<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR932062.11	2000	GAATTCAGTAATACAAGTATGAGCCATTCATTAGTCTTAAATCTGCGTTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1	GAATTCAGTAATACAAGTATGAGCCATTCATTAGTCTTAAATCTGCGTTT	50

C  CR932062.11	1950	CAAAAGTCTTAAAATGCAATAGAAATGACCCCATAAAGATTTCTCTGTTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	51	CAAAAGTCTTAAAATGCAATAGAAATGACCCCATAAAGATTTCTCTGTTT	100

C  CR932062.11	1900	TCTGTCTATTTTTCACCCAGAACTAAATAGGCGGAACCCAATAAAATAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	101	TCTGTCTATTTTTCACCCAGAACTAAATAGGCGGAACCCAATAAAATAAA	150

C  CR932062.11	1850	CACTCGCAGAGATTTTGCTTACCCATACATTAGCAAATAAAGAACTAGAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	151	CACTCGCAGAGATTTTGCTTACCCATACATTAGCAAATAAAGAACTAGAA	200

C  CR932062.11	1800	ATGCATTGATCAACTGACCAGGGACCGGAATCGGACTGTTTTTTCACATG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	201	ATGCATTGATCAACTGACCAGGGACCGGAATCGGACTGTTTTTTCACATG	250

C  CR932062.11	1750	ACTGGCCTGACTGGTGATTCTGCTGCATCCCATTTTCTTTTTTTTTTCTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	251	ACTGGCCTGACTGGTGATTCTGCTGCATCCCATTTTCTTTTTTTTTTCTC	300

C  CR932062.11	1700	TTTCTATACATAATAGAGTGTTCGAATATCAATTATTTAGTTGTGTTGGG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	301	TTTCTATACATAATAGAGTGTTCGAATATCAATTATTTAGTTGTGTTGGG	350

C  CR932062.11	1650	TGCTTTTTTGCAAAGTTGGTACTGTAAATTAATAATACTATACAATTGGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	351	TGCTTTTTTGCAAAGTTGGTACTGTAAATTAATAATACTATACAATTGGT	400

C  CR932062.11	1600	CTTAAACTTAATTCTTTGTGGAATTAAAAAGGTCTTTAAAACTCTTAAAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	401	CTTAAACTTAATTCTTTGTGGAATTAAAAAGGTCTTTAAAACTCTTAAAT	450

C  CR932062.11	1550	ATAACACTTAAATACCTGTAGATACCATGATTTAAAAGAAATAGATGTTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	451	ATAACACTTAAATACCTGTAGATACCATGATTTAAAAGAAATAGATGTTG	500

C  CR932062.11	1500	TCGATTTTTTGTATGTTAAAACGACAATAAAAAGAAAATGTTTTATTTAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	501	TCGATTTTTTGTATGTTAAAACGACAATAAAAAGAAAATGTTTTATTTAT	550

C  CR932062.11	1450	CAGGGTTTAGGTTTATTTTAGGTTTAGGTTTATTTTTATGGATGCATAAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	551	CAGGGTTTAGGTTTATTTTAGGTTTAGGTTTATTTTTATGGATGCATAAT	600

C  CR932062.11	1400	TTGGTCAAAATGTACAAATTATTCTTATTTTTTTACTGTTATTATTTGTA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	601	TTGGTCAAAATGTACAAATTATTCTTATTTTTTTACTGTTATTATTTGTA	650

C  CR932062.11	1350	AACTTATTCTTTTTTGCAAAAAAATGTTATAAAACACAAAACGGAGGTGC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	651	AACTTATTCTTTTTTGCAAAAAAATGTTATAAAACACAAAACGGAGGTGC	700

C  CR932062.11	1300	ACATCCGCATGTTATTTGAAATGAAAATTTTCAGATGGTGCTCTGTGGCA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	701	ACATCCGCATGTTATTTGAAATGAAAATTTTCAGATGGTGCTCTGTGGCA	750

C  CR932062.11	1250	TGGCAGAAATATGAACAGTGTCCTGAGTCGTAACTGGGCACCGCAGACAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	751	TGGCAGAAATATGAACAGTGTCCTGAGTCGTAACTGGGCACCGCAGACAG	800

C  CR932062.11	1200	CGGTGTGCGTACCCTGATATAAACCTATTTTAACAATTCTAAAATGCATG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	801	CGGTGTGCGTACCCTGATATAAACCTATTTTAACAATTCTAAAATGCATG	850

C  CR932062.11	1150	TATCACCCAATTTACGATGGTCTTGCTGCAGACAGGTACAAACCTTTTTG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	851	TATCACCCAATTTACGATGGTCTTGCTGCAGACAGGTACAAACCTTTTTG	900

C  CR932062.11	1100	TACTCCTGTTGAAAATCACACTGCTCGTGATTGAAGATCTATGTTAATTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	901	TACTCCTGTTGAAAATCACACTGCTCGTGATTGAAGATCTATGTTAATTT	950

C  CR932062.11	1050	GGCAAGCTGAAAGCATTCTGAGCTGTACAGGAGACAGGGAGGAGATTGAT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	951	GGCAAGCTGAAAGCATTCTGAGCTGTACAGGAGACAGGGAGGAGATTGAT	1000

C  CR932062.11	1000	TGACAATGGTCTACAGCCTACAGTCTATGACAGTCTATGCCAAATTGCCC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1001	TGACAATGGTCTACAGCCTACAGTCTATGACAGTCTATGCCAAATTGCCC	1050

C  CR932062.11	950	ACAAAAAAAATCTGTGAAACTGCGAGGCCACGAAAAGTCAACTGTGTAAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1051	ACAAAAAAAATCTGTGAAACTGCGAGGCCACGAAAAGTCAACTGTGTAAT	1100

