGTAGGGATTAGGGC	162476

CR545472.6	551	TAAAACAAAAGCCAACGAGCATTTAAAGAGTGCATCAAAGTTCAAATATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162477	TAAAACAAAAGCCAACGAGCATTTAAAGAGTGCATCAAAGTTCAAATATA	162526

CR545472.6	601	CTGTATATATAAAAGCTTTAGTCTCAAGAGATTTGTATCAGTTTCTGATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162527	CTGTATATATAAAAGCTTTAGTCTCAAGAGATTTGTATCAGTTTCTGATT	162576

CR545472.6	651	TACATATATGGCATATCAGTGTGGTCGTATGATTAATGATCAGTTCAGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162577	TACATATATGGCATATCAGTGTGGTCGTATGATTAATGATCAGTTCAGGT	162626

CR545472.6	701	GCTGTTAAGAGTGAAGCGGAGGCCAGAAAGAGGGGAGGTCACCTGCCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162627	GCTGTTAAGAGTGAAGCGGAGGCCAGAAAGAGGGGAGGTCACCTGCCTGG	162676

CR545472.6	751	TGGCAAAGTTCCTGGAGAAAACAGTTCCTCGCTTAAGCAAACCGGCTGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162677	TGGCAAAGTTCCTGGAGAAAACAGTTCCTCGCTTAAGCAAACCGGCTGGA	162726

CR545472.6	801	TGTGACAGGAAAAGGGAGGGCTTTCCAAACCCGCAAGCTTCATGGGAGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162727	TGTGACAGGAAAAGGGAGGGCTTTCCAAACCCGCAAGCTTCATGGGAGTG	162776

CR545472.6	851	CAGCCTCCACCGGCTCGCAGTAGGTCATCCTGTCGTCTCAACTGACTGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162777	CAGCCTCCACCGGCTCGCAGTAGGTCATCCTGTCGTCTCAACTGACTGTC	162826

CR545472.6	901	AAAATAATGTGAGTTTTGGCAGCCCACGGGCATCTTGATGCCATTAAGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162827	AAAATAATGTGAGTTTTGGCAGCCCACGGGCATCTTGATGCCATTAAGTG	162876

CR545472.6	951	CTGCTCTAATCGGACTTGTCTGGTCAAGAGCGTTCCAATGATTACACTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162877	CTGCTCTAATCGGACTTGTCTGGTCAAGAGCGTTCCAATGATTACACTTA	162926

CR545472.6	1001	ATCATGGTCTCTAAATCTATAGGCTACATGGGAACCTAAAACTGTTAGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162927	ATCATGGTCTCTAAATCTATAGGCTACATGGGAACCTAAAACTGTTAGGA	162976

CR545472.6	1051	TATAAAATGTTTGGCAGCGATTTCATGTCTTTGCTTTCGCCCCCGAGAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	162977	TATAAAATGTTTGGCAGCGATTTCATGTCTTTGCTTTCGCCCCCGAGAGC	163026

CR545472.6	1101	CTATTCCAGAGAGAGCATTTCGAGGCACTGGAAAAGCAATTAAATCAAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163027	CTATTCCAGAGAGAGCATTTCGAGGCACTGGAAAAGCAATTAAATCAAAC	163076

CR545472.6	1151	ATGGGTGAGTGACTACAGGACAAATGCCTCGTCAGCACTTCTCAAGAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163077	ATGGGTGAGTGACTACAGGACAAATGCCTCGTCAGCACTTCTCAAGAGAA	163126

CR545472.6	1201	ACTAGTCGGCTTTCTGAGAGGGGGGAAAAAAAATAGTCGTAGGAAAACCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163127	ACTAGTCGGCTTTCTGAGAGGGGGGAAAAAAAATAGTCGTAGGAAAACCC	163176

CR545472.6	1251	AAACAAAGAACGAGTAAGAAAGGGAGTATGAAGCCATAGACAAGAGGTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163177	AAACAAAGAACGAGTAAGAAAGGGAGTATGAAGCCATAGACAAGAGGTCA	163226

CR545472.6	1301	GTTACACGCCACCTTCAAATTTGAGGTCAGACACAGAGCTTGACCTCTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163227	GTTACACGCCACCTTCAAATTTGAGGTCAGACACAGAGCTTGACCTCTGA	163276

