<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX470186.11	131089	TCTGTCCTGTTCAGTTGCACTTTTTTATGGTATGTTAGGGTGGAAAATAT	131040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	174720	TCTGTCCTGTTCAGTTGCACTTTTTTATGGTATGTTAGGGTGGAAAATAT	174769

C  BX470186.11	131039	AAAGTTGTTTATTTTCTGGGCTTCACGACGCTGAAAAAGTGTTCTCTTTT	130990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	174770	AAAGTTGTTTATTTTCTGGGCTTCACGACGCTGAAAAAGTGTTCTCTTTT	174819

C  BX470186.11	130989	TATCTTAATTGTACAATTGGTTCTCTTAATAGTACTAAAGGTCCGTGCAC	130940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	174820	TATCTTAATTGTACAATTGGTTCTCTTAATAGTACTAAAGGTCCGTGCAC	174869

C  BX470186.11	130939	ACCGTGACATTTTTTGCTCGCGTTTTCCGTCGACGTTTAACGCTTTGTGC	130890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	174870	ACCGTGACATTTTTTGCTCGCGTTTTCCGTCGACGTTTAACGCTTTGTGC	174919

C  BX470186.11	130889	CTAAATAAAGGGTGTCAATGTGATCGTGCACACCAATGGCCATGAGCTTT	130840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	174920	CTAAATAAAGGGTGTCAATGTGATCGTGCACACCAATGGCCATGAGCTTT	174969

C  BX470186.11	130839	GGGTCATGACCAAAAGGACAAGATCTCGGATACAAGCGGCCGAAATTAGT	130790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	174970	GGGTCATGACCAAAAGGACAAGATCTCGGATACAAGCGGCCGAAATTAGT	175019

C  BX470186.11	130789	GTCCTTTGCAGGGTGGCAGGGCGCACCCTTATAGATAGGGTGAGGAGCTT	130740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175020	GTCCTTTGCAGGGTGGCAGGGCGCACCCTTATAGATAGGGTGAGGAGCTT	175069

C  BX470186.11	130739	TGTCACCCGGGAGGAGCTCGGAGTAGAGTCGCTGCTCCTCCACATCGAGA	130690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175070	TGTCACCCGGGAGGAGCTCGGAGTAGAGTCGCTGCTCCTCCACATCGAGA	175119

C  BX470186.11	130689	GAAGTCAGCTGAGGTGGCTCTAGCATTTGTTTGGATGCCTCCTGGACGCC	130640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175120	GAAGTCAGCTGAGGTGGCTCTAGCATTTGTTTGGATGCCTCCTGGACGCC	175169

C  BX470186.11	130639	TACATAGGAAAATGTGTTCCATGCGTTTAAGTCTAGGGTTTTCGCCTGAG	130590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175170	TACATAGGAAAATGTGTTCCATGCGTTTAAGTCTAGGGTTTTCGCCTGAG	175219

C  BX470186.11	130589	ACTGCAACCCCCTGAGACCCCGGAAAAGCAGATGAAAATTTATTGATTAG	130540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175220	ACTGCAACCCCCTGAGACCCCGGAAAAGCAGATGAAAATTTATTGATTAG	175269

C  BX470186.11	130539	TTAATTAACTAGAACAGAAAGAGTACAAAGGCCATTTCACAAAACACAGA	130490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175270	TTAATTAACTAGAACAGAAAGAGTACAAAGGCCATTTCACAAAACACAGA	175319

C  BX470186.11	130489	ATGTCAGATACAATATAATACAATATTGTCAAGAAAATAGATGAAATAAA	130440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175320	ATGTCAGATACAATATAATACAATATTGTCAAGAAAATAGATGAAATAAA	175369

C  BX470186.11	130439	ATTAATAATTTACAGAGAAGTGTGTAGGCTCCACTACTCAAACCAGTCCA	130390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175370	ATTAATAATTTACAGAGAAGTGTGTAGGCTCCACTACTCAAACCAGTCCA	175419

