<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL929561.5	1	GGCCAGTCGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39128	GGCCAGTCGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA	39177

AL929561.5	51	GGCGGGTGGATCACCAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39178	GGCGGGTGGATCACCAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGG	39227

AL929561.5	101	TGAGACCCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39228	TGAGACCCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGG	39277

AL929561.5	151	CGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39278	CGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCG	39327

AL929561.5	201	TGAACCCAGGAGGCAGGGCTTGCAGTGAGCCGAGATGGCGCCACTGCACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39328	TGAACCCAGGAGGCAGGGCTTGCAGTGAGCCGAGATGGCGCCACTGCACT	39377

AL929561.5	251	CCAGCCTGGGCGACAGTGCAATACTCCGTCTCAAAAAGAAAAAAAAAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39378	CCAGCCTGGGCGACAGTGCAATACTCCGTCTCAAAAAGAAAAAAAAAAAA	39427

AL929561.5	301	GCGGAGGAAAACGGCATTTCATTCAAACGGACAATAAAATTGAGCAGGCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39428	GCGGAGGAAAACGGCATTTCATTCAAACGGACAATAAAATTGAGCAGGCG	39477

AL929561.5	351	TAGCTATTCTTATATCAGACAAAACAAACTTTAAAGCAACAGCAGTTAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39478	TAGCTATTCTTATATCAGACAAAACAAACTTTAAAGCAACAGCAGTTAAA	39527

AL929561.5	401	AAAGACAAAGAGAGACATTATATAATGGTAAAAGGCCTTGTCTAACAAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39528	AAAGACAAAGAGAGACATTATATAATGGTAAAAGGCCTTGTCTAACAAGA	39577

AL929561.5	451	AAATATCACAATCCTAAACATGTGTGCACCTATGATTGAAGCTCCCAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39578	AAATATCACAATCCTAAACATGTGTGCACCTATGATTGAAGCTCCCAAAT	39627

AL929561.5	501	TTATAAAACAATTACTTAATAGCCCTAACAAATGAGATAGATGGCAACAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39628	TTATAAAACAATTACTTAATAGCCCTAACAAATGAGATAGATGGCAACAC	39677

AL929561.5	551	AATAATAGCGAGGGACTTCAATACTCCACTGACAGTACTAGACAGGTCAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39678	AATAATAGCGAGGGACTTCAATACTCCACTGACAGTACTAGACAGGTCAT	39727

AL929561.5	601	CAAGACAGAAAGTCAGCAAAGAAACAATGGATTTAAACTATACCTTGGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39728	CAAGACAGAAAGTCAGCAAAGAAACAATGGATTTAAACTATACCTTGGAA	39777

AL929561.5	651	CAAATGGACTTAACAGATATATACAAAACATTCCATTCAACAACTGCAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39778	CAAATGGACTTAACAGATATATACAAAACATTCCATTCAACAACTGCAGA	39827

AL929561.5	701	ATACACATTCTATTCAACAGCACATGAAACTTTCTCCAAGATAGACCATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39828	ATACACATTCTATTCAACAGCACATGAAACTTTCTCCAAGATAGACCATA	39877

AL929561.5	751	TGATAGGCCACAAAATGAGGCTCAATAAATTTAAGAAAATTCAAATTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39878	TGATAGGCCACAAAATGAGGCTCAATAAATTTAAGAAAATTCAAATTATA	39927

AL929561.5	801	TGAAGCACTCTCTCAGACTACAGTGGAATAAAACTGGAAATCAACTCCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39928	TGAAGCACTCTCTCAGACTACAGTGGAATAAAACTGGAAATCAACTCCAA	39977

AL929561.5	851	AAGGAACCTTCAAAACCATGCAAATACATAGAAATTAAATAAGCTGCTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	39978	AAGGAACCTTCAAAACCATGCAAATACATAGAAATTAAATAAGCTGCTCC	40027

AL929561.5	901	TGAATGAACATTAGGTCAAAAATGAAATCAAGATGGAAATTAAAAAATTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40028	TGAATGAACATTAGGTCAAAAATGAAATCAAGATGGAAATTAAAAAATTC	40077

AL929561.5	951	CTTGAACTGAACGACAATAGTGACAACCTATTAAAACCTCTGGGAAACAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40078	CTTGAACTGAACGACAATAGTGACAACCTATTAAAACCTCTGGGAAACAG	40127

