<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL837515.9	153980	GAATTCAGCCGCAGCCTCGCCAAAATCGAGCCTGAATTCCCGCAAAAACG	153931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	194774	GAATTCAGCCGCAGCCTCGCCAAAATCGAGCCTGAATTCCCGCAAAAACG	194823

C  AL837515.9	153930	CCGGTGCTGCCCACCAGCTCTTCCATCTCCTCTTCAAACTGTCTCACGCA	153881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	194824	CCGGTGCTGCCCACCAGCTCTTCCATCTCCTCTTCAAACTGTCTCACGCA	194873

C  AL837515.9	153880	AACGCAGTCCACAACTCCACCTAAACTCTCTAGGCGTCAACGATCCAAAA	153831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	194874	AACGCAGTCCACAACTCCACCTAAACTCTCTAGGCGTCAACGATCCAAAA	194923

C  AL837515.9	153830	CATCGCAAAAGTCTAGCTCACTGCTTCCTAGCGGTGCACCCTCGGTAACG	153781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	194924	CATCGCAAAAGTCTAGCTCACTGCTTCCTAGCGGTGCACCCTCGGTAACG	194973

C  AL837515.9	153780	TATAGTACGCTTTTAAGGGGAAGCATCGCGGAAACAACTAATCCCCATCA	153731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	194974	TATAGTACGCTTTTAAGGGGAAGCATCGCGGAAACAACTAATCCCCATCA	195023

C  AL837515.9	153730	AAGACTAAACCTATTTACAAATCTTTTAAAAACAAGACTTGCGTGATTAG	153681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195024	AAGACTAAACCTATTTACAAATCTTTTAAAAACAAGACTTGCGTGATTAG	195073

C  AL837515.9	153680	AAGATTCATAAGAACTCACCCTTCAAGCCCGTCCACAAATCCATAAGTAA	153631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195074	AAGATTCATAAGAACTCACCCTTCAAGCCCGTCCACAAATCCATAAGTAA	195123

C  AL837515.9	153630	ATCACTGCAAAGATCACGACATTAATCCACGACATATTGATATGTCGATG	153581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195124	ATCACTGCAAAGATCACGACATTAATCCACGACATATTGATATGTCGATG	195173

C  AL837515.9	153580	GACCGCGCTGTTATCATCCAAACTAGTAGCTGGTGTGCCGCAGTGTCTTC	153531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195174	GACCGCGCTGTTATCATCCAAACTAGTAGCTGGTGTGCCGCAGTGTCTTC	195223

C  AL837515.9	153530	TCACAACACTGGTAAACAAACTTAGCCTCCGATCTTGATTGACGCCCCAT	153481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195224	TCACAACACTGGTAAACAAACTTAGCCTCCGATCTTGATTGACGCCCCAT	195273

C  AL837515.9	153480	CGAGCCAATAGCGAAGGAGCAGCGCCCTCATCCAATGCGCTTTTAAAACT	153431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195274	CGAGCCAATAGCGAAGGAGCAGCGCCCTCATCCAATGCGCTTTTAAAACT	195323

C  AL837515.9	153430	CGATATGGTTCCGCCCTCTCAACAATTCATGAATGAACCCAGCCATAAAA	153381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195324	CGATATGGTTCCGCCCTCTCAACAATTCATGAATGAACCCAGCCATAAAA	195373

C  AL837515.9	153380	GACTCGTGAATGAACTGAGACAGACATGCTTGCAAATTAAGTTAAGATTA	153331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195374	GACTCGTGAATGAACTGAGACAGACATGCTTGCAAATTAAGTTAAGATTA	195423

C  AL837515.9	153330	AGAATTTTAGAAGTTAAGATTCCTAACATGTATTTAAAATTAAGTAAAGC	153281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195424	AGAATTTTAGAAGTTAAGATTCCTAACATGTATTTAAAATTAAGTAAAGC	195473