CR545472.6	1351	CCTCACAGTTCACATCAGCCTATAATTGCCTTTTCGCAGCAACTCTCCTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163277	CCTCACAGTTCACATCAGCCTATAATTGCCTTTTCGCAGCAACTCTCCTA	163326

CR545472.6	1401	CTATCCACGGCCAAAGACAATGTAACAATTTGTCTTTTCAATTGTCTGTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163327	CTATCCACGGCCAAAGACAATGTAACAATTTGTCTTTTCAATTGTCTGTC	163376

CR545472.6	1451	ACTCACTCAAACCTACAGCCTTTCAGGGGGCGTAAATGGTTTCTTTCTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163377	ACTCACTCAAACCTACAGCCTTTCAGGGGGCGTAAATGGTTTCTTTCTCA	163426

CR545472.6	1501	AATTCTATTTATTTATTTACCTTGAATGGCAAAAGTGGGGGTCGTCTGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163427	AATTCTATTTATTTATTTACCTTGAATGGCAAAAGTGGGGGTCGTCTGGA	163476

CR545472.6	1551	CCATGGAAAAATGGGCTCTTTGTCTAAGCTGGTTTCACATCTACCCCCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163477	CCATGGAAAAATGGGCTCTTTGTCTAAGCTGGTTTCACATCTACCCCCTC	163526

CR545472.6	1601	CGCTGTTCGCTACCTCTCCATATTCAAACCTTCTCACTTTATGCCTAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163527	CGCTGTTCGCTACCTCTCCATATTCAAACCTTCTCACTTTATGCCTAAAG	163576

CR545472.6	1651	CTGTTTAAATGGGCTACACAGGCTCTAGCCTTGGGTCATTTCAAGGTGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163577	CTGTTTAAATGGGCTACACAGGCTCTAGCCTTGGGTCATTTCAAGGTGGA	163626

CR545472.6	1701	TTTCCATTCTCCTAAACTTATCAATAAAGCTTTTATTTTCCTTGAATGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163627	TTTCCATTCTCCTAAACTTATCAATAAAGCTTTTATTTTCCTTGAATGCC	163676

CR545472.6	1751	AACTCTTGACAGAAGAACATGCGATAATGGTTAGTATTTCAAGACCCTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163677	AACTCTTGACAGAAGAACATGCGATAATGGTTAGTATTTCAAGACCCTCA	163726

CR545472.6	1801	GGGTTATTCAAAACTACTTTTAAAACTAAAATTATTTTACTATTTACTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163727	GGGTTATTCAAAACTACTTTTAAAACTAAAATTATTTTACTATTTACTTT	163776

CR545472.6	1851	TTAACTATTTTACCTAATTTAAACATTATGACACGCCATGTTCAAAATCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163777	TTAACTATTTTACCTAATTTAAACATTATGACACGCCATGTTCAAAATCT	163826

CR545472.6	1901	GTAACTAATCTTTCATTTAAAACTGCAAAGACATTTACTAAGTTTGTCGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163827	GTAACTAATCTTTCATTTAAAACTGCAAAGACATTTACTAAGTTTGTCGT	163876

CR545472.6	1951	TTCAATCTAAAGACACTCTGGAGTTAATAAATCATTAGATGGCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000481.5	163877	TTCAATCTAAAGACACTCTGGAGTTAATAAATCATTAGATGGCTGAATTC	163926

Overview

Query
CR545472.6 - 75199 bps
Hit
BX000481.5 - 163926 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196020001200011619271639261
290.37548261925620061938294641
384.94751813107831258-114654148391
482.92972073175831964144397446011
587.281692764630846583-148986492601
682.131092801076811047164084643741
786.151192284036540592-164105643351
883.48942232015020372164152643811
985821604459844757187185873441
1079.731123491070811056-194862952211
1193.34811072026620372-194864949681
1293.472106262372634211047141048191
1394.815377264392651511047441048201
1490.862553663896739332-11123601127311
1585.091032222015020371-11123641125911
1690.51153226389693919411184531186841
1788.0876151262372638711207041208541
1897.0667102264282652911207511208521
1986.0579213263172652911221421223561
2083.42801872946929655-11280641282561
Short-link