<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2362 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

C  AC239873.3	33126	CTCTGGAGCGAGACCCTCTGGGTCCAAATCCTGGCCCCACCAGTCACACT	33077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184052	CTCTGGAGCGAGACCCTCTGGGTCCAAATCCTGGCCCCACCAGTCACACT	184101

C  AC239873.3	33076	CTGTGACTTGACCCCAGTGCGTGGTCCAAGGACCCGTGCTGGGCCACACA	33027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184102	CTGTGACTTGACCCCAGTGCGTGGTCCAAGGACCCGTGCTGGGCCACACA	184151

C  AC239873.3	33026	CTGTTTGTAACATGACACGCTTAGAACTGAGAATAAGCATTTAGTAACTT	32977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184152	CTGTTTGTAACATGACACGCTTAGAACTGAGAATAAGCATTTAGTAACTT	184201

C  AC239873.3	32976	TCATAGCAACTTGACACTGCCTACATCCCATTGTGACCGTGTGTATTATA	32927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184202	TCATAGCAACTTGACACTGCCTACATCCCATTGTGACCGTGTGTATTATA	184251

C  AC239873.3	32926	AAAATATCATTCCTGACAGATTGGAACATGTTTTCTCGAAGTTCCTTCAT	32877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184252	AAAATATCATTCCTGACAGATTGGAACATGTTTTCTCGAAGTTCCTTCAT	184301

C  AC239873.3	32876	CGCAGATAGTTTGGAAGGCGTGGACTCAGCCTACTGTGTGCCTCAGTTTT	32827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184302	CGCAGATAGTTTGGAAGGCGTGGACTCAGCCTACTGTGTGCCTCAGTTTT	184351

C  AC239873.3	32826	TTCATTAGTGAAATGGGAATAATGATGGTCTCTAACCTCACCACATCCCT	32777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184352	TTCATTAGTGAAATGGGAATAATGATGGTCTCTAACCTCACCACATCCCT	184401

C  AC239873.3	32776	GAGAAGGTGTAAAGGCGTGAAATTAGGAAGGGCTCTGAGACTGGGGGCTG	32727
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184402	GAGGAGGTGTAAAGGCGTGAAATTAGGAAGGGCTCTGAGACTGGGGGCTG	184451

C  AC239873.3	32726	GTCACTGCAATCTCTCAGTAAATGTCAGTGTCACTATCATTTTGACACAT	32677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184452	GTCACTGCAATCTCTCAGTAAATGTCAGTGTCACTATCATTTTGACACAT	184501

C  AC239873.3	32676	TCTCCAGATTCTGCATTACAAGCATCAGATTCTCCTCTGAGGACAGAGGA	32627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184502	TCTCCAGATTCTGCATTACAAGCATCAGATTCTCCTCTGAGGACAGAGGA	184551

C  AC239873.3	32626	GGGAGAGTTGGGGAGAGAGTGGACCCCATTCAGTGTATCCTTCCCCACCC	32577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184552	GGGAGAGTTGGGGAGAGAGTGGACCCCATTCAGTGTATCCTTCCCCACCC	184601

C  AC239873.3	32576	CAAGTTCATATGGCTTTTAGCCAAACCTTGAGATTGGAACACCTCTGTCA	32527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184602	CAAGTTCATATGGCTTTTAGCCAAACCTTGAGATTGGAACACCTCTGTCA	184651

C  AC239873.3	32526	CTGCATCCAAAACCTTTCAGGTTTCCAAAGGGTAGTTTATTCGTCCACTT	32477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184652	CTGCATCCAAAACCTTTCAGGTTTCCAAAGGGTAGTTTATTCGTCCACTT	184701

C  AC239873.3	32476	AACAAATATCTAGGGCCAGCACCATGGCTTACGCCTGTAATCCCAGCACT	32427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184702	AACAAATATCTAGGGCCAGCACCATGGCTTACGCCTGTAATCCCAGCACT	184751

C  AC239873.3	32426	TTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGGTCGATTAAGCCCAGCAGTTTGAGACCAG	32377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184752	TTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGGTCGATTAAGCCCAGCAGTTTGAGACCAG	184801

C  AC239873.3	32376	CCTAGGCAAGATGACAAAAGCTCATCGATACAAAAAAATGCAAAAATGGC	32327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184802	CCTAGGCAAGATGACAAAAGCTCATCGATACAAAAAAATGCAAAAATGGC	184851