C  AL837515.9	153280	CATAACTAACATTCCATTCATACAGTTTCAACTAAGTAGTGAATTAAGCG	153231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195474	CATAACTAACATTCCATTCATACAGTTTCAACTAAGTAGTGAATTAAGCG	195523

C  AL837515.9	153230	TTTGATGTTGGGATTTGATATAATAAATAAATAAATTGACAAATAATAAT	153181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195524	TTTGATGTTGGGATTTGATATAATAAATAAATAAATTGACAAATAATAAT	195573

C  AL837515.9	153180	AAATGAATTAATAAATAATAATAATAAATAAATAAAATAAATAAAACACC	153131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195574	AAATGAATTAATAAATAATAATAATAAATAAATAAAATAAATAAAACACC	195623

C  AL837515.9	153130	TCTGCCGGATCTGATAGCATTTAACTTCTGTAAAGACTACTACCCAACCA	153081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195624	TCTGCCGGATCTGATAGCATTTAACTTCTGTAAAGACTACTACCCAACCA	195673

C  AL837515.9	153080	GTGAGAATTTAACACAAAAGTCCAATCGTAATACGTCAATGACCCATACT	153031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195674	GTGAGAATTTAACACAAAAGTCCAATCGTAATACGTCAATGACCCATACT	195723

C  AL837515.9	153030	TGCATATACAGTGCCATATGTAACTTTATAATGGCACGCCGGCTGGAGGT	152981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195724	TGCATATACAGTGCCATATGTAACTTTATAATGGCACGCCGGCTGGAGGT	195773

C  AL837515.9	152980	GAAAATGGTAAAGAAACTAACTTTCGCTTGACTGCATGAATAGGACATTT	152931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195774	GAAAATGGTAAAGAAACTAACTTTCGCTTGACTGCATGAATAGGACATTT	195823

C  AL837515.9	152930	AAATAAATCTTCAAGAAGAATTTCTAGGACCACCAGACAAGCTACACCCC	152881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195824	AAATAAATCTTCAAGAAGAATTTCTAGGACCACCAGACAAGCTACACCCC	195873

C  AL837515.9	152880	ATATCCCCAGCTCTGCATCCACCTGCTATCCTGTGGGGGAACAAATGCCC	152831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195874	ATATCCCCAGCTCTGCATCCACCTGCTATCCTGTGGGGGAACAAATGCCC	195923

C  AL837515.9	152830	ACCTCGATCATCCTCGCGGACTGCGACAACGAAGCTCACAATTGTCCATG	152781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195924	ACCTCGATCATCCTCGCGGACTGCGACAACGAAGCTCACAATTGTCCATG	195973

C  AL837515.9	152780	CTCTTATTAAGATGCCTTGCATTAGATATCAGCTAAAACAATTTTGTCAT	152731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	195974	CTCTTATTAAGATGCCTTGCATTAGATATCAGCTAAAACAATTTTGTCAT	196023

C  AL837515.9	152730	GTTTGCTATACATGTATCATGTTGTAAATTAAATTTCTGATTTTTCTTGT	152681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196024	GTTTGCTATACATGTATCATGTTGTAAATTAAATTTCTGATTTTTCTTGT	196073

C  AL837515.9	152680	TTCTCATTCCAGACATTAGGACAGCCGGCCCAGAAGCTGACCTTCATCCA	152631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196074	TTCTCATTCCAGACATTAGGACAGCCGGCCCAGAAGCTGACCTTCATCCA	196123

C  AL837515.9	152630	ACCTATTACACTCCACATCCATTCCAAATGGAATCACAATCTACACAAGG	152581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196124	ACCTATTACACTCCACATCCATTCCAAATGGAATCACAATCTACACAAGG	196173

C  AL837515.9	152580	ATGCATTTCCAATCATACAGCCCACATCCATAATGCCATATTCACACTAG	152531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196174	ATGCATTTCCAATCATACAGCCCACATCCATAATGCCATATTCACACTAG	196223