AL929561.5	1001	CAAAGGCAGTGCTAAGAGGAAAGTTCATAGCCCTAAACACCTACATCAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40128	CAAAGGCAGTGCTAAGAGGAAAGTTCATAGCCCTAAACACCTACATCAAG	40177

AL929561.5	1051	AAGACTGAAAGAACACAAACTGACAACCTAAGGTCACATCTCAAGGAACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40178	AAGACTGAAAGAACACAAACTGACAACCTAAGGTCACATCTCAAGGAACT	40227

AL929561.5	1101	GGAGAAACAAGAACAAACCAAACCCAAACACAGCAGAAGAAAGGAAATGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40228	GGAGAAACAAGAACAAACCAAACCCAAACACAGCAGAAGAAAGGAAATGA	40277

AL929561.5	1151	CCAAGATCACAGCAGAACTAAATGAAATTGAAACAAACAAACAAAAAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40278	CCAAGATCACAGCAGAACTAAATGAAATTGAAACAAACAAACAAAAAAAT	40327

AL929561.5	1201	ACAAAAGATAAATAAAACAAAAATCTGGTTCTTTGAAAAGATAAAATTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40328	ACAAAAGATAAATAAAACAAAAATCTGGTTCTTTGAAAAGATAAAATTGA	40377

AL929561.5	1251	TAGACCTTTAGCAAGATTAACCAAGAAAAGAAGAGAGAAAATCCAAATAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40378	TAGACCTTTAGCAAGATTAACCAAGAAAAGAAGAGAGAAAATCCAAATAA	40427

AL929561.5	1301	CTTCAATAAAAAATGAAATGGGAGATATTACAGCTGACACCACAGAAATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40428	CTTCAATAAAAAATGAAATGGGAGATATTACAGCTGACACCACAGAAATA	40477

AL929561.5	1351	CAAAAGATCATTCAAGGCTGCTATGAATACCTCTATACACATAAACTAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40478	CAAAAGATCATTCAAGGCTGCTATGAATACCTCTATACACATAAACTAGA	40527

AL929561.5	1401	AAACCTGGAAGAGATGGATAAATTCTTAGAAAGATGCAACCCTCCTAGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40528	AAACCTGGAAGAGATGGATAAATTCTTAGAAAGATGCAACCCTCCTAGCT	40577

AL929561.5	1451	TAAATCAGGAAGAATCAGATACACTGAACAGACAAATAACAAGCAGCGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40578	TAAATCAGGAAGAATCAGATACACTGAACAGACAAATAACAAGCAGCGAG	40627

AL929561.5	1501	ATTAAAATGATAACTACAAAATTACCAGGCCAAGCTGGGCATGGTGGCTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40628	ATTAAAATGATAACTACAAAATTACCAGGCCAAGCTGGGCATGGTGGCTT	40677

AL929561.5	1551	ATGCCTGTAATCCCAGAATTTTGAGAGGCTGAGGTGAGTGGATCACCTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40678	ATGCCTGTAATCCCAGAATTTTGAGAGGCTGAGGTGAGTGGATCACCTGA	40727

AL929561.5	1601	CATCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCTAACATGGGGAAACCCCATCTCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40728	CATCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCTAACATGGGGAAACCCCATCTCTA	40777

AL929561.5	1651	CTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGGGTACCTGTAATCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40778	CTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGGGTACCTGTAATCCC	40827

AL929561.5	1701	AGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAACATAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40828	AGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAACATAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAAA	40877

AL929561.5	1751	GGTGTAGTAAGCCGAGGTCACACCATTGCACTCCAGCTTGGGCAACAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40878	GGTGTAGTAAGCCGAGGTCACACCATTGCACTCCAGCTTGGGCAACAAGA	40927

AL929561.5	1801	GTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAATTACCAGGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40928	GTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAATTACCAGGT	40977

AL929561.5	1851	CAGGCATGGTGACCCATGCCTGCAATCTCTTTGGGAGGCCAAGGCGGGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	40978	CAGGCATGGTGACCCATGCCTGCAATCTCTTTGGGAGGCCAAGGCGGGTG	41027

AL929561.5	1901	GATCACCTGAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	41028	GATCACCTGAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAAC	41077

AL929561.5	1951	TCTGTCTTTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGTGGTGGTGGCGGGCCCCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954865.13	41078	TCTGTCTTTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGTGGTGGTGGCGGGCCCCT	41127

Overview

Query
AL929561.5 - 181111 bps
Hit
AL954865.13 - 41127 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link