<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX936316.7	2000	AAGCTTTTAGTTTTGGAAAAATGACTATATATTTTCCCCTCTTTCCTTGG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1	AAGCTTTTAGTTTTGGAAAAATGACTATATATTTTCCCCTCTTTCCTTGG	50

C  BX936316.7	1950	TTCTATCACTTTGAGCTTTATTTAGTGTCTTCCTATATACACAGGCATGC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	51	TTCTATCACTTTGAGCTTTATTTAGTGTCTTCCTATATACACAGGCATGC	100

C  BX936316.7	1900	GGTAGGAGACACGAATGTGCCATTCTGCTTGCAGTCGTGTGTGAAGCCTC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	101	GGTAGGAGACACGAATGTGCCATTCTGCTTGCAGTCGTGTGTGAAGCCTC	150

C  BX936316.7	1850	TGGAATATGCTCTAGCTGTGCACGAGACTGGCAGTGAACACGTGCACAGA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	151	TGGAATATGCTCTAGCTGTGCACGAGACTGGCAGTGAACACGTGCACAGA	200

C  BX936316.7	1800	TATGTGGGGAAAGAACCCAGCGGCCTCAAATTCAACAAACTGTCTTTAGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	201	TATGTGGGGAAAGAACCCAGCGGCCTCAAATTCAACAAACTGTCTTTAGA	250

C  BX936316.7	1750	CGAAGAGGGTGAGAAACCATTACAATATGTCTTATTTCTATTTTGGTTAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	251	CGAAGAGGGTGAGAAACCATTACAATATGTCTTATTTCTATTTTGGTTAC	300

C  BX936316.7	1700	TGAGAAGTCTTTCAAGTAGAATGTGGGCACATCAAATTATGCAAATATAG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	301	TGAGAAGTCTTTCAAGTAGAATGTGGGCACATCAAATTATGCAAATATAG	350

C  BX936316.7	1650	TTTATTTATGCACATCTGTGTAATTTGAGAAGATCCCAGAATTAACATTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	351	TTTATTTATGCACATCTGTGTAATTTGAGAAGATCCCAGAATTAACATTT	400

C  BX936316.7	1600	CACACAATATTGGTAGTATAGAAAATGAGATTGAAATAAATTAAGTGGTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	401	CACACAATATTGGTAGTATAGAAAATGAGATTGAAATAAATTAAGTGGTT	450

C  BX936316.7	1550	TTAATGAGCAAGGATGCATTAAATTGATGGTGAATGCATTTATAATTATA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	451	TTAATGAGCAAGGATGCATTAAATTGATGGTGAATGCATTTATAATTATA	500

C  BX936316.7	1500	CTATAATGTCTATTTTTCAAGTAAATGTTGTTGACTTAAACTATTCTTTA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	501	CTATAATGTCTATTTTTCAAGTAAATGTTGTTGACTTAAACTATTCTTTA	550

C  BX936316.7	1450	AAAGGCTAAGAAAAAACAGTTTCTACAAATATATTAAGCAGCACAACCAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	551	AAAGGCTAAGAAAAAACAGTTTCTACAAATATATTAAGCAGCACAACCAT	600

C  BX936316.7	1400	TTTCAGCTTTCATAATAATGAGAATGTGTTTTGTCCTGGATGATATTCGA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	601	TTTCAGCTTTCATAATAATGAGAATGTGTTTTGTCCTGGATGATATTCGA	650

C  BX936316.7	1350	GACTCTGAATTGGTCATATCAAAGTCATCTCATTTGTTCTATTGCTACAT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	651	GACTCTGAATTGGTCATATCAAAGTCATCTCATTTGTTCTATTGCTACAT	700

C  BX936316.7	1300	GGAGTCTGGGATTAAGAAGAAGCTGTAAAACTGTCAGAGCTCCTTTCTCT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	701	GGAGTCTGGGATTAAGAAGAAGCTGTAAAACTGTCAGAGCTCCTTTCTCT	750

C  BX936316.7	1250	ATAAAGCTTATCAATGCATTTCCTCACCTCTGAGGAACATTGCATCTGCA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	751	ATAAAGCTTATCAATGCATTTCCTCACCTCTGAGGAACATTGCATCTGCA	800

C  BX936316.7	1200	ATCTTTACTGGATCTGTTTCGAAATCCCTTCCATTCAACATGATGCATGT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	801	ATCTTTACTGGATCTGTTTCGAAATCCCTTCCATTCAACATGATGCATGT	850

C  BX936316.7	1150	GTAAACTTTTTTGTTTTCCCAGAGAAGCCCCATAATCCCATGGTGAATGC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	851	GTAAACTTTTTTGTTTTCCCAGAGAAGCCCCATAATCCCATGGTGAATGC	900

C  BX936316.7	1100	AGGAGCGATTGTAATCAGCTCTCTCTTAAAGGTAAATGAATATTGTTTTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	901	AGGAGCGATTGTAATCAGCTCTCTCTTAAAGGTAAATGAATATTGTTTTG	950

C  BX936316.7	1050	GAGAAATTTCAGGTGAAACTTCTTAACAGACATTATTTTTATTTAGGTTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	951	GAGAAATTTCAGGTGAAACTTCTTAACAGACATTATTTTTATTTAGGTTA	1000

