<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL954836.13	2000	AAGCTTCATTTACGGCTAATTTTCTTTTAGGTAAATGTAGCATGTTTTTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1	AAGCTTCATTTACGGCTAATTTTCTTTTAGGTAAATGTAGCATGTTTTTT	50

C  AL954836.13	1950	TTTATCTGAGCTGGAATATTTAGGTTATAATCACACATGCTGAGTGAATA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	51	TTTATCTGAGCTGGAATATTTAGGTTATAATCACACATGCTGAGTGAATA	100

C  AL954836.13	1900	TGCATCATCATCATCATCATCTAAGCAACGCATCATTTGCGTGTGAGCGG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	101	TGCATCATCATCATCATCATCTAAGCAACGCATCATTTGCGTGTGAGCGG	150

C  AL954836.13	1850	AGCGTCAGTCTCCGCCTCTGCCTTCAAGCACTGGCCTTGTTCTTCACCGG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	151	AGCGTCAGTCTCCGCCTCTGCCTTCAAGCACTGGCCTTGTTCTTCACCGG	200

C  AL954836.13	1800	TAATGACAGATCTGATGTTTATTCTGAGAGACAGTCGCTCACTCTACACC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	201	TAATGACAGATCTGATGTTTATTCTGAGAGACAGTCGCTCACTCTACACC	250

C  AL954836.13	1750	CTTCGCATATTCTGATAGCTGTTTTAAAGGCATAACGATGCGCATTTATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	251	CTTCGCATATTCTGATAGCTGTTTTAAAGGCATAACGATGCGCATTTATT	300

C  AL954836.13	1700	CACAGTACGCAATATTTTGCTCAAGAGGAGAAAACCTGAAAATCGACGCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	301	CACAGTACGCAATATTTTGCTCAAGAGGAGAAAACCTGAAAATCGACGCA	350

C  AL954836.13	1650	TACAAAGGCCTAAATATTTTTCTAATAACCGTGCTTCTGTTTTCATCACG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	351	TACAAAGGCCTAAATATTTTTCTAATAACCGTGCTTCTGTTTTCATCACG	400

C  AL954836.13	1600	TATCATGCCCTGTCACAGACCTCCAGTCCGTAATAGGCCGGATCGGTAGC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	401	TATCATGCCCTGTCACAGACCTCCAGTCCGTAATAGGCCGGATCGGTAGC	450

C  AL954836.13	1550	ATGTAGAGCTCATGACAGCTAATTACCAATTTCCATCAAGCGAAATGTTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	451	ATGTAGAGCTCATGACAGCTAATTACCAATTTCCATCAAGCGAAATGTTT	500

C  AL954836.13	1500	GCTGCTAAAATTAAAAACGAGTCAAAATCTGTCTGTTTTTGTGAAAATAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	501	GCTGCTAAAATTAAAAACGAGTCAAAATCTGTCTGTTTTTGTGAAAATAG	550

C  AL954836.13	1450	GACGCATCACTTACCTAATAAATCCCAGTATGTTTATTCCATAAATGACA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	551	GACGCATCACTTACCTAATAAATCCCAGTATGTTTATTCCATAAATGACA	600

C  AL954836.13	1400	TCCGTGCGCTCTTGTGCTCGGAGCGGCGCGCTCTGCCCAGCCCAGTCTGA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	601	TCCGTGCGCTCTTGTGCTCGGAGCGGCGCGCTCTGCCCAGCCCAGTCTGA	650

C  AL954836.13	1350	GGTGCAGCTGCGCGTCTTGACGCACGGTGGCGCTGCGGTGTCAAGAAAGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	651	GGTGCAGCTGCGCGTCTTGACGCACGGTGGCGCTGCGGTGTCAAGAAAGA	700

C  AL954836.13	1300	ACAAGATGACAAGCGCTCCCTGTGGTCAGCAGCATTATTTTTATCACATG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	701	ACAAGATGACAAGCGCTCCCTGTGGTCAGCAGCATTATTTTTATCACATG	750

C  AL954836.13	1250	CTTGCGCTAATTTGTATCTAATTTACAGATTTATTAATTTATCTAATTTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	751	CTTGCGCTAATTTGTATCTAATTTACAGATTTATTAATTTATCTAATTTA	800

C  AL954836.13	1200	TTTTATTTTTAGTAGAAAGTATATATATATATATATATATATATATATAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	801	TTTTATTTTTAGTAGAAAGTATATATATATATATATATATATATATATAT	850

C  AL954836.13	1150	ATATATATATACTTTCTACTAAAAAAAAAAATATATATATATAGTAATAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	851	ATATATATATACTTTCTACTAAAAAAAAAAATATATATATATAGTAATAA	900

C  AL954836.13	1100	TAATATAAAATGATAGAATGAAAATGTTTAACAATGTTTAACTTACATTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	901	TAATATAAAATGATAGAATGAAAATGTTTAACAATGTTTAACTTACATTG	950

C  AL954836.13	1050	TTTGTGTAAATTCAGCCCATAAATATAGTTTGCAACCACTTACCTTTAAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	951	TTTGTGTAAATTCAGCCCATAAATATAGTTTGCAACCACTTACCTTTAAA	1000

C  AL954836.13	1000	AAATTAAACAAATCCAATGAATCATTTTTTCAGTGTAGCCTATTCTTACT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1001	AAATTAAACAAATCCAATGAATCATTTTTTCAGTGTAGCCTATTCTTACT	1050

C  AL954836.13	950	CCTAAATGCTGAATAAATGTAAATTAATATGTCTTGAATGTTTATTTGGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1051	CCTAAATGCTGAATAAATGTAAATTAATATGTCTTGAATGTTTATTTGGT	1100

