<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX294386.5	115353	AAGCTTATTGCTCAGATTTTCTGAGTATGTAGTAAAGGAGGCCAGATGTG	115402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1	AAGCTTATTGCTCAGATTTTCTGAGTATGTAGTAAAGGAGGCCAGATGTG	50

BX294386.5	115403	ATTTTTATTTACTTGTTTTTTAATGGATGTCAAAGGAGAAGTTACTTGCA	115452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	51	ATTTTTATTTACTTGTTTTTTAATGGATGTCAAAGGAGAAGTTACTTGCA	100

BX294386.5	115453	TATGTAAAAATCGCTTTTATTGAAAATCAGTTGAGCAATTAGTAGAATAT	115502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	101	TATGTAAAAATCGCTTTTATTGAAAATCAGTTGAGCAATTAGTAGAATAT	150

BX294386.5	115503	CTTCAACATGGTTTTAAATTGTGCTATTTTTAGAGATTTCTATGGTATAC	115552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	151	CTTCAACATGGTTTTAAATTGTGCTATTTTTAGAGATTTCTATGGTATAC	200

BX294386.5	115553	ACAAACAGTGGCTGACTGTAACAGAAATTTAATGGACATTCATGCTGAAA	115602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	201	ACAAACAGTGGCTGACTGTAACAGAAATTTAATGGACATTCATGCTGAAA	250

BX294386.5	115603	TGTAATTGTGATCAGTTATGAAATGCACATATGATATGAGTTCACTGTTT	115652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	251	TGTAATTGTGATCAGTTATGAAATGCACATATGATATGAGTTCACTGTTT	300

BX294386.5	115653	TTCTTTCTCAAATAGTAGAGCAGCAGACCCTCTTCTTCCAAAATCGCATA	115702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	301	TTCTTTCTCAAATAGTAGAGCAGCAGACCCTCTTCTTCCAAAATCGCATA	350

BX294386.5	115703	CTGTCCGAGTAGGTACTACATTTGTAGCTGAACTTTACACCTTTTTTTTC	115752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	351	CTGTCCGAGTAGGTACTACATTTGTAGCTGAACTTTACACCTTTTTTTTC	400

BX294386.5	115753	TGTAAAGTGTTTTCTATATAGTATGAATAAGAGTTTATGAATGGATATAT	115802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	401	TGTAAAGTGTTTTCTATATAGTATGAATAAGAGTTTATGAATGGATATAT	450

BX294386.5	115803	TACATCCACTACATTGTCGTAATCCCATTATCCTACATTAATAAATTCCT	115852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	451	TACATCCACTACATTGTCGTAATCCCATTATCCTACATTAATAAATTCCT	500

BX294386.5	115853	TCCTGTGATTGCAAATTGTCCACTCGATGTGCACTTCAAAGGTAGTAGTA	115902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	501	TCCTGTGATTGCAAATTGTCCACTCGATGTGCACTTCAAAGGTAGTAGTA	550

BX294386.5	115903	TGGTTAGAATAGATCTTAGGTTATATTAGGTTAGATCTTTCCCACTGCTT	115952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	551	TGGTTAGAATAGATCTTAGGTTATATTAGGTTAGATCTTTCCCACTGCTT	600

BX294386.5	115953	TTTTAAAATACTACTTTATGTATGAATGTAGATAAACTACTCAGCTCAAG	116002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	601	TTTTAAAATACTACTTTATGTATGAATGTAGATAAACTACTCAGCTCAAG	650

BX294386.5	116003	CACATTGTTAAGATTTTCAAGGTGTATGACATTTTGAAGTCACTTCATCT	116052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	651	CACATTGTTAAGATTTTCAAGGTGTATGACATTTTGAAGTCACTTCATCT	700

BX294386.5	116053	CCGTTTCTAGTTAGTTTGAAGGCCTTGATTAGCCTAATTAGATCAGTTCA	116102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	701	CCGTTTCTAGTTAGTTTGAAGGCCTTGATTAGCCTAATTAGATCAGTTCA	750