C  BX470186.11	130389	GCCCACAAAGCGTTACAAGTGAGCTAGCATTTATTTTAAGATGTTTGGTT	130340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175420	GCCCACAAAGCGTTACAAGTGAGCTAGCATTTATTTTAAGATGTTTGGTT	175469

C  BX470186.11	130339	TGTTTTCATGTTTCATTTTTCCCCCACCATTTTAGTGTTTTAATTAAACT	130290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175470	TGTTTTCATGTTTCATTTTTCCCCCACCATTTTAGTGTTTTAATTAAACT	175519

C  BX470186.11	130289	TAAATGAAGTCATTTCACAAGGCATCATTTAATATGTATGATTTATTTTA	130240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175520	TAAATGAAGTCATTTCACAAGGCATCATTTAATATGTATGATTTATTTTA	175569

C  BX470186.11	130239	GTTTTATTTTGATAGCTTTAGTTTACAATAAAAGCAACTGAGTGTTACGA	130190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175570	GTTTTATTTTGATAGCTTTAGTTTACAATAAAAGCAACTGAGTGTTACGA	175619

C  BX470186.11	130189	GATCATTTTAAACCAATAGCAAGACTAAAACTGACTCTTTACAAGAAAAG	130140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175620	GATCATTTTAAACCAATAGCAAGACTAAAACTGACTCTTTACAAGAAAAG	175669

C  BX470186.11	130139	CATCAAAAAACGATGTTAGCTAATCAATGTACACAAATCGGGGTGATTTG	130090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175670	CATCAAAAAACGATGTTAGCTAATCAATGTACACAAATCGGGGTGATTTG	175719

C  BX470186.11	130089	GTTAGCGCTGTTGCCTCAAAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGTCCCGGCT	130040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175720	GTTAGCGCTGTTGCCTCAAAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGTCCCGGCT	175769

C  BX470186.11	130039	GGGCCAGTTGGCATTTCTGTATGGAGTTTGCATGTGTTCCATGTGTTGGC	129990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175770	GGGCCAGTTGGCATTTCTGTATGGAGTTTGCATGTGTTCCATGTGTTGGC	175819

C  BX470186.11	129989	GTGGGCTTTCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCG	129940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175820	GTGGGCTTTCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCG	175869

C  BX470186.11	129939	CTATTGGTAAATTGAATCAACCTAATTGCCCATAGTGTATGAGAGTGTGT	129890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175870	CTATTGGTAAATTGAATCAACCTAATTGCCCATAGTGTATGAGAGTGTGT	175919

C  BX470186.11	129889	ACTGTATGTCAGTGTGTATTGGTGTTTCTCAGTACTAGGTTGCAGCTGGA	129840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175920	ACTGTATGTCAGTGTGTATTGGTGTTTCTCAGTACTAGGTTGCAGCTGGA	175969

C  BX470186.11	129839	AGGGCATCTGCTGCGTAAAACATTTCTGGAATGTTGGTGGTTCATTCCGC	129790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	175970	AGGGCATCTGCTGCGTAAAACATTTCTGGAATGTTGGTGGTTCATTCCGC	176019

C  BX470186.11	129789	TGTGGCGACCCCTGAAAAATAAGGGACTACGCAGAGGGAAAATGAATGAA	129740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176020	TGTGGCGACCCCTGAAAAATAAGGGACTACGCAGAGGGAAAATGAATGAA	176069

C  BX470186.11	129739	TGTTCACAAATCATATTAATATTTATTATATAGCTGCAGCTAGTCATATT	129690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176070	TGTTCACAAATCATATTAATATTTATTATATAGCTGCAGCTAGTCATATT	176119

C  BX470186.11	129689	CTCTATTACGATCTCATATTGCGATCAATTCATATTTTAATCCAACCTTA	129640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176120	CTCTATTACGATCTCATATTGCGATCAATTCATATTTTAATCCAACCTTA	176169

