<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1995 bps / non-identical: 1050 bps

Full alignment

C  AL353729.17	195668	GAATTCCATTTATTTAAGAATGTTGAATATTGGCTCCCAACCTCTTCTGG	195619
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	100895	GAATTCCATTTATCTAAGAATGTTGAATATTGGCTCCCAACCTCTTCTGG	100944

C  AL353729.17	195618	CTTGTGAGGTTTCTGCTAATAGGTCTGCTGTTAGTCTAATGGACTTCCCT	195569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	100945	CTTGTGAGGTTTCTGCTAATAGGTCTGCTGTTAGTCTAATGGACTTCCCT	100994

C  AL353729.17	195568	TTGTACCTTTGTAGGTTATCTCTCATTTCTTTTTCTCTGCCTTTAAGATT	195519
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	100995	TTGTACCTTTGTAGGTTATCTCTCATTACTTTTTCTCTGCCTTTAAGATT	101044

C  AL353729.17	195518	TTTTTGCTTCATTTCAAGCTTGGAGAATCTGATAATCATGTCTCTTGGGG	195469
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  AL953883.5	101045	TTTTTGCTTCATTTCAAGCTTGGAGAATCTGATAGTCATGTCTCTTGGGG	101094

C  AL353729.17	195468	ATGATTTTCTTGTGAAGGATTTTGCAGGGTTCTCTGCATTTTCAGAATCT	195419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101095	ATGATTTTCTTGTGAAGGATTTTGCAGGGTTCTCTGCATTTTCAGAATCT	101144

C  AL353729.17	195418	GAATGTTGGTCTCTTTAGCTAGGTTGGGAAAGGTCTCATGGATGAAATCC	195369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101145	GAATGTTGGTCTCTTTAGCTAGGTTGGGAAAGGTCTCATGGATGAAATCC	101194

C  AL353729.17	195368	TAAAATATGTTTTCAAGTAGTTTCCATTCTCCCCATCTCTTTCAGAGACA	195319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101195	TAAAATATGTTTTCAAGTAGTTTCCATTCTCCCCATCTCTTTCAGAGACA	101244

C  AL353729.17	195318	CCAATGAGTCATAGATTCGATCTCTTTACATAATTCTATGTTTCTCAGAG	195269
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101245	CCAATGAGTCATAGATTCGGTCTCTTTACATAATTCTATGTTTCTCAGAG	101294

C  AL353729.17	195268	ATTTCTTACTTTCACT--TTCTTCTTTCTTCTTGTCTGGCTGTCTTATTT	195221
			||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101295	ATTTCTTACTTTCACTCTTTCTTCTTTCTTCTTGTCTGGCTGTCTTATTT	101344

C  AL353729.17	195220	CAGAAAGCCAGTCTTCGAGCTCTGAGATTCTTTCCTCAGCTTGGTCTATC	195171
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101345	CAGAAAGCCAGTCTTCAAGCTCTGAGATTCTTTCCTCAGCTTGGTCTATC	101394

C  AL353729.17	195170	CTGCTGTTAATACTTGCCATTGCATTATGACATTCTTGTAGCGTGTTTTT	195121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101395	CTGCTGTTAATACTTGCCATTGCATTATGACATTCTTGTAGCGTGTTTTT	101444

C  AL353729.17	195120	CAGCTCTATTGGGTGGGTTACATTCTTTTCTCTGCAGCTATTTTATCTGT	195071
			||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AL953883.5	101445	CAGCTCTATCGGGTGGGTTACATTCTTTTCTCTACAGCTATTTTATCTGT	101494

C  AL353729.17	195070	CAGCTCCTGTATCATTTTATTGTGCCTCTTAGCTTCCTTAGATTGGGTTT	195021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  AL953883.5	101495	CAGCTCCTGTATCATTTTATTGTGCCTCTTAGCTTCCGTAGATTGGGTTT	101544

C  AL353729.17	195020	CAACATTCTGCTGAATCTTAATGATCTTCATTCATATACATATTCTGAGT	194971
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
  AL953883.5	101545	CAACATTCTGCTTAATCTTAATGATCTTCATTCATATCCATATTCTGAAT	101594

C  AL353729.17	194970	TACATTTCTGTCACTTCAACCATCTCATCTTTGCTGGAGAGGTGATGTGG	194921
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101595	TACATTTCTGTCACTTCAACCATCTCATCTTTGCTGGAGAGGTGATGTGG	101644

