<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX247884.6	1	TGGCCTTTTAGAGGACGCCTTTTAATCGTTTTCATGTTAGCTTTATAGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	235810	TGGCCTTTTAGAGGACGCCTTTTAATCGTTTTCATGTTAGCTTTATAGCT	235859

BX247884.6	51	GGGTATAATCAAAGTGAGATTTATAAAAAAAATAATAATAACGTGATTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	235860	GGGTATAATCAAAGTGAGATTTATAAAAAAAATAATAATAACGTGATTTC	235909

BX247884.6	101	CTTTAAAGGAAACATGAGCACACATTGTTTTGCATCTTATCATCAACCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	235910	CTTTAAAGGAAACATGAGCACACATTGTTTTGCATCTTATCATCAACCAA	235959

BX247884.6	151	GCCTTAAAATTACATTCTTGACCATCCCTTTAAATAACCATTCGTTACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	235960	GCCTTAAAATTACATTCTTGACCATCCCTTTAAATAACCATTCGTTACAA	236009

BX247884.6	201	CCAAGGTGTGCAGAAGAGCACCTCTCAATGTACAACACATAGAACCTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236010	CCAAGGTGTGCAGAAGAGCACCTCTCAATGTACAACACATAGAACCTTGA	236059

BX247884.6	251	GGCGGATGGGCTACAGCAGCAGAAGACCACACACGGTGCCACTCCTGTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236060	GGCGGATGGGCTACAGCAGCAGAAGACCACACACGGTGCCACTCCTGTCA	236109

BX247884.6	301	GCTAAGAACAGGAAACTGAGGCTACAATTCACACAGGCTCATCAAAATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236110	GCTAAGAACAGGAAACTGAGGCTACAATTCACACAGGCTCATCAAAATTT	236159

BX247884.6	351	GACAATAAATGTTGGAAAAATGTTGCCTGGTCTGATGAGTCTAACGCAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236160	GACAATAAATGTTGGAAAAATGTTGCCTGGTCTGATGAGTCTAACGCAAT	236209

BX247884.6	401	CTCACGGCAATTCGTAACTTTTTGATTTAGTGGCTAATTCGTACAATGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236210	CTCACGGCAATTCGTAACTTTTTGATTTAGTGGCTAATTCGTACAATGTA	236259

BX247884.6	451	ATTCATACAATTTAGTACGATTTGCTCATCACCCAATGCCACACCTCCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236260	ATTCATACAATTTAGTACGATTTGCTCATCACCCAATGCCACACCTCCTA	236309

BX247884.6	501	TTTTTTTTCGTACGACTGAACTCTTACAAATTCGTACGAATAAGCCACTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236310	TTTTTTTTCGTACGACTGAACTCTTACAAATTCGTACGAATAAGCCACTA	236359

BX247884.6	551	AACTGACAAAACGAAAAATACTTACGTTTCCTCGTGAGATCAGGCTGGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236360	AACTGACAAAACGAAAAATACTTACGTTTCCTCGTGAGATCAGGCTGGAT	236409

BX247884.6	601	AAGTCTCGATTTCTGTTGCAACATTCAGATGGTAGGATCAGAATTTGGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236410	AAGTCTCGATTTCTGTTGCAACATTCAGATGGTAGGATCAGAATTTGGCA	236459

BX247884.6	651	TCAATAACATAAAAGCATGGATCTGTCTTGCTTTGTATCAATGGTTCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236460	TCAATAACATAAAAGCATGGATCTGTCTTGCTTTGTATCAATGGTTCAGG	236509

BX247884.6	701	CTGGTAGTGGTGGTATATTGGTGTGGGGGATATTTTCTTGGCACACTTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236510	CTGGTAGTGGTGGTATATTGGTGTGGGGGATATTTTCTTGGCACACTTTG	236559

BX247884.6	751	GGCCCGTTAGTACCAATAAAGCATCAGGTCAATGCCATAGCCTACCTGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236560	GGCCCGTTAGTACCAATAAAGCATCAGGTCAATGCCATAGCCTACCTGAA	236609

BX247884.6	801	TATTGTTGCTGATCATGCCCTTCCCTTTATGACCACAGTGTACCCATCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236610	TATTGTTGCTGATCATGCCCTTCCCTTTATGACCACAGTGTACCCATCTT	236659

BX247884.6	851	CTGATGGCTATGGCCATGTCATAAAGTGCAAATCATCTCAGACTGATTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236660	CTGATGGCTATGGCCATGTCATAAAGTGCAAATCATCTCAGACTGATTTC	236709

BX247884.6	901	TTAAACATGCCAGTAAGTTCACTGTACTCAAATGGCCTCCACATTCACTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236710	TTAAACATGCCAGTAAGTTCACTGTACTCAAATGGCCTCCACATTCACTA	236759

BX247884.6	951	GAACTCAATCCAATAGAGCACCTTTGGGGTGTGGTGGAACAGGAGATTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236760	GAACTCAATCCAATAGAGCACCTTTGGGGTGTGGTGGAACAGGAGATTTG	236809

BX247884.6	1001	CTTCATGGATGTGCAGCTGATAAATCTGCAGCAACTGTGTGATGCTATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236810	CTTCATGGATGTGCAGCTGATAAATCTGCAGCAACTGTGTGATGCTATCA	236859

