<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL353626.5	1	GAATTCTTTCCCCATTTCTTGTTGTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22679	GAATTCTTTCCCCATTTCTTGTTGTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATG	22728

AL353626.5	51	GTTGCAGATGTGTGGTATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCCGTTCCATTGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22729	GTTGCAGATGTGTGGTATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCCGTTCCATTGGT	22778

AL353626.5	101	CTATATTTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22779	CTATATTTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCT	22828

AL353626.5	151	TGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCGTCATGCCTCCAGCTTTGTTCTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22829	TGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCGTCATGCCTCCAGCTTTGTTCTTT	22878

AL353626.5	201	TTGCTTAGGATTGACTTGGTGATGCGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22879	TTGCTTAGGATTGACTTGGTGATGCGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAA	22928

AL353626.5	251	CTTAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22929	CTTAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGG	22978

AL353626.5	301	AGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	22979	AGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACG	23028

AL353626.5	351	ATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGTAATGTTCTTCCATTTGTCTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23029	ATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGTAATGTTCTTCCATTTGTCTGT	23078

AL353626.5	401	ATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23079	ATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGT	23128

AL353626.5	451	CCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23129	CCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAA	23178

AL353626.5	501	GCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCGCTCTGTTTGTCTGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23179	GCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCGCTCTGTTTGTCTGTT	23228

AL353626.5	551	GTTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23229	GTTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTC	23278

AL353626.5	601	AGACTTTGTTGAAGTTGCTTATGAGCTTAAGAAGATTTTGGGCTGAGACG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23279	AGACTTTGTTGAAGTTGCTTATGAGCTTAAGAAGATTTTGGGCTGAGACG	23328

AL353626.5	651	ATGGGGTTTTCTAAATATACAATCATGTCATCTTCAAACAGGGACAATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23329	ATGGGGTTTTCTAAATATACAATCATGTCATCTTCAAACAGGGACAATTT	23378

AL353626.5	701	GACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATAATCTTTATTTCTTTCTCCTGCCTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23379	GACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATAATCTTTATTTCTTTCTCCTGCCTTA	23428

AL353626.5	751	TTGCCCTGGCCAGAACTTCCAGCACTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23429	TTGCCCTGGCCAGAACTTCCAGCACTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGA	23478

AL353626.5	801	GGACATCCCTGTCTTGTGCCAGATTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23479	GGACATCCCTGTCTTGTGCCAGATTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTG	23528

AL353626.5	851	CCCATTCAGTATGAAACTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23529	CCCATTCAGTATGAAACTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTA	23578

AL353626.5	901	TTTTGAGATACATCCCATCAATACCTAATTTTTTGAGAGTTTTTAGCATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23579	TTTTGAGATACATCCCATCAATACCTAATTTTTTGAGAGTTTTTAGCATG	23628

AL353626.5	951	AAGCATTGTTGAATTTTCTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23629	AAGCATTGTTGAATTTTCTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAAT	23678

AL353626.5	1001	CATGTGGTTTTTGTCATTGGTTCTGTTTATATGCTGGATTACATTTATTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23679	CATGTGGTTTTTGTCATTGGTTCTGTTTATATGCTGGATTACATTTATTG	23728

AL353626.5	1051	ATTTGCGTATGTTGAACCAGCCTTGTATCCCAGGGATGAAGCCCACTTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23729	ATTTGCGTATGTTGAACCAGCCTTGTATCCCAGGGATGAAGCCCACTTGA	23778

AL353626.5	1101	TCATGGTGGATAAGTTTTTTGAGGTGCTGCTTGATTTGGTTTGCCAGTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23779	TCATGGTGGATAAGTTTTTTGAGGTGCTGCTTGATTTGGTTTGCCAGTAT	23828

AL353626.5	1151	TTTATTGAGGATTTTTGCATTGATGTTCATCAGGGATATTGGTATAAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23829	TTTATTGAGGATTTTTGCATTGATGTTCATCAGGGATATTGGTATAAAAT	23878

AL353626.5	1201	TCTCTTTTTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGGATGATGCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23879	TCTCTTTTTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGGATGATGCTG	23928

AL353626.5	1251	GCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGATTCCCTCTTTTTCTACTGATTGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23929	GCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGATTCCCTCTTTTTCTACTGATTGGAA	23978

