<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX957358.5	2000	GAATTCAGTCATCGATGCAGATCACCTCCCCACTGCGCTGTTCCCTCCGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1	GAATTCAGTCATCGATGCAGATCACCTCCCCACTGCGCTGTTCCCTCCGT	50

C  BX957358.5	1950	GCCATCAGGAGCTCGGCCTCCCTCTCTTTCTTCACCGACATGGGCGGCCC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	51	GCCATCAGGAGCTCGGCCTCCCTCTCTTTCTTCACCGACATGGGCGGCCC	100

C  BX957358.5	1900	GTTCAACACTGTAGGGAAAAATGCAAACACATCCAGTTGAAGTCAAAGTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	101	GTTCAACACTGTAGGGAAAAATGCAAACACATCCAGTTGAAGTCAAAGTT	150

C  BX957358.5	1850	ATTAGTCCTTCTGTTTATTTTGTTTATTTATTTTTAAATATTTTCCCAAT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	151	ATTAGTCCTTCTGTTTATTTTGTTTATTTATTTTTAAATATTTTCCCAAT	200

C  BX957358.5	1800	GATGTTTAACAGAGCAAAGAATTTTTCAGTTTTTCTGAGAATATTTTTTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	201	GATGTTTAACAGAGCAAAGAATTTTTCAGTTTTTCTGAGAATATTTTTTT	250

C  BX957358.5	1750	CCTTATGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGTTAGAATAAAAGCAGT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	251	CCTTATGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGTTAGAATAAAAGCAGT	300

C  BX957358.5	1700	TTAAATGTTTTTTAAAACATTTTTAAGGTCAATATTATTAACCCCCTTAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	301	TTAAATGTTTTTTAAAACATTTTTAAGGTCAATATTATTAACCCCCTTAA	350

C  BX957358.5	1650	GCCATTTTTTTCCGATTGTTTACAGCAGTGGTCCCCAGGCCATGGACCAG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	351	GCCATTTTTTTCCGATTGTTTACAGCAGTGGTCCCCAGGCCATGGACCAG	400

C  BX957358.5	1600	TACCTGTACATCATACCTGCCAACACTCCTGTTTTTCTCGGGAGTATTCC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	401	TACCTGTACATCATACCTGCCAACACTCCTGTTTTTCTCGGGAGTATTCC	450

C  BX957358.5	1550	GTATTTTTGACCCATCTCCCGCCCAGAGGTTTTGATAGACTTTCTCATTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	451	GTATTTTTGACCCATCTCCCGCCCAGAGGTTTTGATAGACTTTCTCATTG	500

C  BX957358.5	1500	TCCGTCATTTTGATGGAGAGGGTTGTAAAAATTCCGTCATAACCTATTAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	501	TCCGTCATTTTGATGGAGAGGGTTGTAAAAATTCCGTCATAACCTATTAT	550

C  BX957358.5	1450	TGATCGTTATTTAATTTGCAGACTTTCTAATCGCTTTTTTCATTCATATT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	551	TGATCGTTATTTAATTTGCAGACTTTCTAATCGCTTTTTTCATTCATATT	600

C  BX957358.5	1400	TTAATAATGAACATGCACGACAAGCATATAGGCTAAATTATTCATTTGTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	601	TTAATAATGAACATGCACGACAAGCATATAGGCTAAATTATTCATTTGTT	650

C  BX957358.5	1350	TATTAGAAAAATAAACAAAAATTCTTATCTGCCTTAACTCATATCTTCCT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	651	TATTAGAAAAATAAACAAAAATTCTTATCTGCCTTAACTCATATCTTCCT	700

C  BX957358.5	1300	CCTGCGTCGACCTGAACTGGGTGCTTGCCTGTGCATAATCAAACGCATTA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	701	CCTGCGTCGACCTGAACTGGGTGCTTGCCTGTGCATAATCAAACGCATTA	750

C  BX957358.5	1250	AGGGAGACTGATGCAGAAGCAGTTGTCATTAAATTCTGTGTCTTTGCCTC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	751	AGGGAGACTGATGCAGAAGCAGTTGTCATTAAATTCTGTGTCTTTGCCTC	800

C  BX957358.5	1200	GGAAAGTCAACTTCTCGTGACCAAAAACCGGAATTAGCGCCACTTCAGCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	801	GGAAAGTCAACTTCTCGTGACCAAAAACCGGAATTAGCGCCACTTCAGCC	850

C  BX957358.5	1150	AGCGTTTTGTAGTTAGGAAACATTTCTCCTAAGGCTGTGATCAGAACAAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	851	AGCGTTTTGTAGTTAGGAAACATTTCTCCTAAGGCTGTGATCAGAACAAA	900

C  BX957358.5	1100	GTTTGCTGGATTCTCTGAATGTGGTATTTCCCGATCCTGCAAGCACTCGT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	901	GTTTGCTGGATTCTCTGAATGTGGTATTTCCCGATCCTGCAAGCACTCGT	950

C  BX957358.5	1050	TTCACCAGAAAACAATACTACAGCACACGCTCCTTCTGCACCAGGAGAGC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	951	TTCACCAGAAAACAATACTACAGCACACGCTCCTTCTGCACCAGGAGAGC	1000

C  BX957358.5	1000	GTCTGCACTGCACCCAATGACTTTAAAAAAACAAAAAAAATGCACCCCTC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1001	GTCTGCACTGCACCCAATGACTTTAAAAAAACAAAAAAAATGCACCCCTC	1050

