<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR847955.10	2000	GAATTCCCAATTGATATATTCATACGGAATAGACCATTACACACATTTTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1	GAATTCCCAATTGATATATTCATACGGAATAGACCATTACACACATTTTG	50

C  CR847955.10	1950	CCGACGGCCGGAAGACTATGATTTCCCCATCCTTACTCATGCACATCTTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	51	CCGACGGCCGGAAGACTATGATTTCCCCATCCTTACTCATGCACATCTTT	100

C  CR847955.10	1900	CGTAGTAGCTGATTAGAAAGAATCCTAAGGGAAGAAATTGCATAAATTAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	101	CGTAGTAGCTGATTAGAAAGAATCCTAAGGGAAGAAATTGCATAAATTAA	150

C  CR847955.10	1850	ATATTTTTTTCCATCTCTGCTGTTTCTCCTAGACAATGGATTAAATGGTG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	151	ATATTTTTTTCCATCTCTGCTGTTTCTCCTAGACAATGGATTAAATGGTG	200

C  CR847955.10	1800	ATCAAAAGGAAAGTTTTGTTTCTACTGTTTCTGAAACACTTTCCTCAGTA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	201	ATCAAAAGGAAAGTTTTGTTTCTACTGTTTCTGAAACACTTTCCTCAGTA	250

C  CR847955.10	1750	ATCTTTTAGAAAACACTTCAACGATGCAAACTAAAATCAGATCTTAGTAT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	251	ATCTTTTAGAAAACACTTCAACGATGCAAACTAAAATCAGATCTTAGTAT	300

C  CR847955.10	1700	TACTCATTGCTACTCATTATTAATAAATATATTATTTCTTGTTAATATTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	301	TACTCATTGCTACTCATTATTAATAAATATATTATTTCTTGTTAATATTT	350

C  CR847955.10	1650	ATTATCAGTTTTTAATTGTTAAGTCTGTGCAGGAAGATACAGAAAAGGCC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	351	ATTATCAGTTTTTAATTGTTAAGTCTGTGCAGGAAGATACAGAAAAGGCC	400

C  CR847955.10	1600	ATCTCTGCGGCAGTCATTTAACCTTATTTTTACACAGAAACAATGAAGGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	401	ATCTCTGCGGCAGTCATTTAACCTTATTTTTACACAGAAACAATGAAGGT	450

C  CR847955.10	1550	CAATGCACAATGTATTGAACCAAACAAGGGCTTAAATGCACACAGGGTGA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	451	CAATGCACAATGTATTGAACCAAACAAGGGCTTAAATGCACACAGGGTGA	500

C  CR847955.10	1500	TGAGAAACTGAACAAGACACAGGAATTAATAATTGGGAACTATGGAAACC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	501	TGAGAAACTGAACAAGACACAGGAATTAATAATTGGGAACTATGGAAACC	550

C  CR847955.10	1450	AATTATCCTTGTCAGCTGGGTCCCAATTGCTGCATTTTTTATTTTTGAAG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	551	AATTATCCTTGTCAGCTGGGTCCCAATTGCTGCATTTTTTATTTTTGAAG	600

C  CR847955.10	1400	GACACAGACATTGAATGGCCCAAAAGTCCGAAAAGGTCTAATGAAGAGCA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	601	GACACAGACATTGAATGGCCCAAAAGTCCGAAAAGGTCTAATGAAGAGCA	650

C  CR847955.10	1350	TATAAGGCTCTGTACACAAGAACTCCCAACTCCAAAACTTCCATGTGGTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	651	TATAAGGCTCTGTACACAAGAACTCCCAACTCCAAAACTTCCATGTGGTT	700

C  CR847955.10	1300	TGTACGCACGCAAATGCAGGTTATTGAAACCAAAACTGTATGGAAACTGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	701	TGTACGCACGCAAATGCAGGTTATTGAAACCAAAACTGTATGGAAACTGC	750

C  CR847955.10	1250	TGCCAGGGTGAAGATTTTCAGAGCAACAGTGTGGTCATGTGGCCACTAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	751	TGCCAGGGTGAAGATTTTCAGAGCAACAGTGTGGTCATGTGGCCACTAAA	800

C  CR847955.10	1200	ACCTCAGATGTTTGCATCATAACGTTTGTAGTGGGCAAAGCGAGAATCCA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	801	ACCTCAGATGTTTGCATCATAACGTTTGTAGTGGGCAAAGCGAGAATCCA	850

C  CR847955.10	1150	TGAAACACTGAAACAGTCGAAGCAAATGTGTCGAAGCTTCGAAATGTTTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	851	TGAAACACTGAAACAGTCGAAGCAAATGTGTCGAAGCTTCGAAATGTTTT	900

C  CR847955.10	1100	GAAACCCTTCTCAACAGTGACACTTAGTGGTCATATTTTATGTATAGCAC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	901	GAAACCCTTCTCAACAGTGACACTTAGTGGTCATATTTTATGTATAGCAC	950

C  CR847955.10	1050	TGGAATAGTTTCAGCTAAAAACAGTTGAGCAAATTAGGGTATTAAACTCC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	951	TGGAATAGTTTCAGCTAAAAACAGTTGAGCAAATTAGGGTATTAAACTCC	1000

C  CR847955.10	1000	ACTTTGTAGATTTGAACCTTCAAGTGACTTAGTGGAGTGATTGAGGCCCC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1001	ACTTTGTAGATTTGAACCTTCAAGTGACTTAGTGGAGTGATTGAGGCCCC	1050