C  AL353729.17	194920	TCATTTGGAGGGAAGAAGGCCCTCTGACTTTCGAGCTGTCAGGATTCTTG	194871
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
  AL953883.5	101645	TCATTTGGAGGGAAGAAGGCCCTCTGACTTTTGAGCTGTCAGGATTCCTG	101694

C  AL353729.17	194870	TGCTGATTCTTTCTCATCTCTGTGGGCTGATGTTTCTTTAATCTTTTAAG	194821
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101695	TGCTGATTCTTTCTCATCTCTGTGGGCTGATGTTTCTTTAATCTTTTAAG	101744

C  AL353729.17	194820	TTGATGTCCTGTGGCTGAGCTTTATTTTATTTTATTCTATTTGATGGCCT	194771
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101745	TTGATGTCCTGTGGCTGAGCTTTATTTTATTTTATTCTATTTGATGGCCT	101794

C  AL353729.17	194770	TGAGGGTTTGGTTTTGGTACAAGGTGGATTCAACTGACTGGTTTCATTTC	194721
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101795	TGAGGGTTTGGTTTTGGTACAAGGTGGGTTCAACTGACTGGTTTCATTTC	101844

C  AL353729.17	194720	TGGAATATTTTAGGAGGCTAAGGCTCAGCTCAGGACTCCTGAACTGCATG	194671
			||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||
  AL953883.5	101845	TGGAATATTTTAGGAGGCTCAGGCTCAGCTCAGGACTCCCAAACTGCATG	101894

C  AL353729.17	194670	CTCTAACTCTGGGGGACTGGTTACTGGCCCAGGCTTTGTCTCTGGCCCCT	194621
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101895	CTCTAACTCTGGGGGACTGGTTTCTGGCCCAGGCTTTGTCTCTGGCCCCT	101944

C  AL353729.17	194620	AAAGGTTAGGAACCTGCTGTGCTGGAAGGACCAAGATGATCCAAGACCAC	194571
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101945	AAAGGTTAGGAACCTGCTGTGCTGGAAGGACCAAGATGATCCAAGACCAC	101994

C  AL353729.17	194570	TGGTCACAACACTCTGATGGGTGGTGCCAGTCAAAGTGCTTCATAGGGCA	194521
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101995	TGGTCACAACACTCTGATGGGTGGTGCCAGTCAAAGTGCTTCATAGGGCA	102044

C  AL353729.17	194520	GTGCCAGTGAGATCCATCCTGGTTCACACCTTCAGCAGCAGCAGCAGCAG	194471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102045	GTGCCAGTGAGATCCATCCTGGTTCACACCTTCAGCAGCAGCAGCAGCAG	102094

C  AL353729.17	194470	TGGCAGCGAGGTGTGGTACACATTCACTGGCTGCGGCAGGGAGCTAGTGG	194421
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102095	TGGCAGCGAGGTGTGGTGCACATTCACTGGCTGCGGCAGGGAGCTAGTGG	102144

C  AL353729.17	194420	CTGCCAGCATGCTGGCCTCATTGTGGGCATTCAT---AGCAACTGTGGCA	194374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
  AL953883.5	102145	CTGCCAGCATGCTGGCCTCATTGTGGGCATTCATAGCAGCAACTGTGGCA	102194

C  AL353729.17	194373	TCACGGTACAGGGGTTGGGGGTGGGGGATGCTTGCCCCCTCCCCCACCCC	194324
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102195	TCACGGTGCAGGGGTTGGGGGTGGGGGATGCTTGCCCCCTCCCCCACCCC	102244

C  AL353729.17	194323	CGTGTCTTTGAGTGCATTTCTGCCGGTGGCGGTGTTAGCATGGGAGTGAA	194274
			 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102245	TGTGTCTTTGTGTGCATTTGTGCCGGTGGCGGTGTTAGCATGGGAGTGAA	102294

C  AL353729.17	194273	GCACTGGTGAGCACAGGACTGTGTGAGTTCTCCTTGCACATTCACATGGG	194224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  AL953883.5	102295	GCACTGGTGAGCACAGGACTGTGTGAGTTCTCCTTGCACATTCACGTGGG	102344

C  AL353729.17	194223	TGGTCATGGCTGCTCAGAACAGGGGTGGGTCCTTTGTTCTCGGTGCCTAT	194174
			||||  | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AL953883.5	102345	TGGTAGTAGCCGCTCAGAACAGGGGTGGGTCCTCTGTTCTCGGTGCCTAT	102394

C  AL353729.17	194173	TGTCACACTGGTGGTAGTGTCGGTGCAGGGGCAGGGCGTTGGCAGGGGTG	194124
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
  AL953883.5	102395	TGTCACACTGGTGGTAGTGTCGGTGCAGGGGCAGGGTGTTGGCAGGGGCG	102444

