<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL844847.6	1	AAGCTTAATTGTAATGACTGGAAAGATTTTGAGTAGATTCTAATATGCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178512	AAGCTTAATTGTAATGACTGGAAAGATTTTGAGTAGATTCTAATATGCAC	178561

AL844847.6	51	ATGCAAACATTCAGAGCAACTGGCATCAATGAAATGATGACTGATATCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178562	ATGCAAACATTCAGAGCAACTGGCATCAATGAAATGATGACTGATATCAA	178611

AL844847.6	101	CAGGTATTGGAGATCTGCTTATTAATACATATGATGGTTTATGAAGGTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178612	CAGGTATTGGAGATCTGCTTATTAATACATATGATGGTTTATGAAGGTAT	178661

AL844847.6	151	CTAGACAGTACGGCCTGTCACACTTCCCTTTGAAAGGTCCTCATTTGACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178662	CTAGACAGTACGGCCTGTCACACTTCCCTTTGAAAGGTCCTCATTTGACT	178711

AL844847.6	201	GTGGCAAAAAGTCAACACTAAAAATACATCGGCTTGTCTACATTTTTCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178712	GTGGCAAAAAGTCAACACTAAAAATACATCGGCTTGTCTACATTTTTCAC	178761

AL844847.6	251	AAGCATTCACAACAGTTAGCATTAGCTCACAACAACATTCACTCCCTTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178762	AAGCATTCACAACAGTTAGCATTAGCTCACAACAACATTCACTCCCTTGG	178811

AL844847.6	301	GGTAATTGACTATTAAAAGAGTAACAGAAAAAAAACAGACTTTTGAGTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178812	GGTAATTGACTATTAAAAGAGTAACAGAAAAAAAACAGACTTTTGAGTAA	178861

AL844847.6	351	GATTAATATTGATATTAATATGTCTGTACAAAAAAATAGTTCTAAAATAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178862	GATTAATATTGATATTAATATGTCTGTACAAAAAAATAGTTCTAAAATAT	178911

AL844847.6	401	ATTTTCAGTCTCAAAGCAAGTTGTTTATTACATTTATACAGTGTAGTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178912	ATTTTCAGTCTCAAAGCAAGTTGTTTATTACATTTATACAGTGTAGTTAA	178961

AL844847.6	451	GCTCAAATAAATATTGTTACATATATTATTATTAAGACTTAGATTACTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	178962	GCTCAAATAAATATTGTTACATATATTATTATTAAGACTTAGATTACTAG	179011

AL844847.6	501	AAAAAAAAAATATGGTGTTTGTTCGCACTTATTTCTCTTTTATTTTTATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179012	AAAAAAAAAATATGGTGTTTGTTCGCACTTATTTCTCTTTTATTTTTATT	179061

AL844847.6	551	TAGATTTTGTTTAAATCATAATTTTTTATTTGCCTGTAGTTGTAGAGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179062	TAGATTTTGTTTAAATCATAATTTTTTATTTGCCTGTAGTTGTAGAGTCT	179111

AL844847.6	601	AATCTGAGGTCTATAATTAATTAAAATTGAACTGCAAACCTTAGATATCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179112	AATCTGAGGTCTATAATTAATTAAAATTGAACTGCAAACCTTAGATATCG	179161

AL844847.6	651	TAACCTGCCCATAAAATAGTTCAACCAAATATTTACCCAGCCATCTTTAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179162	TAACCTGCCCATAAAATAGTTCAACCAAATATTTACCCAGCCATCTTTAT	179211

AL844847.6	701	CAAAACATAATTGTATTTATGGACGAATTGCATAAATAATATTTAACACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179212	CAAAACATAATTGTATTTATGGACGAATTGCATAAATAATATTTAACACA	179261

AL844847.6	751	ATAATGAAAATTCCTCATTTTGTCTTGCCGTTTCCCCTAAGTCCGTCGCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179262	ATAATGAAAATTCCTCATTTTGTCTTGCCGTTTCCCCTAAGTCCGTCGCG	179311

AL844847.6	801	TTATCACATTGAATAGAAAACACTGCAGCCCATCTATATGAGTGATTATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179312	TTATCACATTGAATAGAAAACACTGCAGCCCATCTATATGAGTGATTATG	179361

AL844847.6	851	AATCCTATCACATATTCTTCTGATAACAGTGGTTTACTTAATCTACTACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179362	AATCCTATCACATATTCTTCTGATAACAGTGGTTTACTTAATCTACTACA	179411

AL844847.6	901	GTCTACTTAATGATTTCACACATTGCAAGTGTGAGACAATATTTAGTTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179412	GTCTACTTAATGATTTCACACATTGCAAGTGTGAGACAATATTTAGTTCA	179461

AL844847.6	951	TAAAAAGTGCATATTAGCTTAATTCAGTGCTAACTCTGTGCAATGTTTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179462	TAAAAAGTGCATATTAGCTTAATTCAGTGCTAACTCTGTGCAATGTTTTA	179511

AL844847.6	1001	ACCAAAGCATATGTGTGGTTGTTTGATGTATCAAACTTTTAATATGAATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179512	ACCAAAGCATATGTGTGGTTGTTTGATGTATCAAACTTTTAATATGAATA	179561

AL844847.6	1051	CAGACTGTAACGACTGTATACTTTTTTGTTGTAAATTTGCATATATGTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179562	CAGACTGTAACGACTGTATACTTTTTTGTTGTAAATTTGCATATATGTAT	179611