C  BX470186.11	129639	AATCTAAAATTTGCATATTTGAATTGTTACTATGTGCTATTTTTGTCATA	129590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176170	AATCTAAAATTTGCATATTTGAATTGTTACTATGTGCTATTTTTGTCATA	176219

C  BX470186.11	129589	ACGGAGACACTGCAGACTTTAACGAATCACTATCCAATCCAAACATTGTG	129540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176220	ACGGAGACACTGCAGACTTTAACGAATCACTATCCAATCCAAACATTGTG	176269

C  BX470186.11	129539	AAGTTCACATGACTTTAGTTTTAAAAAAATACAACCCATCCTAAATAAGA	129490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176270	AAGTTCACATGACTTTAGTTTTAAAAAAATACAACCCATCCTAAATAAGA	176319

C  BX470186.11	129489	ACCAGCACTTAATTCCCAATTGTGGTGATATATGTTGAAATAGTTGTGTG	129440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176320	ACCAGCACTTAATTCCCAATTGTGGTGATATATGTTGAAATAGTTGTGTG	176369

C  BX470186.11	129439	TGTATGTGTGTAACTATGTTCCTTCCCTCCCCTCTTCCTTCATCTGTCCA	129390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176370	TGTATGTGTGTAACTATGTTCCTTCCCTCCCCTCTTCCTTCATCTGTCCA	176419

C  BX470186.11	129389	TTGTTTTCCCAGGCTCTTAAAATTCTTGAGCACTTCAAGCCAACCCCCTC	129340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176420	TTGTTTTCCCAGGCTCTTAAAATTCTTGAGCACTTCAAGCCAACCCCCTC	176469

C  BX470186.11	129339	CCTTTCTCTCCCCATCCATTTCTCTTTTCCTTTATTTTTCTTTTATTTCC	129290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176470	CCTTTCTCTCCCCATCCATTTCTCTTTTCCTTTATTTTTCTTTTATTTCC	176519

C  BX470186.11	129289	CCCCACAACTCAAGCTCTTTGCCAAGAAACGATTGTGTATATAAGGTATT	129240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176520	CCCCACAACTCAAGCTCTTTGCCAAGAAACGATTGTGTATATAAGGTATT	176569

C  BX470186.11	129239	TTAGTGCCTATTAACAGTAATTATTTAGGTAATTGATAGTTTAGATGTTA	129190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176570	TTAGTGCCTATTAACAGTAATTATTTAGGTAATTGATAGTTTAGATGTTA	176619

C  BX470186.11	129189	TTTATCTTAAGAAGACATTTTTATTTGAAGTAAAAGCAATACCATCACAC	129140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176620	TTTATCTTAAGAAGACATTTTTATTTGAAGTAAAAGCAATACCATCACAC	176669

C  BX470186.11	129139	CATCCTTTGCGTTTTCGTTGTGTCTGTGCAGCTGATGTCTCTTGGAATTC	129090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935318.6	176670	CATCCTTTGCGTTTTCGTTGTGTCTGTGCAGCTGATGTCTCTTGGAATTC	176719

Overview

Query
BX470186.11 - 131089 bps
Hit
AL935318.6 - 176719 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019612000129090131089-11747201767191
291.96831128859961846785781
384.35781472450524651114164143101
489.61101150118008118157114208143611
579.657822080048223130868310881
679.8275219105085105303130868310901
788.24711178861002170974710921
882.951323969210492499172817732031
978.7374237129788130024186504867381
1084.921112699224792515-186821870921
1179.548425679728227197187974501
1283.412145069382294327-199379998661
1391.73971332993312511097651098971
1485.41140288258882617511214001216801
1582.1718753293769907-11378841384161
1682.190246111295111540-11492311494871
1791.931211611157011730-11564721566321
1879.37934489566596112-11592751597201
1984.7111125196429892-11646231648771
2086.621372759224192515-11646391649221
2186.41442959378967211724441727371
2283.24198531919989252811724511729691
Short-link