C  AL353729.17	194123	GGGCTGGCGGGCTTCATGCCCACTCATCAATGCTCCAACAGTAATGGCAG	194074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102445	GGGCTGGCGGGCTTCATGCCCACTCATCAATGCTCCAACAGTAATGGCAG	102494

C  AL353729.17	194073	TATGGTGGGGGGTCGAGAGGGTGAAGTGCACTCAGGATGGCAGCAGTAGC	194024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102495	TATGGTGGGGGGTCGAGAGGGTGAAGTGCACTCAGGATGGCAGCAGTAGC	102544

C  AL353729.17	194023	ATGGCACACACACTGTGGCAGGAAAGGGGAGGCAAGGTCCACCCACACAC	193974
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AL953883.5	102545	ATGGCACACACACTGTGGCAGGAAAGGGGAGGCAAGGTCCACACACACAC	102594

C  AL353729.17	193973	ACATGCACTGGCAAAACGATGTGGGGGATGGCCGTGGGCTAGTGCATGCA	193924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102595	ACATGCACTGGCAAAACGATGTGGGGGATGGCCGTGGGCTAGTGCATGCA	102644

C  AL353729.17	193923	GGCAAAGTGGCACGGGGAGACTGCAGTGGGGGCAGGGCACAGTTAGGCTG	193874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102645	GGCAAAGTGGCACGGGGAGACTGCAGTGGGGGCAGGGCACAGTTAGGCTG	102694

C  AL353729.17	193873	ATGTGTGTACATGGGGGCCACTCTGCAGCAGATCTCTGCTGGTCAGGCAC	193824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102695	ATGTGTGTACATGGGGGCCACTCTGCAGCAGATCTCTGCTGGTCAGGCAC	102744

C  AL353729.17	193823	AGTCAGCCAGCACAGGAACTATGATGCAGGTCCTCAGGAGGTAGCCTCCA	193774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102745	AGTCAGCCAGCACAGGAACTATGATGCAGGTCCTCAGGAGGTAGCCTCCA	102794

C  AL353729.17	193773	CTGCACCCCGCTGTGAAGCTGCACTGCAAGCAGGTGTGGCCAGGCTGGGG	193724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102795	CTGCACCCCGCTGTGAAGCTGCACTGCAAGCAGGTGTGGCCAGGCTGGGG	102844

C  AL353729.17	193723	CCCCAGGAGGGGCGAGCAGACTGAAGGATGCTCAGGTCAGACTGGCCCTG	193674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102845	CCCCAGGAGGGGCGAGCAGACTGAAGGATGCTCAGGTCAGACTGGCCCTG	102894

Compact alignment

C  AL353729.17	195668	GAATTCCATTTATTTAAGAATGTTGAATATTGGCTCCCAACCTCTTCTGG	195619
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	100895	GAATTCCATTTATCTAAGAATGTTGAATATTGGCTCCCAACCTCTTCTGG	100944

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	195568	TTGTACCTTTGTAGGTTATCTCTCATTTCTTTTTCTCTGCCTTTAAGATT	195519
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	100995	TTGTACCTTTGTAGGTTATCTCTCATTACTTTTTCTCTGCCTTTAAGATT	101044

C  AL353729.17	195518	TTTTTGCTTCATTTCAAGCTTGGAGAATCTGATAATCATGTCTCTTGGGG	195469
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  AL953883.5	101045	TTTTTGCTTCATTTCAAGCTTGGAGAATCTGATAGTCATGTCTCTTGGGG	101094

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	195318	CCAATGAGTCATAGATTCGATCTCTTTACATAATTCTATGTTTCTCAGAG	195269
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101245	CCAATGAGTCATAGATTCGGTCTCTTTACATAATTCTATGTTTCTCAGAG	101294

C  AL353729.17	195268	ATTTCTTACTTTCACT--TTCTTCTTTCTTCTTGTCTGGCTGTCTTATTT	195221
			||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101295	ATTTCTTACTTTCACTCTTTCTTCTTTCTTCTTGTCTGGCTGTCTTATTT	101344

C  AL353729.17	195220	CAGAAAGCCAGTCTTCGAGCTCTGAGATTCTTTCCTCAGCTTGGTCTATC	195171
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101345	CAGAAAGCCAGTCTTCAAGCTCTGAGATTCTTTCCTCAGCTTGGTCTATC	101394

