<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR936284.10	2000	GAATTCAGCCCATATAAATAGATTACAACCAATGACATCCAATGAATAAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1	GAATTCAGCCCATATAAATAGATTACAACCAATGACATCCAATGAATAAT	50

C  CR936284.10	1950	TTTTTTTCATGTGGAGAAGCAGGATATTCCAGAAAATCATTCTGTCATCC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	51	TTTTTTTCATGTGGAGAAGCAGGATATTCCAGAAAATCATTCTGTCATCC	100

C  CR936284.10	1900	CCATAAACTATTCTGCATTCAGCATCTCAGGTTTTAGTGTCCATCATGAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	101	CCATAAACTATTCTGCATTCAGCATCTCAGGTTTTAGTGTCCATCATGAT	150

C  CR936284.10	1850	TCTTGTTGCGATGTAAAGCACGCAAACCCACAAAACAGCGGAGTACACAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	151	TCTTGTTGCGATGTAAAGCACGCAAACCCACAAAACAGCGGAGTACACAA	200

C  CR936284.10	1800	TTTCAGCAGCAGGATTTAAAGGTTTAAAGGCCATTTCCGATCCATGCGGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	201	TTTCAGCAGCAGGATTTAAAGGTTTAAAGGCCATTTCCGATCCATGCGGT	250

C  CR936284.10	1750	TACATCTCCATAATGGCCTCATTATTCATGACTATGGCCTGAAACACTGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	251	TACATCTCCATAATGGCCTCATTATTCATGACTATGGCCTGAAACACTGA	300

C  CR936284.10	1700	GGTCGAGGTAATGAGCTCTTCACTAGTTGCTGAATATCACCTTTTTTCCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	301	GGTCGAGGTAATGAGCTCTTCACTAGTTGCTGAATATCACCTTTTTTCCA	350

C  CR936284.10	1650	TGCATTATGTTGAGGATTCACATGTCTTGTGCTCTACTTGAGAATTCAGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	351	TGCATTATGTTGAGGATTCACATGTCTTGTGCTCTACTTGAGAATTCAGA	400

C  CR936284.10	1600	TGATGCCTTGTGAATGTTCTTCTATGCTTGCTTGCCATCCATTTCTAATA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	401	TGATGCCTTGTGAATGTTCTTCTATGCTTGCTTGCCATCCATTTCTAATA	450

C  CR936284.10	1550	TCAAGCAATGATCAGGAACACTTTCGAATAATGAACTTCTCTGGCAGTCG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	451	TCAAGCAATGATCAGGAACACTTTCGAATAATGAACTTCTCTGGCAGTCG	500

C  CR936284.10	1500	AGTCGATAAGCTGATAAGCAATGTTTTATGCTAAGGTTGCATTCAGATCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	501	AGTCGATAAGCTGATAAGCAATGTTTTATGCTAAGGTTGCATTCAGATCC	550

C  CR936284.10	1450	CACCGTAATACATAATAGAATAAATAAAACATGATAATACATGTTTCTTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	551	CACCGTAATACATAATAGAATAAATAAAACATGATAATACATGTTTCTTT	600

C  CR936284.10	1400	AGGGGCAAATAAGTGCATTAGAATGATTTATTAAGTATTGTGACACTGAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	601	AGGGGCAAATAAGTGCATTAGAATGATTTATTAAGTATTGTGACACTGAA	650

C  CR936284.10	1350	GGCTGAAGTAATGATGCAGAAAACTCAGCTAAACCAAATATATCTATACC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	651	GGCTGAAGTAATGATGCAGAAAACTCAGCTAAACCAAATATATCTATACC	700

C  CR936284.10	1300	ATATCTATCAATCTATCCACCCATCCATACATCCTCCCGCCAGCCCACCC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	701	ATATCTATCAATCTATCCACCCATCCATACATCCTCCCGCCAGCCCACCC	750

C  CR936284.10	1250	GCATCCATCCATCCATCCATGGCTCCATCCATCCATCCATCCATCCATTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	751	GCATCCATCCATCCATCCATGGCTCCATCCATCCATCCATCCATCCATTA	800

C  CR936284.10	1200	ATCCGTCCATCCATATATCTGTCTGTCTATCTGTGTCTTCCTACCATCGG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	801	ATCCGTCCATCCATATATCTGTCTGTCTATCTGTGTCTTCCTACCATCGG	850

C  CR936284.10	1150	TCTGTCCATCCATCCATCCTTCCATCTACCCACCCACCCACCAACCTACC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	851	TCTGTCCATCCATCCATCCTTCCATCTACCCACCCACCCACCAACCTACC	900

C  CR936284.10	1100	CATCCATCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCAAAAAAATGTTCC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	901	CATCCATCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCAAAAAAATGTTCC	950

C  CR936284.10	1050	TTTGGTACATAAACCCAACAAAACGAAACAAAGACATGTGGAGATATGTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	951	TTTGGTACATAAACCCAACAAAACGAAACAAAGACATGTGGAGATATGTG	1000

C  CR936284.10	1000	TTCACATGGGCCAAAAAAGTTAAAATGAGGGGTGCTGACTTAATCTCATA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1001	TTCACATGGGCCAAAAAAGTTAAAATGAGGGGTGCTGACTTAATCTCATA	1050