AL353626.5	1301	TAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCTTTGTACCTCTGGTAGAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	23979	TAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCTTTGTACCTCTGGTAGAATT	24028

AL353626.5	1351	CAGCTGTGAATCCATCTGGTCCTGGACTTTTTTTGGTTTATGTCCAATCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24029	CAGCTGTGAATCCATCTGGTCCTGGACTTTTTTTGGTTTATGTCCAATCA	24078

AL353626.5	1401	TAAATTTATATCCAGAATACATGAAGATTTGTAGGAAATTTTTATATATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24079	TAAATTTATATCCAGAATACATGAAGATTTGTAGGAAATTTTTATATATT	24128

AL353626.5	1451	CTGGATATAGGTTTTTGATTGGACCTAAACATTGCAGATATCTTCTCCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24129	CTGGATATAGGTTTTTGATTGGACCTAAACATTGCAGATATCTTCTCCCA	24178

AL353626.5	1501	ATTTAACTTGTCTTTTCTTTCTCTTAATGGTGACTTCGTTAATACCAATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24179	ATTTAACTTGTCTTTTCTTTCTCTTAATGGTGACTTCGTTAATACCAATT	24228

AL353626.5	1551	TCTTAATTTTAATGTAGTTCAATTTATCAGACTTTTTCTGTGTAGTTAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24229	TCTTAATTTTAATGTAGTTCAATTTATCAGACTTTTTCTGTGTAGTTAAC	24278

AL353626.5	1601	GCTTATTTAGTCTTGCTTAAGAAATTTTTGTCTACCCCATTGTCATAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24279	GCTTATTTAGTCTTGCTTAAGAAATTTTTGTCTACCCCATTGTCATAAAG	24328

AL353626.5	1651	ATATTCTTCTATGTTACAGAAGCTTTTTTTTAAAATTTTTAACATTTCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24329	ATATTCTTCTATGTTACAGAAGCTTTTTTTTAAAATTTTTAACATTTCAG	24378

AL353626.5	1701	ATTGAGCTTTATAACCCACCTACGATTGACTTTTGTTTGTGACACAAGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24379	ATTGAGCTTTATAACCCACCTACGATTGACTTTTGTTTGTGACACAAGAC	24428

AL353626.5	1751	AAGGGTTAAAGTCTTTTATTCTCCCATATTGATATCTAAATTATCTACCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24429	AAGGGTTAAAGTCTTTTATTCTCCCATATTGATATCTAAATTATCTACCA	24478

AL353626.5	1801	CCATTTATTGAGAAGATTATTATTTCCTCACTGCACTGCAGTTTCACCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24479	CCATTTATTGAGAAGATTATTATTTCCTCACTGCACTGCAGTTTCACCCT	24528

AL353626.5	1851	TGTCATAAATCAGGTGATGGTGTAAGTATGAGTTTGTTTTTTGTTTCTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24529	TGTCATAAATCAGGTGATGGTGTAAGTATGAGTTTGTTTTTTGTTTCTCT	24578

AL353626.5	1901	ATTTGTATGTCCTGCTAATACCATCTTATTTTAATTGTAATAAAGTTGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24579	ATTTGTATGTCCTGCTAATACCATCTTATTTTAATTGTAATAAAGTTGGA	24628

AL353626.5	1951	GACATCTGATGGTATACATTCTTGAGCTCTGTTCTTCTTCAGGACTTTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954185.6	24629	GACATCTGATGGTATACATTCTTGAGCTCTGTTCTTCTTCAGGACTTTCT	24678

Overview

Query
AL353626.5 - 176470 bps
Hit
AL954185.6 - 24678 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001902200012000122679246781
281.53103250579560441440946571
383.391352784513145408-1441046861
485.8714226941808420761442346911
584.5115230179448244-1741477101
681.731232914977650066-1741677051
787.64150253578760391741976691
880.831072973673637032-1742477101
985.5715128543299435831742677091
1084.8614228837271375581742777101
1185.231612975351153807113595138921
1283.931382774513245408114731150101
1387.681292094886849076-114806150161
1483.811433054329943603-120329206431
1584.441432993727137569-120341206421
1681.461142915488555175-120342206431
1785.26160304141810142113-120342206531
1883.7214530179418241120346206521
1983.9912024857946041-120388206431
2081.571022464981050055120388206421
2191.84175924857256375047-121426239001
2290.9517992637143441146077-121437240661
Short-link