C  AL837515.9	152530	TCTTCGGGTTTTGAGATTCTCTGAATTACCATCAGTTGCAATCCCACAAT	152481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196224	TCTTCGGGTTTTGAGATTCTCTGAATTACCATCAGTTGCAATCCCACAAT	196273

C  AL837515.9	152480	CCACCTCACCATATCTGATCTGACTGGAGGAACACTATCTCTCTCCATTA	152431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196274	CCACCTCACCATATCTGATCTGACTGGAGGAACACTATCTCTCTCCATTA	196323

C  AL837515.9	152430	AGCAAGCAAACCGATTATTTCGGCAAAGCATGTCCTATATACATTTTCCA	152381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196324	AGCAAGCAAACCGATTATTTCGGCAAAGCATGTCCTATATACATTTTCCA	196373

C  AL837515.9	152380	CATCCCTTCCCCCACTCACACAATTCAAATGTTTTAAGTGTAAGCACAAC	152331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196374	CATCCCTTCCCCCACTCACACAATTCAAATGTTTTAAGTGTAAGCACAAC	196423

C  AL837515.9	152330	TTAAACTATCCCATACACCCATACATTTTCACTCACCACAGTTCCAACTT	152281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196424	TTAAACTATCCCATACACCCATACATTTTCACTCACCACAGTTCCAACTT	196473

C  AL837515.9	152280	ATTTAGGGGTTGCCTAAATTTTTCTAATACTGCAGCAGGGATGCTCTAAG	152231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196474	ATTTAGGGGTTGCCTAAATTTTTCTAATACTGCAGCAGGGATGCTCTAAG	196523

C  AL837515.9	152230	CAAGCTCTATACACTTACAAGTCCAATAACACTCGTCACACTGCCCTGCA	152181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196524	CAAGCTCTATACACTTACAAGTCCAATAACACTCGTCACACTGCCCTGCA	196573

C  AL837515.9	152180	CTAATACAGCAGTAAATGCTTCTGCAGGAGCACACATTGTCTCCATACTG	152131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196574	CTAATACAGCAGTAAATGCTTCTGCAGGAGCACACATTGTCTCCATACTG	196623

C  AL837515.9	152130	ATCCTCTGCAGCAGCAGAACCGCTCCACTGTGCCATACTCACCCATTGCA	152081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196624	ATCCTCTGCAGCAGCAGAACCGCTCCACTGTGCCATACTCACCCATTGCA	196673

C  AL837515.9	152080	CCTGTAGCTAAGCCCTTATTCACTTCCTCTCTACATATCACTACTAACAG	152031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196674	CCTGTAGCTAAGCCCTTATTCACTTCCTCTCTACATATCACTACTAACAG	196723

C  AL837515.9	152030	TATTTAATATTCTTGCGAGAGCATTCAAAACTCTCCAATACCGATCACTA	151981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953901.15	196724	TATTTAATATTCTTGCGAGAGCATTCAAAACTCTCCAATACCGATCACTA	196773

Overview

Query
AL837515.9 - 153980 bps
Hit
AL953901.15 - 196773 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019472000151981153980-11947741967731
283.261654447252872971-157490579311
389.421121896179161979157655578431
483.21433827250572886168693690731
585.081272801732417603-168738690121
684.8108213134276134488181799820151
778.371053297006970397183726840441
881.041323427006470405194265946071
981.131253359843798771-194268946061
1082.47144335120903121237-11081531085001
1181.37149544724997304211202341207751
1285.581944222519625617-11203441207731
1384.161122906169361982-11203541206561
1481.69132353108275108627-11244791248441
1594.66108131308893101911246571247871
1681.14134340108288108627-11297731301221
1786.09192345700577040111394341397781
1886.42181325700787040211417301420531
1985.461452849845698739-11417551420361
2089.441041613071230872-11419151420751
2181.491112917003470324-11424741427541
2283.2189533725117304311785981791211
2389.531121896179161979-11787041788941
2496.72104122440674418811912741913951
25100156158149151149308-11944941946511
Short-link