<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR388074.9	2000	AAGCTTTTTGCTATTTACTAATAGAAAAATGGTCAGTGAGGATCTAGCTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1	AAGCTTTTTGCTATTTACTAATAGAAAAATGGTCAGTGAGGATCTAGCTC	50

C  CR388074.9	1950	AGGGGTGTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCGAAGCCCTGCACAGTTTAGT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	51	AGGGGTGTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCGAAGCCCTGCACAGTTTAGT	100

C  CR388074.9	1900	TCCAACTCTGCTCCAACACACTTACCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	101	TCCAACTCTGCTCCAACACACTTACCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAG	150

C  CR388074.9	1850	GACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGTTTAATTAGGTTGGAACTAAACTGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	151	GACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGTTTAATTAGGTTGGAACTAAACTGT	200

C  CR388074.9	1800	GCAGAGCTGCGGCCCTTTTGGAACGGAGTTTGACACCTGTGGTCTAGCTC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	201	GCAGAGCTGCGGCCCTTTTGGAACGGAGTTTGACACCTGTGGTCTAGCTC	250

C  CR388074.9	1750	ATGATATAAAATGTTATTCTCTCAATGAGCTGAGAGTGTGTTTTGGGCAT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	251	ATGATATAAAATGTTATTCTCTCAATGAGCTGAGAGTGTGTTTTGGGCAT	300

C  CR388074.9	1700	ATTGTGCATTATACCATTTAGGGCTTTATTTTAACAATCTAGACGCAAAG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	301	ATTGTGCATTATACCATTTAGGGCTTTATTTTAACAATCTAGACGCAAAG	350

C  CR388074.9	1650	TCTAAAGAGCATGGCGCAAAAGCATGTCCAAATCCACTTTTGCTATTTTA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	351	TCTAAAGAGCATGGCGCAAAAGCATGTCCAAATCCACTTTTGCTATTTTA	400

C  CR388074.9	1600	AGGATAAGAAAAATATGGTTTGCGCCTCGGCGCATGGTCTAACAGGGTTG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	401	AGGATAAGAAAAATATGGTTTGCGCCTCGGCGCATGGTCTAACAGGGTTG	450

C  CR388074.9	1550	TGCTCATTCTCTTAAAGAGTTTTGAGCATGACGTGCATTAAACCAATCTC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	451	TGCTCATTCTCTTAAAGAGTTTTGAGCATGACGTGCATTAAACCAATCTC	500

C  CR388074.9	1500	TCATCTCCCACTTTAAGAATCAGTTACGTCACGCCATGGCACATTTGCTA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	501	TCATCTCCCACTTTAAGAATCAGTTACGTCACGCCATGGCACATTTGCTA	550

C  CR388074.9	1450	TTTACATGGCGGACTTTGTACGTAGAAAAACTGAATGTCTCCCAAGTGAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	551	TTTACATGGCGGACTTTGTACGTAGAAAAACTGAATGTCTCCCAAGTGAA	600

C  CR388074.9	1400	AAAACATAAACAGACCATCGGCAGCATAAGGATAAAGAACGAGCCTCCTC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	601	AAAACATAAACAGACCATCGGCAGCATAAGGATAAAGAACGAGCCTCCTC	650

C  CR388074.9	1350	CATGCAGCCTCTTTACTTTACTATTACTCTTTACTCCTTTACTTTCAAGG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	651	CATGCAGCCTCTTTACTTTACTATTACTCTTTACTCCTTTACTTTCAAGG	700

C  CR388074.9	1300	ATAAGGAAACAGTGTTGTATGCACTCCACTGAAGACATCAATTCAGCTAC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	701	ATAAGGAAACAGTGTTGTATGCACTCCACTGAAGACATCAATTCAGCTAC	750

C  CR388074.9	1250	ATATTTAATTTAGTTTGTTAAGTGCAAATATTTGATTCAAAACTATTTCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	751	ATATTTAATTTAGTTTGTTAAGTGCAAATATTTGATTCAAAACTATTTCT	800

C  CR388074.9	1200	AAATTTAGTATTAACTCCCAGCAAATGAATAAATGAACAATAATAATGAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	801	AAATTTAGTATTAACTCCCAGCAAATGAATAAATGAACAATAATAATGAA	850

C  CR388074.9	1150	GTGTGCTCAAAAGTTATATCCAAACACATGTCCTATTCTTATGCCCCATG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	851	GTGTGCTCAAAAGTTATATCCAAACACATGTCCTATTCTTATGCCCCATG	900

C  CR388074.9	1100	TGGTGATGCATAAGTCTCCAAAACCTGACAGGTGGACAAATCTAAACTTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	901	TGGTGATGCATAAGTCTCCAAAACCTGACAGGTGGACAAATCTAAACTTG	950

C  CR388074.9	1050	TTTTTATTAAAACAAATATAAATATGCATTTAATAAATACTATTAAATAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	951	TTTTTATTAAAACAAATATAAATATGCATTTAATAAATACTATTAAATAC	1000

C  CR388074.9	1000	TACTACTACTACTACTAATGATAATAACATTTTAATAAAAATGTTAATTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1001	TACTACTACTACTACTAATGATAATAACATTTTAATAAAAATGTTAATTG	1050

C  CR388074.9	950	TCATGAATAAACTGAAAAAAGCCCACCTGACATGAAGAAGGCATGGAGGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1051	TCATGAATAAACTGAAAAAAGCCCACCTGACATGAAGAAGGCATGGAGGT	1100

