<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX571765.6	2000	GAATTCCTCTTATATTGTTTCTCTACTGCATCTAAATGGAAAATTCAGTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1	GAATTCCTCTTATATTGTTTCTCTACTGCATCTAAATGGAAAATTCAGTA	50

C  BX571765.6	1950	TACAATATTAAAATATTGCATACATGCCATACTGCATATCATTTTTAAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	51	TACAATATTAAAATATTGCATACATGCCATACTGCATATCATTTTTAAAA	100

C  BX571765.6	1900	TACAGTATAAAATAATAATATACAATACTGTATGTAAAAATATGCTGATT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	101	TACAGTATAAAATAATAATATACAATACTGTATGTAAAAATATGCTGATT	150

C  BX571765.6	1850	GCAGATTGCTGTTATATTTTTCATGTTTAACATTATGCATTTTACAATCT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	151	GCAGATTGCTGTTATATTTTTCATGTTTAACATTATGCATTTTACAATCT	200

C  BX571765.6	1800	CAGGAAAATGGTTATTTTGTTATTTATGGTATACAAATATACTCACACTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	201	CAGGAAAATGGTTATTTTGTTATTTATGGTATACAAATATACTCACACTT	250

C  BX571765.6	1750	TTGAAATATTTCCATTGCAATATTTAGTAATTATTAAGAAGTAGTATGTA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	251	TTGAAATATTTCCATTGCAATATTTAGTAATTATTAAGAAGTAGTATGTA	300

C  BX571765.6	1700	CTGGTCAAATACTGCACATTTTGGCAAAAGTCATTTGAACATTCAAATTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	301	CTGGTCAAATACTGCACATTTTGGCAAAAGTCATTTGAACATTCAAATTA	350

C  BX571765.6	1650	ATGTGAAAAAAGTGCATAGTAAACAATGCATAACCTGTTGCATTCCTTGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	351	ATGTGAAAAAAGTGCATAGTAAACAATGCATAACCTGTTGCATTCCTTGT	400

C  BX571765.6	1600	AGGAGTAATAAGGTAGTTTGCTATTGTGAACATAGCCATGCTAAAGCTGA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	401	AGGAGTAATAAGGTAGTTTGCTATTGTGAACATAGCCATGCTAAAGCTGA	450

C  BX571765.6	1550	AAACAGTCACATGGTTAGTGTACAGCAGACATTGAACATTACAGGACATT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	451	AAACAGTCACATGGTTAGTGTACAGCAGACATTGAACATTACAGGACATT	500

C  BX571765.6	1500	CCCACCAAGAATGATAACTATAAATGTGATTATAAAAATTAGTATTCACA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	501	CCCACCAAGAATGATAACTATAAATGTGATTATAAAAATTAGTATTCACA	550

C  BX571765.6	1450	CCAAAGCATTCTCTTTTTCAGATTTTTACAACGCCAAAAAAGAGAGAACA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	551	CCAAAGCATTCTCTTTTTCAGATTTTTACAACGCCAAAAAAGAGAGAACA	600

C  BX571765.6	1400	CTTTGCAGGATTCAGTGAAGCCAGAATAAAAAATGTGATATTCCTAATAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	601	CTTTGCAGGATTCAGTGAAGCCAGAATAAAAAATGTGATATTCCTAATAT	650

C  BX571765.6	1350	GGTATTGTTTTCTGGGGCAGTTTTACTCTTATGTGTTAAATTATTTAAAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	651	GGTATTGTTTTCTGGGGCAGTTTTACTCTTATGTGTTAAATTATTTAAAA	700

C  BX571765.6	1300	TAATTAATTGCACACATCAAGTTTGAGCTAGGTTGCACAGTGGCGCAGTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	701	TAATTAATTGCACACATCAAGTTTGAGCTAGGTTGCACAGTGGCGCAGTG	750

C  BX571765.6	1250	GGTAGCATGGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGTTGATTTGAGCCTCGGCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	751	GGTAGCATGGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGTTGATTTGAGCCTCGGCT	800

C  BX571765.6	1200	GGGTCAGTTGGCATTTCTGTGAATGAATGAACTTTGAACTAAGTTTTTAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	801	GGGTCAGTTGGCATTTCTGTGAATGAATGAACTTTGAACTAAGTTTTTAA	850

C  BX571765.6	1150	GTTATACAATAAATGCCAGTTTATAAATGCCAACAAAATGCAGCCGTGAC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	851	GTTATACAATAAATGCCAGTTTATAAATGCCAACAAAATGCAGCCGTGAC	900

C  BX571765.6	1100	ACAGAAACTGCATATTTAATGCCAGTGATGACATGTATGCATTCACACTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	901	ACAGAAACTGCATATTTAATGCCAGTGATGACATGTATGCATTCACACTA	950

C  BX571765.6	1050	CAGTTACAACTGAATAAACAATGTTATGAAGTGTTAAATATTAAAAATGA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	951	CAGTTACAACTGAATAAACAATGTTATGAAGTGTTAAATATTAAAAATGA	1000

C  BX571765.6	1000	GGAATTTCAATATGAAGCAAAAACCCTGAACAGGTGAATGCCGAATCACA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1001	GGAATTTCAATATGAAGCAAAAACCCTGAACAGGTGAATGCCGAATCACA	1050

C  BX571765.6	950	GTCTAAATGAGTCACTGAATTTAACTAATCTGTTCAAAAAGAGCAATTCA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1051	GTCTAAATGAGTCACTGAATTTAACTAATCTGTTCAAAAAGAGCAATTCA	1100