C  CR932062.11	900	AGCGAGGGACTGCTGTAATAAAAGTAATTAGGGATGCACTGATAGGGAAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1101	AGCGAGGGACTGCTGTAATAAAAGTAATTAGGGATGCACTGATAGGGAAT	1150

C  CR932062.11	850	TTCTGATATGACAACTCTTTAGATTTGGAAGCTAATAGCAGATTTATTAG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1151	TTCTGATATGACAACTCTTTAGATTTGGAAGCTAATAGCAGATTTATTAG	1200

C  CR932062.11	800	TCAATAAATATAAATACTTCAACATTTTCTCCATGATTGCAAAATCAAAG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1201	TCAATAAATATAAATACTTCAACATTTTCTCCATGATTGCAAAATCAAAG	1250

C  CR932062.11	750	GGGCAAGCACAACGTCAACAACTGATTTTATTTTAAAACCCTGAACCTCA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1251	GGGCAAGCACAACGTCAACAACTGATTTTATTTTAAAACCCTGAACCTCA	1300

C  CR932062.11	700	GAAAAGTCCATTCTGAACTTTATAAATCAACCACCTATTTGTTTAACCAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1301	GAAAAGTCCATTCTGAACTTTATAAATCAACCACCTATTTGTTTAACCAA	1350

C  CR932062.11	650	CTTTCTTTTCCATAAATAGAACCTACTGCCTAACAAAAAAGAATGCAGAA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1351	CTTTCTTTTCCATAAATAGAACCTACTGCCTAACAAAAAAGAATGCAGAA	1400

C  CR932062.11	600	ATTAAGCAACCAAGTCACTAAACATTAACCAAAATAAAAAATCAGTAAAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1401	ATTAAGCAACCAAGTCACTAAACATTAACCAAAATAAAAAATCAGTAAAA	1450

C  CR932062.11	550	AGTGGCAGACAGCAAGCACTTGAAGTGGTTCAACCACTGTAAAAATACAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1451	AGTGGCAGACAGCAAGCACTTGAAGTGGTTCAACCACTGTAAAAATACAT	1500

C  CR932062.11	500	AATTTTTTTGGCTTAAAAATATAGCCCAAATTATTTTTACAGATAAACAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1501	AATTTTTTTGGCTTAAAAATATAGCCCAAATTATTTTTACAGATAAACAT	1550

C  CR932062.11	450	AACATTAAAAAAAGCATTTACTGGAGATATCAATATACAGTGCTCAGCAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1551	AACATTAAAAAAAGCATTTACTGGAGATATCAATATACAGTGCTCAGCAT	1600

C  CR932062.11	400	ATATTAGTACACCCCAAACAAATCTACCTTATAAATTCAGATAATTTAAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1601	ATATTAGTACACCCCAAACAAATCTACCTTATAAATTCAGATAATTTAAT	1650

C  CR932062.11	350	CTATACAGAAGCTATACAGTATTATATTTGTGCATATACATTAGATTAGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1651	CTATACAGAAGCTATACAGTATTATATTTGTGCATATACATTAGATTAGT	1700

C  CR932062.11	300	CAGTACTGAAGCCAAATCTGGAGCTTATCTAACAAAATAACTCATGATAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1701	CAGTACTGAAGCCAAATCTGGAGCTTATCTAACAAAATAACTCATGATAA	1750

C  CR932062.11	250	CGGTCCAAAAACTAGCACACCTAAATTTATATCATAGAAAAATATTAAAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1751	CGGTCCAAAAACTAGCACACCTAAATTTATATCATAGAAAAATATTAAAT	1800

C  CR932062.11	200	ACAAATTACTTAAAAAAAAATTTAAAAAAAGAGTAAAAATCAAGGAGAAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1801	ACAAATTACTTAAAAAAAAATTTAAAAAAAGAGTAAAAATCAAGGAGAAG	1850

C  CR932062.11	150	CAACAAATTGAAAAATGTAGTTGAAATTTTGTAGGTGGTTATTGTTTTTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1851	CAACAAATTGAAAAATGTAGTTGAAATTTTGTAGGTGGTTATTGTTTTTT	1900

C  CR932062.11	100	GCAATATTTTGCTTGAATTTAATTGTATTATATTTCAATTTCTAAATATG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1901	GCAATATTTTGCTTGAATTTAATTGTATTATATTTCAATTTCTAAATATG	1950

C  CR932062.11	50	TTTGGTGGCTAAAATATTATTTCAATAAATATATCTGTTTAATAAATCTG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954768.7	1951	TTTGGTGGCTAAAATATTATTTCAATAAATATATCTGTTTAATAAATCTG	2000

Overview

Query
CR932062.11 - 117975 bps
Hit
AL954768.7 - 159442 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001892200012000-1120001
282.21493554356043914-19800101531
387.47413387298861137531376571
485.439219481018294138390385951
589.18152231100128100358-138430386601
688.288814387188860159992601361
785.232615585594456501181888824421
885.712084695594456412-196701971621
981.95882202297823197-197548977631
1091.4315423982320825581999431001871
1184.2184452559985644911023151027571
1283.4187210196751988411183971185951
1393.0810012987288856-11296181297471
1483.51173035615056452-11410571413531
1589.449714210021710035811421821423231
1683.521653501681717166-11455241458811
1791.371411972882729023-11456771458731
1886.591051795651856696-11456771458551
1993.33841054381043914-11484161485201
2090.381281864356143746-11485301487161
2187.19108195814298162311588051589991
Short-link