C  CR847955.10	950	TGACTACCATGCAGCGATAGTGGGTTCGAATCTAGGATGATACAGCTATT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1051	TGACTACCATGCAGCGATAGTGGGTTCGAATCTAGGATGATACAGCTATT	1100

C  CR847955.10	900	TTAAAACACTCTGTTCTTGTATCGTTTTGTTTCAACATTGGTCTGACATC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1101	TTAAAACACTCTGTTCTTGTATCGTTTTGTTTCAACATTGGTCTGACATC	1150

C  CR847955.10	850	TGGGGTCCGTTCTTCGTACCTCGCTTAAATGATCTAAGATGATTTGGCAG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1151	TGGGGTCCGTTCTTCGTACCTCGCTTAAATGATCTAAGATGATTTGGCAG	1200

C  CR847955.10	800	ATCCTGGATCTTTTAATCTTGATCACTGATCTCTCGCTAATTTGGTTCTT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1201	ATCCTGGATCTTTTAATCTTGATCACTGATCTCTCGCTAATTTGGTTCTT	1250

C  CR847955.10	750	CAAACAAGTTCGCAAATCAGATTAGAATGTCTGGATAAACTGATCTGAGA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1251	CAAACAAGTTCGCAAATCAGATTAGAATGTCTGGATAAACTGATCTGAGA	1300

C  CR847955.10	700	TCGCTGCGTGTGTTGTGAAGGACAGATCTATCGATCCTAGAAATCATGAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1301	TCGCTGCGTGTGTTGTGAAGGACAGATCTATCGATCCTAGAAATCATGAT	1350

C  CR847955.10	650	CAGCAATGCCATGATTGGCTGATGGCACAGCAGCGTAATGACATCATCTG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1351	CAGCAATGCCATGATTGGCTGATGGCACAGCAGCGTAATGACATCATCTG	1400

C  CR847955.10	600	ATTAATATTCAATTATTCATGTGAGCAAAATTACATCAAATTAGCAGTAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1401	ATTAATATTCAATTATTCATGTGAGCAAAATTACATCAAATTAGCAGTAA	1450

C  CR847955.10	550	ACGGCTTGTTAAATATGACACGCGATAACCTTCCACATTTGTTGTGAGCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1451	ACGGCTTGTTAAATATGACACGCGATAACCTTCCACATTTGTTGTGAGCT	1500

C  CR847955.10	500	GCAGGCTTTACACTTTCATGTGTCAAGAGTATTCATCATGTGTTTCAGTG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1501	GCAGGCTTTACACTTTCATGTGTCAAGAGTATTCATCATGTGTTTCAGTG	1550

C  CR847955.10	450	CATATCAATGTATTTAGTTCCACATTTAGAAAAGATTTTCTTTATTATAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1551	CATATCAATGTATTTAGTTCCACATTTAGAAAAGATTTTCTTTATTATAG	1600

C  CR847955.10	400	TAGCTGTTTTTTATTCGGTGTAAAGAATAACTGGATGTTTACAAAAGCAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1601	TAGCTGTTTTTTATTCGGTGTAAAGAATAACTGGATGTTTACAAAAGCAT	1650

C  CR847955.10	350	TTTGATATTGGTAAAGGCGTCTGCAACTTTCGTGAAGCATCAAATCACCG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1651	TTTGATATTGGTAAAGGCGTCTGCAACTTTCGTGAAGCATCAAATCACCG	1700

C  CR847955.10	300	TCATATTAACTATCAAAACATGTTTAAGACTGCATTAATGTATTATTTAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1701	TCATATTAACTATCAAAACATGTTTAAGACTGCATTAATGTATTATTTAT	1750

C  CR847955.10	250	TTTTTTATGTTGTACATTTCTATTATCATACACAATTTGTACTAAAGCAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1751	TTTTTTATGTTGTACATTTCTATTATCATACACAATTTGTACTAAAGCAA	1800

C  CR847955.10	200	TCTAAAAAGTTCATATCAATAAGTTTTCTCTTTGCACCACGAGGTGGCAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1801	TCTAAAAAGTTCATATCAATAAGTTTTCTCTTTGCACCACGAGGTGGCAG	1850

C  CR847955.10	150	TCTTTGTACTTTCATTTCGAGGGTGCAGATTGCATACGTTTTATAAATTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1851	TCTTTGTACTTTCATTTCGAGGGTGCAGATTGCATACGTTTTATAAATTT	1900

C  CR847955.10	100	ATATAACTTTATTTATTTTATTAATAACTATAACTGAGTAATCCACGTAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1901	ATATAACTTTATTTATTTTATTAATAACTATAACTGAGTAATCCACGTAC	1950

C  CR847955.10	50	GAAGAACAGACCCCTGAATAAACAATTTGGGAATAATAAATATAGCTGCG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953899.7	1951	GAAGAACAGACCCCTGAATAAACAATTTGGGAATAATAAATATAGCTGCG	2000

Overview

Query
CR847955.10 - 98294 bps
Hit
AL953899.7 - 169796 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001940200012000-1120001
291.893174839592696408153436539161
380.5433612381732118558153438546751
488.365212301732218551-153439546681
592.233735529774398294-153495540471
693.94426229592396544-154052546741
792.342814159787498288154190546071
8821273074904049346179267795661
985.671522859353993823-179267795591
1084.11162495554255790179272795101
1195.561151354998550119-181543816771
1289.591722721497515246-182347826151
1385.851082049361093813-184541847521
141001441949544795640186817870101
1586.152424369730297737-188252886841
1688.073415963360234197194105946991
1794.721752659544795711-11334741337381
1890.09164252431154336611610381612891
1982.42131293604306072211662741665631
2085.341573036042260724-11663291666281
Short-link