<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX324133.12	127130	TGTAACGGAATTAGTTATTGTTCCTTATTACCAGAGTGTTTTTTTCAAGC	127081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161507	TGTAACGGAATTAGTTATTGTTCCTTATTACCAGAGTGTTTTTTTCAAGC	161556

C  BX324133.12	127080	GACATCACATGAAATTCCCCGAAAATCCCATTGAACACACATTTTAATTT	127031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161557	GACATCACATGAAATTCCCCGAAAATCCCATTGAACACACATTTTAATTT	161606

C  BX324133.12	127030	CATTTTTATAGCTTAATCGTGTAGAAGGCAGCGTAAATAATCCAATGGGA	126981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161607	CATTTTTATAGCTTAATCGTGTAGAAGGCAGCGTAAATAATCCAATGGGA	161656

C  BX324133.12	126980	TTAGGTCATGTTTTTTTTTGTCTTTTCAAATACTCTCATTTTAGGCTCTT	126931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161657	TTAGGTCATGTTTTTTTTTGTCTTTTCAAATACTCTCATTTTAGGCTCTT	161706

C  BX324133.12	126930	AAGAAATCATCTAACACTGTTGCTCTCTATGTAACAGAATGAGCAGAGAT	126881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161707	AAGAAATCATCTAACACTGTTGCTCTCTATGTAACAGAATGAGCAGAGAT	161756

C  BX324133.12	126880	GATTGACACACAAACAATTACGAGCAAGCCACATAGCGGAACACAGGCCT	126831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161757	GATTGACACACAAACAATTACGAGCAAGCCACATAGCGGAACACAGGCCT	161806

C  BX324133.12	126830	TCTGGTCCAGTCATATTTAATCATACTGTATATGTCCTACGTGGACTACA	126781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161807	TCTGGTCCAGTCATATTTAATCATACTGTATATGTCCTACGTGGACTACA	161856

C  BX324133.12	126780	TAAATGTAGGATAAATTGAAGAAATGAGACCTTTCTCGCTGTCCAGATGT	126731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161857	TAAATGTAGGATAAATTGAAGAAATGAGACCTTTCTCGCTGTCCAGATGT	161906

C  BX324133.12	126730	TCTCCAACTGAAGATTTAAGAGATGTAATAGGAGTTATTGATTAACAATT	126681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161907	TCTCCAACTGAAGATTTAAGAGATGTAATAGGAGTTATTGATTAACAATT	161956

C  BX324133.12	126680	ATTCTAATATACTTATTGTGAATTAAATTCTGCTCTAAATCCTTCCCAAT	126631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	161957	ATTCTAATATACTTATTGTGAATTAAATTCTGCTCTAAATCCTTCCCAAT	162006

C  BX324133.12	126630	AATCCTCCTTACAGCATCACATGTATACCATGTGTGTGAAAAAGTGCATA	126581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162007	AATCCTCCTTACAGCATCACATGTATACCATGTGTGTGAAAAAGTGCATA	162056

C  BX324133.12	126580	TGAAGAGAGTAGGGGGGAAGTCACATTATTATAGCCATTTTTCAGTTTTT	126531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162057	TGAAGAGAGTAGGGGGGAAGTCACATTATTATAGCCATTTTTCAGTTTTT	162106

C  BX324133.12	126530	TAAGATTTAGGCAAAGCATTTACAGATGTATTTGAAAAAATGGATGAAGA	126481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162107	TAAGATTTAGGCAAAGCATTTACAGATGTATTTGAAAAAATGGATGAAGA	162156

C  BX324133.12	126480	TTTTTAACTAGAGCCCAGTCTGAAAGCATTTCATGGATCAGAAGAGTTCC	126431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162157	TTTTTAACTAGAGCCCAGTCTGAAAGCATTTCATGGATCAGAAGAGTTCC	162206

C  BX324133.12	126430	TATAACTAATAATTATGAAGTATAAGTCCAATTACATTTTAAGTCTTACA	126381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162207	TATAACTAATAATTATGAAGTATAAGTCCAATTACATTTTAAGTCTTACA	162256

