<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX465185.8	148690	GTGCAGTTTTGGCGACTGTCGCTTTAAATTTAAATAATATTGTGCTCTTT	148641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	217972	GTGCAGTTTTGGCGACTGTCGCTTTAAATTTAAATAATATTGTGCTCTTT	218021

C  BX465185.8	148640	TCAAAAGAGGGCAGAGCTACACATGTCTGTGCATCAGCATATGTCTGTGA	148591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218022	TCAAAAGAGGGCAGAGCTACACATGTCTGTGCATCAGCATATGTCTGTGA	218071

C  BX465185.8	148590	AAACTGAAAATATCAACAAAATGGTTCAGAAAAAGGTAGTCTAGAGAGAT	148541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218072	AAACTGAAAATATCAACAAAATGGTTCAGAAAAAGGTAGTCTAGAGAGAT	218121

C  BX465185.8	148540	TACGGTGTTCATTTGTGCATTCTAAAACTCCACATTTATAATGCCTCTTT	148491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218122	TACGGTGTTCATTTGTGCATTCTAAAACTCCACATTTATAATGCCTCTTT	218171

C  BX465185.8	148490	GTCGCTGGCATTATCTTCAGCAGGTAGGGGTTGAAAACTAATGGTTAACG	148441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218172	GTCGCTGGCATTATCTTCAGCAGGTAGGGGTTGAAAACTAATGGTTAACG	218221

C  BX465185.8	148440	GCCGCTTCTCACTCAGGGGTGTCTATGCCAACAAGGAAGAGATTAATGGA	148391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218222	GCCGCTTCTCACTCAGGGGTGTCTATGCCAACAAGGAAGAGATTAATGGA	218271

C  BX465185.8	148390	GTGGGGACACTAATGGGTGGGGTTTTCCCTGTCTGATGACACGTACAAAG	148341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218272	GTGGGGACACTAATGGGTGGGGTTTTCCCTGTCTGATGACACGTACAAAG	218321

C  BX465185.8	148340	GGAGAATCACACTGTTTTTATGAAGTGTGATTACAACAATAGAATTAATT	148291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218322	GGAGAATCACACTGTTTTTATGAAGTGTGATTACAACAATAGAATTAATT	218371

C  BX465185.8	148290	ACTTTTTACCATTAGACAGCAGATATAGCAGTACATTGTTGCCACACAAC	148241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218372	ACTTTTTACCATTAGACAGCAGATATAGCAGTACATTGTTGCCACACAAC	218421

C  BX465185.8	148240	TGTGTTTAAGCAACTCATGAAAGTGATTTTTTTTTGCATAATAGGTCCAC	148191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218422	TGTGTTTAAGCAACTCATGAAAGTGATTTTTTTTTGCATAATAGGTCCAC	218471

C  BX465185.8	148190	TTAAAATGTATGGTCAGACTTACCGATGGACATCTGGTGTTCGTGAAGCA	148141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218472	TTAAAATGTATGGTCAGACTTACCGATGGACATCTGGTGTTCGTGAAGCA	218521

C  BX465185.8	148140	AGACCACCAAAACTCGCAGCAATAGTGTTGATTTCAATCTGCTTCAGAGA	148091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218522	AGACCACCAAAACTCGCAGCAATAGTGTTGATTTCAATCTGCTTCAGAGA	218571

C  BX465185.8	148090	TGTCCGACCGTCTGGACTGTGGTCTAACATGTAGTCTGAGCGATTCAGAC	148041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218572	TGTCCGACCGTCTGGACTGTGGTCTAACATGTAGTCTGAGCGATTCAGAC	218621

C  BX465185.8	148040	CCACTACTATTTTCTTGAATAAAAGAGGAGTTAAATAAATTAAGATTTAC	147991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218622	CCACTACTATTTTCTTGAATAAAAGAGGAGTTAAATAAATTAAGATTTAC	218671