C  CR388074.9	900	AACGTTTTTATAATTATGTAGAACATATTTTTATTTTTAACCTTTTAATA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1101	AACGTTTTTATAATTATGTAGAACATATTTTTATTTTTAACCTTTTAATA	1150

C  CR388074.9	850	ATTTAAATCTTTTTCATATCTTAAGATATTTGTGAATTGCTTTACATCCT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1151	ATTTAAATCTTTTTCATATCTTAAGATATTTGTGAATTGCTTTACATCCT	1200

C  CR388074.9	800	GTGTGTATTAAGCAATGTGTAAGTGTTTGAACCTGCATAGGTGCATAACT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1201	GTGTGTATTAAGCAATGTGTAAGTGTTTGAACCTGCATAGGTGCATAACT	1250

C  CR388074.9	750	AACGTTCTCTGCGCTGGATTTTAGACCAACTTTTAGTTGGTCAATGGCAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1251	AACGTTCTCTGCGCTGGATTTTAGACCAACTTTTAGTTGGTCAATGGCAT	1300

C  CR388074.9	700	GGTCTATTTCAGTTCTTCAAAATAGCAACTTGCCAATAATGCACCTTAAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1301	GGTCTATTTCAGTTCTTCAAAATAGCAACTTGCCAATAATGCACCTTAAC	1350

C  CR388074.9	650	ACACCTCCTTTTTAGACCAGCACACACATGGCACAAATAGATTTGCTATT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1351	ACACCTCCTTTTTAGACCAGCACACACATGGCACAAATAGATTTGCTATT	1400

C  CR388074.9	600	TAAACAACGTAGTGCAAATGTGAAAATTAGGGTTGTGCTCGTCTAAAAAT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1401	TAAACAACGTAGTGCAAATGTGAAAATTAGGGTTGTGCTCGTCTAAAAAT	1450

C  CR388074.9	550	AGCAACAAATGACACCAAACACATCTTGCGCCATATTGCGTCAGATGTAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1451	AGCAACAAATGACACCAAACACATCTTGCGCCATATTGCGTCAGATGTAT	1500

C  CR388074.9	500	GATAGAGCCCTAAGACTTTGAAAGTTGCTTAAGTGTTCTTGATAGGATAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1501	GATAGAGCCCTAAGACTTTGAAAGTTGCTTAAGTGTTCTTGATAGGATAC	1550

C  CR388074.9	450	TGAGTATTAAAAATGAAAATTCTTTTATCATTTAAACAACTTTAGGGTAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1551	TGAGTATTAAAAATGAAAATTCTTTTATCATTTAAACAACTTTAGGGTAG	1600

C  CR388074.9	400	ACATATGCTGATATTCAATAAATCAATACATCGGGATAATAAACAACCAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1601	ACATATGCTGATATTCAATAAATCAATACATCGGGATAATAAACAACCAT	1650

C  CR388074.9	350	TATTGATATCTTAGCACTGCAAAATACTGTAAATAATAATTTGTTTAAAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1651	TATTGATATCTTAGCACTGCAAAATACTGTAAATAATAATTTGTTTAAAA	1700

C  CR388074.9	300	CAATTTTAAATTTTGAGTGAACTACAACTAGGGGTTCTATTTTGAGAATT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1701	CAATTTTAAATTTTGAGTGAACTACAACTAGGGGTTCTATTTTGAGAATT	1750

C  CR388074.9	250	TAAGTGCATGGTCTACAGCGCACGATGCACTTAGGGTGTGCCAGAATCCA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1751	TAAGTGCATGGTCTACAGCGCACGATGCACTTAGGGTGTGCCAGAATCCA	1800

C  CR388074.9	200	TTTTTGCTATTTGAAAAACTGAAAAAAAAAAACAGTTAGTGCGCACCTGG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1801	TTTTTGCTATTTGAAAAACTGAAAAAAAAAAACAGTTAGTGCGCACCTGG	1850

C  CR388074.9	150	CATATGGTATAAAAGAGTTTTCTCTTTAATCTTAATGAGTTAAGAGTATG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1851	CATATGGTATAAAAGAGTTTTCTCTTTAATCTTAATGAGTTAAGAGTATG	1900

C  CR388074.9	100	TTTTGGCCATAACGTGCATTAAACCAATCAAAGTCTCATCTCCCATTCCC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1901	TTTTGGCCATAACGTGCATTAAACCAATCAAAGTCTCATCTCCCATTCCC	1950

C  CR388074.9	50	TTTAAGAGCAAGTTCATGTCACGCTATGACACAATTCTCAACTTAAATGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954845.21	1951	TTTAAGAGCAAGTTCATGTCACGCTATGACACAATTCTCAACTTAAATGG	2000

Overview

Query
CR388074.9 - 87841 bps
Hit
AL954845.21 - 226343 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001932200012000-1120001
297.92180192388340741502411
398.8951902053120620-1343235211
410047812054020620-152064521441
597.98659925522650-152072521701
697.5955832062620708-152088521701
790.212684283274533172155411558391
884.491503645329853661-155411557841
979.541104823269333174-11010091014871
1078.2387458533295378611010971015601
1188.5681123623436345-11025071026191
1294.372125205242064811134391135611
1395.19611052055420658-11284091285121
1484.7590173541615433311478821480581
1587.41622625225552516-11635741638351
1689.62345623526485327011961371967721
1789.55172264537895405211968281970951
1891.191872612712297212052222054821
1983.08892002410024299-12146512148451
20100469524142508-12158902159841
Short-link