BX294386.5	116103	GTTTAATTAAGAGAATCTCTTTAAATTTCATTTAAAAAATAGTCTCGTAA	116152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	751	GTTTAATTAAGAGAATCTCTTTAAATTTCATTTAAAAAATAGTCTCGTAA	800

BX294386.5	116153	GTGTTGTATGCTGTTTATTTGACTTGAAATTTTCAGTTAGCAACCACCGG	116202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	801	GTGTTGTATGCTGTTTATTTGACTTGAAATTTTCAGTTAGCAACCACCGG	850

BX294386.5	116203	ATGTAGTGTAGGAAACTGCATGGCTTCAATATTGACCTTAATAAAAAAAT	116252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	851	ATGTAGTGTAGGAAACTGCATGGCTTCAATATTGACCTTAATAAAAAAAT	900

BX294386.5	116253	TTTAAAAGATTATTGGTGTCCAAGCCCAGATTTGAGAGAATTGGTGAAAA	116302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	901	TTTAAAAGATTATTGGTGTCCAAGCCCAGATTTGAGAGAATTGGTGAAAA	950

BX294386.5	116303	GAAGACTTGCATCAAGTACATTTTGTGAGATTTGAGGGAGCAGGGATCCA	116352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	951	GAAGACTTGCATCAAGTACATTTTGTGAGATTTGAGGGAGCAGGGATCCA	1000

BX294386.5	116353	ACATTGAGTTAAGACATTACAAATATTACAAGTTCTGTTTTCAAAGAAGT	116402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1001	ACATTGAGTTAAGACATTACAAATATTACAAGTTCTGTTTTCAAAGAAGT	1050

BX294386.5	116403	AACTGATTACTTAATTTTAACTTTCTTACCCTTAATAATTTAACCCACGT	116452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1051	AACTGATTACTTAATTTTAACTTTCTTACCCTTAATAATTTAACCCACGT	1100

BX294386.5	116453	CAATAGTTAGAGCTCTCCTACCCCAGTACTGAGAGACAATGGGAGTATGT	116502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1101	CAATAGTTAGAGCTCTCCTACCCCAGTACTGAGAGACAATGGGAGTATGT	1150

BX294386.5	116503	GTTGTGTACAGTATGATGTATAAACCTGATGTTTACTGTAGCTATAGTTA	116552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1151	GTTGTGTACAGTATGATGTATAAACCTGATGTTTACTGTAGCTATAGTTA	1200

BX294386.5	116553	CTCATTTCATTAGCACAAAAACAAACTCTGAAAAATGTAAAGTAAAAACT	116602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1201	CTCATTTCATTAGCACAAAAACAAACTCTGAAAAATGTAAAGTAAAAACT	1250

BX294386.5	116603	GAGATTTATATGCATATATTGTTTTTCATAAATCCTATTTCTTCATGTAA	116652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1251	GAGATTTATATGCATATATTGTTTTTCATAAATCCTATTTCTTCATGTAA	1300

BX294386.5	116653	TCCAGAAAGGTAGCATTACTAGGAGTTTGTTTGAGCTGTGCCCTCAACTG	116702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1301	TCCAGAAAGGTAGCATTACTAGGAGTTTGTTTGAGCTGTGCCCTCAACTG	1350

BX294386.5	116703	TACAACTTAAGGTTCAACTTGGTTTATTAATTTAACATTTTATTTTTGAT	116752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1351	TACAACTTAAGGTTCAACTTGGTTTATTAATTTAACATTTTATTTTTGAT	1400

BX294386.5	116753	GTTAACAGGCCTTACTTTACAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAGCCTAGCCCA	116802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1401	GTTAACAGGCCTTACTTTACAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAGCCTAGCCCA	1450

BX294386.5	116803	AATTAAACACAAAAGGAAAGTAATACACTTACTTATGTATCCTTAAAGTA	116852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1451	AATTAAACACAAAAGGAAAGTAATACACTTACTTATGTATCCTTAAAGTA	1500