C  AL954836.13	900	TATAAGCCCTATGTCGATGAAGCAGTTTATCCAAAGGCTTAATCTTTTAC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1101	TATAAGCCCTATGTCGATGAAGCAGTTTATCCAAAGGCTTAATCTTTTAC	1150

C  AL954836.13	850	TCACTCGGGTGTTTTCAAATCTTTACAAATTTCTTTCTTCTGTTAAACAC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1151	TCACTCGGGTGTTTTCAAATCTTTACAAATTTCTTTCTTCTGTTAAACAC	1200

C  AL954836.13	800	TGAAGAAGATATCCTGAAGAACGCTGGAAATCTGTAACTATTGACATTCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1201	TGAAGAAGATATCCTGAAGAACGCTGGAAATCTGTAACTATTGACATTCA	1250

C  AL954836.13	750	AAGTAGGAAAAACTAATATTATTGATGTCAATGGTTATCAGTGTCTTTTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1251	AAGTAGGAAAAACTAATATTATTGATGTCAATGGTTATCAGTGTCTTTTG	1300

C  AL954836.13	700	TGTTTGAACAGATGAAACAGAAAAAGTGAAGGGTAAGTATGACAGACTTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1301	TGTTTGAACAGATGAAACAGAAAAAGTGAAGGGTAAGTATGACAGACTTT	1350

C  AL954836.13	650	TTAAACTATCCTTTTTCATGTAACAATAATCAGGATTTCTGTAAACCCCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1351	TTAAACTATCCTTTTTCATGTAACAATAATCAGGATTTCTGTAAACCCCA	1400

C  AL954836.13	600	GCTGTTGGCCACCTATTAAATGAACAACATGATAGTACACTGAACACTAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1401	GCTGTTGGCCACCTATTAAATGAACAACATGATAGTACACTGAACACTAG	1450

C  AL954836.13	550	ATGGCAAAGTTGTACGTGACAGTCGAGATTTTCCCCCCAAAGAACTGTCA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1451	ATGGCAAAGTTGTACGTGACAGTCGAGATTTTCCCCCCAAAGAACTGTCA	1500

C  AL954836.13	500	ACAATAAACCTTTTCAATATCGGAATGCATGCATATTTATATTTATATAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1501	ACAATAAACCTTTTCAATATCGGAATGCATGCATATTTATATTTATATAT	1550

C  AL954836.13	450	TGTTCACATGCTTGGTCATAAGTTCAGGGAAAAAAGCAGATTTTTTTTGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1551	TGTTCACATGCTTGGTCATAAGTTCAGGGAAAAAAGCAGATTTTTTTTGT	1600

C  AL954836.13	400	TTTGTTTATCACTGTGTATTTTATTCCTATATGGCACATTTTTTTCAGCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1601	TTTGTTTATCACTGTGTATTTTATTCCTATATGGCACATTTTTTTCAGCA	1650

C  AL954836.13	350	TCAATCTTTATTTATTTGATTTGTCATGGATTATTGCATTTTATTTATTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1651	TCAATCTTTATTTATTTGATTTGTCATGGATTATTGCATTTTATTTATTT	1700

C  AL954836.13	300	AATTACGTATTTATTAATTAATTTATTTAGTTAGTTAGTGTTTGTAACTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1701	AATTACGTATTTATTAATTAATTTATTTAGTTAGTTAGTGTTTGTAACTT	1750

C  AL954836.13	250	TAAGGTTTTATGTTGACATCTGCATGTAATGGTAATTAATTTGCCTAACA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1751	TAAGGTTTTATGTTGACATCTGCATGTAATGGTAATTAATTTGCCTAACA	1800

C  AL954836.13	200	TTCTAAGCCCATAATTCATAAGTTGAGTTTACTTAAAAAATAAGAGGAAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1801	TTCTAAGCCCATAATTCATAAGTTGAGTTTACTTAAAAAATAAGAGGAAA	1850

C  AL954836.13	150	CTAGTTGCCCTAAAATTTTTAAATAATATATACTTAAAAACTTGAGGGAG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1851	CTAGTTGCCCTAAAATTTTTAAATAATATATACTTAAAAACTTGAGGGAG	1900

C  AL954836.13	100	CTCTACTTAAAAGATAAGAGTTGTTCTAATATGTATTATAAGTTATATGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1901	CTCTACTTAAAAGATAAGAGTTGTTCTAATATGTATTATAAGTTATATGC	1950

C  AL954836.13	50	ACTTAATGATTTTAAGTAGTGTCAGTTTACTCCACTCATCTTTTTTAGAG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954867.12	1951	ACTTAATGATTTTAAGTAGTGTCAGTTTACTCCACTCATCTTTTTTAGAG	2000

Overview

Query
AL954836.13 - 109291 bps
Hit
AL954867.12 - 222787 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001911200012000-1120001
285.791853632576326125-115799161501
385.311623296929469622115801161541
485.9222349580108504124531250201
579.151946358335483988130660312681
684.632144935056851060133791342911
783.5719949580108504-133811343031
885.351863632576326125149873502271
985.641903632576326125164030643981
1092.615657744101941792-185368861111
1188.4618229310186810216011058561061411
1281.1144432506295106011297641301811
1391.581391915215540511416471418361
1487.87160272257632603411481161483871
1586.07191363257632612511570451574101
1683.9164363257632612511645821649351
1793.23152192732147340511802571804481
1884.881833682575826125-11902451906011
1985.55185363257632612512027702031221
2092.9315619810839610859312157152159121
2185.12153302258212612212217162220041
Short-link