C  BX957358.5	950	TGCGTTCGGTAGTGCTCACAACGCACTCCAAAGCACCTGACCTCCTTGCT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1051	TGCGTTCGGTAGTGCTCACAACGCACTCCAAAGCACCTGACCTCCTTGCT	1100

C  BX957358.5	900	GCCATTTGGTTGGCTCGTAACAGCTGTTGGCGACTGAGGATTTTTGTCTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1101	GCCATTTGGTTGGCTCGTAACAGCTGTTGGCGACTGAGGATTTTTGTCTG	1150

C  BX957358.5	850	TTTGTTCTTCATCGTCCACTGCATCTCTTCCTCTTTTTTCACCTTTATTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1151	TTTGTTCTTCATCGTCCACTGCATCTCTTCCTCTTTTTTCACCTTTATTA	1200

C  BX957358.5	800	TTAATATCACAACTATTTGGTCGTTTAAAGAAACTTCTCACACTCAGCTG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1201	TTAATATCACAACTATTTGGTCGTTTAAAGAAACTTCTCACACTCAGCTG	1250

C  BX957358.5	750	CTGTGACATTTTTGCAACTGTACGCAGCGATGACAGAGAGGAGACAAAAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1251	CTGTGACATTTTTGCAACTGTACGCAGCGATGACAGAGAGGAGACAAAAC	1300

C  BX957358.5	700	AAGGTCAATCGCCATCAGCTGGACAGGAGTGGGAATTACAGTTAGCTACA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1301	AAGGTCAATCGCCATCAGCTGGACAGGAGTGGGAATTACAGTTAGCTACA	1350

C  BX957358.5	650	AATTACAATAGATCACCCTCAGCATAATCCATCAATATGACGGATCACCT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1351	AATTACAATAGATCACCCTCAGCATAATCCATCAATATGACGGATCACCT	1400

C  BX957358.5	600	TCTGATTTTTCCATCACTGCTAAAAAAAAATCTGTCAATGACAGAAAATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1401	TCTGATTTTTCCATCACTGCTAAAAAAAAATCTGTCAATGACAGAAAATA	1450

C  BX957358.5	550	TTCGGTTAACGCGACCTCTGCTCCTGCCCATCTCCCGTATTGTTCTTTCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1451	TTCGGTTAACGCGACCTCTGCTCCTGCCCATCTCCCGTATTGTTCTTTCT	1500

C  BX957358.5	500	CCTGGAAAACTCTCGGATTATCCCCCCCCCCCCCTCCTCAGCTTTTTGGT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1501	CCTGGAAAACTCTCGGATTATCCCCCCCCCCCCCTCCTCAGCTTTTTGGT	1550

C  BX957358.5	450	AAAGTCCTCATGCGCACCGAACCCAACTTTCAGTTTGCGCGCACCTAAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1551	AAAGTCCTCATGCGCACCGAACCCAACTTTCAGTTTGCGCGCACCTAAAT	1600

C  BX957358.5	400	AAAAAAAGCAGTGTTTTCCATATTAAAATGAGTTTTTGCTCTAACCAACA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1601	AAAAAAAGCAGTGTTTTCCATATTAAAATGAGTTTTTGCTCTAACCAACA	1650

C  BX957358.5	350	CGTAGAATTGATATATTAGAAATGGCTTCTATTTCTTGCAGCTGGACAAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1651	CGTAGAATTGATATATTAGAAATGGCTTCTATTTCTTGCAGCTGGACAAC	1700

C  BX957358.5	300	AGAAAACCTCAGGTACACCTCATGTGCTTTATTCAGTGTTAAGTGCTAAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1701	AGAAAACCTCAGGTACACCTCATGTGCTTTATTCAGTGTTAAGTGCTAAT	1750

C  BX957358.5	250	AAAATGAGTTTGAATTCCATTTCACATGACATTTATTGCCATACTACTGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1751	AAAATGAGTTTGAATTCCATTTCACATGACATTTATTGCCATACTACTGA	1800

C  BX957358.5	200	AAGCAGCAGCAGATAGTTCACATCAGATCTTGAAAATAAAATAAACGGTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1801	AAGCAGCAGCAGATAGTTCACATCAGATCTTGAAAATAAAATAAACGGTT	1850

C  BX957358.5	150	TTAAATTTGATCTTTAGACACAAAACTAACATATAGTGATTCAGCATGTA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1851	TTAAATTTGATCTTTAGACACAAAACTAACATATAGTGATTCAGCATGTA	1900

C  BX957358.5	100	CATTTAATAATGTTAAAGAGGTTTATGTATTAATTAGATTAGAAAGCCTA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1901	CATTTAATAATGTTAAAGAGGTTTATGTATTAATTAGATTAGAAAGCCTA	1950

C  BX957358.5	50	TCATTTCGTGAATTAGTGCATATTCTGTGCTTCTGAATAGCTGTATTTAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954733.12	1951	TCATTTCGTGAATTAGTGCATATTCTGTGCTTCTGAATAGCTGTATTTAA	2000

Overview

Query
BX957358.5 - 23311 bps
Hit
AL954733.12 - 65352 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001957200012000-1120001
280.492507051907419778-121395220911
384.39122453155538-129515297371
485.11379451605253-129813299061
Short-link