BX294386.5	116853	AGCTAACATACTTAGGTACTTTTTAAGAAGTAATGGAAGATTGTAATTAT	116902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1501	AGCTAACATACTTAGGTACTTTTTAAGAAGTAATGGAAGATTGTAATTAT	1550

BX294386.5	116903	TTACAGTTTCCACAACATTGGTCAGCAGTAGGATAACCTTGATGACTTTA	116952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1551	TTACAGTTTCCACAACATTGGTCAGCAGTAGGATAACCTTGATGACTTTA	1600

BX294386.5	116953	ATGCACATTCTCTATTTCTCAATAGATTATAAATGCTAATCCACATCCTA	117002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1601	ATGCACATTCTCTATTTCTCAATAGATTATAAATGCTAATCCACATCCTA	1650

BX294386.5	117003	TTGCTTTTGTCAAGCTTGTAGTCTGTTGTTTTACATGATCCACCAGCTTC	117052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1651	TTGCTTTTGTCAAGCTTGTAGTCTGTTGTTTTACATGATCCACCAGCTTC	1700

BX294386.5	117053	CTTTTTTTAGGTAAAGGCATAAACATACAGACTCCATTTTGAGAAGGACC	117102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1701	CTTTTTTTAGGTAAAGGCATAAACATACAGACTCCATTTTGAGAAGGACC	1750

BX294386.5	117103	AGGTGGACTCTTGTATCAGCCAAAACTAGACAGACTTTTTCCTCTCTCAC	117152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1751	AGGTGGACTCTTGTATCAGCCAAAACTAGACAGACTTTTTCCTCTCTCAC	1800

BX294386.5	117153	GAAGAGACAGAGGATCTTTTTTGTGCTTTAATGCACTTTAATGGCAGCAT	117202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1801	GAAGAGACAGAGGATCTTTTTTGTGCTTTAATGCACTTTAATGGCAGCAT	1850

BX294386.5	117203	TTGTGCCGGGCCTGAGAGGGAGAAAGAAAGAGAGACCCTTTCATTACAAT	117252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1851	TTGTGCCGGGCCTGAGAGGGAGAAAGAAAGAGAGACCCTTTCATTACAAT	1900

BX294386.5	117253	GTAACGCAGCAAACGCAGAGGTGAGCAGGACTCCATCAGCAAGGAGTGCT	117302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1901	GTAACGCAGCAAACGCAGAGGTGAGCAGGACTCCATCAGCAAGGAGTGCT	1950

BX294386.5	117303	GGGGAGAGAAGAAAGACAGAGAAAGAGAGAGAGATTGGGAGATTGAAGAG	117352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954677.8	1951	GGGGAGAGAAGAAAGACAGAGAAAGAGAGAGAGATTGGGAGATTGAAGAG	2000

Overview

Query
BX294386.5 - 117352 bps
Hit
AL954677.8 - 186836 bps
Total alignments
30
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192020001153531173521120001
298.08441044046340566125043251461
310048984047140568-125049251461
410044903585135940125050251391
510044903585135940-125056251451
686.09621141311613229-132867329811
786.41581032377723879132881329831
877.92602252961929843-135760359901
988.6662972378323879-135984360801
1083.9144871312613212135997360831
1179.3551706001360182-157645578131
1286.961212067322273427179752799581
1389.671382139570395915-179755799671
1499.321061471430314449195132952781
1599.321061477834178487-195132952791
1680.44126364730637342611222241225861
1789.8754799517495252-11222281223061
1896.234753829428299411222591223111
1987.5581043328433387-11222831223941
2083.6851982375923956-11223981225861
2181.1547121831488326811224751225961
2278.61591948294283135-11428951430811
2382.4361160950959525411429501431141
2486.9272129959249605211429791431081
2593.2747104404694057211489551490581
2693431004047140570-11489571490561
279344100404694056811490331491321
2892.9342994047140569-11490341491321
2985.884785957569584011624081624921
3086.0469128959249605111625691626971
Short-link