C  BX465185.8	147990	ATCTATATAACAAATTGATTACTTTTCTTTTTTATGAATTTAAACAGTGA	147941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218672	ATCTATATAACAAATTGATTACTTTTCTTTTTTATGAATTTAAACAGTGA	218721

C  BX465185.8	147940	TGTAACTTTTTTACGTGAAATTTAAAGGGATCTGATTTACAAAAAAAAAA	147891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218722	TGTAACTTTTTTACGTGAAATTTAAAGGGATCTGATTTACAAAAAAAAAA	218771

C  BX465185.8	147890	AAAAAATGTACTCATCATTCACAAACCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAATT	147841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218772	AAAAAATGTACTCATCATTCACAAACCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAATT	218821

C  BX465185.8	147840	CAGTTGAACGCAAAAGAAAATATTTAGAAAAAAATGCCGGAAACTAGTAA	147791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218822	CAGTTGAACGCAAAAGAAAATATTTAGAAAAAAATGCCGGAAACTAGTAA	218871

C  BX465185.8	147790	ACATTGACTTCCATGGTATTTGTTTTTCCTGCTGGATGTCAATGATTACC	147741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218872	ACATTGACTTCCATGGTATTTGTTTTTCCTGCTGGATGTCAATGATTACC	218921

C  BX465185.8	147740	TGTTTCTAACATTCTTCACAGTATCTTCTTTTGTGTTCAACAGAAAAAAG	147691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218922	TGTTTCTAACATTCTTCACAGTATCTTCTTTTGTGTTCAACAGAAAAAAG	218971

C  BX465185.8	147690	AAACTTGTCAACGTTTGAAAGCATTTGAGGATGAGTAAAAAGTGGGTTTG	147641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	218972	AAACTTGTCAACGTTTGAAAGCATTTGAGGATGAGTAAAAAGTGGGTTTG	219021

C  BX465185.8	147640	TTGATTTTTGGGTGAACTATCTCTTTAAATGAATCAGCAAATGAGTGGTA	147591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219022	TTGATTTTTGGGTGAACTATCTCTTTAAATGAATCAGCAAATGAGTGGTA	219071

C  BX465185.8	147590	AACAATTACCGGTATACCTGAGCATGGCCCTCCTGCTGAACTTGTTTGTA	147541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219072	AACAATTACCGGTATACCTGAGCATGGCCCTCCTGCTGAACTTGTTTGTA	219121

C  BX465185.8	147540	GATGTTGAAAAGTCTGGCTGTAAAATCGTCAACTTTGATGGTGCTTTTGA	147491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219122	GATGTTGAAAAGTCTGGCTGTAAAATCGTCAACTTTGATGGTGCTTTTGA	219171

C  BX465185.8	147490	AGTAATAAAAAAAAAAGATACTTAATACATCAACATTATTACTAACAGTA	147441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219172	AGTAATAAAAAAAAAAGATACTTAATACATCAACATTATTACTAACAGTA	219221

C  BX465185.8	147440	AAGCCTCCATTAAAGGGATGCACAAATTTTTTCGTATGAGGAGCCAAAAA	147391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219222	AAGCCTCCATTAAAGGGATGCACAAATTTTTTCGTATGAGGAGCCAAAAA	219271

C  BX465185.8	147390	CCAAATATCTTTGAAAGCCGTGTGCCGAAGGAAAATATCAAACTATAATA	147341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219272	CCAAATATCTTTGAAAGCCGTGTGCCGAAGGAAAATATCAAACTATAATA	219321

C  BX465185.8	147340	CATTAAAGTTGCATTTCATAATATTTTTCATAACATTTCAACATTAACAG	147291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219322	CATTAAAGTTGCATTTCATAATATTTTTCATAACATTTCAACATTAACAG	219371

C  BX465185.8	147290	AAAACATTACTTTAAATCATATTAACTAATTCACAATAACTTTTAAATTA	147241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219372	AAAACATTACTTTAAATCATATTAACTAATTCACAATAACTTTTAAATTA	219421