C  AC239873.3	32326	CGGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGATGCTGAGGC	32277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184852	CGGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGATGCTGAGGC	184901

C  AC239873.3	32276	AGGCAGATCACCCGAGGGTCAGAAGTTCAAGACCACCCTGACCAATATGG	32227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184902	AGGCAGATCACCCGAGGGTCAGAAGTTCAAGACCACCCTGACCAATATGG	184951

C  AC239873.3	32226	AGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGATGGGCATGGTGGCAC	32177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184952	AGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGATGGGCATGGTGGCAC	185001

C  AC239873.3	32176	ATGCCTATAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGA	32127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185002	ATGCCTATAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGA	185051

C  AC239873.3	32126	AGCTGGGAGGTAAAGGTTGCGGTAAGCCAAGATAGTGCCATTGCACTCCA	32077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185052	AGCTGGGAGGTAAAGGTTGCGGTAAGCCAAGATAGTGCCATTGCACTCCA	185101

C  AC239873.3	32076	GCCTGGAAAACAAGAGCAAAACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	32028
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AP000344.1	185102	GCCTGGAAAACAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG	185151

C  AC239873.3	32027	CAAAAATTAGCCGGGTGTGGTAGCATGCACCTGTGGTCCCAGCTACTCGG	31978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185152	CAAAAATTAGCCGGGTGTGGTAGCATGCACCTGTGGTCCCAGCTACTCGG	185201

C  AC239873.3	31977	GAGGCTGAGGTGGGAGGATCAGCTGAGCCCAGGGAGGTCAAGGCTGCAGC	31928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185202	GAGGCTGAGGTGGGAGGATCAGCTGAGCCCAGGGAGGTCAAGGCTGCAGC	185251

C  AC239873.3	31927	GTACCATGATTGTGCCACGGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGAGAGACCC	31878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185252	GTACCATGATTGTGCCACGGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGAGAGACCC	185301

C  AC239873.3	31877	TGTCTCAAAATAAAGTAAAATGAAATAAAACTAAACTAAACTAAACTAAA	31828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185302	TGTCTCAAAATAAAGTAAAATGAAATAAAACTAAACTAAACTAAACTAAA	185351

C  AC239873.3	31827	CATCTGTAGCTCACGATGAGAGCTGGAGAGTCCAGTGGTTAAGAACTTTA	31778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185352	CATCTGTAGCTCACGATGAGAGCTGGAGAGTCCAGTGGTTAAGAACTTTA	185401

C  AC239873.3	31777	GAGCAAGATGGCCCCGGGGTCCAGTCTTGCCCTACCTGAATGACCTTGGG	31728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185402	GAGCAAGATGGCCCCGGGGTCCAGTCTTGCCCTACCTGAATGACCTTGGG	185451

C  AC239873.3	31727	CAACTCACTTAACCTCTCTGAGCCACAATGTTCCCAGAAGATAGCCAGGA	31678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185452	CAACTCACTTAACCTCTCTGAGCCACAATGTTCCCAGAAGATAGCCAGGA	185501

C  AC239873.3	31677	GGAGTCCTAAGCTCAGGACTCAGTTCAGGGCTGAGATTTGGCCGACAATG	31628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185502	GGAGTCCTAAGCTCAGGACTCAGTTCAGGGCTGAGATTTGGCCGACAATG	185551

C  AC239873.3	31627	TGCACACACCTGCAGAAAGCCCGGCCACCCCAGGCACTCACTACATCCAG	31578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185552	TGCACACACCTGCAGAAAGCCCGGCCACCCCAGGCACTCACTACATCCAG	185601

C  AC239873.3	31577	GTTCGGATTTGCAGGCTGTGGTGACCTCCCAGGCTCCCCACCCTCAGTGA	31528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185602	GTTCGGATTTGCAGGCTGTGGTGACCTCCCAGGCTCCCCACCCTCAGTGA	185651

C  AC239873.3	31527	GTTCTTGTGGATTAAGAAGGAATGGGTGGCGCCTTGAGATACCAGACTTG	31478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185652	GTTCTTGTGGATTAAGAAGGAATGGGTGGCGCCTTGAGATACCAGACTTG	185701