C  BX324133.12	126380	TGTTTTTACAATTATTACATGTTTGTAAAACCTAAATTAAGATAAATGGC	126331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162257	TGTTTTTACAATTATTACATGTTTGTAAAACCTAAATTAAGATAAATGGC	162306

C  BX324133.12	126330	AGTTTCTATGGCTTTTCTATTAATCAATTTACACATTTTAAGACTAATAA	126281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162307	AGTTTCTATGGCTTTTCTATTAATCAATTTACACATTTTAAGACTAATAA	162356

C  BX324133.12	126280	TAATTACATTGTCTATTAAAATGATGCATTCACCCAATTTTTTTGTATGA	126231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162357	TAATTACATTGTCTATTAAAATGATGCATTCACCCAATTTTTTTGTATGA	162406

C  BX324133.12	126230	CTTCTAATAGAAAAGCTGTAGCATCAATATTGAAAGCTGCATGTTTTTAA	126181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162407	CTTCTAATAGAAAAGCTGTAGCATCAATATTGAAAGCTGCATGTTTTTAA	162456

C  BX324133.12	126180	AAACTCAGACCATTAAACTAAAAAACTATAATAAAAAAGTGCACTTTACC	126131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162457	AAACTCAGACCATTAAACTAAAAAACTATAATAAAAAAGTGCACTTTACC	162506

C  BX324133.12	126130	ATTATTTTCATGTTCATGCAAAAAAAAAAACTGTTTCTCAAGGGAGAAAC	126081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162507	ATTATTTTCATGTTCATGCAAAAAAAAAAACTGTTTCTCAAGGGAGAAAC	162556

C  BX324133.12	126080	AAAGCTATGTATTTGTCCTTAGTAACGGTAACAGCCCTGAGATTTCCCAT	126031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162557	AAAGCTATGTATTTGTCCTTAGTAACGGTAACAGCCCTGAGATTTCCCAT	162606

C  BX324133.12	126030	GATGCTCTGCTCCACGTTAAAACCCTCATCCAGACTCTCATTTGTTATGG	125981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162607	GATGCTCTGCTCCACGTTAAAACCCTCATCCAGACTCTCATTTGTTATGG	162656

C  BX324133.12	125980	ATGGCATTAGCCTGTTCAAATCCAATTCTCATCCACCAACATACTACCTT	125931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162657	ATGGCATTAGCCTGTTCAAATCCAATTCTCATCCACCAACATACTACCTT	162706

C  BX324133.12	125930	TTATAGATGGAAAATAAAAGGATAAAGCAGCTAATGCCTTTTTGATTCAT	125881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162707	TTATAGATGGAAAATAAAAGGATAAAGCAGCTAATGCCTTTTTGATTCAT	162756

C  BX324133.12	125880	TATATAATGTTTTTTTTTTTTTCTGAGAGCAGACCAGGGAAATTATAATA	125831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162757	TATATAATGTTTTTTTTTTTTTCTGAGAGCAGACCAGGGAAATTATAATA	162806

C  BX324133.12	125830	ATAATAATGGAATAATTTAAATAAATTTACTTTAGTTAATGTGCTCTGCG	125781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162807	ATAATAATGGAATAATTTAAATAAATTTACTTTAGTTAATGTGCTCTGCG	162856

C  BX324133.12	125780	TGGGCTGGCTAATCTGAAGGAAATGTTCCGTAAACCACAAAACAGGGAGA	125731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162857	TGGGCTGGCTAATCTGAAGGAAATGTTCCGTAAACCACAAAACAGGGAGA	162906

C  BX324133.12	125730	ATCCCAACTAAAAGCAAATCCTCTTTGAATCTCTTAACAACAATCACTTT	125681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162907	ATCCCAACTAAAAGCAAATCCTCTTTGAATCTCTTAACAACAATCACTTT	162956