C  CR936284.10	950	ATTATTCTTGGTAAGCAGAAATAAATAATAAATAAATAAATGACAGAAGC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1051	ATTATTCTTGGTAAGCAGAAATAAATAATAAATAAATAAATGACAGAAGC	1100

C  CR936284.10	900	TGGAGCGCTCTTTAGAGATTAAAGTCGTGTAATGCAAGATTAAGCTTGTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1101	TGGAGCGCTCTTTAGAGATTAAAGTCGTGTAATGCAAGATTAAGCTTGTT	1150

C  CR936284.10	850	CAATTTCAAGAAAAATATCAAAAATACAATGCTGAGAATAAAGTTTTTAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1151	CAATTTCAAGAAAAATATCAAAAATACAATGCTGAGAATAAAGTTTTTAT	1200

C  CR936284.10	800	CATCAAGAAAAAAAAAAAAAACTCACCAGTTTCAAGACAAAATGTTTAAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1201	CATCAAGAAAAAAAAAAAAAACTCACCAGTTTCAAGACAAAATGTTTAAT	1250

C  CR936284.10	750	TATAACATTGAACATAAAATCATTATATTTAGAGAATAAAGTAATTATTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1251	TATAACATTGAACATAAAATCATTATATTTAGAGAATAAAGTAATTATTT	1300

C  CR936284.10	700	TTCAAGAAAAACTTCATTTAATTTAAAGAAAAAAACAATAAAATATTGAG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1301	TTCAAGAAAAACTTCATTTAATTTAAAGAAAAAAACAATAAAATATTGAG	1350

C  CR936284.10	650	AACAAACTCATTAAATTAAGAAAAAAGTAATTATGTTTCAAAAGAAATTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1351	AACAAACTCATTAAATTAAGAAAAAAGTAATTATGTTTCAAAAGAAATTT	1400

C  CR936284.10	600	TGAAATCTTGAAATTTTATGAACGTAATCTTGTTTTACAATTATTTTAAT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1401	TGAAATCTTGAAATTTTATGAACGTAATCTTGTTTTACAATTATTTTAAT	1450

C  CR936284.10	550	TTTAACATGTTTTTTTTTATTGTTACTATAGTTTGGCGCTAATCCTCTTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1451	TTTAACATGTTTTTTTTTATTGTTACTATAGTTTGGCGCTAATCCTCTTA	1500

C  CR936284.10	500	CATAGAAAATGAAAATATTATGTAACTGAAAAAAAAAAAAAAATGTCCCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1501	CATAGAAAATGAAAATATTATGTAACTGAAAAAAAAAAAAAAATGTCCCC	1550

C  CR936284.10	450	AGACTATTTTATTTGATTATATTCAATTTGGGAGCTCTCTCAAAGAAGGA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1551	AGACTATTTTATTTGATTATATTCAATTTGGGAGCTCTCTCAAAGAAGGA	1600

C  CR936284.10	400	TGTGTAATGAGAGTTGAGAAAATCGCAAAGATTAAGTAAAAAAAAATAAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1601	TGTGTAATGAGAGTTGAGAAAATCGCAAAGATTAAGTAAAAAAAAATAAA	1650

C  CR936284.10	350	AAGTAATAAAAACAGACAGAAAGGTTTTTTTTTTTTTCACAGAAAAGTTC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1651	AAGTAATAAAAACAGACAGAAAGGTTTTTTTTTTTTTCACAGAAAAGTTC	1700

C  CR936284.10	300	TGATTCTGAGATTTTAACTCTAGGCTCATAGCTCTAGGCTTGTAAAGTGG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1701	TGATTCTGAGATTTTAACTCTAGGCTCATAGCTCTAGGCTTGTAAAGTGG	1750

C  CR936284.10	250	TCTCTTTTTTCAACAAATATATCCGACTTAAGCTTTATTTTTTATCAGCT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1751	TCTCTTTTTTCAACAAATATATCCGACTTAAGCTTTATTTTTTATCAGCT	1800

C  CR936284.10	200	CTTCTGTGAGTGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAATGTGTAAACGTGGTTG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1801	CTTCTGTGAGTGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAATGTGTAAACGTGGTTG	1850

C  CR936284.10	150	CCAGATTGCAAAGATTAAGTAAAACAACAGGCAGAAACTGTATCTTTTGT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1851	CCAGATTGCAAAGATTAAGTAAAACAACAGGCAGAAACTGTATCTTTTGT	1900

C  CR936284.10	100	AACAGAAAAACTCTGATTGGGGAAACATGTCTATGGCATTTGGGAACCCT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1901	AACAGAAAAACTCTGATTGGGGAAACATGTCTATGGCATTTGGGAACCCT	1950

C  CR936284.10	50	AAACTTGAAAGCTCATAAAGGCAGGTACTTCCTTCTGTAATAAATAAATT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954702.9	1951	AAACTTGAAAGCTCATAAAGGCAGGTACTTCCTTCTGTAATAAATAAATT	2000

Overview

Query
CR936284.10 - 6350 bps
Hit
AL954702.9 - 201021 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001915200012000-1120001
285.8710419426052798-131028312181
389.963984116421311651311652291
Short-link