C  BX571765.6	900	CTCAGAAACAAACCAAGTGACTCTTTACAATTAACTTAATCTGTGAGTCA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1101	CTCAGAAACAAACCAAGTGACTCTTTACAATTAACTTAATCTGTGAGTCA	1150

C  BX571765.6	850	ATGAATTAGTTACTTTAACTGCTGCTTTCAAAACTGCTGATTCATTCATA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1151	ATGAATTAGTTACTTTAACTGCTGCTTTCAAAACTGCTGATTCATTCATA	1200

C  BX571765.6	800	AATGAAGCAAGTGGCTGTCTTTATGAATGGCTTACTGAATCCTTCATCCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1201	AATGAAGCAAGTGGCTGTCTTTATGAATGGCTTACTGAATCCTTCATCCA	1250

C  BX571765.6	750	CCCAATTCGTTCAAAAATGCTGAATCATTCCAGAAGAAATCAGCGGAAAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1251	CCCAATTCGTTCAAAAATGCTGAATCATTCCAGAAGAAATCAGCGGAAAA	1300

C  BX571765.6	700	CAAATGAATAAATCTTTTAAATCTCTTAATTTTGACAATTGATTGGTGTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1301	CAAATGAATAAATCTTTTAAATCTCTTAATTTTGACAATTGATTGGTGTG	1350

C  BX571765.6	650	GGAATTACATCAGAATCTGGAAAAAAAGAAATATAAACTCTCCATTGGAC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1351	GGAATTACATCAGAATCTGGAAAAAAAGAAATATAAACTCTCCATTGGAC	1400

C  BX571765.6	600	AATCATAAAAGAACCAATGGCAGATTATTTCTGGGGTGGTTCTTGTGTCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1401	AATCATAAAAGAACCAATGGCAGATTATTTCTGGGGTGGTTCTTGTGTCA	1450

C  BX571765.6	550	TGCCTGCCTCACCCTCTATATACTGTATTTCAAAAATAGTGGCTAAAATG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1451	TGCCTGCCTCACCCTCTATATACTGTATTTCAAAAATAGTGGCTAAAATG	1500

C  BX571765.6	500	AATATTGCTCAATAATAACTTCAACATAACATATAGCCACCATTGGAATA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1501	AATATTGCTCAATAATAACTTCAACATAACATATAGCCACCATTGGAATA	1550

C  BX571765.6	450	AGTAAGATAATACAAATTTAAAAAAAATATAGCGATCAACTGAAGTTAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1551	AGTAAGATAATACAAATTTAAAAAAAATATAGCGATCAACTGAAGTTAAT	1600

C  BX571765.6	400	GTTTCATGACAGACATAAAACTAGCCGGTTACTTCTCATTATCTCAAATA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1601	GTTTCATGACAGACATAAAACTAGCCGGTTACTTCTCATTATCTCAAATA	1650

C  BX571765.6	350	TATATTTTTAATTGTCATCGGCCACTTTAAACACTCAAAATCTTTAATGC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1651	TATATTTTTAATTGTCATCGGCCACTTTAAACACTCAAAATCTTTAATGC	1700

C  BX571765.6	300	TGAGTGTATTCTGATTGGCTGTCAGAATTTTATTATGTGATCCCAACAAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1701	TGAGTGTATTCTGATTGGCTGTCAGAATTTTATTATGTGATCCCAACAAT	1750

C  BX571765.6	250	AATGTTATTATTGTTATAAATTCTTTAGGAATCTAAACAAATTAGGACGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1751	AATGTTATTATTGTTATAAATTCTTTAGGAATCTAAACAAATTAGGACGA	1800

C  BX571765.6	200	TTGTTAAAATGTGCTAGTTATCATCCCTGGTGTGAAATAGCCTTCACTGT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1801	TTGTTAAAATGTGCTAGTTATCATCCCTGGTGTGAAATAGCCTTCACTGT	1850

C  BX571765.6	150	ATAAACCTGTGTGTAGAGCTCAGAGTTGTGAATCTGCCCCCAGTGTGTTC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1851	ATAAACCTGTGTGTAGAGCTCAGAGTTGTGAATCTGCCCCCAGTGTGTTC	1900

C  BX571765.6	100	AAATCATCTCGGTTATATTTATCTGCCCCGGTGCGGAAGCTGGCTGTGAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1901	AAATCATCTCGGTTATATTTATCTGCCCCGGTGCGGAAGCTGGCTGTGAT	1950

C  BX571765.6	50	CTCTTCAAACGACCGGCCTTTGGTCTCAGGAACTTTGAAGTAGGTGAAGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954133.5	1951	CTCTTCAAACGACCGGCCTTTGGTCTCAGGAACTTTGAAGTAGGTGAAGA	2000

Overview

Query
BX571765.6 - 147933 bps
Hit
AL954133.5 - 206373 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001912200012000-1120001
286.121933433026930611114630149751
386.79911581687517032-114794149521
488.74931502702127170-150434505841
587.941201982433024527-158768589661
691.87871212705527175167235673571
784.041713644577846141-167835681911
880.261103221460214923-167837681501
985.71831551687617030167854680071
1078.081044895670457192-177506779931
1184.321844531529915751177522779931
1278.3882384126443126826177588779801
1384.7294205133521133725177757779591
1497.07924106613998714105211591121601681
1597.34405452147482147933-11597191601681
1690.35149221303773059711926721928991
1788.48135217147011491711926841929001
1888.18118195459324612611926921928941
1989.7493156109744109899-11931231932781
2082.141523582681927176-11953971957601
2185.97841623064730808-11985181986881
2286.16871582701927176-11985221986801
Short-link