C  BX465185.8	147240	TAACTTACAGCGATAAAAACAATTACATTTACACTCACCGGCCACTTTAT	147191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219422	TAACTTACAGCGATAAAAACAATTACATTTACACTCACCGGCCACTTTAT	219471

C  BX465185.8	147190	TAGGTACACCTGTCCAACTGCTCGTTAACACAACTTTCTAATCAGCCAAT	147141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219472	TAGGTACACCTGTCCAACTGCTCGTTAACACAACTTTCTAATCAGCCAAT	219521

C  BX465185.8	147140	CACATGGCAGCAACTCAATGCATTTAGGCATGTAGACATGGTCAAGATGA	147091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219522	CACATGGCAGCAACTCAATGCATTTAGGCATGTAGACATGGTCAAGATGA	219571

C  BX465185.8	147090	TCTGCTGCAGTTCAAACCAAGCATCAGAATAGGGACAAAATTTGATTAAA	147041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219572	TCTGCTGCAGTTCAAACCAAGCATCAGAATAGGGACAAAATTTGATTAAA	219621

C  BX465185.8	147040	ATTACTTTGAACTAGGGCTGCCCCCAAATAGTCGACTAAACTTTAGTCGA	146991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219622	ATTACTTTGAACTAGGGCTGCCCCCAAATAGTCGACTAAACTTTAGTCGA	219671

C  BX465185.8	146990	TATGAAGAGGGCTTGGTCGAATACATTTTCATTAGTCGGTTAGTTGCAAA	146941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219672	TATGAAGAGGGCTTGGTCGAATACATTTTCATTAGTCGGTTAGTTGCAAA	219721

C  BX465185.8	146940	AAAAAAAAATCACGTGAAATTACGCAATCAAGGGCTGCGCAGTCAGTGTA	146891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219722	AAAAAAAAATCACGTGAAATTACGCAATCAAGGGCTGCGCAGTCAGTGTA	219771

C  BX465185.8	146890	TGACATCAGCAACGAGAGATCAACGCCTAACGCCTAAACGCCTCCACTGT	146841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219772	TGACATCAGCAACGAGAGATCAACGCCTAACGCCTAAACGCCTCCACTGT	219821

C  BX465185.8	146840	ATCCCTTCCACATCCACTCCATCAGAGCGCATCTTTTCAAAGGCCGGCTT	146791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219822	ATCCCTTCCACATCCACTCCATCAGAGCGCATCTTTTCAAAGGCCGGCTT	219871

C  BX465185.8	146790	CATTGTGAACACGTCGAGAAGCTCCCTTCTTCCCAGCAATGTGGACAAGC	146741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219872	CATTGTGAACACGTCGAGAAGCTCCCTTCTTCCCAGCAATGTGGACAAGC	219921

C  BX465185.8	146740	TGGTGTTCCTCTCACATAATATGAAAAAAATAAAATCGAATTAAAAGCTT	146691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954725.9	219922	TGGTGTTCCTCTCACATAATATGAAAAAAATAAAATCGAATTAAAAGCTT	219971

Overview

Query
BX465185.8 - 148690 bps
Hit
AL954725.9 - 219971 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019402000146691148690-12179722199711
283.6991245117872118116-11523841
397.526912142576426961511952391
493.516077138614138690-150296503721
580.43812283779238019-160654608831
688.98761182956929686160769608861
782.491283083770838015-180798811111
887.2560102138589138690181010811111
991.551021422957329714-182475826161
1088.24124222117871118092-188106883261
1193.544075095560756115195121956311
12907511013858913869811020321021411
1389.48121192295232971411101581103471
1490.34971462956929714-11207421208861
1582.521534531904419496-11323151327601
1691.11951352958029714-11384991386331
1787.2791166192551942011387391389031
1882.419447168997369-11524351529171
1988.7860102138589138690-11696991697961
2082.257222614268714291211790621792921
2190.2911817613336813354311851401853141
2286.7591187117898118084-12006332008131
2383.4290204868778708012085292087391
2482.5261178142514142691-12101182103001
Short-link