C  AC239873.3	31477	CCAGGTGTTACTTCTAGAAAAATAAATGAATTTAAGGGCTTTGAATATTT	31428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185702	CCAGGTGTTACTTCTAGAAAAATAAATGAATTTAAGGGCTTTGAATATTT	185751

C  AC239873.3	31427	GAGAATGGAGAGATTTAAAAATATAAAGGTTTCTGCTGGGCGCGGTGGCT	31378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185752	GAGAATGGAGAGATTTAAAAATATAAAGGTTTCTGCTGGGCGCGGTGGCT	185801

C  AC239873.3	31377	CACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGTTCACGAG	31328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185802	CACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGTTCACGAG	185851

C  AC239873.3	31327	GTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTAC	31278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185852	GTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTAC	185901

C  AC239873.3	31277	TAAAAATACAAAAAGTTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTACAGTCCCA	31228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185902	TAAAAATACAAAAAGTTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTACAGTCCCA	185951

C  AC239873.3	31227	GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCCGGGAGGCGGAG	31178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	185952	GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCCGGGAGGCGGAG	186001

C  AC239873.3	31177	CTTGCAGTGAACCGAGATCACGCCACGCCACTGCAGTCCGGCCTGGGCGA	31128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186002	CTTGCAGTGAACCGAGATCACGCCACGCCACTGCAGTCCGGCCTGGGCGA	186051

C  AC239873.3	31127	CAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	31078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186052	CAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	186101

C  AC239873.3	31077	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACACACAC	31028
			| | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
  AP000344.1	186102	AAAAA-ATATATATATATATATATATATATATATACACACACACACACAC	186150

C  AC239873.3	31027	ACATATATATA--TA------CACATATACACATATATACACACATATAT	30986
			| |||||||||  ||      |||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186151	ATATATATATACATATATATACACATATACACATATATACACACATATAT	186200

C  AC239873.3	30985	ACACATATACACATATATACACATATATACATATATATACACATATATAC	30936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186201	ACACATATACACATATATACACATATATACATATATATACACATATATAC	186250

C  AC239873.3	30935	ATATATACAGATATATATATATAAAGGTTTCTTAAGATGGATAGAAGTCT	30886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186251	ATATATACAGATATATATATATAAAGGTTTCTTAAGATGGATAGAAGTCT	186300

C  AC239873.3	30885	TACCAATTGGATTTGTATTCTGTGGAACAGGGAGGCTTATCTAAGGTCTC	30836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186301	TACCAATTGGATTTGTATTCTGTGGAACAGGGAGGCTTATCTAAGGTCTC	186350

C  AC239873.3	30835	TCTCTAGAAAACACAGCTCTGTTCAAAGGGAAAAGCAGGCTGGCCAACCC	30786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186351	TCTCTAGAAAACACAGCTCTGTTCAAAGGGAAAAGCAGGCTGGCCAACCC	186400

C  AC239873.3	30785	ACGTGATGGCTCTTGAAGCTT	30765
			|||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186401	ACGTGATGGCTCTTGAAGCTT	186421

Compact alignment

skip 350 bps 100% identity alignment

C  AC239873.3	32776	GAGAAGGTGTAAAGGCGTGAAATTAGGAAGGGCTCTGAGACTGGGGGCTG	32727
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	184402	GAGGAGGTGTAAAGGCGTGAAATTAGGAAGGGCTCTGAGACTGGGGGCTG	184451

skip 650 bps 100% identity alignment

C  AC239873.3	32076	GCCTGGAAAACAAGAGCAAAACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	32028
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AP000344.1	185102	GCCTGGAAAACAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG	185151

skip 950 bps 100% identity alignment

C  AC239873.3	31077	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACACACAC	31028
			| | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
  AP000344.1	186102	AAAAA-ATATATATATATATATATATATATATATACACACACACACACAC	186150

C  AC239873.3	31027	ACATATATATA--TA------CACATATACACATATATACACACATATAT	30986
			| |||||||||  ||      |||||||||||||||||||||||||||||
  AP000344.1	186151	ATATATATATACATATATATACACATATACACATATATACACACATATAT	186200

skip 221 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC239873.3 - 33126 bps
Hit
AP000344.1 - 186421 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2362 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7459023623076533126-11840521864211
Short-link