AL844847.6	1101	GGTATATACTAACATAAATAACATGATAATAATAACACAAATATACATAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179612	GGTATATACTAACATAAATAACATGATAATAATAACACAAATATACATAA	179661

AL844847.6	1151	TTGCAATTATTTCACTTGACATTTGAATAAACGTTTAACATTTCATCATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179662	TTGCAATTATTTCACTTGACATTTGAATAAACGTTTAACATTTCATCATT	179711

AL844847.6	1201	GTTGCAGGATTTAAAAGCAATTTACTTATTAAGTGCTTACCTGACTTAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179712	GTTGCAGGATTTAAAAGCAATTTACTTATTAAGTGCTTACCTGACTTAAC	179761

AL844847.6	1251	ATTTTAATGTCAATATAAGTGTATTAAACATACTGCAAGGTTTAAAAGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179762	ATTTTAATGTCAATATAAGTGTATTAAACATACTGCAAGGTTTAAAAGCT	179811

AL844847.6	1301	GATTAAATCAAGTGTATCACATACTTGGCAAAATTTAAAGACGTAGAAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179812	GATTAAATCAAGTGTATCACATACTTGGCAAAATTTAAAGACGTAGAAAT	179861

AL844847.6	1351	GACAGATAAACAAATAATTATTCCAGTAATTAACATAATAAAAATAATTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179862	GACAGATAAACAAATAATTATTCCAGTAATTAACATAATAAAAATAATTG	179911

AL844847.6	1401	AGTGAGTATAAAGCCAGCTCATGTGTTGTTAGACACTTTTTACTGACACC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179912	AGTGAGTATAAAGCCAGCTCATGTGTTGTTAGACACTTTTTACTGACACC	179961

AL844847.6	1451	GTATTTATGAACTTACCTGCAAGTGTAGTATTGAAGATGTCGTTTATCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	179962	GTATTTATGAACTTACCTGCAAGTGTAGTATTGAAGATGTCGTTTATCAG	180011

AL844847.6	1501	TATCAGGAGATTCTCAGATCATGGAGTGAACTAGCCGCCTGTTTGCTTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180012	TATCAGGAGATTCTCAGATCATGGAGTGAACTAGCCGCCTGTTTGCTTGC	180061

AL844847.6	1551	TTATCTCCTTCAGTCTTTGGGAACTAGTAGGTTCATTTGAAATTGTAGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180062	TTATCTCCTTCAGTCTTTGGGAACTAGTAGGTTCATTTGAAATTGTAGGG	180111

AL844847.6	1601	CACCAATGGGTGGGGTTGGGGTACTTTTTTTTTGGACACTCCTACCATAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180112	CACCAATGGGTGGGGTTGGGGTACTTTTTTTTTGGACACTCCTACCATAC	180161

AL844847.6	1651	GGGTGGCCACGCTTTCCATTTTGAATATTATATGGCAGATCTCTAGCTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180162	GGGTGGCCACGCTTTCCATTTTGAATATTATATGGCAGATCTCTAGCTGA	180211

AL844847.6	1701	CACAGCATGTGAGTTCAGTTCAAATGAATAGTGGAGGATTGTGTAAATAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180212	CACAGCATGTGAGTTCAGTTCAAATGAATAGTGGAGGATTGTGTAAATAT	180261

AL844847.6	1751	TTTTCCTTTTTTTTTATTTTGAACACAAATTATTTTTATAATACACATAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180262	TTTTCCTTTTTTTTTATTTTGAACACAAATTATTTTTATAATACACATAT	180311

AL844847.6	1801	ATAGTGAAAGAATCAAAACTGAAATTAGTTTCACTGAGTAAATGTTAGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180312	ATAGTGAAAGAATCAAAACTGAAATTAGTTTCACTGAGTAAATGTTAGGA	180361

AL844847.6	1851	AATTAAAATAAAAATATTAAGAAACAAAAATTTTAATTCCTATTTAAATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180362	AATTAAAATAAAAATATTAAGAAACAAAAATTTTAATTCCTATTTAAATG	180411

AL844847.6	1901	TTTTATTAGATTTTAGCCTATATGACCTTATAGACAAAGACTGGATGTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180412	TTTTATTAGATTTTAGCCTATATGACCTTATAGACAAAGACTGGATGTTC	180461

AL844847.6	1951	CACATCTACACTGTAAAAATATAAATATGAACAATTAGTCATGACAGTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL974308.13	180462	CACATCTACACTGTAAAAATATAAATATGAACAATTAGTCATGACAGTTT	180511

Overview

Query
AL844847.6 - 235174 bps
Hit
AL974308.13 - 180511 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100187920001200011785121805111
282.251233071225212558110194105141
387.75378640208490209129-132531331591
484.74169335127355127689142660430001
582.92116290213163213452-142699429791
684.651162327984380074-143232434721
779.82115327145518145844146790471261
882.25133321193468193788-146792471121
984.111473097983680144-146810471301
1093.11216305207359207663147537478411
1183.74151371230348230718-148202485761
1288.36100185230364230548-150483506711
1383.91108275218295218569150484507691
1487.57100184168345168528-150487506711
1592.61159229151001151229150955511841
1682.71129380230348230727-194901952761
1785.75189351127340127690-11179981183551
1885.891633027984180142-11180361183471
1989.89814810930310945011207981209441
2085.1417133712734612768211207991211211
2186.25165302798418014211208011210911
2285.58100218152776152993-11294371296511
2390.451151785426560311296541298311
2488.16245406129889130294-11741141745101
Short-link