C  BX324133.12	125680	AGTTCATTTGGACAAACAATGTGTGTGTGTGAGAGAAGAAATATATGCAT	125631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	162957	AGTTCATTTGGACAAACAATGTGTGTGTGTGAGAGAAGAAATATATGCAT	163006

C  BX324133.12	125630	ATCATCTGTCCCTCCAAACATGAAAGCCTGAAACACTTGTGTAGGGTTTA	125581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163007	ATCATCTGTCCCTCCAAACATGAAAGCCTGAAACACTTGTGTAGGGTTTA	163056

C  BX324133.12	125580	GCTTGTATAAAGCTGAGGAAACCTATATGCAAATAGACTGAATTTGGCTA	125531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163057	GCTTGTATAAAGCTGAGGAAACCTATATGCAAATAGACTGAATTTGGCTA	163106

C  BX324133.12	125530	AAGTCTGTACACTTCAAAAAGAAAGGTTATTTGCATGTAACAGTTCCATT	125481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163107	AAGTCTGTACACTTCAAAAAGAAAGGTTATTTGCATGTAACAGTTCCATT	163156

C  BX324133.12	125480	AGAACTATATCATCCTGAAAAAAAAAGCTTTTATGCTAAAATGGTTCTTT	125431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163157	AGAACTATATCATCCTGAAAAAAAAAGCTTTTATGCTAAAATGGTTCTTT	163206

C  BX324133.12	125430	GTATGAGTTTAGTTTTTATTTTCCCACTTTTTGTTTTTCAAATCTGTAAC	125381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163207	GTATGAGTTTAGTTTTTATTTTCCCACTTTTTGTTTTTCAAATCTGTAAC	163256

C  BX324133.12	125380	AAAGCAGATCATTTCTGAGTTTTTGGAGCTCAACCATCAACTATACACAG	125331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163257	AAAGCAGATCATTTCTGAGTTTTTGGAGCTCAACCATCAACTATACACAG	163306

C  BX324133.12	125330	ACTGTCAACTTTCTCTCAACAGCTATTAAAATGTCTACATTTTAACTTTT	125281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163307	ACTGTCAACTTTCTCTCAACAGCTATTAAAATGTCTACATTTTAACTTTT	163356

C  BX324133.12	125280	AAAATGTAACCTGTATACCAATGGTGTATTTTATGTCTGTTTTTAACAGA	125231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163357	AAAATGTAACCTGTATACCAATGGTGTATTTTATGTCTGTTTTTAACAGA	163406

C  BX324133.12	125230	ACATGCTACTAGCCCTGTTCAGATTTCTCTCGTAGGGCAAGTAACAGAGA	125181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163407	ACATGCTACTAGCCCTGTTCAGATTTCTCTCGTAGGGCAAGTAACAGAGA	163456

C  BX324133.12	125180	TATTGAATTTATGCTTTTTATAAACCCTTTAAAAAACCCAGCTAGAATTC	125131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953905.8	163457	TATTGAATTTATGCTTTTTATAAACCCTTTAAAAAACCCAGCTAGAATTC	163506

Overview

Query
BX324133.12 - 127130 bps
Hit
AL953905.8 - 163506 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019052000125131127130-11615071635061
287.4116228016544168231683371021
380.25922511191301193801683470761
486.981001707964879817184743849111
583.23791666352363688-184746849121
691.46893110445110537184820849121
778.1414653551485682185800863251
883.692085176965570171199105996131
984.92064731306213534-199169996251
1084.28681675475054916-199413995711
111004287245192460511176921177781
1297.9571146245182466311177791179241
1383.97661326812968260-11181801183101
1489.5685134794017953411181811183141
1589.347812310660510672711181831183041
1610043889658796674-11325721326591
171004287965869667211325731326591
18100438810927110935811325741326611
1984.994213334923370411393941396051
2082.44124378696927006911394351398101
211004898109270109367-11444771445741
22100479710926910936511444781445741
2389.355296336043369911503311504241
Short-link