<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR382335.12	2000	GAATTCAGCTGCAGTGTATCAGTGGCCAAAGATGATGCTATTTTAAAGTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1	GAATTCAGCTGCAGTGTATCAGTGGCCAAAGATGATGCTATTTTAAAGTC	50

C  CR382335.12	1950	ACCAAATTCATTTTTAATTAAATATACAACAACAAGTTAAAAAGATAGGT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	51	ACCAAATTCATTTTTAATTAAATATACAACAACAAGTTAAAAAGATAGGT	100

C  CR382335.12	1900	TTGCATTACTTTACAGATACTCTGCATTATTGCAGTACCTCTATATATAC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	101	TTGCATTACTTTACAGATACTCTGCATTATTGCAGTACCTCTATATATAC	150

C  CR382335.12	1850	TGCACTGTACCATCATGTCTGAATGACTGTAAATGTGAAGACACGGTATG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	151	TGCACTGTACCATCATGTCTGAATGACTGTAAATGTGAAGACACGGTATG	200

C  CR382335.12	1800	CAGTAAATATAATCTGAAATCTGAATACACTTGATATACCACTGAACATG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	201	CAGTAAATATAATCTGAAATCTGAATACACTTGATATACCACTGAACATG	250

C  CR382335.12	1750	CTTTGTTGAAAAAAATCATGTAAAACTAAATAAATGAGTTTATAGCATAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	251	CTTTGTTGAAAAAAATCATGTAAAACTAAATAAATGAGTTTATAGCATAG	300

C  CR382335.12	1700	TGTATTGTGGTTAAGCATACTGCTCCCTGCTTGTAAAATAATACTAAAGT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	301	TGTATTGTGGTTAAGCATACTGCTCCCTGCTTGTAAAATAATACTAAAGT	350

C  CR382335.12	1650	AATGCATGAAAAAATAAACTGAATAGCACATTATAATATTTTTCAAAATA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	351	AATGCATGAAAAAATAAACTGAATAGCACATTATAATATTTTTCAAAATA	400

C  CR382335.12	1600	AGTCAATAAAAAAAGTCAACAAAAGTAATGATAAAACTCAAATAAAACCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	401	AGTCAATAAAAAAAGTCAACAAAAGTAATGATAAAACTCAAATAAAACCA	450

C  CR382335.12	1550	AATAAAAATTTTTTTTTAATCCAAAAGCATATAAAAAAAAGAAAACTTTC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	451	AATAAAAATTTTTTTTTAATCCAAAAGCATATAAAAAAAAGAAAACTTTC	500

C  CR382335.12	1500	AAAAGTAATGTTTTTGATATATTTTGTATCCACGTATAATATCTTTAACT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	501	AAAAGTAATGTTTTTGATATATTTTGTATCCACGTATAATATCTTTAACT	550

C  CR382335.12	1450	GAATTGCAAATAGGGATGCGATAAATAGGGAACAATTATAGATTTCCGTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	551	GAATTGCAAATAGGGATGCGATAAATAGGGAACAATTATAGATTTCCGTT	600

C  CR382335.12	1400	AAATGATTACAGTCTGAGGAATTATCCCAGTGTCATTATCATGATTACTA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	601	AAATGATTACAGTCTGAGGAATTATCCCAGTGTCATTATCATGATTACTA	650

C  CR382335.12	1350	TGCCTGTATTAATTGCAAAACACTACTAGTTTAGTAAATCACATTAAAGC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	651	TGCCTGTATTAATTGCAAAACACTACTAGTTTAGTAAATCACATTAAAGC	700

C  CR382335.12	1300	TCCCTTAATTTAATGTGCTATTTTTTGCTACTCAGTACCCAATTAATACA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	701	TCCCTTAATTTAATGTGCTATTTTTTGCTACTCAGTACCCAATTAATACA	750

C  CR382335.12	1250	GCAAAAAAAAAAAAAATATTTTTTTAAAAATCAAATAATAAATAATAGTC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	751	GCAAAAAAAAAAAAAATATTTTTTTAAAAATCAAATAATAAATAATAGTC	800

C  CR382335.12	1200	CATTTCTTTTTGGTCTAAAAAATAAGTTTAAAAGGTTTTTAAACATAAGT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	801	CATTTCTTTTTGGTCTAAAAAATAAGTTTAAAAGGTTTTTAAACATAAGT	850

C  CR382335.12	1150	AATACTTTCACACTGAAAATAAATGACAGAAAAAAGGATTAAGTAAAAAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	851	AATACTTTCACACTGAAAATAAATGACAGAAAAAAGGATTAAGTAAAAAA	900

C  CR382335.12	1100	AATAAAATATTAAATAGATAGTATTTGTCTAGTGTAAAGCTAAGCTACAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	901	AATAAAATATTAAATAGATAGTATTTGTCTAGTGTAAAGCTAAGCTACAT	950

C  CR382335.12	1050	ATAAGCCAAGTATTTCCCTTTTCAAGAGAACAAATGTAGTCAAAGACTGC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	951	ATAAGCCAAGTATTTCCCTTTTCAAGAGAACAAATGTAGTCAAAGACTGC	1000

C  CR382335.12	1000	TAAACCTGTCTGAAAGGCACATTTGATCTACTAATTCATTCATTTTATTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1001	TAAACCTGTCTGAAAGGCACATTTGATCTACTAATTCATTCATTTTATTT	1050

C  CR382335.12	950	TCGGCTTAGTCCTTTCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1051	TCGGCTTAGTCCTTTCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTA	1100