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	195120	CAGCTCTATTGGGTGGGTTACATTCTTTTCTCTGCAGCTATTTTATCTGT	195071
			||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AL953883.5	101445	CAGCTCTATCGGGTGGGTTACATTCTTTTCTCTACAGCTATTTTATCTGT	101494

C  AL353729.17	195070	CAGCTCCTGTATCATTTTATTGTGCCTCTTAGCTTCCTTAGATTGGGTTT	195021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  AL953883.5	101495	CAGCTCCTGTATCATTTTATTGTGCCTCTTAGCTTCCGTAGATTGGGTTT	101544

C  AL353729.17	195020	CAACATTCTGCTGAATCTTAATGATCTTCATTCATATACATATTCTGAGT	194971
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
  AL953883.5	101545	CAACATTCTGCTTAATCTTAATGATCTTCATTCATATCCATATTCTGAAT	101594

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	194920	TCATTTGGAGGGAAGAAGGCCCTCTGACTTTCGAGCTGTCAGGATTCTTG	194871
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
  AL953883.5	101645	TCATTTGGAGGGAAGAAGGCCCTCTGACTTTTGAGCTGTCAGGATTCCTG	101694

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	194770	TGAGGGTTTGGTTTTGGTACAAGGTGGATTCAACTGACTGGTTTCATTTC	194721
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101795	TGAGGGTTTGGTTTTGGTACAAGGTGGGTTCAACTGACTGGTTTCATTTC	101844

C  AL353729.17	194720	TGGAATATTTTAGGAGGCTAAGGCTCAGCTCAGGACTCCTGAACTGCATG	194671
			||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||
  AL953883.5	101845	TGGAATATTTTAGGAGGCTCAGGCTCAGCTCAGGACTCCCAAACTGCATG	101894

C  AL353729.17	194670	CTCTAACTCTGGGGGACTGGTTACTGGCCCAGGCTTTGTCTCTGGCCCCT	194621
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	101895	CTCTAACTCTGGGGGACTGGTTTCTGGCCCAGGCTTTGTCTCTGGCCCCT	101944

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	194470	TGGCAGCGAGGTGTGGTACACATTCACTGGCTGCGGCAGGGAGCTAGTGG	194421
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102095	TGGCAGCGAGGTGTGGTGCACATTCACTGGCTGCGGCAGGGAGCTAGTGG	102144

C  AL353729.17	194420	CTGCCAGCATGCTGGCCTCATTGTGGGCATTCAT---AGCAACTGTGGCA	194374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
  AL953883.5	102145	CTGCCAGCATGCTGGCCTCATTGTGGGCATTCATAGCAGCAACTGTGGCA	102194

C  AL353729.17	194373	TCACGGTACAGGGGTTGGGGGTGGGGGATGCTTGCCCCCTCCCCCACCCC	194324
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102195	TCACGGTGCAGGGGTTGGGGGTGGGGGATGCTTGCCCCCTCCCCCACCCC	102244

C  AL353729.17	194323	CGTGTCTTTGAGTGCATTTCTGCCGGTGGCGGTGTTAGCATGGGAGTGAA	194274
			 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  AL953883.5	102245	TGTGTCTTTGTGTGCATTTGTGCCGGTGGCGGTGTTAGCATGGGAGTGAA	102294

C  AL353729.17	194273	GCACTGGTGAGCACAGGACTGTGTGAGTTCTCCTTGCACATTCACATGGG	194224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  AL953883.5	102295	GCACTGGTGAGCACAGGACTGTGTGAGTTCTCCTTGCACATTCACGTGGG	102344

C  AL353729.17	194223	TGGTCATGGCTGCTCAGAACAGGGGTGGGTCCTTTGTTCTCGGTGCCTAT	194174
			||||  | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AL953883.5	102345	TGGTAGTAGCCGCTCAGAACAGGGGTGGGTCCTCTGTTCTCGGTGCCTAT	102394

C  AL353729.17	194173	TGTCACACTGGTGGTAGTGTCGGTGCAGGGGCAGGGCGTTGGCAGGGGTG	194124
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
  AL953883.5	102395	TGTCACACTGGTGGTAGTGTCGGTGCAGGGGCAGGGTGTTGGCAGGGGCG	102444

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AL353729.17	194023	ATGGCACACACACTGTGGCAGGAAAGGGGAGGCAAGGTCCACCCACACAC	193974
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AL953883.5	102545	ATGGCACACACACTGTGGCAGGAAAGGGGAGGCAAGGTCCACACACACAC	102594

skip 300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL353729.17 - 195668 bps
Hit
AL953883.5 - 102894 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1995 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
198.39601995193674195668-11008951028941
Short-link