C  BX936316.7	1000	TATTTTTATTTACTTATATAATTTTCACTGTCGCTTAAAAAAACCATCAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1001	TATTTTTATTTACTTATATAATTTTCACTGTCGCTTAAAAAAACCATCAT	1050

C  BX936316.7	950	GCTATTCATTCATTCATTTTTTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1051	GCTATTCATTCATTCATTTTTTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGG	1100

C  BX936316.7	900	CCTTGCCACAGCGGAATGAACTGCCAACTTATCCAGCATGTTTTTATGCA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1101	CCTTGCCACAGCGGAATGAACTGCCAACTTATCCAGCATGTTTTTATGCA	1150

C  BX936316.7	850	GCGGATGCCCTTCAAGCAAACCCATGTCTGGGAACCATCATACTATTACA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1151	GCGGATGCCCTTCAAGCAAACCCATGTCTGGGAACCATCATACTATTACA	1200

C  BX936316.7	800	AAAAACGTAATTCTATTTTGCAAGCTATAGTAAAAACTGCTGTGCTGTGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1201	AAAAACGTAATTCTATTTTGCAAGCTATAGTAAAAACTGCTGTGCTGTGC	1250

C  BX936316.7	750	AGTTTGGATGTCAGAAGTGACTATGATGGTTTTTATTGGGAAAAAATTAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1251	AGTTTGGATGTCAGAAGTGACTATGATGGTTTTTATTGGGAAAAAATTAC	1300

C  BX936316.7	700	ATTTCAGTCCTTTCCTTTTGCCTTGGCTTTAAATAGCTGAATAAGTGTGT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1301	ATTTCAGTCCTTTCCTTTTGCCTTGGCTTTAAATAGCTGAATAAGTGTGT	1350

C  BX936316.7	650	GTTTGTGTGTGTGGAGTGAGAGGGTAGTTCTTTGTAGAATGATCACATAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1351	GTTTGTGTGTGTGGAGTGAGAGGGTAGTTCTTTGTAGAATGATCACATAT	1400

C  BX936316.7	600	TAAAAGCTGTTAGTGGTCAAGAGGTGTGTCTGAACAGCCAATCAGGAGAC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1401	TAAAAGCTGTTAGTGGTCAAGAGGTGTGTCTGAACAGCCAATCAGGAGAC	1450

C  BX936316.7	550	GAGCTGAGAAATACGCCTTTTAGCTCATTTTTAAAAGAGGTCACATTTTC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1451	GAGCTGAGAAATACGCCTTTTAGCTCATTTTTAAAAGAGGTCACATTTTC	1500

C  BX936316.7	500	TGCAGTCAAAATCACTCTCAGCTTTATAACTGCATTGAAAGGTTTTAGAG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1501	TGCAGTCAAAATCACTCTCAGCTTTATAACTGCATTGAAAGGTTTTAGAG	1550

C  BX936316.7	450	GTTTAAATGAACTGAAATATCTGTGCAATGTATAATTAAGCGTCTCTTTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1551	GTTTAAATGAACTGAAATATCTGTGCAATGTATAATTAAGCGTCTCTTTA	1600

C  BX936316.7	400	CTTTTATTTCAAGTTTATATAGCTTTTACCTTTGCCCTTAAATAAGTTAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1601	CTTTTATTTCAAGTTTATATAGCTTTTACCTTTGCCCTTAAATAAGTTAC	1650

C  BX936316.7	350	ACAACTTCACATAGCGCAGACACGCAAGAGTACTTTTTAAGATGAAGACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1651	ACAACTTCACATAGCGCAGACACGCAAGAGTACTTTTTAAGATGAAGACA	1700

C  BX936316.7	300	TCTCAGCTCGCATTGCACTGACCTTTGCACAAGGGACTCCCTTCTGGACC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1701	TCTCAGCTCGCATTGCACTGACCTTTGCACAAGGGACTCCCTTCTGGACC	1750

C  BX936316.7	250	TTGTGGAAGTTTAACATCACCTTAACATCCCACCTTAGGACATGTGAAAC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1751	TTGTGGAAGTTTAACATCACCTTAACATCCCACCTTAGGACATGTGAAAC	1800

C  BX936316.7	200	CTGATATTGTTCCCAATAAAAGTTTGGCACCACCAGTTCATGTTCTGTTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1801	CTGATATTGTTCCCAATAAAAGTTTGGCACCACCAGTTCATGTTCTGTTA	1850

C  BX936316.7	150	CTTAACTTCATGCCTAGTGCTGCTGTGCAATGCAAAGTATGACCAATCAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1851	CTTAACTTCATGCCTAGTGCTGCTGTGCAATGCAAAGTATGACCAATCAT	1900

C  BX936316.7	100	AATGGTGAGCGAAGGTGCAAAATTCTTTCTTTCTTTATGCTTATGAAAGG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1901	AATGGTGAGCGAAGGTGCAAAATTCTTTCTTTCTTTATGCTTATGAAAGG	1950

C  BX936316.7	50	ACTATTTATATGGTTTGATATGCTTTCAAATGCAGAACACATATTAAGTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954740.9	1951	ACTATTTATATGGTTTGATATGCTTTCAAATGCAGAACACATATTAAGTT	2000

Overview

Query
BX936316.7 - 7852 bps
Hit
AL954740.9 - 151947 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001941200012000-1120001
288.099916552185382151084512511
387.722537450085381-153009533741
490.8623634250075348189282896201
Short-link