<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1703 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

AP003154.2	1	ATCTGCCTGTCTCTGCCTCTCAAGTACTGTCCGCCTGGGATTAAAGCTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	29808	ATCTGCCTGTCTCTGCCTCTCAAGTACTGTCCGCCTGGGATTAAAGCTGT	29857

AP003154.2	51	GCACCAGCACTGCTGCCTGGCTGCAGTTCTCTGTGAGCTTGGAAGGTGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	29858	GCACCAGCACTGCTGCCTGGCTGCAGTTCTCTGTGAGCTTGGAAGGTGAC	29907

AP003154.2	101	ATTTAAACAGGTGTTTATTCTCAGTGACAGCTTCCATAGTCAGTATTTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	29908	ATTTAAACAGGTGTTTATTCTCAGTGACAGCTTCCATAGTCAGTATTTGG	29957

AP003154.2	151	AAAAGCAAAAATTTGGGTAACTTGTTGAAGATGTCCTTCCTCCCTGTGCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	29958	AAAAGCAAAAATTTGGGTAACTTGTTGAAGATGTCCTTCCTCCCTGTGCC	30007

AP003154.2	201	TGGTTCCTTGCTGGCTTCTTGGGACATGGTCATGGATCAGATTGATGTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30008	TGGTTCCTTGCTGGCTTCTTGGGACATGGTCATGGATCAGATTGATGTAA	30057

AP003154.2	251	CTGGTCTCTGCCCTCATGGAACTTTACTATGTTGTTAGAGCTTACTGGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30058	CTGGTCTCTGCCCTCATGGAACTTTACTATGTTGTTAGAGCTTACTGGAG	30107

AP003154.2	301	GGAAATGTAGAAAAAAAAATACAGGTTATACCTTGTATAAATGGCTTATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30108	GGAAATGTAGAAAAAAAAATACAGGTTATACCTTGTATAAATGGCTTATG	30157

AP003154.2	351	CCTTTTTTCTTGGGCTTAGTTTTGATGGTGACGCTTTATAACTTAATCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30158	CCTTTTTTCTTGGGCTTAGTTTTGATGGTGACGCTTTATAACTTAATCTC	30207

AP003154.2	401	TGGCAAGGTGGGAATCAGGATGGGGATGGCGTGGGCCACAGTAGTAAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30208	TGGCAAGGTGGGAATCAGGATGGGGATGGCGTGGGCCACAGTAGTAAGGT	30257

AP003154.2	451	AAGCTCCAGCTTGTTGGCACTTTGAGACCGCTCAAGCTGGCTTAAAATTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30258	AAGCTCCAGCTTGTTGGCACTTTGAGACCGCTCAAGCTGGCTTAAAATTC	30307

AP003154.2	501	ACGATAGATTGAGCTGGCCTTGACATGAGGGTCCTCCTGCTCAGTCTCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30308	ACGATAGATTGAGCTGGCCTTGACATGAGGGTCCTCCTGCTCAGTCTCTC	30357

AP003154.2	551	AGATGTGAAGATCACAGGCTGCTGTTAACACTTTATAATGTGTCACATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30358	AGATGTGAAGATCACAGGCTGCTGTTAACACTTTATAATGTGTCACATGG	30407

AP003154.2	601	TTTTCTTTTTCAAGAAGGGCTCATGTAAACTGCGTTCCCACTGTTTAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30408	TTTTCTTTTTCAAGAAGGGCTCATGTAAACTGCGTTCCCACTGTTTAGTG	30457

AP003154.2	651	GGAGCAGTAGCCACTATTGGTCAGTGCTCTGCACTAGGCAGGCCATTGGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30458	GGAGCAGTAGCCACTATTGGTCAGTGCTCTGCACTAGGCAGGCCATTGGG	30507

AP003154.2	701	CAGGCATTTGTTATCAGGCATTGTACCCTGTTCAGCAGCCCTACAGTGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30508	CAGGCATTTGTTATCAGGCATTGTACCCTGTTCAGCAGCCCTACAGTGTA	30557

AP003154.2	751	GCTGATATTATTTGTATTTTATAAGTTAAACAAATGGGGATGCAGGGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30558	GCTGATATTATTTGTATTTTATAAGTTAAACAAATGGGGATGCAGGGAAT	30607

AP003154.2	801	TAATCTTGTTTCACATTGCTCATAGTGCTCATATGCTCAAAGTGCATATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30608	TAATCTTGTTTCACATTGCTCATAGTGCTCATATGCTCAAAGTGCATATG	30657

AP003154.2	851	GTCCACATAGTGCTACCAGGTAAAAGGCCCAGTTCAGCATTTTGAGGGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AP003157.2	30658	GTCCACATAGTGCTACCAGGTAAAAGGCCCAGTTCAGCA-TTTGAGGGAG	30706

AP003154.2	901	GGCAGCTAGCCTGTAGCCCATTTACCTAAGGAACAGAGAAGCTGAGTGGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30707	GGCAGCTAGCCTGTAGCCCATTTACCTAAGGAACAGAGAAGCTGAGTGGT	30756