BX247884.6	1051	TGTCAATATGGAGCAAAATTTCAAAGGGATATTTCTAGTACCTTGTTCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236860	TGTCAATATGGAGCAAAATTTCAAAGGGATATTTCTAGTACCTTGTTCAA	236909

BX247884.6	1101	TCTATGCCACAAATAAATAAGGCAGTTCTGAAGGCAAAAGGAGGATCTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236910	TCTATGCCACAAATAAATAAGGCAGTTCTGAAGGCAAAAGGAGGATCTAA	236959

BX247884.6	1151	CCTGGTACTATAAAACTGTGCCTAATAAAGTGGCCAGTGATTCTATATGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	236960	CCTGGTACTATAAAACTGTGCCTAATAAAGTGGCCAGTGATTCTATATGC	237009

BX247884.6	1201	TTTATTTTTATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTTGTCCCTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237010	TTTATTTTTATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTTGTCCCTTT	237059

BX247884.6	1251	ACTAATCTTGGGTCGCCACAGGGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237060	ACTAATCTTGGGTCGCCACAGGGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACT	237109

BX247884.6	1301	TTTTTTTACGCGGATGTCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237110	TTTTTTTACGCGGATGTCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATC	237159

BX247884.6	1351	CTTGCACACACACTCATACACTATGCACAGTTTAGCCCAATTCACCTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237160	CTTGCACACACACTCATACACTATGCACAGTTTAGCCCAATTCACCTGTT	237209

BX247884.6	1401	CTGCATGTCTTTGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAACG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237210	CTGCATGTCTTTGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAACG	237259

BX247884.6	1451	CAAGGAGAAACTGCAAACTCCACACAGAAATGCAGAGGTTCGAACCAGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237260	CAAGGAGAAACTGCAAACTCCACACAGAAATGCAGAGGTTCGAACCAGCA	237309

BX247884.6	1501	ACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGTTGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237310	ACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGTTGCC	237359

BX247884.6	1551	TATTTGTTTTATATCTTAAATAATATTAATACAAAAATAAATCTACATTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237360	TATTTGTTTTATATCTTAAATAATATTAATACAAAAATAAATCTACATTA	237409

BX247884.6	1601	AACACACCAAAAGACATTATTTATTTTATTTAAATAAACCAAAAATCTTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237410	AACACACCAAAAGACATTATTTATTTTATTTAAATAAACCAAAAATCTTG	237459

BX247884.6	1651	GTCGTATGAATGGATGAATAAATGGATGAATGAGTGAATGAATGAATTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237460	GTCGTATGAATGGATGAATAAATGGATGAATGAGTGAATGAATGAATTAA	237509

BX247884.6	1701	TTAAATGAATGAATGAAAATTCCTTTTTCATTTTGCTAATTCACTTTTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237510	TTAAATGAATGAATGAAAATTCCTTTTTCATTTTGCTAATTCACTTTTTA	237559

BX247884.6	1751	AAGTGGAGTGAAGTTCCCTGACCTGTAAAATAAATACAGACTTGAATTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237560	AAGTGGAGTGAAGTTCCCTGACCTGTAAAATAAATACAGACTTGAATTTC	237609

BX247884.6	1801	CAATGTTTTTTAACATAATAGAGGGTGGGGTATTTGATAGGTTAGATAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237610	CAATGTTTTTTAACATAATAGAGGGTGGGGTATTTGATAGGTTAGATAAG	237659

BX247884.6	1851	ATTTATAATATCAAAAGAGCGTTACTTTCCATTCATCTTGGTGTCTGTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237660	ATTTATAATATCAAAAGAGCGTTACTTTCCATTCATCTTGGTGTCTGTTG	237709

BX247884.6	1901	TGATGTTATGAAAGACAAAATTTCTTCAAAAAAAAAAAAAAGGTTTGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237710	TGATGTTATGAAAGACAAAATTTCTTCAAAAAAAAAAAAAAGGTTTGAAA	237759

BX247884.6	1951	GGACTCAGATTTGCCAACTGGTTCATGCTAATTAGCCAAATCTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX000470.24	237760	GGACTCAGATTTGCCAACTGGTTCATGCTAATTAGCCAAATCTTAAGCTT	237809

Overview

Query
BX247884.6 - 108530 bps
Hit
BX000470.24 - 237809 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195920001200012358102378091
282.4914333492699602-139805401411
394.612853695537955747158174585441
494.531682011118311383166513667131
594.15154189111901137811005611007481
695.943013685538055747-11389501393181
785.313145901335513944-11396461402371
883.75163347854498579511431571435131
988.93353561635156407511553221558901
1080.74189539702457078311621771627211
1179.96165545824418298511622421627851
1290.41322059267947111982031984001
1391.02174249243172456511982031984471
1488.33215363854448580611982071985661
1584148345618156215911982111985661
1685.792003622431724678-12054032057611
1785.04151291136541394412109812112741
1885.57166310243232463212196032199071
1984.751483186181562132-12239242242641
2085.271653302431724646-12239542242721
2189.211993148544485757-12239542242681
2284.13133282854448572512370192372891
Short-link