<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1418 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  AC207981.3	39623	AGCTTTGTCAGTGGCTTGGATTTCCTAACCAGGGCTATCCTACTGCACTA	39574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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C  AC207981.3	39573	AGTGTTCCCACTGACAAGTTTTATTAAACTCATGTATCTTCACACAGAGC	39524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	54821	AGTGTTCCCACTGACAAGTTTTATTAAACTCATGTATCTTCACACAGAGC	54870

C  AC207981.3	39523	AGTATCTTCAATCTAAGTGAACAATTATACTAAGTTGTACTCAAGGTAGA	39474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	54871	AGTATCTTCAATCTAAGTGAACAATTATACTAAGTTGTACTCAAGGTAGA	54920

C  AC207981.3	39473	GTAAGCCAAATATAAAAGACATATCTGAATCTCTCCTATAAAATACAAGA	39424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	54921	GTAAGCCAAATATAAAAGACATATCTGAATCTCTCCTATAAAATACAAGA	54970

C  AC207981.3	39423	AGAATATATACTTACTTTGGGTAACATATGCACCAAAAAGAATCCACATG	39374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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C  AC207981.3	39373	GAAGCAATAAGTGACCCAAACATCAACATGAAACCAATGAAAAGCCAAAC	39324
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C  AC207981.3	39323	TCGAGCACCTGTGTAGAGAAGAGGCTTTATGATTTTGTTCATTTTTGCAG	39274
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C  AC207981.3	39273	CTCTGTAACGTCTTAGGAATACATAATACTAGGAGCCCTGTTAGCCTAGT	39224
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C  AC207981.3	39223	ATATATTATGCATATCAAAGATAGTCATATATTTATATAAATCTGCTGTA	39174
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C  AC207981.3	39173	AGTTAAATGAATGATGATTTAAAAAAAAAACACTAAAAGAAGTTAAACCA	39124
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C  AC207981.3	39123	TACATGGAAAAGGAAAAAAAGAAAGTTACCTTTTTACTGACTAGAGAAAC	39074
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C  AC207981.3	39073	GAATGCCCTAATTAAAAAATTACACTGTTGTATATATTACCAAAATAATT	39024
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C  AC207981.3	39023	GCTCTATTAAAAGTAGCACATGTATTCTGGATAGCCATCACCACATAGGA	38974
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  AP000300.1	55371	GCTCTATTAAAAGTAGCACATGTATTCTGGATAGCCATCACCACATAGGA	55420

C  AC207981.3	38973	ATGAGAGACTTCAAATGAAGAAGGACTAATATGTCCCTTTTTAATCAATG	38924
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  AP000300.1	55421	ATGAGAGACTTCAAATGAAGAAGGACTAATATGTCCCTTTTTAATCAATG	55470

C  AC207981.3	38923	GTAAGCTTCTATAATCACACCATTATTCAATATGGTACAAATAACGGCCA	38874
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C  AC207981.3	38873	TTCTTTAGGAGTATATTCAGGCTTTTTTATTGCTGAGGCAGCCAATCTGT	38824
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  AP000300.1	55521	TTCTTTAGGAGTATATTCAGGCTTTTTTATTGCTGAGGCAGCCAATCTGT	55570

C  AC207981.3	38823	ACCACATATTCATGAAAACTTCAAGATCAGAAGTATCTCTTCAACCCTGT	38774
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  AP000300.1	55571	ACCACATATTCATGAAAACTTCAAGATCAGAAGTATCTCTTCAACCCTGT	55620

C  AC207981.3	38773	ATTGAACAAAATTCTAGATCTCGATAATGTAAATCATCTGGACACTTGAG	38724
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C  AC207981.3	38723	TAGATTCAACATATTTTTAGGAAAGCAGGTTAATACTTGCACCAGATCCT	38674
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  AP000300.1	55671	TAGATTCAACATATTTTTAGGAAAGCAGGTTAATACTTGCACCAGATCCT	55720

C  AC207981.3	38673	GTTCACAGGTATACTGACAGCCCCATCAACCTCTGGAAGGGGAAGAAAGC	38624
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  AP000300.1	55721	GTTCACAGGTATACTGACAGCCCCATCAACCTCTGGAAGGGGAAGAAAGC	55770

C  AC207981.3	38623	TCCACTGAAGTAAAAATAAAATCCTAGCCAATTTCCATAACAGAAAACTA	38574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	55771	TCCACTGAAGTAAAAATAAAATCCTAGCCAATTTCCATAACAGAAAACTA	55820

C  AC207981.3	38573	AATTTGCCTCAGTTGCAAATATTTTGTTACCAGGGAAAAGATTCATTTTA	38524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	55821	AATTTGCCTCAGTTGCAAATATTTTGTTACCAGGGAAAAGATTCATTTTA	55870

C  AC207981.3	38523	GACACCAGATAAGGAAGAAGCACTGATCAAAGTTCATAATGGTTAGAACA	38474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	55871	GACACCAGATAAGGAAGAAGCACTGATCAAAGTTCATAATGGTTAGAACA	55920

C  AC207981.3	38473	GCTGATATCTGAGAGAAATAGGTCTCTATATTATCTAAATTTTATTACAA	38424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	55921	GCTGATATCTGAGAGAAATAGGTCTCTATATTATCTAAATTTTATTACAA	55970

C  AC207981.3	38423	TACTAAGCAGATCTCCAGAAATAAACAGTAATGTTTAGTTCTTTGGAGAA	38374
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  AP000300.1	55971	TACTAAGCAGATCTCCAGAAATAAACAGTAATGTTTAGTTCTTTGGAGAA	56020

C  AC207981.3	38373	ATACAATCTCTAAATTATATTCAATCATAGCTTTTATCTAACGTGAATAA	38324
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  AP000300.1	56021	ATACAATCTCTAAATTATATTCAATCATAGCTTTTATCTAACGTGAATAA	56070

C  AC207981.3	38323	AAGGAACTATTAAAAATCCTTAAAGGCGGGGCATGGTAGCTCACACCTGT	38274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AP000300.1	56071	AAGGAACTATTAAAAATCCTTAAAGGCGGGGCATGGTAGCTCACACCTGT	56120

C  AC207981.3	38273	AATCCTAGAAATTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGAATTGCCTGAGCTCAGGA	38224
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
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C  AC207981.3	38223	GTTCGAGACCAGCCTGGG	38206
			||||||||||||||||||
  AP000300.1	56171	GTTCGAGACCAGCCTGGG	56188

Compact alignment

skip 1350 bps 100% identity alignment

C  AC207981.3	38273	AATCCTAGAAATTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGAATTGCCTGAGCTCAGGA	38224
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  AP000300.1	56121	AATCCTAGAAATTTGGGAGGCCAAGGTGGGCTAATTGCCTGAGCTCAGGA	56170

skip 18 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC207981.3 - 39623 bps
Hit
AP000300.1 - 56188 bps
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Best alignment
alignment #1 (HSP: 1418 bps)
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