AP003154.2	951	CAGGCCTAGAGCCCTGTGGTCAGTTTATTGAATCCTCTCGCCATCCAGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30757	CAGGCCTAGAGCCCTGTGGTCAGTTTATTGAATCCTCTCGCCATCCAGGA	30806

AP003154.2	1001	GAGTCCAGGAGCTTCCCTGAATGGCACTGCAGGGAAGCAAACCGAGGCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30807	GAGTCCAGGAGCTTCCCTGAATGGCACTGCAGGGAAGCAAACCGAGGCAC	30856

AP003154.2	1051	TGCTTGGGGCCACTTGGTCCCCATCTTGGTGCACTTGGGTCACTGGGGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30857	TGCTTGGGGCCACTTGGTCCCCATCTTGGTGCACTTGGGTCACTGGGGTC	30906

AP003154.2	1101	CCCATCCTGCATGTGCTGTCAGGCACATTGTAGAGTTGTATTTAGTGGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30907	CCCATCCTGCATGTGCTGTCAGGCACATTGTAGAGTTGTATTTAGTGGCA	30956

AP003154.2	1151	GTGTATCTATCCCAGAGGCAGCAGTGAGAGACTCTAGTTGTAGTGTTTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	30957	GTGTATCTATCCCAGAGGCAGCAGTGAGAGACTCTAGTTGTAGTGTTTAA	31006

AP003154.2	1201	TCTGTTTTTATTGGTGTCAGGACAAGGGACAGTCGTTGAGTCTTGTGTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31007	TCTGTTTTTATTGGTGTCAGGACAAGGGACAGTCGTTGAGTCTTGTGTTT	31056

AP003154.2	1251	TCTTCATTAAACAGGATCTATGGTTTGATTTTGGTCAGCCTGACTATACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31057	TCTTCATTAAACAGGATCTATGGTTTGATTTTGGTCAGCCTGACTATACA	31106

AP003154.2	1301	CCTGTATAGGTTTTCTAAGAGTGACTTACTTTCAGGCTGTG-AAAGCCAG	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AP003157.2	31107	CCTGTATAGGTTTTCTAAGAGTGACTTACTTTCAGGCTGTGAAAAGCCAG	31156

AP003154.2	1350	TGCTAGTATAGTATAAACCTATGCTAGCTATGCTAAGGAACACTGTCCTG	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31157	TGCTAGTATAGTATAAACCTATGCTAGCTATGCTAAGGAACACTGTCCTG	31206

AP003154.2	1400	TGGTAGGTAGGGAGTTCACGGAGAGTCAGGGCTACAGTGGGAAATCCTGT	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31207	TGGTAGGTAGGGAGTTCACGGAGAGTCAGGGCTACAGTGGGAAATCCTGT	31256

AP003154.2	1450	TTTAAAAGAAAGTAATTGTGGCTACAGCCTGAAGTTATTAGTTGGTTTCC	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31257	TTTAAAAGAAAGTAATTGTGGCTACAGCCTGAAGTTATTAGTTGGTTTCC	31306

AP003154.2	1500	TTGATTTGCAGAATAGTTGAAAATAAAAGTCCCAATAGCAGCAGGGATGG	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31307	TTGATTTGCAGAATAGTTGAAAATAAAAGTCCCAATAGCAGCAGGGATGG	31356

AP003154.2	1550	CAGAAGGAATCAACCTTAATATGCAACAAACAATAGTTTTCTCTTGCCGT	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31357	CAGAAGGAATCAACCTTAATATGCAACAAACAATAGTTTTCTCTTGCCGT	31406

AP003154.2	1600	GTAACTGTACCCTCACAGAGTTAGGATTAGGGTAAAATGGGGAGTCATTA	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31407	GTAACTGTACCCTCACAGAGTTAGGATTAGGGTAAAATGGGGAGTCATTA	31456

AP003154.2	1650	CCTCAGTTTCTGAGTCAGGTTCTTGGGTGCATTTTAGTTGAGTCTCTGTT	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AP003157.2	31457	CCTCAGTTTCTGAGTCAGGTTCTTGGGTGCATTTTAGTTGAGTCTCTGTT	31506

AP003154.2	1700	CTAG	1703
			||||
AP003157.2	31507	CTAG	31510

Compact alignment

skip 850 bps 100% identity alignment

AP003154.2	851	GTCCACATAGTGCTACCAGGTAAAAGGCCCAGTTCAGCATTTTGAGGGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AP003157.2	30658	GTCCACATAGTGCTACCAGGTAAAAGGCCCAGTTCAGCA-TTTGAGGGAG	30706

skip 400 bps 100% identity alignment

AP003154.2	1301	CCTGTATAGGTTTTCTAAGAGTGACTTACTTTCAGGCTGTG-AAAGCCAG	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AP003157.2	31107	CCTGTATAGGTTTTCTAAGAGTGACTTACTTTCAGGCTGTGAAAAGCCAG	31156

skip 354 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AP003154.2 - 111402 bps
Hit
AP003157.2 - 31510 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1703 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link