C  CR382335.12	900	TCCAGCTCGTTTTTAAGCAGCGGATGCCCTTCCAGTTGCACCCCATATCT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1101	TCCAGCTCGTTTTTAAGCAGCGGATGCCCTTCCAGTTGCACCCCATATCT	1150

C  CR382335.12	850	GGCTACACAACCATACACACTCATTCACACTCATACACTACTGACAATTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1151	GGCTACACAACCATACACACTCATTCACACTCATACACTACTGACAATTT	1200

C  CR382335.12	800	AGCCTACCCAATTCACCTGTACCACATGTACTTGGATTTGTGGGGGAAAC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1201	AGCCTACCCAATTCACCTGTACCACATGTACTTGGATTTGTGGGGGAAAC	1250

C  CR382335.12	750	CGAAGCACCCGGAGGAAACCCAAGCAAACGCAAAAGGAACATGGCATTTA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1251	CGAAGCACCCGGAGGAAACCCAAGCAAACGCAAAAGGAACATGGCATTTA	1300

C  CR382335.12	700	ATAAATTATATTATAAAATTTTGGGTATTTTCTTTTGTATTTTCTGTTTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1301	ATAAATTATATTATAAAATTTTGGGTATTTTCTTTTGTATTTTCTGTTTT	1350

C  CR382335.12	650	TGGAATAGAAGTATGTATATTCCATACAAAGTATGAAGCTGACTGGTTCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1351	TGGAATAGAAGTATGTATATTCCATACAAAGTATGAAGCTGACTGGTTCA	1400

C  CR382335.12	600	TTCTTGTCATGTGACTCACGCTTCGCTTTCAGCATTCTTTTATGTGCACC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1401	TTCTTGTCATGTGACTCACGCTTCGCTTTCAGCATTCTTTTATGTGCACC	1450

C  CR382335.12	550	TGGAAAGTGTAAGCGTGCATCGCACCGCTCACGCACCATTTATAGCCTCA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1451	TGGAAAGTGTAAGCGTGCATCGCACCGCTCACGCACCATTTATAGCCTCA	1500

C  CR382335.12	500	AAAATAGTTAAAATCAGCCTTTAATCCAGTGTGTGTGCCTATTGTGTACA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1501	AAAATAGTTAAAATCAGCCTTTAATCCAGTGTGTGTGCCTATTGTGTACA	1550

C  CR382335.12	450	AGCCGCAGTTTTGTTCTGTGCAGAAGGTTCAAGAAGGCTTTACAATTAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1551	AGCCGCAGTTTTGTTCTGTGCAGAAGGTTCAAGAAGGCTTTACAATTAAT	1600

C  CR382335.12	400	TAACCGTGACAAATTAAAACGTGATTAATGATAGTGATAGATAGTGAAAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1601	TAACCGTGACAAATTAAAACGTGATTAATGATAGTGATAGATAGTGAAAT	1650

C  CR382335.12	350	CGATTAATCATTGCATCCCTGATTGGGCAGACATATAAACACATAAAAAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1651	CGATTAATCATTGCATCCCTGATTGGGCAGACATATAAACACATAAAAAC	1700

C  CR382335.12	300	ATACACAATATATACTGCAAATTACATTTTTGTTAAGCTAATTTTTGTCG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1701	ATACACAATATATACTGCAAATTACATTTTTGTTAAGCTAATTTTTGTCG	1750

C  CR382335.12	250	TCATTTACTACATAAAAGAAATTGAAAGGTACATCTAAATGCTTTCTGTC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1751	TCATTTACTACATAAAAGAAATTGAAAGGTACATCTAAATGCTTTCTGTC	1800

C  CR382335.12	200	ATTTTGAGAGATAAAAATATTCTGTTGGGTCTGCTGAATTTCTCTACTTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1801	ATTTTGAGAGATAAAAATATTCTGTTGGGTCTGCTGAATTTCTCTACTTT	1850

C  CR382335.12	150	ATAAGCATTTCCACCGTAAAGGATGCTAATAAGGATTAGGAGCAGAAAAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1851	ATAAGCATTTCCACCGTAAAGGATGCTAATAAGGATTAGGAGCAGAAAAA	1900

C  CR382335.12	100	AGGGAAGAAAATAAAGTTTTAAAGAGCTTTGGTGGAAATAGCCTGAGAGA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1901	AGGGAAGAAAATAAAGTTTTAAAGAGCTTTGGTGGAAATAGCCTGAGAGA	1950

C  CR382335.12	50	GACACGTGAGTGAGAGAAACATGAAAAACCTGCTGAATCTGAGCACTTGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954708.10	1951	GACACGTGAGTGAGAGAAACATGAAAAACCTGCTGAATCTGAGCACTTGG	2000

Overview

Query
CR382335.12 - 159057 bps
Hit
AL954708.10 - 163996 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001899200012000-1120001
284.3411925090725909741103412821
381.17812351520341522681103412721
490.088413067466675951556756971
586.9120335690726910811556859261
682.55101248719966-1556858191
778.55773036503465336-118210185261
892.8931256521765341-132112322361
9801213235612656448-132123324471
1087.441052083848138688-165921661271
1184.1123248132654132901170015702721
1287.59821366746067595-170137702731
1386.742133645608556448178977793381
1480.91383463882539170-178984793391
1579.551183495608456432197017973731
1685.191243029814298443-198414987171
1789.6392135674676760111124311125651
1888.98771185618756304-11126981128151
1984.5811923815203215226911224791227051
2095.35110129674676759511224821226101
2194.167911813174613186311233711234901
2294.928111813174613186311236791237961
2393.337711813174613186311237971239161
2480.381104066021960624-11380031384151
2583.91166350140260140609-11447881451411
2680.1771995609556293-11566941568891
Short-link